Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5675
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5675, 558 aa
1>>>pF1KE5675 558 - 558 aa - 558 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1619+/-0.00103; mu= 11.1630+/- 0.062
mean_var=144.7560+/-29.866, 0's: 0 Z-trim(109.3): 40 B-trim: 103 in 1/50
Lambda= 0.106600
statistics sampled from 10733 (10763) to 10733 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.331), width: 16
Scan time: 2.990
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS59141.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 558) 3650 573.3 2.6e-163
CCDS6784.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 552) 3523 553.8 2e-157
CCDS55333.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 555) 3507 551.3 1.1e-156
CCDS55332.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 524) 3394 533.9 1.8e-151
CCDS59140.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 457) 2976 469.6 3.6e-132
CCDS42456.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 557) 2736 432.8 5.4e-121
CCDS45892.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 550) 2681 424.3 1.9e-118
CCDS32859.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 531) 1203 197.0 4.8e-50
CCDS72828.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 537) 1154 189.5 9.1e-48
CCDS72830.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 532) 1142 187.6 3.2e-47
CCDS72829.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 536) 1139 187.1 4.5e-47
CCDS754.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 531) 1127 185.3 1.6e-46
>>CCDS59141.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (558 aa)
initn: 3650 init1: 3650 opt: 3650 Z-score: 3045.4 bits: 573.3 E(32554): 2.6e-163
Smith-Waterman score: 3650; 100.0% identity (100.0% similar) in 558 aa overlap (1-558:1-558)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFKRDRPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFKRDRPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 CSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 CSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 TPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 AKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 FGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGASGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 FGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGASGI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 PGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 LSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 ATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 ATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHN
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE5 HDLGENHHLRVSFSKSTI
::::::::::::::::::
CCDS59 HDLGENHHLRVSFSKSTI
550
>>CCDS6784.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (552 aa)
initn: 3523 init1: 3523 opt: 3523 Z-score: 2939.9 bits: 553.8 E(32554): 2e-157
Smith-Waterman score: 3523; 99.8% identity (100.0% similar) in 539 aa overlap (20-558:14-552)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFKRDRPP
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 MDGVVTDLITVGLKRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFKRDRPP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 CSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 CSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 TPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 TPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGTV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 LPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHY
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 AKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAA
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 FGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGASGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 FGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGASGI
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 PGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 PGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNH
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 LSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 LSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPS
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 ATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 ATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHN
480 490 500 510 520 530
550
pF1KE5 HDLGENHHLRVSFSKSTI
::::::::::::::::::
CCDS67 HDLGENHHLRVSFSKSTI
540 550
>>CCDS55333.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (555 aa)
initn: 3365 init1: 3365 opt: 3507 Z-score: 2926.6 bits: 551.3 E(32554): 1.1e-156
Smith-Waterman score: 3507; 99.3% identity (99.4% similar) in 542 aa overlap (20-558:14-555)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPST---ANGNDSKKFKRD
.::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
CCDS55 MDGVVTDLITVGLKRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTGVYANGNDSKKFKRD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 RPPCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RPPCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 NYYTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NYYTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 GTVLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GTVLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 AHYAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AHYAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPM
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 AAAFGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AAAFGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLA
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 MNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIF
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 PPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIE
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KE5 LHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
:::::::::::::::::::::
CCDS55 LHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
540 550
>>CCDS55332.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (524 aa)
initn: 3365 init1: 3365 opt: 3394 Z-score: 2833.0 bits: 533.9 E(32554): 1.8e-151
Smith-Waterman score: 3394; 99.4% identity (99.4% similar) in 524 aa overlap (38-558:1-524)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 FSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPST---ANGNDSKKFKRDRPPCSPS
:::::::: :::::::::::::::::::
CCDS55 MNSSTPSTGVYANGNDSKKFKRDRPPCSPS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 RVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYYTPIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYYTPIT
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 PHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGTVLPGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGTVLPGQ
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 SPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHYAKMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHYAKMA
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAAFGAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAAFGAP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 GIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGASGIPGNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGASGIPGNS
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 VLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNHLSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNHLSGQ
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 RLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLH
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 LSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHNHDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHNHDLG
460 470 480 490 500 510
550
pF1KE5 ENHHLRVSFSKSTI
::::::::::::::
CCDS55 ENHHLRVSFSKSTI
520
>>CCDS59140.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (457 aa)
initn: 2976 init1: 2976 opt: 2976 Z-score: 2486.4 bits: 469.6 E(32554): 3.6e-132
Smith-Waterman score: 2976; 100.0% identity (100.0% similar) in 456 aa overlap (103-558:2-457)
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 PCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNYYTPITPHLRSQPV
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MAFLEMASEEAAVTMVNYYTPITPHLRSQPV
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 YIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGTVLPGQSPVLRIII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 YIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGTVLPGQSPVLRIII
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 ENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHYAKMALDGQNIYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 ENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAHYAKMALDGQNIYN
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 ACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAAFGAPGIISSPYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 ACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAAAFGAPGIISSPYA
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 GAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGASGIPGNSVLLVTNLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVTGRMAIPGASGIPGNSVLLVTNLN
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 PDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNHLSGQRLYGKVLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQAQLAMNHLSGQRLYGKVLR
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KE5 ATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 ATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNFQNIFPPSATLHLSNIPPSV
340 350 360 370 380 390
500 510 520 530 540 550
pF1KE5 TVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHNHDLGENHHLRVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHNHDLGENHHLRVS
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 FSKSTI
::::::
CCDS59 FSKSTI
>>CCDS42456.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 (557 aa)
initn: 2138 init1: 1096 opt: 2736 Z-score: 2285.8 bits: 432.8 E(32554): 5.4e-121
Smith-Waterman score: 2736; 76.7% identity (90.9% similar) in 550 aa overlap (17-558:10-557)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFKRD-RP
....::::::.:. . :::: :.:.. :.:::::::::: : :
CCDS42 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 PCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNY
::::.:.::.: ::::.:.:::::::::::::::::::.:::.:: .:::: :::::
CCDS42 AGVPSRVIHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 YTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLAL--SGGPSNE
:: .:: ::.::.:::.:::.:::::. :::::::::::::..::::.::: :.. .
CCDS42 YTSVTPVLRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 GTVLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVN
: .. :::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS42 GMAMAGQSPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 AHYAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPM
:..::..::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::.::.::::. :
CCDS42 AQHAKLSLDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTM
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 AAAFGAPGIIS-SPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVT----GRM
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CCDS42 AAAFGAPGIISASPYAGA-GFPPTFAIPQAAGLSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRI
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360 370 380 390 400 410
pF1KE5 AIPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADAN
:::: .: :::::::.::::. .::..:::::::::::.::::.:::::::::::::.:
CCDS42 AIPGLAGA-GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGN
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pF1KE5 QAQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKN
::::::.::.:..:.:: .: :::::: ::::::::::::::::..::::::::::::::
CCDS42 QAQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKN
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480 490 500 510 520 530
pF1KE5 FQNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAI
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CCDS42 FQNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAV
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KE5 QALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
::::.:::::::::::::::::::::
CCDS42 QALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
540 550
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10 20 30 40 50
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....::::::.:. . :::: :.:.. :.:::::::::: : :
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10 20 30 40 50
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pF1KE5 PCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNY
::::.:.::.: ::::.:.:::::::::::::::::::.:::.:: .:::: :::::
CCDS45 AGVPSRVIHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 YTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLAL--SGGPSNE
:: .:: ::.::.:::.:::.:::::. :::::::::::::..::::.::: :.. .
CCDS45 YTSVTPVLRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 GTVLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVN
: .. :::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS45 GMAMAGQSPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 AHYAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPM
:..::..::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::.::.::::. :
CCDS45 AQHAKLSLDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTM
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pF1KE5 AAAFGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVT----GRMA
:::: .:::::: :: :....:::.::::: : :::.::.: :.:.. ::.:
CCDS45 AAAF------ASPYAGA-GFPPTFAIPQAAGLSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIA
300 310 320 330 340
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pF1KE5 IPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQ
::: .: :::::::.::::. .::..:::::::::::.::::.:::::::::::::.::
CCDS45 IPGLAGA-GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQ
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pF1KE5 AQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNF
:::::.::.:..:.:: .: :::::: ::::::::::::::::..:::::::::::::::
CCDS45 AQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNF
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pF1KE5 QNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQ
:::::::::::::::::::. .::: :: : ::.::::::::::::::.::::::.:
CCDS45 QNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQ
470 480 490 500 510 520
540 550
pF1KE5 ALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
:::.:::::::::::::::::::::
CCDS45 ALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
530 540 550
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10 20 30 40 50
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....::::::.:. . :::: :.:.. :.:::::::::: : :
CCDS32 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 PCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNY
::::.:.::.: ::::.:.:::::::::::::::::::.:::.:: .:::: :::::
CCDS32 AGVPSRVIHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 YTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLAL--SGGPSNE
:: .:: ::.::.:::.:::.:::::. :::::::::::::..::::.::: :.. .
CCDS32 YTSVTPVLRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 GTVLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVN
: .. :::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS32 GMAMAGQSPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 AHYAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPM
:..::..::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::.::.::::. :
CCDS32 AQHAKLSLDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTM
240 250 260 270 280 290
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pF1KE5 AAAFGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVT----GRMA
::::: :::: : :::.::.: :.:.. ::.:
CCDS32 AAAFG--------------------------LSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIA
300 310 320
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pF1KE5 IPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQ
::: .: :::::::.::::. .::..:::::::::::.::::.:::::::::::::.::
CCDS32 IPGLAGA-GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQ
330 340 350 360 370 380
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pF1KE5 AQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNF
:::::.::.:..:.:: .: :::::: ::::::::::::::::..:::::::::::::::
CCDS32 AQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNF
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pF1KE5 QNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQ
:::::::::::::::::::. .::: :: : ::.::::::::::::::.::::::.:
CCDS32 QNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQ
450 460 470 480 490 500
540 550
pF1KE5 ALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
:::.:::::::::::::::::::::
CCDS32 ALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
510 520 530
>>CCDS72828.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 (537 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFK-RDRP
....::::::::......: . :: ::::::::::: .:.
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10 20 30 40 50
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pF1KE5 PCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNY
.::::::.::.: .:::.:.:.::::::::::.::::::.:::::.:.::::.:::::
CCDS72 DGAPSRVLHIRKLPGEVTETEVIALGLPFGKVTNILMLKGKNQAFLELATEEAAITMVNY
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pF1KE5 YTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGT
:. .:::::.::.:::::::.:::::: :: ::::.::::.:::... ::: .:..
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: :.:::::::::.:..:::::.::::::::::.:::::::::::::::::::.:::::.
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pF1KE5 YAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAA
::.:::::::::::::::::::::..::::::::::::.:: :::.:::::.:.: .::
CCDS72 QAKLALDGQNIYNACCTLRIDFSKLVNLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDGQPALDPAIAA
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:: : . .:.: : ::::::.::.: ...:..::..
CCDS72 AF-------------AKETSLLGLP------VAAVPGALSPLAIPNAAAAAAAAAAGRVG
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pF1KE5 IPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQ
.::.:. ::.::::.::: ...::..:: ::::::::.::::..:::..::.::::.::
CCDS72 MPGVSA-GGNTVLLVSNLNEEMVTPQSLFTLFGVYGDVQRVKILYNKKDSALIQMADGNQ
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pF1KE5 AQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNF
.:::::::.::..:::..:.::::::.::::::: .::::::::.:::::::::::::::
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pF1KE5 QNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQ
:::::::::::::::::::. .::..:: ..: .::::::::.:.::::.:...::::::
CCDS72 QNIFPPSATLHLSNIPPSVAEEDLRTLFANTGGTVKAFKFFQRDHKMALLQMATVEEAIQ
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540 550
pF1KE5 ALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
:::.:::..::::::::::::::::
CCDS72 ALIDLHNYNLGENHHLRVSFSKSTI
520 530
>>CCDS72830.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 (532 aa)
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Smith-Waterman score: 2446; 68.5% identity (88.0% similar) in 549 aa overlap (17-558:10-532)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFK-RDRP
....::::::::......: . :: ::::::::::: .:.
CCDS72 MDGIVTEVAVGVKRGSDELLSGSVLSSPNSNMSSMVVTANGNDSKKFKGEDKM
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 PCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNY
.::::::.::.: .:::.:.:.::::::::::.::::::.:::::.:.::::.:::::
CCDS72 DGAPSRVLHIRKLPGEVTETEVIALGLPFGKVTNILMLKGKNQAFLELATEEAAITMVNY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 YTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGT
:. .:::::.::.:::::::.:::::: :: ::::.::::.:::... ::: .:..
CCDS72 YSAVTPHLRNQPIYIQYSNHKELKTDNTLNQ-RAQAVLQAVTAVQTANTPLSGTTVSESA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 VLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAH
: :.:::::::::.:..:::::.::::::::::.:::::::::::::::::::.:::::.
CCDS72 VTPAQSPVLRIIIDNMYYPVTLDVLHQIFSKFGAVLKIITFTKNNQFQALLQYGDPVNAQ
180 190 200 210 220 230
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pF1KE5 YAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAA
::.:::::::::::::::::::::..::::::::::::.:: :::.:::::.:.: .::
CCDS72 QAKLALDGQNIYNACCTLRIDFSKLVNLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDGQPALDPAIAA
240 250 260 270 280 290
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pF1KE5 AFGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTI------TSSAVTGRMA
:: : :. ::::::.::.: ...:..::..
CCDS72 AF------------------------AKETSLLAVPGALSPLAIPNAAAAAAAAAAGRVG
300 310 320
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pF1KE5 IPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQ
.::.:. ::.::::.::: ...::..:: ::::::::.::::..:::..::.::::.::
CCDS72 MPGVSA-GGNTVLLVSNLNEEMVTPQSLFTLFGVYGDVQRVKILYNKKDSALIQMADGNQ
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pF1KE5 AQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNF
.:::::::.::..:::..:.::::::.::::::: .::::::::.:::::::::::::::
CCDS72 SQLAMNHLNGQKMYGKIIRVTLSKHQTVQLPREGLDDQGLTKDFGNSPLHRFKKPGSKNF
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pF1KE5 QNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQ
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CCDS72 QNIFPPSATLHLSNIPPSVAEEDLRTLFANTGGTVKAFKFFQRDHKMALLQMATVEEAIQ
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pF1KE5 ALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI
:::.:::..::::::::::::::::
CCDS72 ALIDLHNYNLGENHHLRVSFSKSTI
510 520 530
558 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]