Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5767
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5767, 599 aa
1>>>pF1KE5767 599 - 599 aa - 599 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3513+/-0.00113; mu= 14.4677+/- 0.068
mean_var=102.4822+/-20.533, 0's: 0 Z-trim(104.7): 70 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.126692
statistics sampled from 7981 (8051) to 7981 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.609), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 3.350
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17 ( 599) 3879 720.2 1.8e-207
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CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032) 770 152.1 3.2e-36
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 ( 648) 758 149.8 1e-35
CCDS54854.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 704) 722 143.2 1e-33
CCDS3969.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 724) 722 143.3 1.1e-33
CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5 ( 622) 719 142.7 1.4e-33
CCDS47208.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 690) 711 141.2 4.1e-33
CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1 ( 619) 707 140.5 6.3e-33
CCDS54855.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 575) 703 139.7 9.8e-33
CCDS13416.1 DDX27 gene_id:55661|Hs108|chr20 ( 796) 694 138.2 4e-32
CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX ( 631) 654 130.8 5.2e-30
CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 729) 644 129.0 2.1e-29
CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 731) 644 129.0 2.1e-29
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 ( 938) 634 127.2 9.1e-29
CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3 ( 407) 612 123.0 7.5e-28
CCDS2120.1 DDX18 gene_id:8886|Hs108|chr2 ( 670) 614 123.5 8.7e-28
CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 406) 603 121.3 2.4e-27
CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 602 121.3 3.7e-27
CCDS82190.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 602 121.3 3.7e-27
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 455) 597 120.3 5.5e-27
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 881) 559 113.5 1.2e-24
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 882) 559 113.5 1.2e-24
CCDS55404.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 646) 553 112.3 1.9e-24
CCDS43931.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 662) 553 112.3 2e-24
CCDS14782.1 DDX3Y gene_id:8653|Hs108|chrY ( 660) 552 112.2 2.2e-24
CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11 ( 875) 551 112.1 3.2e-24
CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19 ( 427) 545 110.8 3.8e-24
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 ( 411) 544 110.6 4.2e-24
CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19 ( 483) 535 109.0 1.5e-23
CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6 ( 428) 519 106.0 1e-22
CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 479) 513 104.9 2.4e-22
CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 478) 502 102.9 9.7e-22
CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 483) 502 102.9 9.8e-22
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 715) 479 98.8 2.5e-20
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 783) 479 98.9 2.7e-20
CCDS842.1 DDX20 gene_id:11218|Hs108|chr1 ( 824) 471 97.4 7.6e-20
CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 ( 483) 461 95.4 1.8e-19
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 370) 457 94.6 2.4e-19
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 369) 453 93.9 3.9e-19
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10 ( 737) 447 93.0 1.5e-18
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 453) 429 89.6 9.6e-18
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 448) 410 86.1 1.1e-16
CCDS5492.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 547) 409 86.0 1.4e-16
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12 ( 820) 408 85.9 2.2e-16
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 447) 395 83.3 7.1e-16
CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 347) 391 82.5 9.6e-16
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 507) 388 82.1 1.9e-15
CCDS9251.1 DDX55 gene_id:57696|Hs108|chr12 ( 600) 388 82.2 2.2e-15
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9 ( 585) 312 68.3 3.2e-11
>>CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17 (599 aa)
initn: 3879 init1: 3879 opt: 3879 Z-score: 3838.2 bits: 720.2 E(32554): 1.8e-207
Smith-Waterman score: 3879; 100.0% identity (100.0% similar) in 599 aa overlap (1-599:1-599)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MDVHDLFRRLGAGAKFDTRRFSADAARFQIGKRKYDFDSSEVLQGLDFFGNKKSVPGVCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MDVHDLFRRLGAGAKFDTRRFSADAARFQIGKRKYDFDSSEVLQGLDFFGNKKSVPGVCG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 ASQTHQKPQNGEKKEESLTERKREQSKKKRKTMTSEIASQEEGATIQWMSSVEAKIEDKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ASQTHQKPQNGEKKEESLTERKREQSKKKRKTMTSEIASQEEGATIQWMSSVEAKIEDKK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 VQRESKLTSGKLENLRKEKINFLRNKHKIHVQGTDLPDPIATFQQLDQEYKINSRLLQNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VQRESKLTSGKLENLRKEKINFLRNKHKIHVQGTDLPDPIATFQQLDQEYKINSRLLQNI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LDAGFQMPTPIQMQAIPVMLHGRELLASAPTGSGKTLAFSIPILMQLKQPANKGFRALII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LDAGFQMPTPIQMQAIPVMLHGRELLASAPTGSGKTLAFSIPILMQLKQPANKGFRALII
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 SPTRELASQIHRELIKISEGTGFRIHMIHKAAVAAKKFGPKSSKKFDILVTTPNRLIYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SPTRELASQIHRELIKISEGTGFRIHMIHKAAVAAKKFGPKSSKKFDILVTTPNRLIYLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 KQDPPGIDLASVEWLVVDESDKLFEDGKTGFRDQLASIFLACTSHKVRRAMFSATFAYDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KQDPPGIDLASVEWLVVDESDKLFEDGKTGFRDQLASIFLACTSHKVRRAMFSATFAYDV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 EQWCKLNLDNVISVSIGARNSAVETVEQELLFVGSETGKLLAVRELVKKGFNPPVLVFVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EQWCKLNLDNVISVSIGARNSAVETVEQELLFVGSETGKLLAVRELVKKGFNPPVLVFVQ
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430 440 450 460 470 480
pF1KE5 SIERAKELFHELIYEGINVDVIHAERTQQQRDNTVHSFRAGKIWVLICTALLARGIDFKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SIERAKELFHELIYEGINVDVIHAERTQQQRDNTVHSFRAGKIWVLICTALLARGIDFKG
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pF1KE5 VNLVINYDFPTSSVEYIHRIGRTGRAGNKGKAITFFTEDDKPLLRSVANVIQQAGCPVPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VNLVINYDFPTSSVEYIHRIGRTGRAGNKGKAITFFTEDDKPLLRSVANVIQQAGCPVPE
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pF1KE5 YIKGFQKLLSKQKKKMIKKPLERESISTTPKCFLEKAKDKQKKVTGQNSKKKVALEDKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YIKGFQKLLSKQKKKMIKKPLERESISTTPKCFLEKAKDKQKKVTGQNSKKKVALEDKS
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>>CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1031 aa)
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Smith-Waterman score: 770; 29.9% identity (59.9% similar) in 571 aa overlap (50-597:252-812)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 RFSADAARFQIGKRKYDFDSSEVLQGLDFFGN-KKSVPGVCGASQ---THQKPQNGEKKE
:: ::: : : . :.. ...::.
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pF1KE5 ESLTERKREQSKKKRKTMTSEIASQEEGATIQWMSSVE----AKIEDKKVQRESKLTSGK
: : .. . . . .. . : . . .: .::: . ... . .
CCDS34 GELMENDQDAMEYSSEEEEVDLQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNFYVEVPE
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140 150 160 170 180 190
pF1KE5 LENLRKEKINFLRNKHK-IHVQGTDLPDPIATFQQLDQEYKINSRLLQNILDAGFQMPTP
: .. .:..: .: . . : :.: : :: .. : :. ..:... :.. :::
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:: ::::... ::.:.. : ::::::.:: .: :. : . ..: :.:..:::::
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pF1KE5 ASQIHRELIKISEGTGFRIHMIHKAAVAAKKFGPKSSKKFDILVTTPNRLIYLLKQDPPG
: :: .: :.:. :.:. .. .. ..... . .. .:.: ::.:.: .: .
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pF1KE5 I-DLASVEWLVVDESDKLFEDGKTGFRDQLASIFLACTSHKVRRAMFSATFAYDVEQWCK
. .: : ..:.::.:..:. ::. :. : . . .:::::: .: .
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pF1KE5 LNLDNVISVSIGARNSAVETVEQELLFVGSETGKLLAVRELVKK-GFNPPVLVFVQSIER
:.. : :..:.:. . :::... . : :.: . ::. . . :..::.. :.
CCDS34 RILSKPIEVQVGGRSVVCSDVEQQVIVI-EEEKKFLKLLELLGHYQESGSVIIFVDKQEH
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pF1KE5 AKELFHELIYEGINVDVIHAERTQQQRDNTVHSFRAGKIWVLICTALLARGIDFKGVNLV
: :...:. . .:. : .::. ...:. : .:. :.. :::.: : . ::
CCDS34 ADGLLKDLMRASYPCMSLHGGIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLDVKHLILV
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pF1KE5 INYDFPTSSVEYIHRIGRTGRAGNKGKAITFFTEDDKPLLRSVANVIQQAGCPVPEYIKG
.::. :. .:.:: :::::::::: : ::.:::. .. .... .: :: ..
CCDS34 VNYSCPNHYEDYVHRAGRTGRAGNKGYAYTFITEDQARYAGDIIKALELSGTAVPPDLEK
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pF1KE5 FQKLLSKQKK---KMIKKPL----ERESISTTPKCFLEKAKDKQKKVTG-QNSKKKVALE
. . .. :.: :.::: . ... : . . .. : :: . : :.: . :
CCDS34 LWSDFKDQQKAEGKIIKKSSGFSGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQDSDDEDAAV
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pF1KE5 DKS
:
CCDS34 DIDEQIESMFNSKKRVKDMAAPGTSSVPAPTAGNAEKLEIAKRLALRINAQKNLGIESQD
820 830 840 850 860 870
>>CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032 aa)
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Smith-Waterman score: 770; 29.9% identity (59.9% similar) in 571 aa overlap (50-597:252-812)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 RFSADAARFQIGKRKYDFDSSEVLQGLDFFGN-KKSVPGVCGASQ---THQKPQNGEKKE
:: ::: : : . :.. ...::.
CCDS75 GEELDPLDAYMEEVKEEVKKFNMRSVKGGGGNEKKSGPTVTKVVTVVTTKKAVVDSDKKK
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pF1KE5 ESLTERKREQSKKKRKTMTSEIASQEEGATIQWMSSVE----AKIEDKKVQRESKLTSGK
: : .. . . . .. . : . . .: .::: . ... . .
CCDS75 GELMENDQDAMEYSSEEEEVDLQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNFYVEVPE
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140 150 160 170 180 190
pF1KE5 LENLRKEKINFLRNKHK-IHVQGTDLPDPIATFQQLDQEYKINSRLLQNILDAGFQMPTP
: .. .:..: .: . . : :.: : :: .. : :. ..:... :.. :::
CCDS75 LAKMSQEEVNVFRLEMEGITVKGKGCPKPIKSWVQCG----ISMKILNSLKKHGYEKPTP
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200 210 220 230 240
pF1KE5 IQMQAIPVMLHGRELLASAPTGSGKTLAFSIP----ILMQLKQPANKGFRALIISPTREL
:: ::::... ::.:.. : ::::::.:: .: :. : . ..: :.:..:::::
CCDS75 IQTQAIPAIMSGRDLIGIAKTGSGKTIAFLLPMFRHIMDQRSLEEGEGPIAVIMTPTREL
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pF1KE5 ASQIHRELIKISEGTGFRIHMIHKAAVAAKKFGPKSSKKFDILVTTPNRLIYLLKQDPPG
: :: .: :.:. :.:. .. .. ..... . .. .:.: ::.:.: .: .
CCDS75 ALQITKECKKFSKTLGLRVVCVYGGTGISEQIA-ELKRGAEIIVCTPGRMIDMLAANSGR
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. .: : ..:.::.:..:. ::. :. : . . .:::::: .: .
CCDS75 VTNLRRVTYVVLDEADRMFD---MGFEPQVMRIVDNVRPDR-QTVMFSATFPRAMEALAR
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pF1KE5 LNLDNVISVSIGARNSAVETVEQELLFVGSETGKLLAVRELVKK-GFNPPVLVFVQSIER
:.. : :..:.:. . :::... . : :.: . ::. . . :..::.. :.
CCDS75 RILSKPIEVQVGGRSVVCSDVEQQVIVI-EEEKKFLKLLELLGHYQESGSVIIFVDKQEH
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CCDS75 ADGLLKDLMRASYPCMSLHGGIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLDVKHLILV
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pF1KE5 INYDFPTSSVEYIHRIGRTGRAGNKGKAITFFTEDDKPLLRSVANVIQQAGCPVPEYIKG
.::. :. .:.:: :::::::::: : ::.:::. .. .... .: :: ..
CCDS75 VNYSCPNHYEDYVHRAGRTGRAGNKGYAYTFITEDQARYAGDIIKALELSGTAVPPDLEK
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pF1KE5 FQKLLSKQKK---KMIKKPL----ERESISTTPKCFLEKAKDKQKKVTG-QNSKKKVALE
. . .. :.: :.::: . ... : . . .. : :: . : :.: . :
CCDS75 LWSDFKDQQKAEGKIIKKSSGFSGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQDSDDEDAAV
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pF1KE5 DKS
:
CCDS75 DIDEQIESMFNSKKRVKDMAAPGTSSVPAPTAGNAEKLEIAKRLALRINAQKNLGIESQV
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>>CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 (648 aa)
initn: 643 init1: 330 opt: 758 Z-score: 754.7 bits: 149.8 E(32554): 1e-35
Smith-Waterman score: 758; 32.8% identity (64.8% similar) in 488 aa overlap (100-573:177-647)
70 80 90 100 110 120
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::. :.: . :::..:. . : . .:.: :: :. .. ....:: :
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::: ::::: :: :..:.: .:.. : ::.:::: . .: ...: ::. :: : :
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...:::::: :.. : : : :.: .. .. ... . .: ::...::.::
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: : ..: .. .::.::.::... ::. :. .:.: . . .: :::. .
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.:.. . : . . : .:. . :: .:.:... : .: : .. .... . . :.
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.:: . .. ... ..:.:. ... .:: . :: :
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..:.: : : : ::.. . .:. :: ::. ::.: .::..: ::.:.:
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:.... :: .. .. ..: :.. :.. :::::: .... : .: . :.
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10 20 30
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CCDS39 SGSTRGNVFASVDTRKGKSTLNTAGFSSSQAPNPVDDESWD
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CCDS44 NVSLLDQHQHLKEKAEARKESAKEKQLKEEEKILESVA---EGRALMSVKEMAKGITYDD
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CCDS44 KKKGIHHPTPIQIQGIPTILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFTLPVIMFCLEQEKRLPFSKRE
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CCDS44 GPYGLIICPSRELARQTHGILEYYCRLLQEDSSPLLRCALC-IGGMSVKEQMETIRHGVH
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CCDS44 MMVATPGRLMDLLQKKMVSLDI--CRYLALDEADRMID---MGFEGDIRTIFSYFKGQR-
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CCDS44 QTLLFSATMPKKIQNFAKSALVKPVTINVGRAGAASLDVIQEVEYV-KEEAKMVYLLECL
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CCDS44 QKT-PPPVLIFAEKKADVDAIHEYLLLKGVEAVAIHGGKDQEERTKAIEAFREGKKDVLV
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CCDS44 ATDVASKGLDFPAIQHVINYDMPEEIENYVHRIGRTGRSGNTGIATTFINKACDESVLMD
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CCDS44 LKALLLEAKQKVPPVLQVLHCGDESMLDIGGERGCAFCGGLGHRITDCPKLEAMQTKQVS
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CCDS47 GDSSGFWRESSNDCEDNPTRNRGFSKRGDNDLDPDECMQRTGGLFGSRRPVLSGTGNGDT
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CCDS47 SQS-RSGSGSERGGYKGLNEEVITGSGKNSWKSEAEGGESSDTQGPKVTYIPPPPPEDED
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CCDS47 SIF---AHYQTG---------INFDKYDTILVEVSGHDAPPAILTFEEANLCQTLNN---
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CCDS47 -NIAKAGYTKLTPVQKYSIPIILAGRDLMACAQTGSGKTAAFLLPILAHMMHDGITASRF
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pF1KE5 RAL------IISPTRELASQIHRELIKISEGTGFRIHMIHKAAVAAKKFGPKSSKKFDIL
. : :..:::::..::. : :.: :: : .:. .. .... . . .::
CCDS47 KELQEPECIIVAPTRELVNQIYLEARKFSFGTCVRAVVIYGGTQLGHSIR-QIVQGCNIL
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CCDS47 CATPGRLMDIIGKEKIG--LKQIKYLVLDEADRMLD---MGFGPEMKKL-ISCPGMPSKE
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pF1KE5 VRRA-MFSATFAYDVEQWCKLNL-DNVISVSIGARNSAVETVEQELLFVGSETGKLLAVR
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CCDS47 QRQTLMFSATFPEEIQRLAAEFLKSNYLFVAVGQVGGACRDVQQTVLQVG-QFSKREKLV
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CCDS47 EILRNIGDERTMVFVETKKKADFIATFLCQEKISTTSIHGDREQREREQALGDFRFGKCP
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pF1KE5 VLICTALLARGIDFKGVNLVINYDFPTSSVEYIHRIGRTGRAGNKGKAITFFT-EDDKPL
::. :.. :::.:...:. :::.:.:.. ::.:::::::: :: :.::.:: :.:. :
CCDS47 VLVATSVAARGLDIENVQHVINFDLPSTIDEYVHRIGRTGRCGNTGRAISFFDLESDNHL
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pF1KE5 LRSVANVIQQAGCPVPEYIKGFQKLLSKQKKKMIKKPLERESISTTPKCFLEKAKDKQKK
. ...:. .: :: ...
CCDS47 AQPLVKVLTDAQQDVPAWLEEIAFSTYIPGFSGSTRGNVFASVDTRKGKSTLNTAGFSSS
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pF1KE5 FQIGKRKYDFDSSEVLQGLDFFGNKKSVPGVCGASQTHQKPQNGEKKEESLTERKREQSK
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CCDS30 GAKDSHPSEEPVKSFSKTQRWAEPGEPICVVCGRYGEYICDKTDEDVC-SLECKAKHLLQ
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