Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5602
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5602, 579 aa
1>>>pF1KE5602 579 - 579 aa - 579 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5392+/-0.00102; mu= -2.8465+/- 0.062
mean_var=326.9261+/-68.938, 0's: 0 Z-trim(113.7): 23 B-trim: 202 in 1/54
Lambda= 0.070933
statistics sampled from 14324 (14337) to 14324 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.751), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16
Scan time: 4.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41296.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 ( 579) 3964 419.5 5.9e-117
CCDS53287.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 ( 529) 3625 384.7 1.5e-106
CCDS75747.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 585) 2681 288.2 2e-77
CCDS75748.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 588) 2614 281.3 2.3e-75
CCDS75749.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 534) 2454 264.9 1.8e-70
CCDS13511.1 YTHDF1 gene_id:54915|Hs108|chr20 ( 559) 1367 153.7 5.8e-37
>>CCDS41296.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 (579 aa)
initn: 3964 init1: 3964 opt: 3964 Z-score: 2213.2 bits: 419.5 E(32554): 5.9e-117
Smith-Waterman score: 3964; 100.0% identity (100.0% similar) in 579 aa overlap (1-579:1-579)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSASSLLEQRPKGQGNKVQNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPSYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MSASSLLEQRPKGQGNKVQNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPSYY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 SPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTPFLGQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTPFLGQH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 DIASKPAKQQPKLKTKNGIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAPSQALVQNIGQPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DIASKPAKQQPKLKTKNGIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAPSQALVQNIGQPT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 QGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPPPQPAQLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPPPQPAQLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 FGHNGVDGNGVGQSQAGSGSTPSEPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FGHNGVDGNGVGQSQAGSGSTPSEPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 DDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 TCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQV
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE5 LKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK
550 560 570
>>CCDS53287.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 (529 aa)
initn: 3625 init1: 3625 opt: 3625 Z-score: 2026.3 bits: 384.7 E(32554): 1.5e-106
Smith-Waterman score: 3625; 100.0% identity (100.0% similar) in 529 aa overlap (51-579:1-529)
30 40 50 60 70 80
pF1KE5 GSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MSDSYLPSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGD
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 TAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTPFLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTPFLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQ
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 GQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVA
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 SNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWADIASKPAKQQPKLKTKNGIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWADIASKPAKQQPKLKTKNGIA
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 GSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAPSQALVQNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAPSQALVQNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQA
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 SVGQQTQPLPPPPPQPAQLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVDGNGVGQSQAGSGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SVGQQTQPLPPPPPQPAQLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVDGNGVGQSQAGSGS
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 TPSEPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TPSEPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNK
340 350 360 370 380 390
450 460 470 480 490 500
pF1KE5 RLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWI
400 410 420 430 440 450
510 520 530 540 550 560
pF1KE5 FVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHY
460 470 480 490 500 510
570
pF1KE5 EKRQEEEESVKKERQGRGK
:::::::::::::::::::
CCDS53 EKRQEEEESVKKERQGRGK
520
>>CCDS75747.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (585 aa)
initn: 2004 init1: 1198 opt: 2681 Z-score: 1503.6 bits: 288.2 E(32554): 2e-77
Smith-Waterman score: 2700; 67.8% identity (86.4% similar) in 603 aa overlap (1-579:1-584)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSASSLLEQRPKGQGNKV--QNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPS
:::.:. .:::::::::: ::::.::::..:::::::::: :. .:.: ::: :.::
CCDS75 MSATSV-DQRPKGQGNKVSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 YYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-FL
::.::::: ::::::::::.:: :::::.:::.:::: :..::..:.::::::.:: ::
CCDS75 YYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 GQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLN
:::::::::.. :::.::...:::::::::.:::.:.: ::::: :. :::..:.:.::.
CCDS75 GQHGFNFFPGNADFSTWGTSGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 KAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPA
:.::...:.:::..::.:. .... : :.::.:..:...:: .:.::.::.. : :::.
CCDS75 KVPGISSIEQGMTGLKIGG-DLTAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPKPT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 SWADIASKPAKQQPKLKTKN--GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQALV-
::: :: :::: ::::: :. ::.::..:::::::::.:::::.:: :.::: .: ..
CCDS75 SWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE5 -QNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQ
:.: : .:::. : ::..:... :: :: :: : ::: :.. ::
CCDS75 PQTIIQ----QPQPLIQP----PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQ
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE5 QAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVDGNGVGQSQAGSG-----STPS--EPHPVLEKLRSIN
: : .:::::::::.::..: ::.:. . : : ..:: : :::::::..::
CCDS75 QQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQN----NGAGSENFGLGVVPVSASPSSVEVHPVLEKLKAIN
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 NYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVY
::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::.:
CCDS75 NYNPKDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLY
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 LLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLE
:::::::::::::::::::.::::. :::::::::::.:.:.:::::::::.::::::::
CCDS75 LLFSVNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLE
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KE5 NNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQG
::.::::::::::::::::::::::::::..::::::::::.::::::::::....::.
CCDS75 NNDNKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERN-
530 540 550 560 570 580
pF1KE5 RGK
:.:
CCDS75 RNKQ
>>CCDS75748.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (588 aa)
initn: 1198 init1: 1198 opt: 2614 Z-score: 1466.5 bits: 281.3 E(32554): 2.3e-75
Smith-Waterman score: 2633; 67.8% identity (86.5% similar) in 584 aa overlap (18-579:22-587)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSASSLLEQRPKGQGNKVQNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYL
:::::.::::..:::::::::: :. .:.: ::: :.
CCDS75 MFYLDLTLFHRAEETGEESFSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 PSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-
::::.::::: ::::::::::.:: :::::.:::.:::: :..::..:.::::::.::
CCDS75 PSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 FLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANET
:::::::::::.. :::.::...:::::::::.:::.:.: ::::: :. :::..:.:.:
CCDS75 FLGQHGFNFFPGNADFSTWGTSGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPK
:.:.::...:.:::..::.:. .... : :.::.:..:...:: .:.::.::.. : ::
CCDS75 LSKVPGISSIEQGMTGLKIGG-DLTAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPK
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 PASWADIASKPAKQQPKLKTKN--GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQAL
:.::: :: :::: ::::: :. ::.::..:::::::::.:::::.:: :.::: .: .
CCDS75 PTSWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE5 V--QNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSV
. :.: : .:::. : ::..:... :: :: :: : ::: :..
CCDS75 LPPQTIIQ----QPQPLIQP----PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQP
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE5 QQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVDGNGVGQSQAGSG-----STPS--EPHPVLEKLRS
::: : .:::::::::.::..: ::.:. . : : ..:: : :::::::..
CCDS75 QQQQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQN----NGAGSENFGLGVVPVSASPSSVEVHPVLEKLKA
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 INNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGP
::::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::
CCDS75 INNYNPKDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGP
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 VYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIR
.::::::::::::::::::::.::::. :::::::::::.:.:.:::::::::.::::::
CCDS75 LYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIR
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KE5 LENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKER
::::.::::::::::::::::::::::::::..::::::::::.::::::::::....::
CCDS75 LENNDNKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRER
530 540 550 560 570 580
pF1KE5 QGRGK
. :.:
CCDS75 N-RNKQ
>>CCDS75749.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (534 aa)
initn: 1198 init1: 1198 opt: 2454 Z-score: 1378.6 bits: 264.9 E(32554): 1.8e-70
Smith-Waterman score: 2473; 67.8% identity (86.3% similar) in 549 aa overlap (51-579:1-533)
30 40 50 60 70 80
pF1KE5 GSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGD
::: :.::::.::::: ::::::::::.::
CCDS75 MSDPYMPSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGD
10 20 30
90 100 110 120 130
pF1KE5 TAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-FLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSS
:::::.:::.:::: :..::..:.::::::.:: :::::::::::.. :::.::...:
CCDS75 QPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFLGQHGFNFFPGNADFSTWGTSGS
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 QGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEV
::::::::.:::.:.: ::::: :. :::..:.:.::.:.::...:.:::..::.:. ..
CCDS75 QGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLSKVPGISSIEQGMTGLKIGG-DL
100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 ASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWADIASKPAKQQPKLKTKN--
.. : :.::.:..:...:: .:.::.::.. : :::.::: :: :::: ::::: :.
CCDS75 TAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPKPTSWAAIARKPAKPQPKLKPKGNV
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQALVQNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPP
::.::..:::::::::.:::::.:: :.::: .: .. : .:::. : ::
CCDS75 GIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPP--QTIIQQPQPLIQP----PP
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360
pF1KE5 VAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHNGVD
..:... :: :: :: : ::: :.. ::: : .:::::::::.::..:
CCDS75 LVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQN---
270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 GNGVGQSQAGSG-----STPS--EPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSE
::.:. . : : ..:: : :::::::..::::::::::::::.:::::::::::
CCDS75 -NGAGSENFGLGVVPVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGRVFIIKSYSE
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 DDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYN
:::::::::.::::::::::::::::::.:::::.::::::::::::::::::::.::::
CCDS75 DDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSVVDYN
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 TCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQV
. :::::::::::.:.:.:::::::::.::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS75 AYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEVPLEKAKQV
440 450 460 470 480 490
550 560 570
pF1KE5 LKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK
:::::..::::::::::.::::::::::....::. :.:
CCDS75 LKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERN-RNKQ
500 510 520 530
>>CCDS13511.1 YTHDF1 gene_id:54915|Hs108|chr20 (559 aa)
initn: 2031 init1: 1192 opt: 1367 Z-score: 777.1 bits: 153.7 E(32554): 5.8e-37
Smith-Waterman score: 2514; 65.6% identity (83.8% similar) in 585 aa overlap (1-579:1-558)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSASSLLEQRPKGQGNKVQNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPSYY
:::.:. :: ::: :::::::.:::: ..:.::::::. :. .:.: .::: :: :::
CCDS13 MSATSVDTQRTKGQDNKVQNGSLHQKDTVHDNDFEPYLTGQSNQSNSYPSMSDPYLSSYY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 SPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTPFLGQH
::::: :::.:: :::.:: .::::.:::::::. ::. ::.:::::.::.. . ::
CCDS13 PPSIGFPYSLNEAPWSTAGDPPIPYLTTYGQLSNGDHHFMHDAVFGQPGGLGNNIY--QH
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAP
::::: . :::::...::::.::::.:.:.:.: ::::::...::: .: ..::.:::
CCDS13 RFNFFPENPAFSAWGTSGSQGQQTQSSAYGSSYTYPPSSLGGTVVDGQPGFHSDTLSKAP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWA
:::...:::..::.: .:.:.. :.:::.:.: ..:. ....:. ... ::.:::
CCDS13 GMNSLEQGMVGLKIG--DVSSSAVKTVGSVVSSVALTG-VLSGNGGTNVNMPVSKPTSWA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE5 DIASKPAKQQPKLKTKNG-IAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAPSQALVQNIGQP
::::::: :::.:::.: . :..::::::::::::::::::::: ::: . :. .:
CCDS13 AIASKPAKPQPKMKTKSGPVMGGGLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVPKAP---VPQQAPSP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 TQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPPPQPAQLSVQQQAAQP-TRWVAPRNRG
:..::: :: :: :::: :: :: . :. : :::::::::.
CCDS13 -QAAPQP--QQ------VA--------QPLPAQPPALAQPQYQSPQQPPQTRWVAPRNRN
300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SGFGHNG---VDGNGVGQSQAGSGSTPS-EPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFI
..::..: :.:. :. : .: .:: : :::::::.. ..::::.:.:::: :::::
CCDS13 AAFGQSGGAGSDSNSPGNVQPNS--APSVESHPVLEKLKAAHSYNPKEFEWNLKSGRVFI
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 IKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMK
:::::::::::::::.:::::::::::::.:.: :..:::::::::::::::::::::::
CCDS13 IKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDSAFRCMSSKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMK
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 SAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPL
: :::.: :::::::::::.:::.:::::::::.::::::::::.:::::::::::::::
CCDS13 SPVDYGTSAGVWSQDKWKGKFDVQWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEVPL
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570
pF1KE5 EKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK
::::::::::.::::::::::::.:::::::::: :.::::.:.:
CCDS13 EKAKQVLKIISSYKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEVVRKERQSRNKQ
520 530 540 550
579 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 05:02:26 2016 done: Tue Nov 8 05:02:27 2016
Total Scan time: 4.090 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]