Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5629
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5629, 471 aa
1>>>pF1KE5629 471 - 471 aa - 471 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4933+/-0.000362; mu= 17.1256+/- 0.023
mean_var=78.7401+/-15.527, 0's: 0 Z-trim(114.6): 88 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.144536
statistics sampled from 24472 (24568) to 24472 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.288), width: 16
Scan time: 6.550
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002418 (OMIM: 250400,600108,602111) collagenase ( 471) 3299 697.7 1.8e-200
NP_002415 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase is ( 467) 1625 348.6 2.1e-95
NP_001291370 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase ( 444) 1614 346.3 1e-94
NP_001291371 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase ( 444) 1614 346.3 1e-94
XP_011541137 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 444) 1614 346.3 1e-94
XP_016873260 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 444) 1614 346.3 1e-94
XP_011541136 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 476) 1614 346.3 1.1e-94
NP_002412 (OMIM: 120353,226600,606963) interstitia ( 469) 1556 334.2 4.6e-91
NP_001139410 (OMIM: 120353,226600,606963) intersti ( 403) 1493 321.0 3.7e-87
NP_002417 (OMIM: 601046) macrophage metalloelastas ( 470) 1459 314.0 5.7e-85
NP_004762 (OMIM: 604629,612529) matrix metalloprot ( 483) 1323 285.6 2e-76
XP_011541138 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 377) 1244 269.1 1.5e-71
NP_002413 (OMIM: 185250,614466) stromelysin-1 prep ( 477) 1023 223.1 1.3e-57
NP_002416 (OMIM: 185260) stromelysin-2 preproprote ( 476) 1009 220.2 1e-56
NP_002414 (OMIM: 178990) matrilysin preproprotein ( 267) 821 180.8 4e-45
NP_004521 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV col ( 660) 705 156.9 1.6e-37
NP_001121363 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 610) 682 152.1 4.1e-36
NP_001289437 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 669 149.3 2.6e-35
NP_001289439 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 669 149.3 2.6e-35
NP_001289438 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 669 149.3 2.6e-35
NP_002420 (OMIM: 601807,611543) matrix metalloprot ( 508) 654 146.2 2e-34
NP_068573 (OMIM: 605470) matrix metalloproteinase- ( 261) 632 141.4 2.9e-33
XP_011518521 (OMIM: 605470) PREDICTED: matrix meta ( 191) 616 137.9 2.3e-32
NP_004985 (OMIM: 120361,613073) matrix metalloprot ( 707) 606 136.3 2.7e-31
NP_002419 (OMIM: 602261) matrix metalloproteinase- ( 669) 598 134.6 8.3e-31
XP_016874796 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 434) 591 133.0 1.6e-30
NP_057239 (OMIM: 602285) matrix metalloproteinase- ( 603) 591 133.1 2.1e-30
XP_011536659 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 578 130.3 1.2e-29
XP_011536658 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 578 130.3 1.2e-29
XP_011536657 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 578 130.3 1.2e-29
NP_005931 (OMIM: 185261) stromelysin-3 preproprote ( 488) 569 128.4 4.3e-29
XP_016880550 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 409) 557 125.9 2.1e-28
XP_011523534 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 494) 557 125.9 2.5e-28
XP_016874798 (OMIM: 601807,611543) PREDICTED: matr ( 366) 531 120.4 8.3e-27
XP_016874797 (OMIM: 601807,611543) PREDICTED: matr ( 387) 531 120.4 8.7e-27
XP_011526802 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 556) 503 114.7 6.6e-25
NP_004986 (OMIM: 277950,600754) matrix metalloprot ( 582) 496 113.3 1.9e-24
XP_016883086 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 591) 486 111.2 8.1e-24
NP_005932 (OMIM: 602262) matrix metalloproteinase- ( 607) 482 110.3 1.5e-23
XP_016883087 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 614) 479 109.7 2.3e-23
NP_006681 (OMIM: 604871) matrix metalloproteinase- ( 645) 479 109.7 2.4e-23
XP_016880552 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 446 102.7 1.8e-21
XP_016880553 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 446 102.7 1.8e-21
XP_016880551 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 446 102.7 1.8e-21
XP_011523533 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 390) 446 102.7 1.9e-21
NP_116568 (OMIM: 608417) matrix metalloproteinase- ( 393) 446 102.7 1.9e-21
XP_011523532 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 418) 446 102.7 2e-21
XP_011523529 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 446 102.7 2.1e-21
XP_011523530 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 446 102.7 2.1e-21
XP_011523528 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 446 102.7 2.1e-21
>>NP_002418 (OMIM: 250400,600108,602111) collagenase 3 p (471 aa)
initn: 3299 init1: 3299 opt: 3299 Z-score: 3720.1 bits: 697.7 E(85289): 1.8e-200
Smith-Waterman score: 3299; 100.0% identity (100.0% similar) in 471 aa overlap (1-471:1-471)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYHPTNLAGILKENA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYHPTNLAGILKENA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 ASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNLTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNLTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFDG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 PSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGALM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGALM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 FPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDPNPKHPKTPDKCDPSLSLDAITSLRGET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDPNPKHPKTPDKCDPSLSLDAITSLRGET
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 MIFKDRFFWRLHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIFRGRKFWALNGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MIFKDRFFWRLHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIFRGRKFWALNGY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 DILEGYPKKISELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTNHIMDKDYPRLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DILEGYPKKISELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTNHIMDKDYPRLI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE5 EEDFPGIGDKVDAVYEKNGYIYFFNGPIQFEYSIWSNRIVRVMPANSILWC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EEDFPGIGDKVDAVYEKNGYIYFFNGPIQFEYSIWSNRIVRVMPANSILWC
430 440 450 460 470
>>NP_002415 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase isofor (467 aa)
initn: 1562 init1: 1354 opt: 1625 Z-score: 1833.6 bits: 348.6 E(85289): 2.1e-95
Smith-Waterman score: 1625; 49.9% identity (77.3% similar) in 467 aa overlap (6-471:7-464)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYH-PTNLAGILKE
: .:.: .:.:. : .:.. . .. ::...:. :.: ..
NP_002 MFSLKTLPFLLLLHVQISKAFPVSS-------KEKNTKTVQDYLEKFYQLPSNQYQSTRK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 NAASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNL
:... ..:.:.::: ::::.:::: ...:::.:::::::::: : . . : . :: . ::
NP_002 NGTNVIVEKLKEMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 TYRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPF
:::: ::::.....:::.:.: ::..:: ..:: :::. .: ::: :.: ..::: ::
NP_002 TYRIRNYTPQLSEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 DGPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGA
:::.:.::::: :: . ::::::: .::::..: .::::::::::::::::: ::.::::
NP_002 DGPNGILAHAFQPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LMFPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDPNPKHPKTPDKCDPSLSLDAITSLRG
::.: :.. :.. ::.::..:::..:: ... .: :.:: :::::..::::.:::
NP_002 LMYPNYAFRETSNYSLPQDDIDGIQAIYGLSSNPIQPTGPSTPKPCDPSLTFDAITTLRG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 ETMIFKDRFFWRLHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIFRGRKFWALN
: ..::::.::: ::: .:. . . ::: ::. :.:::: ..::::.:.: ..:::.
NP_002 EILFFKDRYFWRRHPQLQRVEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 GYDILEGYPKKISELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTNHIMDKDYPR
:::::.:::: ::. :.:. :. :.::: ... :: .: ..: ::::. ..:. ::.
NP_002 GYDILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVFYRS--KTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 LIEEDFPGIGDKVDAVYEKNGYIYFFNGPIQFEYSIWSNRIVRVMPANSILWC
: :::: .:::::.... ... :.:: . ... ..:..:: .:. : :
NP_002 SISGAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
420 430 440 450 460
>>NP_001291370 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase iso (444 aa)
initn: 1562 init1: 1354 opt: 1614 Z-score: 1821.6 bits: 346.3 E(85289): 1e-94
Smith-Waterman score: 1614; 52.4% identity (79.6% similar) in 431 aa overlap (42-471:13-441)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 LSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYH-PTNLAGILKENAASSMTERLRE
::...:. :.: ..:... ..:.:.:
NP_001 MQQIPQEKSINDYLEKFYQLPSNQYQSTRKNGTNVIVEKLKE
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 MQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNLTYRIVNYTPDMT
:: ::::.:::: ...:::.:::::::::: : . . : . :: . :::::: ::::...
NP_001 MQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRIRNYTPQLS
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 HSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFDGPSGLLAHAFP
..:::.:.: ::..:: ..:: :::. .: ::: :.: ..::: :::::.:.:::::
NP_001 EAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPNGILAHAFQ
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 PGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGALMFPIYTYTGKS
:: . ::::::: .::::..: .::::::::::::::::: ::.::::::.: :.. :
NP_001 PGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGALMYPNYAFRETS
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 HFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDPNPKHPKTPDKCDPSLSLDAITSLRGETMIFKDRFFWR
.. ::.::..:::..:: ... .: :.:: :::::..::::.:::: ..::::.:::
NP_001 NYSLPQDDIDGIQAIYGLSSNPIQPTGPSTPKPCDPSLTFDAITTLRGEILFFKDRYFWR
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 LHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIFRGRKFWALNGYDILEGYPKKI
::: .:. . . ::: ::. :.:::: ..::::.:.: ..:::.:::::.:::: :
NP_001 RHPQLQRVEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALSGYDILQGYPKDI
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 SELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTNHIMDKDYPRLIEEDFPGIGDK
:. :.:. :. :.::: ... :: .: ..: ::::. ..:. ::. : :::: .:
NP_001 SNYGFPSSVQAIDAAVFYRS--KTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPKSISGAFPGIESK
350 360 370 380 390 400
440 450 460 470
pF1KE5 VDAVYEKNGYIYFFNGPIQFEYSIWSNRIVRVMPANSILWC
::::.... ... :.:: . ... ..:..:: .:. : :
NP_001 VDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
410 420 430 440
>>NP_001291371 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase iso (444 aa)
initn: 1562 init1: 1354 opt: 1614 Z-score: 1821.6 bits: 346.3 E(85289): 1e-94
Smith-Waterman score: 1614; 52.4% identity (79.6% similar) in 431 aa overlap (42-471:13-441)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 LSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYH-PTNLAGILKENAASSMTERLRE
::...:. :.: ..:... ..:.:.:
NP_001 MQQIPQEKSINDYLEKFYQLPSNQYQSTRKNGTNVIVEKLKE
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 MQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNLTYRIVNYTPDMT
:: ::::.:::: ...:::.:::::::::: : . . : . :: . :::::: ::::...
NP_001 MQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRIRNYTPQLS
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 HSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFDGPSGLLAHAFP
..:::.:.: ::..:: ..:: :::. .: ::: :.: ..::: :::::.:.:::::
NP_001 EAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPNGILAHAFQ
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 PGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGALMFPIYTYTGKS
:: . ::::::: .::::..: .::::::::::::::::: ::.::::::.: :.. :
NP_001 PGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGALMYPNYAFRETS
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 HFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDPNPKHPKTPDKCDPSLSLDAITSLRGETMIFKDRFFWR
.. ::.::..:::..:: ... .: :.:: :::::..::::.:::: ..::::.:::
NP_001 NYSLPQDDIDGIQAIYGLSSNPIQPTGPSTPKPCDPSLTFDAITTLRGEILFFKDRYFWR
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 LHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIFRGRKFWALNGYDILEGYPKKI
::: .:. . . ::: ::. :.:::: ..::::.:.: ..:::.:::::.:::: :
NP_001 RHPQLQRVEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALSGYDILQGYPKDI
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 SELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTNHIMDKDYPRLIEEDFPGIGDK
:. :.:. :. :.::: ... :: .: ..: ::::. ..:. ::. : :::: .:
NP_001 SNYGFPSSVQAIDAAVFYRS--KTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPKSISGAFPGIESK
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440 450 460 470
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]