FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5711, 805 aa 1>>>pF1KE5711 805 - 805 aa - 805 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9056+/-0.000433; mu= 13.3275+/- 0.027 mean_var=119.8875+/-23.619, 0's: 0 Z-trim(114.6): 107 B-trim: 426 in 2/52 Lambda= 0.117135 statistics sampled from 24424 (24553) to 24424 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.288), width: 16 Scan time: 12.120 The best scores are: opt bits E(85289) NP_057196 (OMIM: 604532) polycystic kidney disease ( 805) 5401 924.6 0 NP_001240766 (OMIM: 604532) polycystic kidney dise ( 758) 4839 829.6 0 XP_016872364 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic ( 710) 4429 760.3 0 XP_011538625 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic ( 710) 4429 760.3 0 XP_011538627 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic ( 687) 4403 755.9 1.3e-217 XP_016872365 (OMIM: 604532) PREDICTED: polycystic ( 649) 3018 521.8 3.7e-147 NP_000288 (OMIM: 173910,613095) polycystin-2 [Homo ( 968) 2496 433.7 1.8e-120 XP_011530331 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: poly ( 728) 2293 399.3 3.1e-110 XP_011530332 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: poly ( 688) 2155 376.0 3.1e-103 NP_055201 (OMIM: 604669) polycystic kidney disease ( 613) 1904 333.6 1.6e-90 NP_001287850 (OMIM: 604669) polycystic kidney dise ( 624) 1904 333.6 1.7e-90 XP_016864832 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 604) 1898 332.5 3.3e-90 XP_011541620 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 590) 1807 317.2 1.4e-85 XP_011541623 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 564) 1758 308.9 4.1e-83 XP_016864833 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 564) 1758 308.9 4.1e-83 XP_011530330 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: poly ( 893) 1488 263.4 3.2e-69 NP_001245378 (OMIM: 604669) polycystic kidney dise ( 523) 1221 218.1 8e-56 XP_016864834 (OMIM: 604669) PREDICTED: polycystic ( 550) 1172 209.8 2.6e-53 NP_001245377 (OMIM: 604669) polycystic kidney dise ( 602) 831 152.2 6.2e-36 NP_001265354 (OMIM: 607894) polycystic kidney dise (1774) 708 131.7 2.7e-29 NP_443124 (OMIM: 607894) polycystic kidney disease (2459) 708 131.8 3.5e-29 NP_006062 (OMIM: 604670) polycystic kidney disease (2253) 407 80.9 6.7e-14 XP_005255427 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (3288) 358 72.8 2.8e-11 XP_016878774 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (3327) 358 72.8 2.8e-11 XP_011520839 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (3329) 358 72.8 2.8e-11 XP_011520837 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (3603) 358 72.8 3e-11 XP_011520836 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4241) 358 72.8 3.5e-11 XP_011520834 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4287) 358 72.8 3.5e-11 NP_000287 (OMIM: 173900,601313) polycystin-1 isofo (4302) 358 72.8 3.5e-11 NP_001009944 (OMIM: 173900,601313) polycystin-1 is (4303) 358 72.8 3.5e-11 XP_011520832 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4311) 358 72.8 3.5e-11 XP_011520831 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4320) 358 72.8 3.5e-11 XP_011520830 (OMIM: 173900,601313) PREDICTED: poly (4321) 358 72.8 3.5e-11 NP_853514 (OMIM: 607895) polycystic kidney disease (1732) 250 54.3 5.2e-06 NP_612152 (OMIM: 609721) polycystic kidney disease (2849) 233 51.6 5.7e-05 XP_016867287 (OMIM: 609721) PREDICTED: polycystic (2920) 232 51.4 6.6e-05 NP_821138 (OMIM: 609120) cation channel sperm-asso ( 398) 178 41.8 0.0073 >>NP_057196 (OMIM: 604532) polycystic kidney disease 2-l (805 aa) initn: 5401 init1: 5401 opt: 5401 Z-score: 4938.1 bits: 924.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5401; 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52.9% identity (80.5% similar) in 733 aa overlap (27-740:161-872) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MNAVGSPEGQELQKLGSGAWDNPAYSGPPSPHGTLRVCTISSTGPLQPQPKK-P-E ::: : : .: .: .. : : NP_000 VSSVGARSRGLGGYHGAGHPSGRRRRREDQGPPCP---------SPVGGGDPLHRHLPLE 140 150 160 170 180 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 DEPQETAYRTQVSSCCLHICQGIRGLWGTTLTENTAENRELYIKTTLRELLVYIVFLVDI .: ..:. . . .:.:::::: : :... ::: :.:..::::..:..::. . NP_000 GQPPRVAWAER-------LVRGLRGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVL 190 200 210 220 230 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 CLLTYGMTSSSAYYYTKVMSELFLHTP-SDT-GVSFQAISSMADFWDFAQGPLLDSLYWT :.::::: ::..::::..::.::: :: : : ..:...::: ::: :..: :::.::: NP_000 CILTYGMMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWK 240 250 260 270 280 290 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 KWYNNQSLGHGSHSFIYYENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKE .::. . ..:::.:::.::::::.:::.::: :: . .:.:..: :::::: ..: NP_000 MQPSNQTEAD-NRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSE 300 310 320 330 340 350 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 EQLPFGPFNGTAWTYHSQDELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGL .. :::: ::::: : :. .:.: :::: ...:::.:::::: .:. .: . .:.... NP_000 DRAPFGPRNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNV 360 370 380 390 400 410 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 WLDRGTRVVFIDFSVYNANINLFCVLRLVVEFPATGGAIPSWQIRTVKLIRYVSNWDFFI :::::::..::::::::::::::::.::.::::::::.:::::.. .::::::...:::. NP_000 WLDRGTRATFIDFSVYNANINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFL 420 430 440 450 460 470 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 VGCEVIFCVFIFYYVVEEILELHIHRLRYLSSIWNILDLVVILLSIVAVGFHIFRTLEVN ..::.::: ::::::::::::..::.:.:. :.:: ::.:...::.::.:..:.:: .:. NP_000 AACEIIFCFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVE 480 490 500 510 520 530 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 RLMGKLLQQPNTYADFEFLAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLAR :. ..:.. ::. .:: ::.:: :.::. ::..::.:::.::.:.::.::.:::.:..: NP_000 VLL-QFLEDQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSR 540 550 560 570 580 590 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 CAKDILGFAVMFFIVFFAYAQLGYLLFGTQVENFSTFIKCIFTQFRIILGDFDYNAIDNA ::::..:::.::::.:.:::::.::.:::::..:::: .::::::::::::... :..: NP_000 CAKDLFGFAIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEA 600 610 620 630 640 650 540 550 560 570 580 590 pF1KE5 NRILGPAYFVTYVFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVKEELAGQKDELQLSDLLKQGYNKTL ::.::: ::.:.:::.::.::::::::::::::::: .:: :: :..::::...::.:.: NP_000 NRVLGPIYFTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKAL 660 670 680 690 700 710 600 610 620 630 640 650 pF1KE5 LRLRLRKERVSDVQKVLQGGEQEIQFEDFTNTLRELGHAEHEITELTATFTKFDRDGNRI ..:.:.:. :.:... :. : ...:... . :. ::.. :: : :::.:.::.. NP_000 VKLKLKKNTVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEI---EAIFTKYDQDGDQE 720 730 740 750 760 660 670 680 690 700 pF1KE5 LDEKEQEKMRQDLEEERVALNTEIEKLGRSIVSS--PQG----------KSGPEAARAGG : :.:...::.:::.:: :. . .: : . : :.. :: . : :. NP_000 LTEHEHQQMRDDLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGS 770 780 790 800 810 820 710 720 730 740 750 pF1KE5 WVSG---EEFYMLTRRVLQLETVLEGVVSQIDAVGSKLKMLERKGWLAPSPGVKEQAIWK :: ::: .:.::: ..: . ..::.:::: ::...:: NP_000 ISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVA 830 840 850 860 870 880 760 770 780 790 800 pF1KE5 HPQPAPAVTPDPWGVQGGQESEVPYKREEEALEERRLSRGEIPTLQRS NP_000 EDERLGRDSEIHREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSS 890 900 910 920 930 940 >>XP_011530331 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: polycyst (728 aa) initn: 1364 init1: 1054 opt: 2293 Z-score: 2100.2 bits: 399.3 E(85289): 3.1e-110 Smith-Waterman score: 2378; 55.1% identity (82.9% similar) in 637 aa overlap (121-740:1-632) 100 110 120 130 140 pF1KE5 ENRELYIKTTLRELLVYIVFLVDICLLTYGMTSSSAYYYTKVMSELFLHTP-SDT-GVSF : ::..::::..::.::: :: : : ..: XP_011 MMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNF 10 20 30 150 160 170 180 190 200 pF1KE5 QAISSMADFWDFAQGPLLDSLYWTKWYNNQSLGHGSHSFIYYENMLLGVPRLRQLKVRND ...::: ::: :..: :::.::: .::. . ..:::.:::.::::::.:::.::: XP_011 KTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQTEAD-NRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNG 40 50 60 70 80 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 SCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKEEQLPFGPFNGTAWTYHSQDELGGFSHWGRLTSYSGG :: . .:.:..: :::::: ..:.. :::: ::::: : :. .:.: :::: ...:::. XP_011 SCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGA 90 100 110 120 130 140 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 GYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGLWLDRGTRVVFIDFSVYNANINLFCVLRLVVEFPATG :::::: .:. .: . .:....:::::::..::::::::::::::::.::.::::::: XP_011 GYYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYNANINLFCVVRLLVEFPATG 150 160 170 180 190 200 330 340 350 360 370 380 pF1KE5 GAIPSWQIRTVKLIRYVSNWDFFIVGCEVIFCVFIFYYVVEEILELHIHRLRYLSSIWNI :.:::::.. .::::::...:::...::.::: ::::::::::::..::.:.:. :.:: XP_011 GVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNC 210 220 230 240 250 260 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 LDLVVILLSIVAVGFHIFRTLEVNRLMGKLLQQPNTYADFEFLAFWQTQYNNMNAVNLFF ::.:...::.::.:..:.:: .:. :. ..:.. ::. .:: ::.:: :.::. ::..:: XP_011 LDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLL-QFLEDQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFF 270 280 290 300 310 320 450 460 470 480 490 500 pF1KE5 AWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLARCAKDILGFAVMFFIVFFAYAQLGYLLFGTQVENFST .:::.::.:.::.::.:::.:..:::::..:::.::::.:.:::::.::.:::::..::: XP_011 VWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGFAIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFST 330 340 350 360 370 380 510 520 530 540 550 560 pF1KE5 FIKCIFTQFRIILGDFDYNAIDNANRILGPAYFVTYVFFVFFVLLNMFLAIINDTYSEVK : .::::::::::::... :..:::.::: ::.:.:::.::.::::::::::::::::: XP_011 FQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIYFTTFVFFMFFILLNMFLAIINDTYSEVK 390 400 410 420 430 440 570 580 590 600 610 620 pF1KE5 EELAGQKDELQLSDLLKQGYNKTLLRLRLRKERVSDVQKVLQGGEQEIQFEDFTNTLREL .:: :: :..::::...::.:.:..:.:.:. :.:... :. : ...:... . :. XP_011 SDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKNTVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGK 450 460 470 480 490 500 630 640 650 660 670 680 pF1KE5 GHAEHEITELTATFTKFDRDGNRILDEKEQEKMRQDLEEERVALNTEIEKLGRSIVSS-- ::.. :: : :::.:.::.. : :.:...::.:::.:: :. . .: : . : XP_011 GHTDAEIE---AIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRDDLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSF 510 520 530 540 550 560 690 700 710 720 730 pF1KE5 PQG----------KSGPEAARAGGWVSG---EEFYMLTRRVLQLETVLEGVVSQIDAVGS :.. :: . : :. :: ::: .:.::: ..: . ..::.:::: XP_011 PRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIV 570 580 590 600 610 620 740 750 760 770 780 790 pF1KE5 KLKMLERKGWLAPSPGVKEQAIWKHPQPAPAVTPDPWGVQGGQESEVPYKREEEALEERR ::...:: XP_011 KLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEIHREQMERLVREELERWESDDAASQI 630 640 650 660 670 680 >>XP_011530332 (OMIM: 173910,613095) PREDICTED: polycyst (688 aa) initn: 1324 init1: 1054 opt: 2155 Z-score: 1974.5 bits: 376.0 E(85289): 3.1e-103 Smith-Waterman score: 2240; 55.0% identity (83.1% similar) in 596 aa overlap (160-740:2-592) 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 TKVMSELFLHTPSDTGVSFQAISSMADFWDFAQGPLLDSLYWTKWYNNQSLGHGSHSFIY :..: :::.::: .::. . ..:::. XP_011 MFTEGSLLDGLYWKMQPSNQTEAD-NRSFIF 10 20 30 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 YENMLLGVPRLRQLKVRNDSCVVHEDFREDILSCYDVYSPDKEEQLPFGPFNGTAWTYHS :::.::::::.:::.::: :: . .:.:..: :::::: ..:.. :::: ::::: : : XP_011 YENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTS 40 50 60 70 80 90 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 QDELGGFSHWGRLTSYSGGGYYLDLPGSRQGSAEALRALQEGLWLDRGTRVVFIDFSVYN . .:.: :::: ...:::.:::::: .:. .: . .:....:::::::..:::::::: XP_011 EKDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYN 100 110 120 130 140 150 310 320 330 340 350 360 pF1KE5 ANINLFCVLRLVVEFPATGGAIPSWQIRTVKLIRYVSNWDFFIVGCEVIFCVFIFYYVVE ::::::::.::.::::::::.:::::.. .::::::...:::...::.::: :::::::: XP_011 ANINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVE 160 170 180 190 200 210 370 380 390 400 410 420 pF1KE5 EILELHIHRLRYLSSIWNILDLVVILLSIVAVGFHIFRTLEVNRLMGKLLQQPNTYADFE ::::..::.:.:. :.:: ::.:...::.::.:..:.:: .:. :. ..:.. ::. .:: XP_011 EILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLL-QFLEDQNTFPNFE 220 230 240 250 260 430 440 450 460 470 480 pF1KE5 FLAFWQTQYNNMNAVNLFFAWIKIFKYISFNKTMTQLSSTLARCAKDILGFAVMFFIVFF ::.:: :.::. ::..::.:::.::.:.::.::.:::.:..:::::..:::.::::.:. 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