Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5715
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5715, 631 aa
1>>>pF1KE5715 631 - 631 aa - 631 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6419+/-0.00141; mu= 5.9679+/- 0.085
mean_var=253.7812+/-51.628, 0's: 0 Z-trim(108.1): 159 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.080509
statistics sampled from 9835 (9994) to 9835 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 3.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9311.1 PABPC3 gene_id:5042|Hs108|chr13 ( 631) 4146 495.5 8.8e-140
CCDS6289.1 PABPC1 gene_id:26986|Hs108|chr8 ( 636) 3818 457.4 2.6e-128
CCDS44114.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 631) 2941 355.6 1.2e-97
CCDS438.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 644) 2403 293.1 7.8e-79
CCDS44115.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 660) 2398 292.5 1.2e-78
CCDS42878.1 PABPC1L gene_id:80336|Hs108|chr20 ( 614) 2272 277.9 2.9e-74
CCDS14460.1 PABPC5 gene_id:140886|Hs108|chrX ( 382) 1509 189.0 9.8e-48
CCDS35334.1 PABPC1L2A gene_id:340529|Hs108|chrX ( 200) 965 125.6 6.6e-29
CCDS43972.1 PABPC1L2B gene_id:645974|Hs108|chrX ( 200) 965 125.6 6.6e-29
>>CCDS9311.1 PABPC3 gene_id:5042|Hs108|chr13 (631 aa)
initn: 4146 init1: 4146 opt: 4146 Z-score: 2623.0 bits: 495.5 E(32554): 8.8e-140
Smith-Waterman score: 4146; 100.0% identity (100.0% similar) in 631 aa overlap (1-631:1-631)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQVVNLYVKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQVVNLYVKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 LDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 KPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVPNQRAPPSGYFMTAVPQTQNHAAYYPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 KPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVPNQRAPPSGYFMTAVPQTQNHAAYYPPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 QIARLRPSPRWTAQGARPHPFQNKPSAIRPGAPRVPFSTMRPASSQVPRVMSTQRVANTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 QIARLRPSPRWTAQGARPHPFQNKPSAIRPGAPRVPFSTMRPASSQVPRVMSTQRVANTS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 TQTVGPRPAAAAAAAATPAVRTVPRYKYAAGVRNPQQHRNAQPQVTMQQLAVHVQGQETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 TQTVGPRPAAAAAAAATPAVRTVPRYKYAAGVRNPQQHRNAQPQVTMQQLAVHVQGQETL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 TASRLASAPPQKQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLYMLESPESLRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 TASRLASAPPQKQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLYMLESPESLRS
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE5 KVDEAVAVLQAHQAKEATQKAVNSATGVPTV
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 KVDEAVAVLQAHQAKEATQKAVNSATGVPTV
610 620 630
>>CCDS6289.1 PABPC1 gene_id:26986|Hs108|chr8 (636 aa)
initn: 3248 init1: 2425 opt: 3818 Z-score: 2417.1 bits: 457.4 E(32554): 2.6e-128
Smith-Waterman score: 3818; 92.0% identity (95.9% similar) in 637 aa overlap (1-631:1-636)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
::::.:::: :::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:: : .:::::::
CCDS62 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
. :::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::.::::::: :
CCDS62 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
::::::::.::::::::::::::::::.:::::::.:::::::: ::::::.::::::::
CCDS62 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQVVNLYVKN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::: :::::::
CCDS62 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
:::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE5 KPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVPN------QRAPPSGYFMTAVPQTQNHA
::::::::::::::::.:::.::::::::::::: : ::::::::.:.:::::.:
CCDS62 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNRA
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 AYYPPSQIARLRPSPRWTAQGARPHPFQNKPSAIRPGAPRVPFSTMRPASSQVPRVMSTQ
:::::::::.::::::::::::::::::: :.::::.::: :::::::::::::::::::
CCDS62 AYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRPAAPRPPFSTMRPASSQVPRVMSTQ
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 RVANTSTQTVGPRPAAAAAAAATPAVRTVPRYKYAAGVRNPQQHRNAQPQVTMQQLAVHV
:::::::::.::::::::::: ::::::::.::::::::::::: :::::::::: ::::
CCDS62 RVANTSTQTMGPRPAAAAAAA-TPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHLNAQPQVTMQQPAVHV
490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 QGQETLTASRLASAPPQKQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLYMLES
:::: :::: :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS62 QGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLHMLES
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630
pF1KE5 PESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEATQKAVNSATGVPTV
:::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS62 PESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEAAQKAVNSATGVPTV
600 610 620 630
>>CCDS44114.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (631 aa)
initn: 2768 init1: 2159 opt: 2941 Z-score: 1866.6 bits: 355.6 E(32554): 1.2e-97
Smith-Waterman score: 2962; 73.2% identity (87.4% similar) in 641 aa overlap (1-626:1-630)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
:: .. ::: ::::::::: ::::::::::::::::.::::.:::.:: : .:::::::
CCDS44 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
. :::.::::::::::::::.::::::::::::::::::.:.:::::::.::::::: :
CCDS44 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
::::::::.:::::::::::.::::::.:::..::.:::::::: ::::::.::::::::
CCDS44 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:::::.:::: :::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:.
CCDS44 AELGAKAKEFTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKGFGFVSYEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQVVNLYVKN
::::.:::.::::::..:: :.:::::::::::.:::: :::.::.::.::: ::::.::
CCDS44 HEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQGVNLYIKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
::: ::::.::: :::::.:::::::.: :::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS44 LDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE5 KPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVP-----NQRAPPSG-YFMTAVPQTQNHA
::::::::::::::.:.:::.::::.:..::.: :: : .: ::. ::::.:..
CCDS44 KPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAAGGYFVPAVPQAQGRP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460
pF1KE5 AYYPPSQIARLRPSPRWTAQGARPHPFQNKPSAIRPGAPRVPFSTMRP-----ASSQVPR
:: :.:.:..::.::: ::.::. ::. ::::: ..:: . . : :: .:
CCDS44 PYYTPNQLAQMRPNPRWQ-QGGRPQGFQGMPSAIRQSGPRPTLRHLAPTGNAPASRGLPT
430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE5 VMSTQRVA-NTSTQTVGPRPAAAAAAAATPAVRTVPRYKYAAGVRNPQQHRNAQPQVTMQ
.::::. :..:...:: ::.:::.: :.: ::::..::.: : :: .
CCDS44 --TTQRVGVPTAVQNLAPR---AAVAAAAP--RAVAPYKYASSVRSP--HPAIQP-LQAP
480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KE5 QLAVHVQGQETLTASRLASAPPQKQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSEL
: :::::::: :::: ::.::::.::::::::::::::.:: .:::::::::::::::::
CCDS44 QPAVHVQGQEPLTASMLAAAPPQEQKQMLGERLFPLIQTMHSNLAGKITGMLLEIDNSEL
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630
pF1KE5 LYMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAK-EATQK--AVNSATGVPTV
:.::::::::::::::::::::::.:: ::.:: :: .::
CCDS44 LHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHHAKKEAAQKVGAVAAATS
590 600 610 620 630
>>CCDS438.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (644 aa)
initn: 2768 init1: 2159 opt: 2403 Z-score: 1528.8 bits: 293.1 E(32554): 7.8e-79
Smith-Waterman score: 2937; 71.7% identity (86.0% similar) in 650 aa overlap (1-626:1-643)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
:: .. ::: ::::::::: ::::::::::::::::.::::.:::.:: : .:::::::
CCDS43 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
. :::.::::::::::::::.::::::::::::::::::.:.:::::::.::::::: :
CCDS43 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
::::::::.:::::::::::.::::::.:::..::.:::::::: ::::::.::::::::
CCDS43 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:::::.:::: :::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:.
CCDS43 AELGAKAKEFTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKGFGFVSYEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQVVNLYVKN
::::.:::.::::::..:: :.:::::::::::.:::: :::.::.::.::: ::::.::
CCDS43 HEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQGVNLYIKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
::: ::::.::: :::::.:::::::.: :::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS43 LDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE5 KPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVP-----NQRAPPSG-YFMTAVPQTQNHA
::::::::::::::.:.:::.::::.:..::.: :: : .: ::. ::::.:..
CCDS43 KPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAAGGYFVPAVPQAQGRP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 AYYPPSQIARLRPSPRWTAQGARPHPFQNKPSAIRPGAPRVPFSTMRPASSQVPRVMS--
:: :.:.:..::.::: ::.::. ::. ::::: ..:: . . :..:. : ..
CCDS43 PYYTPNQLAQMRPNPRWQ-QGGRPQGFQGMPSAIRQSGPRPTLRHLAPTGSECPDRLAMD
430 440 450 460 470
480 490 500 510
pF1KE5 ------TQRVANTSTQTVGPRPAA-------AAAAAATPAVRTVPRYKYAAGVRNPQQHR
.:. . : :. : :.: ::.:::.: :.: ::::..::.: :
CCDS43 FGGAGAAQQGLTDSCQS-GGVPTAVQNLAPRAAVAAAAP--RAVAPYKYASSVRSP--HP
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KE5 NAQPQVTMQQLAVHVQGQETLTASRLASAPPQKQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGM
:: . : :::::::: :::: ::.::::.::::::::::::::.:: .::::::::
CCDS43 AIQP-LQAPQPAVHVQGQEPLTASMLAAAPPQEQKQMLGERLFPLIQTMHSNLAGKITGM
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KE5 LLEIDNSELLYMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAK-EATQK--AVNSATGVPTV
::::::::::.::::::::::::::::::::::.:: ::.:: :: .::
CCDS43 LLEIDNSELLHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHHAKKEAAQKVGAVAAATS
600 610 620 630 640
>>CCDS44115.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (660 aa)
initn: 2768 init1: 2159 opt: 2398 Z-score: 1525.5 bits: 292.5 E(32554): 1.2e-78
Smith-Waterman score: 2907; 70.3% identity (83.8% similar) in 667 aa overlap (1-626:1-659)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
:: .. ::: ::::::::: ::::::::::::::::.::::.:::.:: : .:::::::
CCDS44 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
. :::.::::::::::::::.::::::::::::::::::.:.:::::::.::::::: :
CCDS44 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
::::::::.:::::::::::.::::::.:::..::.:::::::: ::::::.::::::::
CCDS44 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:::::.:::: :::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:.
CCDS44 AELGAKAKEFTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKGFGFVSYEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQVVNLYVKN
::::.:::.::::::..:: :.:::::::::::.:::: :::.::.::.::: ::::.::
CCDS44 HEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQGVNLYIKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
::: ::::.::: :::::.:::::::.: :::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS44 LDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE5 KPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVP-----NQRAPPSG-YFMTAVPQTQNHA
::::::::::::::.:.:::.::::.:..::.: :: : .: ::. ::::.:..
CCDS44 KPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAAGGYFVPAVPQAQGRP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460
pF1KE5 AYYPPSQIARLRPSPRWTAQGARPHPFQNKPSAIRPGAPRVPFSTMRP-----ASSQVPR
:: :.:.:..::.::: ::.::. ::. ::::: ..:: . . : :: .:
CCDS44 PYYTPNQLAQMRPNPRWQ-QGGRPQGFQGMPSAIRQSGPRPTLRHLAPTGNAPASRGLPT
430 440 450 460 470
470 480 490 500
pF1KE5 VMSTQRVAN--------------------TSTQTVGPRPAA-------AAAAAATPAVRT
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CCDS44 --TTQRVGSECPDRLAMDFGGAGAAQQGLTDSCQSGGVPTAVQNLAPRAAVAAAAP--RA
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KE5 VPRYKYAAGVRNPQQHRNAQPQVTMQQLAVHVQGQETLTASRLASAPPQKQKQMLGERLF
: ::::..::.: : :: . : :::::::: :::: ::.::::.::::::::::
CCDS44 VAPYKYASSVRSP--HPAIQP-LQAPQPAVHVQGQEPLTASMLAAAPPQEQKQMLGERLF
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KE5 PLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLYMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAK-EATQK-
::::.:: .::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::.:: ::.::
CCDS44 PLIQTMHSNLAGKITGMLLEIDNSELLHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHHAKKEAAQKV
600 610 620 630 640 650
630
pF1KE5 -AVNSATGVPTV
:: .::
CCDS44 GAVAAATS
660
>>CCDS42878.1 PABPC1L gene_id:80336|Hs108|chr20 (614 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
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CCDS42 MNASGSGYPLASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDVATRRSLGYAYINFQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KE5 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
. :::.:::::::...::.:.:::::::::.::::::::::.:::. ::.::::::: :
CCDS42 QPADAERALDTMNFEMLKGQPIRIMWSQRDPGLRKSGVGNIFIKNLEDSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
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CCDS42 TFGNILSCKVACDEHGSRGFGFVHFETHEAAQQAINTMNGMLLNDRKVFVGHFKSRRERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
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CCDS42 AELGARALEFTNIYVKNLPVDVDEQGLQDLFSQFGKMLSVKVMRDNSGHSRCFGFVNFEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQVVNLYVKN
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CCDS42 HEEAQKAVVHMNGKEVSGRLLYAGRAQKRVERQNELKRRFEQMKQDRLRRYQGVNLYVKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
:::.:::..::: :::.:.::::::: :::.:::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS42 LDDSIDDDKLRKEFSPYGVITSAKVMTEGGHSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE5 KPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVPN----QRAPPSGYFMTAVPQTQNHAAY
::::::::::::::.: :::.::::....:.. : . ::.::. :.:: .:::
CCDS42 KPLYVALAQRKEERKAILTNQYMQRLSTMRTLSNPLLGSFQQPSSYFLPAMPQPPAQAAY
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420 430 440 450 460 470
pF1KE5 YPPSQIARLRPSPRWTAQGARPHPFQNKPSAIRPGA-PRVP---FSTMRPASSQVPR-VM
: . .. .:.::::.: :: . : .:: . :: : .:..: ::.:::: :
CCDS42 YGCGPVTPTQPAPRWTSQPPRP----SCASMVRPPVVPRRPPAHISSVRQASTQVPRTVP
430 440 450 460 470
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pF1KE5 STQRVANTSTQTVGPRPAAAAAAAATPAVRTVPRYKYAAGVRNPQQHRNAQPQVTMQQLA
:::::: .:::.:: .... ::. .: .: :. .:. :
CCDS42 HTQRVANIGTQTTGP----SGVGCCTPGRPLLPCKCSSA----------AHSTYRVQEPA
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pF1KE5 VHVQGQETLTASRLASAPPQKQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLYM
::. ::: :::: ::.:: ..::::.::::.:::. .: :::::::::::::::::: :
CCDS42 VHIPGQEPLTASMLAAAPLHEQKQMIGERLYPLIHDVHTQLAGKITGMLLEIDNSELLLM
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pF1KE5 LESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEATQKAVNSATGVPTV
:::::::..:.:::::::::::: :
CCDS42 LESPESLHAKIDEAVAVLQAHQAMEQPKAYMH
590 600 610
>>CCDS14460.1 PABPC5 gene_id:140886|Hs108|chrX (382 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE5 MNPS--TPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSN
::. .: :.:::::: ::::: :::.:: ::::. ::::: .: . .
CCDS14 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
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pF1KE5 YAYVNFQHTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNK
:.::::. ::: ::.:::::.:.::: :.:::: : ::::::::::.:::::::.:.
CCDS14 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
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pF1KE5 ALYDTVSAFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQF
::. :::::::::.::::.::::::..:::.. ::.::: .:::. ::.:.:.::.:
CCDS14 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
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180 190 200 210 220 230
pF1KE5 KSRKEREAELGARAKE-FPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKG
: .:: ::. .: . : ::..::.:.:.:::.::.:: ..::. ::::. : ::::::
CCDS14 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
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pF1KE5 FGFVSFERHEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQ
:::: .: :: ::::: ...:: ..:: .::::::::.:: .::.: ::... . .:
CCDS14 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
250 260 270 280 290 300
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pF1KE5 VVNLYVKNLDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTE
: .:.::::. :.::.:.. :: ::.:. :::::: :..:::: ::::: ::::::: :
CCDS14 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 MNGRIVATKPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVPNQRAPPSGYFMTAVPQTQN
::::::..:::.:.:.: .
CCDS14 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
370 380
>>CCDS35334.1 PABPC1L2A gene_id:340529|Hs108|chrX (200 aa)
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pF1KE5 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
::::::::::.:::::::::::::::::::::::: :: : .:::::.:
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pF1KE5 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
. ::..::.:.:::::::.::::::::::::::::::::.:.::: :.:.:::::. :
CCDS35 QPVDAKRALETLNFDVIKGRPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLGKTIDNKALYNIFS
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pF1KE5 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
::::::::.:.:::.: ::::::::. .:.::::: ::::.:: ::.:::.:::.::::
CCDS35 AFGNILSCKVACDEKGPKGYGFVHFQKQESAERAIDVMNGMFLNYRKIFVGRFKSHKERE
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pF1KE5 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:: :: :.. .. .:.: :: :.:
CCDS35 AERGAWARQSTSADVKDFEEDTDEEATLR
180 190 200
>>CCDS43972.1 PABPC1L2B gene_id:645974|Hs108|chrX (200 aa)
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Smith-Waterman score: 965; 73.3% identity (89.2% similar) in 195 aa overlap (11-205:2-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
::::::::::.:::::::::::::::::::::::: :: : .:::::.:
CCDS43 MASLYVGDLHPEVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDKITRRSLGYAYVNYQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
. ::..::.:.:::::::.::::::::::::::::::::.:.::: :.:.:::::. :
CCDS43 QPVDAKRALETLNFDVIKGRPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLGKTIDNKALYNIFS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
::::::::.:.:::.: ::::::::. .:.::::: ::::.:: ::.:::.:::.::::
CCDS43 AFGNILSCKVACDEKGPKGYGFVHFQKQESAERAIDVMNGMFLNYRKIFVGRFKSHKERE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:: :: :.. .. .:.: :: :.:
CCDS43 AERGAWARQSTSADVKDFEEDTDEEATLR
180 190 200
631 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 04:23:59 2016 done: Tue Nov 8 04:23:59 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]