Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5684
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5684, 575 aa
1>>>pF1KE5684 575 - 575 aa - 575 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9417+/-0.000351; mu= -2.4912+/- 0.022
mean_var=278.8092+/-56.797, 0's: 0 Z-trim(122.1): 47 B-trim: 0 in 0/57
Lambda= 0.076811
statistics sampled from 39578 (39631) to 39578 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.784), E-opt: 0.2 (0.465), width: 16
Scan time: 9.960
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004877 (OMIM: 604262) amyloid beta A4 precursor ( 575) 3901 445.8 1.7e-124
XP_006723013 (OMIM: 604262) PREDICTED: amyloid bet ( 650) 3455 396.5 1.4e-109
XP_006723014 (OMIM: 604262) PREDICTED: amyloid bet ( 408) 1756 208.0 4.8e-53
XP_005252025 (OMIM: 602414) PREDICTED: amyloid bet ( 826) 1196 146.2 3.9e-34
XP_016870159 (OMIM: 602414) PREDICTED: amyloid bet ( 837) 1160 142.2 6.3e-33
NP_001154 (OMIM: 602414) amyloid beta A4 precursor ( 837) 1160 142.2 6.3e-33
XP_011516919 (OMIM: 602414) PREDICTED: amyloid bet ( 837) 1160 142.2 6.3e-33
XP_011519798 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 441) 1131 138.8 3.6e-32
XP_011519797 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 453) 1131 138.8 3.7e-32
XP_016877604 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 737) 1131 139.0 5.3e-32
XP_016877606 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 737) 1131 139.0 5.3e-32
XP_016877603 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 737) 1131 139.0 5.3e-32
XP_016877602 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 737) 1131 139.0 5.3e-32
XP_016877605 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 737) 1131 139.0 5.3e-32
NP_001123886 (OMIM: 602712) amyloid beta A4 precur ( 737) 1131 139.0 5.3e-32
XP_011519795 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 739) 1131 139.0 5.3e-32
XP_016877601 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_011519792 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877597 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877596 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_011519790 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877595 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877591 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_011519791 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877593 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877594 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877600 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_011519793 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877590 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877598 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877599 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
NP_005494 (OMIM: 602712) amyloid beta A4 precursor ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_016877592 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_011519794 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 749) 1131 139.0 5.4e-32
XP_011519796 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid bet ( 702) 768 98.7 6.6e-20
>>NP_004877 (OMIM: 604262) amyloid beta A4 precursor pro (575 aa)
initn: 3901 init1: 3901 opt: 3901 Z-score: 2355.9 bits: 445.8 E(85289): 1.7e-124
Smith-Waterman score: 3901; 100.0% identity (100.0% similar) in 575 aa overlap (1-575:1-575)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESSLQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESSLQEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 VQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGHGLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGHGLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 CPPSQTGPEEPLEPAPRLLQPPEDPDEDSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CPPSQTGPEEPLEPAPRLLQPPEDPDEDSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETVP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 TRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 GCVLVLMARRRLARRPAPQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GCVLVLMARRRLARRPAPQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 GIDPSQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GIDPSQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 AVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 PPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHA
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE5 RIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
550 560 570
>>XP_006723013 (OMIM: 604262) PREDICTED: amyloid beta A4 (650 aa)
initn: 3528 init1: 3455 opt: 3455 Z-score: 2088.1 bits: 396.5 E(85289): 1.4e-109
Smith-Waterman score: 3455; 99.8% identity (100.0% similar) in 506 aa overlap (1-506:1-506)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESSLQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESSLQEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 VQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGHGLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGHGLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 CPPSQTGPEEPLEPAPRLLQPPEDPDEDSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 CPPSQTGPEEPLEPAPRLLQPPEDPDEDSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETVP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 TRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 GCVLVLMARRRLARRPAPQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GCVLVLMARRRLARRPAPQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 GIDPSQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GIDPSQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 AVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 PPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHA
:::::::::::::::::::::::::.
XP_006 PPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIVRPRPLAPGWGGRAALSTAPEQPPPLSRPPLFSPR
490 500 510 520 530 540
>>XP_006723014 (OMIM: 604262) PREDICTED: amyloid beta A4 (408 aa)
initn: 1784 init1: 1756 opt: 1756 Z-score: 1073.3 bits: 208.0 E(85289): 4.8e-53
Smith-Waterman score: 1756; 99.6% identity (100.0% similar) in 264 aa overlap (243-506:1-264)
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 EDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTSTRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVST
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVST
10 20 30
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 KRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADIGCVLVLMARRRLARRPAPQDHGRRLYKMLCHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADIGCVLVLMARRRLARRPAPQDHGRRLYKMLCHV
40 50 60 70 80 90
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 FYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRESGIDPSQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRESGIDPSQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNC
100 110 120 130 140 150
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 REVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPTAVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 REVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPTAVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSL
160 170 180 190 200 210
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 VGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
XP_006 VGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIVRPRPLA
220 230 240 250 260 270
520 530 540 550 560 570
pF1KE5 GIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHARIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQP
XP_006 PGWGGRAALSTAPEQPPPLSRPPLFSPRSAASSVVASPSVGASASATASLRSMGRVWWPR
280 290 300 310 320 330
>>XP_005252025 (OMIM: 602414) PREDICTED: amyloid beta A4 (826 aa)
initn: 1747 init1: 958 opt: 1196 Z-score: 733.7 bits: 146.2 E(85289): 3.9e-34
Smith-Waterman score: 1778; 52.8% identity (75.2% similar) in 557 aa overlap (46-575:280-826)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 MDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESS--LQELVQQFEALPGDLVG
:.: . ::... . : :..: : :
XP_005 EKEAEFAPYPRMDSYEQEEDIDQIVAEVKQSMSSQSLDKAAEDMPEAEQDLERPPTPAGG
250 260 270 280 290 300
80 90 100 110 120
pF1KE5 -P-SPG-GAPCPLHIATGH---GLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCE-ECPPSQT
: ::: :: . :.: : :.:. . . . : .: .. . . . :
XP_005 RPDSPGLQAPAGQQRAVGPAGGGEAGQRYSKEKRDAISLAIKDIKEAIEEVKTRTIRSPY
310 320 330 340 350 360
130 140 150 160 170
pF1KE5 GPEEPLEPAPRLLQ---PPEDPDE----DSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETV
:.:: :: . : : .: :. :.::: :.:. :..:::.: .:
XP_005 TPDEPKEPIWVMRQDISPTRDCDDQRPMDGDSPS--PGSSSPL-GAESSSTSLHP-----
370 380 390 400 410 420
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 PLVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPT
: : .. .: ..:::.:. ::::::: :::.::.::.: :::::::.:...:
XP_005 --SDPVEASTNKESRKSLASFPTYVEVPGPCDPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSDKTPSK
430 440 450 460 470
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 STRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTAD
..:: ::.::..:.:::.::.:::::::::.::.:::::.::.::.:::: :.:::: ::
XP_005 NVRMMQAQEAVSRIKAPEGESQPMTEVDLFISTQRIKVLNADTQETMMDHPLRTISYIAD
480 490 500 510 520 530
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IGCVLVLMARRRLARRPA--------PQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAA
:: ..:::::::. : . :.. :.: :::.:::: .::::::::.:::::..
XP_005 IGNIVVLMARRRMPRSNSQENVEASHPSQDGKRQYKMICHVFESEDAQLIAQSIGQAFSV
540 550 560 570 580 590
360 370 380 390 400
pF1KE5 AYSQFLRESGIDP---SQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVA
::..::: .::.: :: .. ..: :: :::.:.::..: .::..:: :::.
XP_005 AYQEFLRANGINPEDLSQKEYSDLLNTQDMYNDDLIHFSKSENCKDVFIEKQKGEILGVV
600 610 620 630 640 650
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 LVESGWGSLLPTAVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETK
.:::::::.:::..:::..::::::.:: :.:::.. .:::::::::::..::. .. :
XP_005 IVESGWGSILPTVIIANMMHGGPAEKSGKLNIGDQIMSINGTSLVGLPLSTCQSIIKGLK
660 670 680 690 700 710
470 480 490 500 510 520
pF1KE5 SQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIE
.:. : :.::.::::::..:.:: : :::: :..::::::.:::::::::.::::::::
XP_005 NQSRVKLNIVRCPPVTTVLIRRPDLRYQLGFSVQNGIICSLMRGGIAERGGVRVGHRIIE
720 730 740 750 760 770
530 540 550 560 570
pF1KE5 INGQSVVATPHARIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
::::::::::: .:...:..: ::.:.:::::: :::::.::::::.
XP_005 INGQSVVATPHEKIVHILSNAVGEIHMKTMPAAMYRLLTAQEQPVYI
780 790 800 810 820
>>XP_016870159 (OMIM: 602414) PREDICTED: amyloid beta A4 (837 aa)
initn: 1486 init1: 958 opt: 1160 Z-score: 712.1 bits: 142.2 E(85289): 6.3e-33
Smith-Waterman score: 1746; 51.8% identity (73.8% similar) in 568 aa overlap (46-575:280-837)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 MDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESS--LQELVQQFEALPGDLVG
:.: . ::... . : :..: : :
XP_016 EKEAEFAPYPRMDSYEQEEDIDQIVAEVKQSMSSQSLDKAAEDMPEAEQDLERPPTPAGG
250 260 270 280 290 300
80 90 100 110 120
pF1KE5 -P-SPG-GAPCPLHIATGH---GLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCE-ECPPSQT
: ::: :: . :.: : :.:. . . . : .: .. . . . :
XP_016 RPDSPGLQAPAGQQRAVGPAGGGEAGQRYSKEKRDAISLAIKDIKEAIEEVKTRTIRSPY
310 320 330 340 350 360
130 140 150 160 170
pF1KE5 GPEEPLEPAPRLLQ---PPEDPDE----DSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETV
:.:: :: . : : .: :. :.::: :.:. :..:::.: .:
XP_016 TPDEPKEPIWVMRQDISPTRDCDDQRPMDGDSPS--PGSSSPL-GAESSSTSLHP-----
370 380 390 400 410 420
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pF1KE5 PLVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPT
: : .. .: ..:::.:. ::::::: :::.::.::.: :::::::.:...:
XP_016 --SDPVEASTNKESRKSLASFPTYVEVPGPCDPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSDKTPSK
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240 250 260 270 280
pF1KE5 STRMAQAREAMDRVK-----------APDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMD
..:: ::.::..:.: ::.::.:::::::::.::.:::::.::.::.:::
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pF1KE5 HALHTISYTADIGCVLVLMARRRLARRPA--------PQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQL
: :.:::: :::: ..:::::::. : . :.. :.: :::.:::: .:::::
XP_016 HPLRTISYIADIGNIVVLMARRRMPRSNSQENVEASHPSQDGKRQYKMICHVFESEDAQL
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350 360 370 380 390
pF1KE5 IAQAIGQAFAAAYSQFLRESGIDP---SQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHL
:::.:::::..::..::: .::.: :: .. ..: :: :::.:.::..: .
XP_016 IAQSIGQAFSVAYQEFLRANGINPEDLSQKEYSDLLNTQDMYNDDLIHFSKSENCKDVFI
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::..:: :::..:::::::.:::..:::..::::::.:: :.:::.. .:::::::::::
XP_016 EKQKGEILGVVIVESGWGSILPTVIIANMMHGGPAEKSGKLNIGDQIMSINGTSLVGLPL
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pF1KE5 AACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAER
..::. .. :.:. : :.::.::::::..:.:: : :::: :..::::::.:::::::
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pF1KE5 GGIRVGHRIIEINGQSVVATPHARIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
::.::::::::::::::::::: .:...:..: ::.:.:::::: :::::.::::::.
XP_016 GGVRVGHRIIEINGQSVVATPHEKIVHILSNAVGEIHMKTMPAAMYRLLTAQEQPVYI
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>>NP_001154 (OMIM: 602414) amyloid beta A4 precursor pro (837 aa)
initn: 1486 init1: 958 opt: 1160 Z-score: 712.1 bits: 142.2 E(85289): 6.3e-33
Smith-Waterman score: 1746; 51.8% identity (73.8% similar) in 568 aa overlap (46-575:280-837)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 MDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESS--LQELVQQFEALPGDLVG
:.: . ::... . : :..: : :
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: ::: :: . :.: : :.:. . . . : .: .. . . . :
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:.:: :: . : : .: :. :.::: :.:. :..:::.: .:
NP_001 TPDEPKEPIWVMRQDISPTRDCDDQRPMDGDSPS--PGSSSPL-GAESSSTSLHP-----
370 380 390 400 410 420
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 PLVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPT
: : .. .: ..:::.:. ::::::: :::.::.::.: :::::::.:...:
NP_001 --SDPVEASTNKESRKSLASFPTYVEVPGPCDPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSDKTPSK
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pF1KE5 STRMAQAREAMDRVK-----------APDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMD
..:: ::.::..:.: ::.::.:::::::::.::.:::::.::.::.:::
NP_001 NVRMMQAQEAVSRIKMAQKLAKSRKKAPEGESQPMTEVDLFISTQRIKVLNADTQETMMD
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: :.:::: :::: ..:::::::. : . :.. :.: :::.:::: .:::::
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:::.:::::..::..::: .::.: :: .. ..: :: :::.:.::..: .
NP_001 IAQSIGQAFSVAYQEFLRANGINPEDLSQKEYSDLLNTQDMYNDDLIHFSKSENCKDVFI
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pF1KE5 EKRRGEGLGVALVESGWGSLLPTAVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPL
::..:: :::..:::::::.:::..:::..::::::.:: :.:::.. .:::::::::::
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pF1KE5 AACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAER
..::. .. :.:. : :.::.::::::..:.:: : :::: :..::::::.:::::::
NP_001 STCQSIIKGLKNQSRVKLNIVRCPPVTTVLIRRPDLRYQLGFSVQNGIICSLMRGGIAER
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pF1KE5 GGIRVGHRIIEINGQSVVATPHARIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
::.::::::::::::::::::: .:...:..: ::.:.:::::: :::::.::::::.
NP_001 GGVRVGHRIIEINGQSVVATPHEKIVHILSNAVGEIHMKTMPAAMYRLLTAQEQPVYI
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Smith-Waterman score: 1746; 51.8% identity (73.8% similar) in 568 aa overlap (46-575:280-837)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 MDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESS--LQELVQQFEALPGDLVG
:.: . ::... . : :..: : :
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pF1KE5 -P-SPG-GAPCPLHIATGH---GLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCE-ECPPSQT
: ::: :: . :.: : :.:. . . . : .: .. . . . :
XP_011 RPDSPGLQAPAGQQRAVGPAGGGEAGQRYSKEKRDAISLAIKDIKEAIEEVKTRTIRSPY
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pF1KE5 GPEEPLEPAPRLLQ---PPEDPDE----DSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETV
:.:: :: . : : .: :. :.::: :.:. :..:::.: .:
XP_011 TPDEPKEPIWVMRQDISPTRDCDDQRPMDGDSPS--PGSSSPL-GAESSSTSLHP-----
370 380 390 400 410 420
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 PLVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPT
: : .. .: ..:::.:. ::::::: :::.::.::.: :::::::.:...:
XP_011 --SDPVEASTNKESRKSLASFPTYVEVPGPCDPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSDKTPSK
430 440 450 460 470
240 250 260 270 280
pF1KE5 STRMAQAREAMDRVK-----------APDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMD
..:: ::.::..:.: ::.::.:::::::::.::.:::::.::.::.:::
XP_011 NVRMMQAQEAVSRIKMAQKLAKSRKKAPEGESQPMTEVDLFISTQRIKVLNADTQETMMD
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: :.:::: :::: ..:::::::. : . :.. :.: :::.:::: .:::::
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:::.:::::..::..::: .::.: :: .. ..: :: :::.:.::..: .
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::..:: :::..:::::::.:::..:::..::::::.:: :.:::.. .:::::::::::
XP_011 EKQKGEILGVVIVESGWGSILPTVIIANMMHGGPAEKSGKLNIGDQIMSINGTSLVGLPL
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pF1KE5 AACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAER
..::. .. :.:. : :.::.::::::..:.:: : :::: :..::::::.:::::::
XP_011 STCQSIIKGLKNQSRVKLNIVRCPPVTTVLIRRPDLRYQLGFSVQNGIICSLMRGGIAER
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pF1KE5 GGIRVGHRIIEINGQSVVATPHARIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
::.::::::::::::::::::: .:...:..: ::.:.:::::: :::::.::::::.
XP_011 GGVRVGHRIIEINGQSVVATPHEKIVHILSNAVGEIHMKTMPAAMYRLLTAQEQPVYI
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: . . ::: .::.:. :::::. ::
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pF1KE5 LLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTSTRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKR
:.::.::.: :::::::.::::: . :: ::.::..::: .:..: .::::::.::.:
XP_011 LIDGIIFAANYLGSTQLLSERNPSKNIRMMQAQEAVSRVKNSEGDAQTLTEVDLFISTQR
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pF1KE5 IKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADIGCVLVLMARRRLARRPAPQD---------HGRRL
::::.::.::.::::::.:::: :::: ..:::::::. : : :: .:..
XP_011 IKVLNADTQETMMDHALRTISYIADIGNIVVLMARRRMPRS-ASQDCIETTPGAQEGKKQ
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pF1KE5 YKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRESGIDP---SQVGVHPSPGACHLHNGD
:::.:::: .::::::::.:::::..::..::: .::.: :: .. ...: :
XP_011 YKMICHVFESEDAQLIAQSIGQAFSVAYQEFLRANGINPEDLSQKEYSDIINTQEMYNDD
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pF1KE5 LDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPTAVIANLLHGGPAERSGALSIGD
: :::::.::.:..:::..:: :::..:::::::.:::...::...:::: ::: :::::
XP_011 LIHFSNSENCKELQLEKHKGEILGVVVVESGWGSILPTVILANMMNGGPAARSGKLSIGD
250 260 270 280 290 300
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pF1KE5 RLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVE
.. .::::::::::::.::. .. :.::.: :.:: ::::::..:.:: . :::: :.
XP_011 QIMSINGTSLVGLPLATCQGIIKGLKNQTQVKLNIVSCPPVTTVLIKRPDLKYQLGFSVQ
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pF1KE5 DGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHARIIELLTEAYGEVHIKTMPAAT
.::::::.:::::::::.::::::::::::::::: : .:.. :... ::.:.::::::
XP_011 NGIICSLMRGGIAERGGVRVGHRIIEINGQSVVATAHEKIVQALSNSVGEIHMKTMPAAM
370 380 390 400 410 420
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pF1KE5 YRLLTGQEQPVYL
.::::::: :.:.
XP_011 FRLLTGQETPLYI
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>>XP_011519797 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid beta A4 (453 aa)
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Smith-Waterman score: 1605; 59.5% identity (80.7% similar) in 415 aa overlap (187-575:40-453)
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pF1KE5 GASAEQEGSRSSSSSPEPWLETVPLVTPEEPPAGAQSPET--LASYPAPQEVPGPCDHED
: . . ::: .::.:. :::::. ::
XP_011 KHPDYVDDGLSGVCNGLEQPRKQQRSDLNGPVDNNNIPETKKVASFPSFVAVPGPCEPED
10 20 30 40 50 60
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pF1KE5 LLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTSTRMAQAREAMDRVK------------APDGETQP
:.::.::.: :::::::.::::: . :: ::.::..::: .:..:
XP_011 LIDGIIFAANYLGSTQLLSERNPSKNIRMMQAQEAVSRVKRMQKAAKIKKKANSEGDAQT
70 80 90 100 110 120
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pF1KE5 MTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADIGCVLVLMARRRLARRPAPQD--
.::::::.::.:::::.::.::.::::::.:::: :::: ..:::::::. : : ::
XP_011 LTEVDLFISTQRIKVLNADTQETMMDHALRTISYIADIGNIVVLMARRRMPRS-ASQDCI
130 140 150 160 170 180
330 340 350 360 370
pF1KE5 -------HGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRESGIDP---SQVGVH
.:.. :::.:::: .::::::::.:::::..::..::: .::.: ::
XP_011 ETTPGAQEGKKQYKMICHVFESEDAQLIAQSIGQAFSVAYQEFLRANGINPEDLSQKEYS
190 200 210 220 230 240
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pF1KE5 PSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPTAVIANLLHGG
.. ...: :: :::::.::.:..:::..:: :::..:::::::.:::...::...::
XP_011 DIINTQEMYNDDLIHFSNSENCKELQLEKHKGEILGVVVVESGWGSILPTVILANMMNGG
250 260 270 280 290 300
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pF1KE5 PAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHR
:: ::: :::::.. .::::::::::::.::. .. :.::.: :.:: ::::::..:.:
XP_011 PAARSGKLSIGDQIMSINGTSLVGLPLATCQGIIKGLKNQTQVKLNIVSCPPVTTVLIKR
310 320 330 340 350 360
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pF1KE5 PHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHARIIELLTEAY
: . :::: :..::::::.:::::::::.::::::::::::::::: : .:.. :...
XP_011 PDLKYQLGFSVQNGIICSLMRGGIAERGGVRVGHRIIEINGQSVVATAHEKIVQALSNSV
370 380 390 400 410 420
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pF1KE5 GEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
::.:.:::::: .::::::: :.:.
XP_011 GEIHMKTMPAAMFRLLTGQETPLYI
430 440 450
>>XP_016877604 (OMIM: 602712) PREDICTED: amyloid beta A4 (737 aa)
initn: 1668 init1: 934 opt: 1131 Z-score: 695.5 bits: 139.0 E(85289): 5.3e-32
Smith-Waterman score: 1666; 47.7% identity (69.4% similar) in 614 aa overlap (5-575:142-737)
10 20 30
pF1KE5 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPD
: : .: : . . :: .: ::
XP_016 EGMDCNGEEYLAHSAHPVDTDECQEAVEEWTDSAGPH-PHGHEAEGSQDY--------PD
120 130 140 150 160
40 50 60 70 80
pF1KE5 SQWDPMPGG-PGSLSRMELDES----SLQELVQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGH
.: :.: :. : . .:. . .: :.. : . : . :: : .. :
XP_016 GQL-PIPEDEPSVLEAHDQEEDGHYCASKEGYQDY--YPEEANGNT--GAS-PYRLRRGD
170 180 190 200 210
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pF1KE5 G-LASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCEECPPS---QTGPEEPLEPAPRLLQPPEDP
: : .:: : ... .. .. : : . :::. .: : . . .:
XP_016 GDLEDQE-EDIDQIVAEIKMSLSMTSITSASEASPEHGPEPGPEDSVEACPPI-KASCSP
220 230 240 250 260 270
150 160 170 180
pF1KE5 DEDSDSPEWV------EGASAEQEGSRSSSSSPEPWL----ETV--PLVTPEE-------
.. :. . . . :.: . .. .:: : : : : :..
XP_016 SRHEARPKSLNLLPEAKHPGDPQRGFKPKTRTPEERLKWPHEQVCNGLEQPRKQQRSDLN
280 290 300 310 320 330
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 -PPAGAQSPET--LASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTSTRM
: . . ::: .::.:. :::::. :::.::.::.: :::::::.::::: . ::
XP_016 GPVDNNNIPETKKVASFPSFVAVPGPCEPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSERNPSKNIRM
340 350 360 370 380 390
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADIGCV
::.::..::: .:..: .::::::.::.:::::.::.::.::::::.:::: :::: .
XP_016 MQAQEAVSRVKNSEGDAQTLTEVDLFISTQRIKVLNADTQETMMDHALRTISYIADIGNI
400 410 420 430 440 450
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pF1KE5 LVLMARRRLARRPAPQD---------HGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYS
.:::::::. : : :: .:.. :::.:::: .::::::::.:::::..::.
XP_016 VVLMARRRMPRS-ASQDCIETTPGAQEGKKQYKMICHVFESEDAQLIAQSIGQAFSVAYQ
460 470 480 490 500 510
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pF1KE5 QFLRESGIDP---SQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVE
.::: .::.: :: .. ...: :: :::::.::.:..:::..:: :::..::
XP_016 EFLRANGINPEDLSQKEYSDIINTQEMYNDDLIHFSNSENCKELQLEKHKGEILGVVVVE
520 530 540 550 560 570
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pF1KE5 SGWGSLLPTAVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQT
:::::.:::...::...:::: ::: :::::.. .::::::::::::.::. .. :.::
XP_016 SGWGSILPTVILANMMNGGPAARSGKLSIGDQIMSINGTSLVGLPLATCQGIIKGLKNQT
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