Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5669
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5669, 534 aa
1>>>pF1KE5669 534 - 534 aa - 534 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2893+/-0.000814; mu= 19.1621+/- 0.049
mean_var=78.5237+/-15.475, 0's: 0 Z-trim(108.6): 18 B-trim: 2 in 1/50
Lambda= 0.144735
statistics sampled from 10321 (10328) to 10321 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 2.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32717.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 534) 3592 759.7 0
CCDS82195.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 513) 3280 694.6 7.4e-200
CCDS45770.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 213) 1445 311.1 8.3e-85
CCDS34588.1 TTYH3 gene_id:80727|Hs108|chr7 ( 523) 1379 297.6 2.3e-80
CCDS12893.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 450) 1227 265.8 7.5e-71
CCDS56102.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 451) 1227 265.8 7.5e-71
CCDS33106.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 460) 1147 249.1 8.1e-66
>>CCDS32717.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 (534 aa)
initn: 3592 init1: 3592 opt: 3592 Z-score: 4053.4 bits: 759.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3592; 99.8% identity (99.8% similar) in 534 aa overlap (1-534:1-534)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTKQHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGAYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTKQHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGAYQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 LMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 LLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTEGQISTEVTRYYLYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTEGQISTEVTRYYLYC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 SQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEEDLLAIQLLLNSSESSLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEEDLLAIQLLLNSSESSLHQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHFTTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHFTTR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 NRDYDDIDDDDPFNPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAPVSE
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NRDYDDIDDDDPFNPQAWRMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAPVSE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KE5 YMNQAMLFGRNPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YMNQAMLFGRNPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA
490 500 510 520 530
>>CCDS82195.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 (513 aa)
initn: 3280 init1: 3280 opt: 3280 Z-score: 3701.5 bits: 694.6 E(32554): 7.4e-200
Smith-Waterman score: 3280; 99.8% identity (99.8% similar) in 491 aa overlap (44-534:23-513)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 VVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNLIFLVAYLVCACHC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MSVVGQDRKSGSGCYLRWLLFLSLLFLGLVAAVCLGLNLIFLVAYLVCACHC
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 RRDDAVQTKQHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGAYQLMYSLDDANHTFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RRDDAVQTKQHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGAYQLMYSLDDANHTFS
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 GIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGSVVVQLSGLPVWRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGSVVVQLSGLPVWRE
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 VTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKCLLASMLCCGALSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKCLLASMLCCGALSL
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 LLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTEGQISTEVTRYYLYCSQSGSSPFQQTLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTEGQISTEVTRYYLYCSQSGSSPFQQTLT
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 TFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEEDLLAIQLLLNSSESSLHQLTAMVDCRGLHKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEEDLLAIQLLLNSSESSLHQLTAMVDCRGLHKD
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 YLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHFTTRNRDYDDIDDDDPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 YLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHFTTRNRDYDDIDDDDPF
360 370 380 390 400 410
440 450 460 470 480 490
pF1KE5 NPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAPVSEYMNQAMLFGRNPR
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NPQAWRMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAPVSEYMNQAMLFGRNPR
420 430 440 450 460 470
500 510 520 530
pF1KE5 YENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 YENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA
480 490 500 510
>>CCDS45770.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 (213 aa)
initn: 1445 init1: 1445 opt: 1445 Z-score: 1636.0 bits: 311.1 E(32554): 8.3e-85
Smith-Waterman score: 1445; 99.5% identity (99.5% similar) in 213 aa overlap (322-534:1-213)
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 EVTRYYLYCSQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEEDLLAIQLLL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MQIQVAGLLQFAVPLFSTAEEDLLAIQLLL
10 20 30
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 NSSESSLHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NSSESSLHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGP
40 50 60 70 80 90
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 RAWKHFTTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQ
::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RAWKHFTTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWRMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQ
100 110 120 130 140 150
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 TISNAPVSEYMNQAMLFGRNPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TISNAPVSEYMNQAMLFGRNPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQ
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 FPA
:::
CCDS45 FPA
>>CCDS34588.1 TTYH3 gene_id:80727|Hs108|chr7 (523 aa)
initn: 1144 init1: 519 opt: 1379 Z-score: 1556.2 bits: 297.6 E(32554): 2.3e-80
Smith-Waterman score: 1379; 41.7% identity (72.6% similar) in 521 aa overlap (4-521:2-513)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL
: :.: ::::: :: .:: : . ..: : : : .::..::.:: .: .::.:.:
CCDS34 MAGVSYAAPWWVSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTKQHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGAYQ
.::. : : ::: . . . :: .: ...: :.: :...::::::.::.:: ..
CCDS34 LFLLFYSFWLC-CRRRKSEEHLDADCCCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIHR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 LMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGS
::: ::.: .:.. : :. .. : : : . .:.: . :.... .: . .
CCDS34 ATYSLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLET
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKC
.. ...: ::.... : :..:. ..::::.:: :..::..:::.. .:: . ::
CCDS34 LLGYTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSKG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE5 LLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTE--GQISTEVTRYYL
.:... :.:.:..::..:. . ...:..::::: ::... ...: . .: .. .:::
CCDS34 ILVGVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYYL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 YCSQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEED-LLAIQLLLNSSESS
:: ...:::: :. ..::. :: :: ::. .:: . : .: :: .: .::..: .
CCDS34 ACSPRAANPFQQKLSGSHKALVEMQDVVAELLR-TVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVN
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 LHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHF
:..:::.::::.:: ::..::.:.::::..::.::.::::..:: ::...:. :..:..
CCDS34 LQHLTALVDCRSLHLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQ-
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 TTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAP
:. : : .. : .:. .: : : .. :. : .:. ::.::. :.:.::::
CCDS34 -KRGPDEDGEEEAAP-GPR---QAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAP
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 VSEYMNQAMLFGRNPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA
:.:::.: : .::: ::.::::: ::::.:. :::: ::...
CCDS34 VTEYMSQNANF-QNPRCENTPLIGRESPPPSYTSSMRAKYLATSQPRPDSSGSH
480 490 500 510 520
>>CCDS12893.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 (450 aa)
initn: 818 init1: 545 opt: 1227 Z-score: 1385.5 bits: 265.8 E(32554): 7.5e-71
Smith-Waterman score: 1227; 43.5% identity (74.5% similar) in 428 aa overlap (13-436:12-438)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL
:: ::..:.. ..:.:: :.:.: .. ::..::... .:.. :::.:
CCDS12 MGAPPGYRPSAWVHLLHQLPRADFQLRPVPSVFAPQEQEYQQALLLVAALAGLGLGLSL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE5 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTK--QHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGA
::...::. : :: . .: . . :.::. .:: : :...:.::::::::.::.
CCDS12 IFIAVYLIRFCCCRPPEPPGSKIPSPGGGCVTWSCIVALLAGCTGIGIGFYGNSETSDGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 YQLMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMA
:: .: ::::.: :: :: :.... .. .:. : :.. : . . . . ...:
CCDS12 SQLSSALLHANHTLSTIDHLVLETVERLGEAVRTELTTLEEVLEPRTELVAAARGARRQA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 GSVVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRS
... ::.:: :. : . ........:: ::::.:.::..:.:..::.. :::::.:
CCDS12 EAAAQQLQGLAFWQGVPLSPLQVAENVSFVEEYRWLAYVLLLLLELLVCLFTLLGLAKQS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 KCLLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVT--EGQISTEVTRY
: :. : . : :.:::.:.. ....::. :::: :: ..::.: : .:... :
CCDS12 KWLVIVMTVMSLLVLVLSWGSMGLEAATAVGLSDFCSNPDPYVLNLTQEETGLSSDILSY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 YLYCSQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEEDLLAIQLLLNSSES
:: :... :.:::: :: ::::.... :. :: . ::: : .:.. ::... :: .:.
CCDS12 YLLCNRAVSNPFQQRLTLSQRALANIHSQLLGLEREAVPQFPSAQKPLLSLEETLNVTEG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SLHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKH
..:::.:.. ::.::::: :: :.: :.:.:::.: :::.:.: :..: .:. ::::
CCDS12 NFHQLVALLHCRSLHKDYGAALRGLCEDALEGLLFLLLFSLLSAGALATALCSLPRAWAL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 FTTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNA
: . :::: :::::::::
CCDS12 FPPSD-DYDDTDDDDPFNPQESKRFVQWQSSI
420 430 440 450
>>CCDS56102.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 (451 aa)
initn: 818 init1: 545 opt: 1227 Z-score: 1385.5 bits: 265.8 E(32554): 7.5e-71
Smith-Waterman score: 1227; 43.5% identity (74.5% similar) in 428 aa overlap (13-436:12-438)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL
:: ::..:.. ..:.:: :.:.: .. ::..::... .:.. :::.:
CCDS56 MGAPPGYRPSAWVHLLHQLPRADFQLRPVPSVFAPQEQEYQQALLLVAALAGLGLGLSL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE5 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTK--QHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGA
::...::. : :: . .: . . :.::. .:: : :...:.::::::::.::.
CCDS56 IFIAVYLIRFCCCRPPEPPGSKIPSPGGGCVTWSCIVALLAGCTGIGIGFYGNSETSDGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 YQLMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMA
:: .: ::::.: :: :: :.... .. .:. : :.. : . . . . ...:
CCDS56 SQLSSALLHANHTLSTIDHLVLETVERLGEAVRTELTTLEEVLEPRTELVAAARGARRQA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 GSVVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRS
... ::.:: :. : . ........:: ::::.:.::..:.:..::.. :::::.:
CCDS56 EAAAQQLQGLAFWQGVPLSPLQVAENVSFVEEYRWLAYVLLLLLELLVCLFTLLGLAKQS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 KCLLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVT--EGQISTEVTRY
: :. : . : :.:::.:.. ....::. :::: :: ..::.: : .:... :
CCDS56 KWLVIVMTVMSLLVLVLSWGSMGLEAATAVGLSDFCSNPDPYVLNLTQEETGLSSDILSY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 YLYCSQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEEDLLAIQLLLNSSES
:: :... :.:::: :: ::::.... :. :: . ::: : .:.. ::... :: .:.
CCDS56 YLLCNRAVSNPFQQRLTLSQRALANIHSQLLGLEREAVPQFPSAQKPLLSLEETLNVTEG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SLHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKH
..:::.:.. ::.::::: :: :.: :.:.:::.: :::.:.: :..: .:. ::::
CCDS56 NFHQLVALLHCRSLHKDYGAALRGLCEDALEGLLFLLLFSLLSAGALATALCSLPRAWAL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 FTTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNA
: . :::: :::::::::
CCDS56 FPPSD-DYDDTDDDDPFNPQQESKRFVQWQSSI
420 430 440 450
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