Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5672
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5672, 545 aa
1>>>pF1KE5672 545 - 545 aa - 545 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6681+/-0.000386; mu= 17.4842+/- 0.024
mean_var=100.8068+/-19.422, 0's: 0 Z-trim(115.6): 188 B-trim: 1014 in 2/53
Lambda= 0.127741
statistics sampled from 25941 (26212) to 25941 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 10.800
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_598004 (OMIM: 607604,610356) potassium voltage- ( 545) 3683 689.7 6.3e-198
NP_002243 (OMIM: 603888) potassium voltage-gated c ( 491) 1017 198.3 4.6e-50
XP_016859548 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium v ( 491) 1017 198.3 4.6e-50
NP_001269357 (OMIM: 603888) potassium voltage-gate ( 491) 1017 198.3 4.6e-50
XP_011531127 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium v ( 491) 1017 198.3 4.6e-50
NP_065748 (OMIM: 602906) potassium voltage-gated c ( 477) 989 193.1 1.6e-48
XP_011527103 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 926 181.5 5.3e-45
XP_006723848 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 926 181.5 5.3e-45
XP_011527107 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 926 181.5 5.3e-45
XP_011527105 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 926 181.5 5.3e-45
XP_011527102 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 926 181.5 5.3e-45
XP_011527106 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 926 181.5 5.3e-45
XP_011527104 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 926 181.5 5.3e-45
XP_011527108 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 926 181.5 5.3e-45
NP_002228 (OMIM: 603788) potassium voltage-gated c ( 513) 926 181.5 5.3e-45
NP_758857 (OMIM: 607603) potassium voltage-gated c ( 519) 904 177.5 9e-44
NP_758847 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated c ( 425) 829 163.6 1.1e-39
NP_579875 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated c ( 436) 806 159.4 2.2e-38
NP_055194 (OMIM: 608164) potassium voltage-gated c ( 500) 750 149.1 3e-35
XP_011524220 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 726 144.6 6.2e-34
XP_011524222 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 726 144.6 6.2e-34
NP_036415 (OMIM: 605696) potassium voltage-gated c ( 466) 726 144.6 6.2e-34
XP_016881194 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 726 144.6 6.2e-34
XP_016881193 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 509) 726 144.7 6.6e-34
NP_004761 (OMIM: 607738) potassium voltage-gated c ( 911) 682 136.8 2.8e-31
XP_011527101 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: pota ( 858) 676 135.7 5.7e-31
NP_004966 (OMIM: 600397,616056) potassium voltage- ( 858) 676 135.7 5.7e-31
XP_006723847 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: pota ( 858) 676 135.7 5.7e-31
NP_002227 (OMIM: 603787) potassium voltage-gated c ( 494) 633 127.5 9.4e-29
XP_016869471 (OMIM: 607738) PREDICTED: potassium v ( 666) 613 124.0 1.5e-27
XP_016869470 (OMIM: 607738) PREDICTED: potassium v ( 666) 613 124.0 1.5e-27
NP_000208 (OMIM: 160120,176260) potassium voltage- ( 495) 606 122.6 2.9e-27
NP_005540 (OMIM: 602420) potassium voltage-gated c ( 511) 585 118.7 4.4e-26
NP_114092 (OMIM: 176268) potassium voltage-gated c ( 456) 565 115.0 5.2e-25
NP_002223 (OMIM: 176263) potassium voltage-gated c ( 575) 553 112.8 2.9e-24
NP_002224 (OMIM: 176266) potassium voltage-gated c ( 653) 553 112.9 3.1e-24
XP_011519257 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 535 109.5 2.7e-23
XP_016874759 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 535 109.5 2.7e-23
XP_016874761 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 535 109.5 2.7e-23
XP_005253743 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 535 109.5 2.7e-23
XP_016874760 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 535 109.5 2.7e-23
NP_002226 (OMIM: 176257) potassium voltage-gated c ( 529) 535 109.5 2.7e-23
NP_002225 (OMIM: 176267,612240) potassium voltage- ( 613) 534 109.4 3.4e-23
XP_011539699 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 523 107.3 1.2e-22
XP_016856702 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 523 107.3 1.2e-22
XP_011539700 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 523 107.3 1.2e-22
XP_011539698 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 523 107.3 1.2e-22
XP_011539702 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 523 107.3 1.2e-22
NP_004965 (OMIM: 176262,616366) potassium voltage- ( 499) 523 107.3 1.2e-22
XP_011539701 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 523 107.3 1.2e-22
>>NP_598004 (OMIM: 607604,610356) potassium voltage-gate (545 aa)
initn: 3683 init1: 3683 opt: 3683 Z-score: 3674.4 bits: 689.7 E(85289): 6.3e-198
Smith-Waterman score: 3683; 100.0% identity (100.0% similar) in 545 aa overlap (1-545:1-545)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MLKQSERRRSWSYRPWNTTENEGSQHRRSICSLGARSGSQASIHGWTEGNYNYYIEEDED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 MLKQSERRRSWSYRPWNTTENEGSQHRRSICSLGARSGSQASIHGWTEGNYNYYIEEDED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GEEEDQWKDDLAEEDQQAGEVTTAKPEGPSDPPALLSTLNVNVGGHSYQLDYCELAGFPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 GEEEDQWKDDLAEEDQQAGEVTTAKPEGPSDPPALLSTLNVNVGGHSYQLDYCELAGFPK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 TRLGRLATSTSRSRQLSLCDDYEEQTDEYFFDRDPAVFQLVYNFYLSGVLLVLDGLCPRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 TRLGRLATSTSRSRQLSLCDDYEEQTDEYFFDRDPAVFQLVYNFYLSGVLLVLDGLCPRR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 FLEELGYWGVRLKYTPRCCRICFEERRDELSERLKIQHELRAQAQVEEAEELFRDMRFYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 FLEELGYWGVRLKYTPRCCRICFEERRDELSERLKIQHELRAQAQVEEAEELFRDMRFYG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 PQRRRLWNLMEKPFSSVAAKAIGVASSTFVLVSVVALALNTVEEMQQHSGQGEGGPDLRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 PQRRRLWNLMEKPFSSVAAKAIGVASSTFVLVSVVALALNTVEEMQQHSGQGEGGPDLRP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ILEHVEMLCMGFFTLEYLLRLASTPDLRRFARSALNLVDLVAILPLYLQLLLECFTGEGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 ILEHVEMLCMGFFTLEYLLRLASTPDLRRFARSALNLVDLVAILPLYLQLLLECFTGEGH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 QRGQTVGSVGKVGQVLRVMRLMRIFRILKLARHSTGLRAFGFTLRQCYQQVGCLLLFIAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 QRGQTVGSVGKVGQVLRVMRLMRIFRILKLARHSTGLRAFGFTLRQCYQQVGCLLLFIAM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 GIFTFSAAVYSVEHDVPSTNFTTIPHSWWWAAVSISTVGYGDMYPETHLGRFFAFLCIAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 GIFTFSAAVYSVEHDVPSTNFTTIPHSWWWAAVSISTVGYGDMYPETHLGRFFAFLCIAF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 GIILNGMPISILYNKFSDYYSKLKAYEYTTIRRERGEVNFMQRARKKIAECLLGSNPQLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_598 GIILNGMPISILYNKFSDYYSKLKAYEYTTIRRERGEVNFMQRARKKIAECLLGSNPQLT
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 PRQEN
:::::
NP_598 PRQEN
>>NP_002243 (OMIM: 603888) potassium voltage-gated chann (491 aa)
initn: 1025 init1: 496 opt: 1017 Z-score: 1019.7 bits: 198.3 E(85289): 4.6e-50
Smith-Waterman score: 1102; 42.3% identity (70.5% similar) in 414 aa overlap (99-504:17-417)
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DDLAEEDQQAGEVTTAKPEGPSDPPALLSTLNVNVGGHSYQLDYCELAGFPKTRLGRLAT
.:.:::: . ..: : ::.::::.: :
NP_002 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHTRLGKLLT
10 20 30 40
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 STSRSRQLSLCDDYEEQTDEYFFDRDPAVFQLVYNFYLSGVLLVLDGLCPRRFLEELGYW
:. : ::::: ::.:::.:..:. : ::: .: : :.. :: : .:. ::
NP_002 CHSEEAILELCDDYSVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSFCQEIEYW
50 60 70 80 90 100
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GVRLKYTPRCCRICFEERRDELSERLKIQ--HELRAQAQVEEAE------ELFRDMRFYG
:. . :: ..::..: :. : :.. .... ::. : : .:: :
NP_002 GINELFIDSCCSNRYQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKFDTLRF-G
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 PQRRRLWNLMEKPFSSVAAKAIGVASSTFVLVSVVALALNTVEEMQQHSGQGEGGPDLRP
:...: ::.: ..:: :...: . ::.:.::. .... :.:...:. . :
NP_002 QLRKKIWIRMENPAYCLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNEDGEVDD-----P
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ILEHVEMLCMGFFTLEYLLRLASTPDLRRFARSALNLVDLVAILPLYLQLLLECFTGEGH
.:: ::. :...:: : .:::..: ..: .. ::..:.:.:.:.: : .. : :
NP_002 VLEGVEIACIAWFTGELAVRLAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVD--TKE--
230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 QRGQTVGSVGKVGQVLRVMRLMRIFRILKLARHSTGLRAFGFTLRQCYQQVGCLLLFIAM
.... . ..::: :.: :::::::::::::::.:::..: :::. :..:: ::::...
NP_002 EESEDIENMGKVVQIL---RLMRIFRILKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGLLLLFLSV
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 GIFTFSAAVYSVEHDVPSTNFTTIPHSWWWAAVSISTVGYGDMYPETHLGRFFAFLCIAF
:: ::. .::::.: ....:.:: ::::..:..:::::: .: : :...: ::
NP_002 GISIFSVLIYSVEKDDHTSSLTSIPICWWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIIC
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 GIILNGMPISILYNKFSDYYSKLKAYEYTTIRRERGEVNFMQRARKKIAECLLGSNPQLT
::.. ..::.:..:::: ::.: :
NP_002 GILVVALPITIIFNKFSKYYQKQKDIDVDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHTFIT
400 410 420 430 440 450
>>XP_016859548 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium volta (491 aa)
initn: 1025 init1: 496 opt: 1017 Z-score: 1019.7 bits: 198.3 E(85289): 4.6e-50
Smith-Waterman score: 1102; 42.3% identity (70.5% similar) in 414 aa overlap (99-504:17-417)
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DDLAEEDQQAGEVTTAKPEGPSDPPALLSTLNVNVGGHSYQLDYCELAGFPKTRLGRLAT
.:.:::: . ..: : ::.::::.: :
XP_016 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHTRLGKLLT
10 20 30 40
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 STSRSRQLSLCDDYEEQTDEYFFDRDPAVFQLVYNFYLSGVLLVLDGLCPRRFLEELGYW
:. : ::::: ::.:::.:..:. : ::: .: : :.. :: : .:. ::
XP_016 CHSEEAILELCDDYSVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSFCQEIEYW
50 60 70 80 90 100
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GVRLKYTPRCCRICFEERRDELSERLKIQ--HELRAQAQVEEAE------ELFRDMRFYG
:. . :: ..::..: :. : :.. .... ::. : : .:: :
XP_016 GINELFIDSCCSNRYQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKFDTLRF-G
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 PQRRRLWNLMEKPFSSVAAKAIGVASSTFVLVSVVALALNTVEEMQQHSGQGEGGPDLRP
:...: ::.: ..:: :...: . ::.:.::. .... :.:...:. . :
XP_016 QLRKKIWIRMENPAYCLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNEDGEVDD-----P
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ILEHVEMLCMGFFTLEYLLRLASTPDLRRFARSALNLVDLVAILPLYLQLLLECFTGEGH
.:: ::. :...:: : .:::..: ..: .. ::..:.:.:.:.: : .. : :
XP_016 VLEGVEIACIAWFTGELAVRLAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVD--TKE--
230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 QRGQTVGSVGKVGQVLRVMRLMRIFRILKLARHSTGLRAFGFTLRQCYQQVGCLLLFIAM
.... . ..::: :.: :::::::::::::::.:::..: :::. :..:: ::::...
XP_016 EESEDIENMGKVVQIL---RLMRIFRILKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGLLLLFLSV
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 GIFTFSAAVYSVEHDVPSTNFTTIPHSWWWAAVSISTVGYGDMYPETHLGRFFAFLCIAF
:: ::. .::::.: ....:.:: ::::..:..:::::: .: : :...: ::
XP_016 GISIFSVLIYSVEKDDHTSSLTSIPICWWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIIC
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 GIILNGMPISILYNKFSDYYSKLKAYEYTTIRRERGEVNFMQRARKKIAECLLGSNPQLT
::.. ..::.:..:::: ::.: :
XP_016 GILVVALPITIIFNKFSKYYQKQKDIDVDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHTFIT
400 410 420 430 440 450
>>NP_001269357 (OMIM: 603888) potassium voltage-gated ch (491 aa)
initn: 1025 init1: 496 opt: 1017 Z-score: 1019.7 bits: 198.3 E(85289): 4.6e-50
Smith-Waterman score: 1102; 42.3% identity (70.5% similar) in 414 aa overlap (99-504:17-417)
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DDLAEEDQQAGEVTTAKPEGPSDPPALLSTLNVNVGGHSYQLDYCELAGFPKTRLGRLAT
.:.:::: . ..: : ::.::::.: :
NP_001 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHTRLGKLLT
10 20 30 40
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 STSRSRQLSLCDDYEEQTDEYFFDRDPAVFQLVYNFYLSGVLLVLDGLCPRRFLEELGYW
:. : ::::: ::.:::.:..:. : ::: .: : :.. :: : .:. ::
NP_001 CHSEEAILELCDDYSVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSFCQEIEYW
50 60 70 80 90 100
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GVRLKYTPRCCRICFEERRDELSERLKIQ--HELRAQAQVEEAE------ELFRDMRFYG
:. . :: ..::..: :. : :.. .... ::. : : .:: :
NP_001 GINELFIDSCCSNRYQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKFDTLRF-G
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 PQRRRLWNLMEKPFSSVAAKAIGVASSTFVLVSVVALALNTVEEMQQHSGQGEGGPDLRP
:...: ::.: ..:: :...: . ::.:.::. .... :.:...:. . :
NP_001 QLRKKIWIRMENPAYCLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNEDGEVDD-----P
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ILEHVEMLCMGFFTLEYLLRLASTPDLRRFARSALNLVDLVAILPLYLQLLLECFTGEGH
.:: ::. :...:: : .:::..: ..: .. ::..:.:.:.:.: : .. : :
NP_001 VLEGVEIACIAWFTGELAVRLAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVD--TKE--
230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 QRGQTVGSVGKVGQVLRVMRLMRIFRILKLARHSTGLRAFGFTLRQCYQQVGCLLLFIAM
.... . ..::: :.: :::::::::::::::.:::..: :::. :..:: ::::...
NP_001 EESEDIENMGKVVQIL---RLMRIFRILKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGLLLLFLSV
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 GIFTFSAAVYSVEHDVPSTNFTTIPHSWWWAAVSISTVGYGDMYPETHLGRFFAFLCIAF
:: ::. .::::.: ....:.:: ::::..:..:::::: .: : :...: ::
NP_001 GISIFSVLIYSVEKDDHTSSLTSIPICWWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIIC
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::.. ..::.:..:::: ::.: :
NP_001 GILVVALPITIIFNKFSKYYQKQKDIDVDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHTFIT
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.:.:::: . ..: : ::.::::.: :
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:. . :: ..::..: :. : :.. .... ::. : : .:: :
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:...: ::.: ..:: :...: . ::.:.::. .... :.:...:. . :
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:: ::. .::::.: ....:.:: ::::..:..:::::: .: : :...: ::
XP_011 GISIFSVLIYSVEKDDHTSSLTSIPICWWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIIC
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pF1KE5 GIILNGMPISILYNKFSDYYSKLKAYEYTTIRRERGEVNFMQRARKKIAECLLGSNPQLT
::.. ..::.:..:::: ::.: :
XP_011 GILVVALPITIIFNKFSKYYQKQKDIDVDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHTFIT
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>>NP_065748 (OMIM: 602906) potassium voltage-gated chann (477 aa)
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>>XP_011527103 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
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pF1KE5 FAFLCIAFGIILNGMPISILYNKFSDYYSKLKA-YEYTTIRRERGEVNFM-QRARKKIAE
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540
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:.:: . : :..:
XP_011 ILFGSASSDT-RDNN
500 510
>>XP_006723848 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
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XP_006 ILFGSASSDT-RDNN
500 510
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XP_011 ILFGSASSDT-RDNN
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>>XP_011527105 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
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pF1KE5 IEEDEDGEEEDQWKDDLAEEDQQAGEVTTAKPEGPSDPPALLSTLNVNVGGHSYQLDYCE
.:. .: . .:::: .:.: .
XP_011 DASFHPAFLPQRQAIKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRRRIIINVGGIKYSLPWTT
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XP_011 EGEGRLGRCMRRLRDMVERPHSGLPGKVFACLSVLFVTVTAVNLSVSTLPSLREEEEQGH
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