Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5686
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5686, 563 aa
1>>>pF1KE5686 563 - 563 aa - 563 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3077+/-0.00113; mu= 5.3464+/- 0.068
mean_var=223.8411+/-45.693, 0's: 0 Z-trim(109.5): 68 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.085724
statistics sampled from 10916 (10967) to 10916 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 2.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33764.1 RBM15B gene_id:29890|Hs108|chr3 ( 890) 3759 478.6 1.4e-134
CCDS59198.1 RBM15 gene_id:64783|Hs108|chr1 ( 969) 1088 148.3 4.1e-35
CCDS822.1 RBM15 gene_id:64783|Hs108|chr1 ( 977) 1088 148.3 4.1e-35
>>CCDS33764.1 RBM15B gene_id:29890|Hs108|chr3 (890 aa)
initn: 3759 init1: 3759 opt: 3759 Z-score: 2529.7 bits: 478.6 E(32554): 1.4e-134
Smith-Waterman score: 3759; 99.8% identity (100.0% similar) in 563 aa overlap (1-563:328-890)
10 20 30
pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LSRERALDYYGLYDDRGRPYGYPAVCEEDLMPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAF
300 310 320 330 340 350
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 EKYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EKYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPT
360 370 380 390 400 410
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 TRLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TRLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFP
420 430 440 450 460 470
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 LGGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQYQPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDADLVRDRTPPHLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LGGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQYQPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDADLVRDRTPPHLL
480 490 500 510 520 530
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 YSDRDRTFLEGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSVRSRSGERWGADGDRGLPKPWEEKRKRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS33 YSDRDRTFLEGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSVRSRSGERWGADGDRGLPKPWEERRKRR
540 550 560 570 580 590
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 SLSSDRGRTTHSPYEERSRTKGSGQQSERGSDRTPERSRKENHSSEGTKESSSNSLSNSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SLSSDRGRTTHSPYEERSRTKGSGQQSERGSDRTPERSRKENHSSEGTKESSSNSLSNSR
600 610 620 630 640 650
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 HGAEERGHHHHHHEAADSSHGKKARDSERNHRTTEAEPKPLEEPKHETKKLKNLSEYAQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HGAEERGHHHHHHEAADSSHGKKARDSERNHRTTEAEPKPLEEPKHETKKLKNLSEYAQT
660 670 680 690 700 710
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 LQLGWNGLLVLKNSCFPTSMHILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LQLGWNGLLVLKNSCFPTSMHILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLD
720 730 740 750 760 770
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 EVTRRIKQGSPNGYAVLLATQATPSGLGTEGMPTVEPGLQRRLLRNLVSYLKQKQAAGVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EVTRRIKQGSPNGYAVLLATQATPSGLGTEGMPTVEPGLQRRLLRNLVSYLKQKQAAGVI
780 790 800 810 820 830
520 530 540 550 560
pF1KE5 SLPVGGSKGRDGTGMLYAFPPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SLPVGGSKGRDGTGMLYAFPPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA
840 850 860 870 880 890
>>CCDS59198.1 RBM15 gene_id:64783|Hs108|chr1 (969 aa)
initn: 1639 init1: 888 opt: 1088 Z-score: 743.9 bits: 148.3 E(32554): 4.1e-35
Smith-Waterman score: 1746; 51.6% identity (72.7% similar) in 601 aa overlap (2-560:366-954)
10 20 30
pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAFE
:::::::.:.::.:::: .:.: .:::::.
CCDS59 YERVRPAYSLEPRVGAGAGAAPFREVDEISPEDDQRANRTLFLGNLDITVTESDLRRAFD
340 350 360 370 380 390
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 KYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPTT
..:.: :: ::::.::: ..:.::::.::::.::::.::::..: :::::::::::.:::
CCDS59 RFGVITEVDIKRPSRGQTSTYGFLKFENLDMSHRAKLAMSGKIIIRNPIKIGYGKATPTT
400 410 420 430 440 450
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 RLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFPL
::::::::: . ::::::::::::.:::::. ::::.:::::::::::.:: ..::::::
CCDS59 RLWVGGLGPWVPLAALAREFDRFGTIRTIDYRKGDSWAYIQYESLDAAHAAWTHMRGFPL
460 470 480 490 500 510
160 170 180 190 200
pF1KE5 GGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQY-QPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDA-DLVRDRTPPHL
:::::::::::: .:. :: ::: :: :: .::::.::.. :: : .:::::: :
CCDS59 GGPDRRLRVDFADTEH-RYQQQYLQPLPL-THYELVTDAFG-HRAPDPLRGARDRTPP-L
520 530 540 550 560 570
210 220 230 240 250
pF1KE5 LYSDRDRTFL-EGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSV----------RSRSGERWGAD---G
:: :::: . ..::. : :. : . . :: : :.: :. : :
CCDS59 LYRDRDRDLYPDSDWVPPPPPV-RERSTRTAATSVPAYEPLDSLDRRRDG--WSLDRDRG
580 590 600 610 620
260 270 280 290 300
pF1KE5 DRGLPKPWEEKRKRR------------SLSSDRGRTTH-SPYEERS-RTKGSGQQSERGS
:: ::. .. :::: : ::: : : .: .:: . ..: .. . .
CCDS59 DRDLPSSRDQPRKRRLPEESGGRHLDRSPESDRPRKRHCAPSPDRSPELSSSRDRYNSDN
630 640 650 660 670 680
310 320 330 340 350
pF1KE5 DRT---------PERSRKEN-HSSEGTKESSSNSLSNSRHGAEERGHHHHHHEAADSSHG
::. : :.:. . ..:.: :.. .:: : : .: :. . :
CCDS59 DRSSRLLLERPSPIRDRRGSLEKSQGDKRDRKNSASAER----DRKHRTTAPTEGKSPLK
690 700 710 720 730 740
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 KKARDSERNHRTTEAEPKPLEEP-KHETKKLKNLSEYAQTLQLGWNGLLVLKNSCFPTSM
:. :.. :. : : :. : ... .. . : :.:.:.:.:::: ::..:
CCDS59 KEDRSDGSAPSTSTASSK-LKSPSQKQDGGTAPVASASPKLCLAWQGMLLLKNSNFPSNM
750 760 770 780 790 800
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 HILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLDEVTRRIKQGSPNGYAVLLAT
:.:.:: : :::: . ..:.:..::::.:::::::::::::::::: ..:::::.:::.
CCDS59 HLLQGDLQVASSLLVEGSTGGKVAQLKITQRLRLDQPKLDEVTRRIKVAGPNGYAILLAV
810 820 830 840 850 860
480 490 500 510 520
pF1KE5 QATPSGLGTEGMPTVEPGLQ-RRLLRNLVSYLKQKQAAGVISLPVGGSKGRDGTGMLYAF
.. .. .. . . . . . .: :::::::::::::::::::::::.: ...::.:.::
CCDS59 PGSSDSRSSSSSAASDTATSTQRPLRNLVSYLKQKQAAGVISLPVGGNKDKENTGVLHAF
870 880 890 900 910 920
530 540 550 560
pF1KE5 PPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA
:::.::::.:.: ..:.: ::...:..:::
CCDS59 PPCEFSQQFLDSPAKALAKSEEDYLVMIIVRAKLVEQRMKIWNSKL
930 940 950 960
>>CCDS822.1 RBM15 gene_id:64783|Hs108|chr1 (977 aa)
initn: 1639 init1: 888 opt: 1088 Z-score: 743.9 bits: 148.3 E(32554): 4.1e-35
Smith-Waterman score: 1746; 51.6% identity (72.7% similar) in 601 aa overlap (2-560:366-954)
10 20 30
pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAFE
:::::::.:.::.:::: .:.: .:::::.
CCDS82 YERVRPAYSLEPRVGAGAGAAPFREVDEISPEDDQRANRTLFLGNLDITVTESDLRRAFD
340 350 360 370 380 390
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 KYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPTT
..:.: :: ::::.::: ..:.::::.::::.::::.::::..: :::::::::::.:::
CCDS82 RFGVITEVDIKRPSRGQTSTYGFLKFENLDMSHRAKLAMSGKIIIRNPIKIGYGKATPTT
400 410 420 430 440 450
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 RLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFPL
::::::::: . ::::::::::::.:::::. ::::.:::::::::::.:: ..::::::
CCDS82 RLWVGGLGPWVPLAALAREFDRFGTIRTIDYRKGDSWAYIQYESLDAAHAAWTHMRGFPL
460 470 480 490 500 510
160 170 180 190 200
pF1KE5 GGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQY-QPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDA-DLVRDRTPPHL
:::::::::::: .:. :: ::: :: :: .::::.::.. :: : .:::::: :
CCDS82 GGPDRRLRVDFADTEH-RYQQQYLQPLPL-THYELVTDAFG-HRAPDPLRGARDRTPP-L
520 530 540 550 560 570
210 220 230 240 250
pF1KE5 LYSDRDRTFL-EGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSV----------RSRSGERWGAD---G
:: :::: . ..::. : :. : . . :: : :.: :. : :
CCDS82 LYRDRDRDLYPDSDWVPPPPPV-RERSTRTAATSVPAYEPLDSLDRRRDG--WSLDRDRG
580 590 600 610 620
260 270 280 290 300
pF1KE5 DRGLPKPWEEKRKRR------------SLSSDRGRTTH-SPYEERS-RTKGSGQQSERGS
:: ::. .. :::: : ::: : : .: .:: . ..: .. . .
CCDS82 DRDLPSSRDQPRKRRLPEESGGRHLDRSPESDRPRKRHCAPSPDRSPELSSSRDRYNSDN
630 640 650 660 670 680
310 320 330 340 350
pF1KE5 DRT---------PERSRKEN-HSSEGTKESSSNSLSNSRHGAEERGHHHHHHEAADSSHG
::. : :.:. . ..:.: :.. .:: : : .: :. . :
CCDS82 DRSSRLLLERPSPIRDRRGSLEKSQGDKRDRKNSASAER----DRKHRTTAPTEGKSPLK
690 700 710 720 730 740
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 KKARDSERNHRTTEAEPKPLEEP-KHETKKLKNLSEYAQTLQLGWNGLLVLKNSCFPTSM
:. :.. :. : : :. : ... .. . : :.:.:.:.:::: ::..:
CCDS82 KEDRSDGSAPSTSTASSK-LKSPSQKQDGGTAPVASASPKLCLAWQGMLLLKNSNFPSNM
750 760 770 780 790 800
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 HILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLDEVTRRIKQGSPNGYAVLLAT
:.:.:: : :::: . ..:.:..::::.:::::::::::::::::: ..:::::.:::.
CCDS82 HLLQGDLQVASSLLVEGSTGGKVAQLKITQRLRLDQPKLDEVTRRIKVAGPNGYAILLAV
810 820 830 840 850 860
480 490 500 510 520
pF1KE5 QATPSGLGTEGMPTVEPGLQ-RRLLRNLVSYLKQKQAAGVISLPVGGSKGRDGTGMLYAF
.. .. .. . . . . . .: :::::::::::::::::::::::.: ...::.:.::
CCDS82 PGSSDSRSSSSSAASDTATSTQRPLRNLVSYLKQKQAAGVISLPVGGNKDKENTGVLHAF
870 880 890 900 910 920
530 540 550 560
pF1KE5 PPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA
:::.::::.:.: ..:.: ::...:..:::
CCDS82 PPCEFSQQFLDSPAKALAKSEEDYLVMIIVRGFGFQIGVRYENKKRENLALTLL
930 940 950 960 970
563 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 05:51:20 2016 done: Tue Nov 8 05:51:21 2016
Total Scan time: 2.940 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]