FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5710, 845 aa
1>>>pF1KE5710 845 - 845 aa - 845 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1163+/-0.00108; mu= 0.6318+/- 0.065
mean_var=315.1315+/-63.459, 0's: 0 Z-trim(113.5): 32 B-trim: 600 in 1/54
Lambda= 0.072248
statistics sampled from 14116 (14142) to 14116 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.733), E-opt: 0.2 (0.434), width: 16
Scan time: 3.440
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34380.1 ABCF1 gene_id:23|Hs108|chr6 ( 845) 5546 592.4 1.1e-168
CCDS34381.1 ABCF1 gene_id:23|Hs108|chr6 ( 807) 3937 424.7 3.3e-118
CCDS5923.1 ABCF2 gene_id:10061|Hs108|chr7 ( 623) 1404 160.5 8.1e-39
CCDS5922.1 ABCF2 gene_id:10061|Hs108|chr7 ( 634) 1404 160.5 8.2e-39
CCDS3254.1 ABCF3 gene_id:55324|Hs108|chr3 ( 709) 1161 135.3 3.8e-31
>>CCDS34380.1 ABCF1 gene_id:23|Hs108|chr6 (845 aa)
initn: 5546 init1: 5546 opt: 5546 Z-score: 3141.9 bits: 592.4 E(32554): 1.1e-168
Smith-Waterman score: 5546; 99.9% identity (99.9% similar) in 845 aa overlap (1-845:1-845)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MPKAPKQQPPEPEWIGDGESTSPSDKVVKKGKKDKKIKKTFFEELAVEDKQAGEEEKVLK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS34 RGGKKTKGGNVFAALIQDQSEEEEEEEKHPPKPAKPEKNRINKAVSEEQQPALKGKKGKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EKSKGKAKPQNKFAALDNEEEDKEEEIIKEKEPPKQGKEKAKKAEQGSEEEGEGEEEEEE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GGESKADDPYAHLSKKEKKKLKKQMEYERQVASLKAANAAENDFSVSQAEMSSRQAMLEN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ASDIKLEKFSISAHGKELFVNADLYIVAGRRYGLVGPNGKGKTTLLKHIANRALSIPPNI
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DVLLCEQEVVADETPAVQAVLRADTKRLKLLEEERRLQGQLEQGDDTAAERLEKVYEELR
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ATGAAAAEAKARRILAGLGFDPEMQNRPTQKFSGGWRMRVSLARALFMEPTLLMLDEPTN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HLDLNAVIWLNNYLQGWRKTLLIVSHDQGFLDDVCTDIIHLDAQRLHYYRGNYMTFKKMY
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550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QQKQKELLKQYEKQEKKLKELKAGGKSTKQAEKQTKEALTRKQQKCRRKNQDEESQEAPE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLKRPKEYTVRFTFPDPPPLSPPVLGLHGVTFGYQGQKPLFKNLDFGIDMDSRICIVGPN
610 620 630 640 650 660
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pF1KE5 GVGKSTLLLLLTGKLTPTHGEMRKNHRLKIGFFNQQYAEQLRMEETPTEYLQRGFNLPYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GVGKSTLLLLLTGKLTPTHGEMRKNHRLKIGFFNQQYAEQLRMEETPTEYLQRGFNLPYQ
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730 740 750 760 770 780
pF1KE5 DARKCLGRFGLESHAHTIQICKLSGGQKARVVFAELACREPDVLILDEPTNNLDIESIDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DARKCLGRFGLESHAHTIQICKLSGGQKARVVFAELACREPDVLILDEPTNNLDIESIDA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE5 LGEAINEYKGAVIVVSHDARLITETNCQLWVVEEQSVSQIDGDFEDYKREVLEALGEVMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LGEAINEYKGAVIVVSHDARLITETNCQLWVVEEQSVSQIDGDFEDYKREVLEALGEVMV
790 800 810 820 830 840
pF1KE5 SRPRE
:::::
CCDS34 SRPRE
>>CCDS34381.1 ABCF1 gene_id:23|Hs108|chr6 (807 aa)
initn: 3874 init1: 3874 opt: 3937 Z-score: 2235.8 bits: 424.7 E(32554): 3.3e-118
Smith-Waterman score: 5214; 95.4% identity (95.4% similar) in 845 aa overlap (1-845:1-807)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MPKAPKQQPPEPEWIGDGESTSPSDKVVKKGKKDKKIKKTFFEELAVEDKQAGEEEKVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MPKAPKQQPPEPEWIGDGESTSPSDKVVKKGKKDKKIKKTFFEELAVEDKQAGEEEKVLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EKEQQQQQQQQQQKKKRDTRKGRRKKDVDDDGEEKELMERLKKLSVPTSDEEDEVPAPKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EKEQQQQQQQQQQKKKRDTRKGRRKKDVDDDGEEKELMERLKKLSVPTSDEEDEVPAPKP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RGGKKTKGGNVFAALIQDQSEEEEEEEKHPPKPAKPEKNRINKAVPEEQQPALKGKKGKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS34 RGGKKTKGGNVFAALIQDQSEEEEEEEKHPPKPAKPEKNRINKAVSEEQQPALKGKKGKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 EKSKGKAKPQNKFAALDNEEEDKEEEIIKEKEPPKQGKEKAKKAEQGSEEEGEGEEEEEE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EKSKGKAKPQNKFAALDNEEEDKEEEIIKEKEPPKQGKEKAKKAE---------------
190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GGESKADDPYAHLSKKEKKKLKKQMEYERQVASLKAANAAENDFSVSQAEMSSRQAMLEN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 -----------------------QMEYERQVASLKAANAAENDFSVSQAEMSSRQAMLEN
230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ASDIKLEKFSISAHGKELFVNADLYIVAGRRYGLVGPNGKGKTTLLKHIANRALSIPPNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ASDIKLEKFSISAHGKELFVNADLYIVAGRRYGLVGPNGKGKTTLLKHIANRALSIPPNI
270 280 290 300 310 320
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pF1KE5 DVLLCEQEVVADETPAVQAVLRADTKRLKLLEEERRLQGQLEQGDDTAAERLEKVYEELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DVLLCEQEVVADETPAVQAVLRADTKRLKLLEEERRLQGQLEQGDDTAAERLEKVYEELR
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430 440 450 460 470 480
pF1KE5 ATGAAAAEAKARRILAGLGFDPEMQNRPTQKFSGGWRMRVSLARALFMEPTLLMLDEPTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ATGAAAAEAKARRILAGLGFDPEMQNRPTQKFSGGWRMRVSLARALFMEPTLLMLDEPTN
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pF1KE5 HLDLNAVIWLNNYLQGWRKTLLIVSHDQGFLDDVCTDIIHLDAQRLHYYRGNYMTFKKMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HLDLNAVIWLNNYLQGWRKTLLIVSHDQGFLDDVCTDIIHLDAQRLHYYRGNYMTFKKMY
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 QQKQKELLKQYEKQEKKLKELKAGGKSTKQAEKQTKEALTRKQQKCRRKNQDEESQEAPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QQKQKELLKQYEKQEKKLKELKAGGKSTKQAEKQTKEALTRKQQKCRRKNQDEESQEAPE
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 LLKRPKEYTVRFTFPDPPPLSPPVLGLHGVTFGYQGQKPLFKNLDFGIDMDSRICIVGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLKRPKEYTVRFTFPDPPPLSPPVLGLHGVTFGYQGQKPLFKNLDFGIDMDSRICIVGPN
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 GVGKSTLLLLLTGKLTPTHGEMRKNHRLKIGFFNQQYAEQLRMEETPTEYLQRGFNLPYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GVGKSTLLLLLTGKLTPTHGEMRKNHRLKIGFFNQQYAEQLRMEETPTEYLQRGFNLPYQ
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 DARKCLGRFGLESHAHTIQICKLSGGQKARVVFAELACREPDVLILDEPTNNLDIESIDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DARKCLGRFGLESHAHTIQICKLSGGQKARVVFAELACREPDVLILDEPTNNLDIESIDA
690 700 710 720 730 740
790 800 810 820 830 840
pF1KE5 LGEAINEYKGAVIVVSHDARLITETNCQLWVVEEQSVSQIDGDFEDYKREVLEALGEVMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LGEAINEYKGAVIVVSHDARLITETNCQLWVVEEQSVSQIDGDFEDYKREVLEALGEVMV
750 760 770 780 790 800
pF1KE5 SRPRE
:::::
CCDS34 SRPRE
>>CCDS5923.1 ABCF2 gene_id:10061|Hs108|chr7 (623 aa)
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Smith-Waterman score: 1413; 38.1% identity (70.5% similar) in 627 aa overlap (213-831:2-605)
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 SKGKAKPQNKFAALDNEEEDKEEEIIKEKEPPKQGKEKAKKAEQGSEEEGEGEEEEEEGG
: .:.:: : ..... . . .. .::.:
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10 20 30
250 260 270 280 290
pF1KE5 ESKADDPYAHLSKKEKKKLKKQMEYERQVASLKAANAAENDFSVSQAEMSSRQAMLE---
. . .: ....:.. . .. : . . :. :: ...: . ..:
CCDS59 DV-VTEP--QVAEKNEANGRETTEVDLLTKELE-------DFEMKKAAARAVTGVLASHP
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300 310 320 330 340 350
pF1KE5 NASDIKLEKFSISAHGKELFVNADLYIVAGRRYGLVGPNGKGKTTLLKHIANRALSIPPN
:..:... ..:.. ::.::. .. : . .::::::.: :: ::. ::. :..: . :: .
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pF1KE5 IDVLLCEQEVV-ADETPAVQAVLRADTKRLKLLEEERRLQGQLEQGDDTAAERLEKVYEE
::. .:. .:.:: .. :...::.: : .: .:: .:. :.: ..::.
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pF1KE5 LRATGAAAAEAKARRILAGLGFDPEMQNRPTQKFSGGWRMRVSLARALFMEPTLLMLDEP
:. : :: .: ::: :::: : :: . . :::::::::.::::::..: .:.::::
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pF1KE5 TNHLDLNAVIWLNNYLQGWRKTLLIVSHDQGFLDDVCTDIIHLDAQRLHYYRGNYMTFKK
::::::.: .::.. :. ... :..:::.: ::. :::.:::. ..:.:: ::: . :
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pF1KE5 MYQQKQKELLKQYEKQEKKLKELKAGGKSTKQAEKQTKEALTRKQQKCRRKNQDEESQEA
. ... .:... .. .. ..: . .. .. ..: :.:. :. :.. ... :
CCDS59 TRLELEENQMKRFHWEQDQIAHMK--NYIARFGHGSAK--LARQAQS---KEKTLQKMMA
320 330 340 350 360
600 610 620 630 640 650
pF1KE5 PELLKRP-KEYTVRFTFPDPPPLSPPVLGLHGVTFGYQGQKP-LFKNLDFGIDMDSRICI
: .: .. :. : :: . :::. ...:.: : . : ...::.::::.:.:. .
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370 380 390 400 410 420
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pF1KE5 VGPNGVGKSTLLLLLTGKLTPTHGEMRKNHRLKIGFFNQQYAEQLRMEETPTEYLQRGFN
:::::.:::::: ::::.: :: : .::. ..::: ..:. ::: .. .: ::... .
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pF1KE5 L--PYQDARKCLGRFGLESHAHTIQICKLSGGQKARVVFAELACREPDVLILDEPTNNLD
.. :: .::.:: .. .. : .:: ::: :: .: :: ..: .:.::::::.::
CCDS59 EIKEKEEMRKIIGRYGLTGKQQVSPIRNLSDGQKCRVCLAWLAWQNPHMLFLDEPTNHLD
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pF1KE5 IESIDALGEAINEYKGAVIVVSHDARLITETNCQLWVVEEQSVSQIDGDFEDYKREVLEA
::.::::..::::..:....:::: ::: .. ..:: :.:.... ::. ::...
CCDS59 IETIDALADAINEFEGGMMLVSHDFRLIQQVAQEIWVCEKQTITKWPGDILAYKEHLKSK
550 560 570 580 590 600
840
pF1KE5 LGEVMVSRPRE
CCDS59 LVDEEPQLTKRTHNV
610 620
>>CCDS5922.1 ABCF2 gene_id:10061|Hs108|chr7 (634 aa)
initn: 1383 init1: 525 opt: 1404 Z-score: 810.3 bits: 160.5 E(32554): 8.2e-39
Smith-Waterman score: 1413; 38.1% identity (70.5% similar) in 627 aa overlap (213-831:2-605)
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 SKGKAKPQNKFAALDNEEEDKEEEIIKEKEPPKQGKEKAKKAEQGSEEEGEGEEEEEEGG
: .:.:: : ..... . . .. .::.:
CCDS59 MPSDLAKKKAAKKKEAAKARQRPRKGHEENG
10 20 30
250 260 270 280 290
pF1KE5 ESKADDPYAHLSKKEKKKLKKQMEYERQVASLKAANAAENDFSVSQAEMSSRQAMLE---
. . .: ....:.. . .. : . . :. :: ...: . ..:
CCDS59 DV-VTEP--QVAEKNEANGRETTEVDLLTKELE-------DFEMKKAAARAVTGVLASHP
40 50 60 70 80
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 NASDIKLEKFSISAHGKELFVNADLYIVAGRRYGLVGPNGKGKTTLLKHIANRALSIPPN
:..:... ..:.. ::.::. .. : . .::::::.: :: ::. ::. :..: . :: .
CCDS59 NSTDVHIINLSLTFHGQELLSDTKLELNSGRRYGLIGLNGIGKSMLLSAIGKREVPIPEH
90 100 110 120 130 140
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 IDVLLCEQEVV-ADETPAVQAVLRADTKRLKLLEEERRLQGQLEQGDDTAAERLEKVYEE
::. .:. .:.:: .. :...::.: : .: .:: .:. :.: ..::.
CCDS59 IDIYHLTREMPPSDKTP-LHCVMEVDTERAMLEKEAERLAH-----EDAECEKLMELYER
150 160 170 180 190
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pF1KE5 LRATGAAAAEAKARRILAGLGFDPEMQNRPTQKFSGGWRMRVSLARALFMEPTLLMLDEP
:. : :: .: ::: :::: : :: . . :::::::::.::::::..: .:.::::
CCDS59 LEELDADKAEMRASRILHGLGFTPAMQRKKLKDFSGGWRMRVALARALFIRPFMLLLDEP
200 210 220 230 240 250
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pF1KE5 TNHLDLNAVIWLNNYLQGWRKTLLIVSHDQGFLDDVCTDIIHLDAQRLHYYRGNYMTFKK
::::::.: .::.. :. ... :..:::.: ::. :::.:::. ..:.:: ::: . :
CCDS59 TNHLDLDACVWLEEELKTFKRILVLVSHSQDFLNGVCTNIIHMHNKKLKYYTGNYDQYVK
260 270 280 290 300 310
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 MYQQKQKELLKQYEKQEKKLKELKAGGKSTKQAEKQTKEALTRKQQKCRRKNQDEESQEA
. ... .:... .. .. ..: . .. .. ..: :.:. :. :.. ... :
CCDS59 TRLELEENQMKRFHWEQDQIAHMK--NYIARFGHGSAK--LARQAQS---KEKTLQKMMA
320 330 340 350 360
600 610 620 630 640 650
pF1KE5 PELLKRP-KEYTVRFTFPDPPPLSPPVLGLHGVTFGYQGQKP-LFKNLDFGIDMDSRICI
: .: .. :. : :: . :::. ...:.: : . : ...::.::::.:.:. .
CCDS59 SGLTERVVSDKTLSFYFPPCGKIPPPVIMVQNVSFKYTKDGPCIYNNLEFGIDLDTRVAL
370 380 390 400 410 420
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pF1KE5 VGPNGVGKSTLLLLLTGKLTPTHGEMRKNHRLKIGFFNQQYAEQLRMEETPTEYLQRGFN
:::::.:::::: ::::.: :: : .::. ..::: ..:. ::: .. .: ::... .
CCDS59 VGPNGAGKSTLLKLLTGELLPTDGMIRKHSHVKIGRYHQHLQEQLDLDLSPLEYMMKCYP
430 440 450 460 470 480
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pF1KE5 L--PYQDARKCLGRFGLESHAHTIQICKLSGGQKARVVFAELACREPDVLILDEPTNNLD
.. :: .::.:: .. .. : .:: ::: :: .: :: ..: .:.::::::.::
CCDS59 EIKEKEEMRKIIGRYGLTGKQQVSPIRNLSDGQKCRVCLAWLAWQNPHMLFLDEPTNHLD
490 500 510 520 530 540
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pF1KE5 IESIDALGEAINEYKGAVIVVSHDARLITETNCQLWVVEEQSVSQIDGDFEDYKREVLEA
::.::::..::::..:....:::: ::: .. ..:: :.:.... ::. ::...
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