Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5562
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5562, 412 aa
1>>>pF1KE5562 412 - 412 aa - 412 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3108+/-0.000766; mu= 17.0187+/- 0.046
mean_var=67.6475+/-13.197, 0's: 0 Z-trim(108.9): 68 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.155937
statistics sampled from 10467 (10535) to 10467 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16
Scan time: 2.650
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 2886 658.1 4.4e-189
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 2685 612.9 2.1e-175
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 2685 612.9 2.2e-175
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 2206 505.0 4e-143
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 903 212.0 1e-54
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 903 212.0 1.1e-54
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 870 204.6 1.8e-52
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 781 184.6 1.8e-46
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 779 184.2 3.1e-46
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 750 177.6 2.1e-44
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 749 177.4 2.6e-44
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 749 177.4 2.7e-44
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 735 174.2 2.4e-43
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 716 169.9 4.5e-42
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 716 169.9 4.6e-42
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 692 164.5 1.8e-40
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 692 164.5 1.9e-40
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 644 153.7 3.3e-37
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 640 152.8 6.1e-37
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 482 117.3 3.1e-26
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 482 117.3 3.2e-26
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 469 114.4 2.5e-25
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 437 107.2 3.7e-23
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 437 107.2 3.8e-23
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 383 95.0 1.5e-19
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 375 93.2 6e-19
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 373 92.7 7.1e-19
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 373 92.7 7.3e-19
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 373 92.7 7.3e-19
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 373 92.8 7.5e-19
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 369 91.9 1.4e-18
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 367 91.4 2.1e-18
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 354 88.5 1.5e-17
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 337 84.6 2e-16
>>CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 (412 aa)
initn: 2886 init1: 2886 opt: 2886 Z-score: 3508.1 bits: 658.1 E(32554): 4.4e-189
Smith-Waterman score: 2886; 100.0% identity (100.0% similar) in 412 aa overlap (1-412:1-412)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANCDIADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANCDIADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFKSSC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 YIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 ECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 SLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 TRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 GLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE5 DESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
370 380 390 400 410
>>CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 (502 aa)
initn: 2685 init1: 2685 opt: 2685 Z-score: 3262.5 bits: 612.9 E(32554): 2.1e-175
Smith-Waterman score: 2685; 100.0% identity (100.0% similar) in 385 aa overlap (28-412:118-502)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANCDIADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFK
90 100 110 120 130 140
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSE
150 160 170 180 190 200
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 RFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGIT
210 220 230 240 250 260
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 VLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKM
270 280 290 300 310 320
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 PKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYI
330 340 350 360 370 380
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 GFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRF
390 400 410 420 430 440
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 RCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
450 460 470 480 490 500
>>CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 (531 aa)
initn: 2685 init1: 2685 opt: 2685 Z-score: 3262.1 bits: 612.9 E(32554): 2.2e-175
Smith-Waterman score: 2685; 100.0% identity (100.0% similar) in 385 aa overlap (28-412:147-531)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANCDIADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QWNVSEYPGVKTVRFPDGQIWKPDILLYNSADERFDATFHTNVLVNSSGHCQYLPPGIFK
120 130 140 150 160 170
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSE
180 190 200 210 220 230
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 RFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGIT
240 250 260 270 280 290
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 VLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKM
300 310 320 330 340 350
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 PKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYI
360 370 380 390 400 410
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 GFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRF
420 430 440 450 460 470
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 RCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
480 490 500 510 520 530
>>CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 (321 aa)
initn: 2206 init1: 2206 opt: 2206 Z-score: 2683.0 bits: 505.0 E(32554): 4e-143
Smith-Waterman score: 2206; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (92-412:1-321)
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410
pF1KE5 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
280 290 300 310 320
>>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (514 aa)
initn: 571 init1: 571 opt: 903 Z-score: 1095.7 bits: 212.0 E(32554): 1e-54
Smith-Waterman score: 904; 40.5% identity (66.7% similar) in 402 aa overlap (17-404:123-510)
10 20 30 40
pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANC--DIADERFDATFHTNVLVNS
. .:: . :: .: .: :.. . :
CCDS64 NVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFS
100 110 120 130 140 150
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 SGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDL-QM-QEADISGYIP
.: ...::.:.:::: ::: .:::: :.::.:::::.: ..:: :: : .:.. :
CCDS64 TGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWE
160 170 180 190 200 210
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 NGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVF
.::: .:. : . . :.:: : :::::.. ..:: :.: .::.:::.::: :..:::
CCDS64 SGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVF
220 230 240 250 260 270
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTV
::.: ::::.: :.::::::::.::..::.:.:: .:::..:. :::.: ::.:.::
CCDS64 YLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITV
280 290 300 310 320 330
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 IVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCA--WFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVE
.::. ::..:. ::.:.: ::. :. :.: :.:: : . : ..
CCDS64 FVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLG-CVPRWLL-MNRPP-----PPVEL----CHPLRLK
340 350 360 370 380
290 300 310 320 330
pF1KE5 MSAVAPPPASN--GNLLYIGFRGLDGVHCVP--TPDSGVVC--GRM--ACSPTHDEHLLH
.: :: .. . . : :. .:. :..: :.. . : . : ::.
CCDS64 LSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQ
390 400 410 420 430 440
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 GGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIIC
:. .: . : :: :.:::...: .: . .: .::..: :.::. : : . ..
CCDS64 EGEL-LLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLG
450 460 470 480 490 500
400 410
pF1KE5 TIGILMSAPNFVEAVSKDFA
:::... : :.
CCDS64 TIGLFL--PPFLAGMI
510
>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (529 aa)
initn: 571 init1: 571 opt: 903 Z-score: 1095.5 bits: 212.0 E(32554): 1.1e-54
Smith-Waterman score: 904; 40.5% identity (66.7% similar) in 402 aa overlap (17-404:138-525)
10 20 30 40
pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLWIAANC--DIADERFDATFHTNVLVNS
. .:: . :: .: .: :.. . :
CCDS60 NVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFS
110 120 130 140 150 160
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 SGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDL-QM-QEADISGYIP
.: ...::.:.:::: ::: .:::: :.::.:::::.: ..:: :: : .:.. :
CCDS60 TGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWE
170 180 190 200 210 220
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 NGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVF
.::: .:. : . . :.:: : :::::.. ..:: :.: .::.:::.::: :..:::
CCDS60 SGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVF
230 240 250 260 270 280
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTV
::.: ::::.: :.::::::::.::..::.:.:: .:::..:. :::.: ::.:.::
CCDS60 YLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITV
290 300 310 320 330 340
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 IVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCA--WFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVE
.::. ::..:. ::.:.: ::. :. :.: :.:: : . : ..
CCDS60 FVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLG-CVPRWLL-MNRPP-----PPVEL----CHPLRLK
350 360 370 380 390
290 300 310 320 330
pF1KE5 MSAVAPPPASN--GNLLYIGFRGLDGVHCVP--TPDSGVVC--GRM--ACSPTHDEHLLH
.: :: .. . . : :. .:. :..: :.. . : . : ::.
CCDS60 LSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQ
400 410 420 430 440 450
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 GGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIIC
:. .: . : :: :.:::...: .: . .: .::..: :.::. : : . ..
CCDS60 EGEL-LLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLG
460 470 480 490 500 510
400 410
pF1KE5 TIGILMSAPNFVEAVSKDFA
:::... : :.
CCDS60 TIGLFL--PPFLAGMI
520
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10 20 30 40
pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLW----IAANCDIADERFDATFHTNVLV
:..: . : ..: . : .:..:.
CCDS10 NLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDD--KTKALL
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pF1KE5 NSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQM--QEADISGY
. .:. ..::.:::::: ::: .:::: :.: .::::::: ..:: . . ... :
CCDS10 KYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDY
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110 120 130 140 150 160
pF1KE5 IPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALL
.::: .. :: . . :.::.: :::.:... .:: :.: .::.:::.::: :..:
CCDS10 WESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVL
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170 180 190 200 210 220
pF1KE5 VFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVV
:: ::.: :::..: :.::::::::.:...: .:.:: .:::..:. :::.: ::.:.
CCDS10 VFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVI
270 280 290 300 310 320
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 TVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVE
::.::. :.. : ::.:.....:: . : :: .. . :. : ..:
CCDS10 TVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNE-----GNAQKPRPLYGAE
330 340 350 360 370
290 300 310 320 330
pF1KE5 MSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGV--HC----VPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGG
.: . .... :. ::. .: . . .. : . : . : : ..
CCDS10 LSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSA
380 390 400 410 420 430
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 QPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTI
:: . . .. :.:::. .. :.:.. . ..::..: :.::. : .:.. :. :
CCDS10 LSPE----IKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTA
440 450 460 470 480 490
400 410
pF1KE5 GILMSAPNFVEAVSKDFA
:...
CCDS10 GLFLQPLMAREDA
500
>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (489 aa)
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10 20 30 40
pF1KE5 MQKYCIYQHFQFQLLIQHLW----IAANCDIADERFDATFHTNVLV
:..: . : ..: . : .:..:.
CCDS53 NLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLYNNAVGDFQVDD--KTKALL
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50 60 70 80 90 100
pF1KE5 NSSGHCQYLPPGIFKSSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQM--QEADISGY
. .:. ..::.:::::: ::: .:::: :.: .::::::: ..:: . . ... :
CCDS53 KYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDY
150 160 170 180 190 200
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 IPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALL
.::: .. :: . . :.::.: :::.:... .:: :.: .::.:::.::: :..:
CCDS53 WESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVL
210 220 230 240 250 260
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 VFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVV
:: ::.: :::..: :.::::::::.:...: .:.:: .:::..:. :::.: ::.:.
CCDS53 VFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVI
270 280 290 300 310 320
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 TVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVE
::.::. :.. : ::.:.....:: . : :: .. . :. : ..:
CCDS53 TVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRPTSNE-----GNAQKPRPLYGAE
330 340 350 360 370
290 300 310 320 330
pF1KE5 MSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGV--HC----VPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGG
.: . .... :. ::. .: . . .. : . : . : : ..
CCDS53 LSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSA
380 390 400 410 420 430
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 QPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTI
:: . . .. :.:::. .. :.:..
CCDS53 LSPE----IKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEEQKAQEIQQLKRKEKSTETSDQEPGL
440 450 460 470 480
>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa)
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:: : .: :.. . .:. :. ::.:.:
CCDS13 RWDPADYENVTSIRIPSELIWRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYK
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pF1KE5 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDL--QMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKR
::: ::: .:::: :.: .:::::.: ..:: . ...: . .::: .: :
CCDS13 SSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTY
160 170 180 190 200 210
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pF1KE5 SERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLG
. : :::: : :::.:.. ..:: :.: .::.:::.::: :..::: ::.. ::::.:
CCDS13 NTRKYECCAEIYPDITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLC
220 230 240 250 260 270
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 ITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGG
:.::::::::.::..::.:.:: .:::..:. :::.: ::.:.::.::. ::..:
CCDS13 ISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTH
280 290 300 310 320 330
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 KMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPG--EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGN
:: :.: ..:. .: ::::. .:. : . .. : . :::..:.
CCDS13 TMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGT
340 350 360 370 380 390
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 LLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYI
... . ::: : . : .:. :. : :: :..
CCDS13 Q---SLHPPSPSFCVPL-DVPAEPGP-SCKSPSDQ--LPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRP
400 410 420 430 440 450
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 ANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
CCDS13 PHGTQAPGLAKARSLSVQHMSSPGEAVEGGVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALA
460 470 480 490 500 510
>>CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 (450 aa)
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10 20 30 40 50
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:: . .. :::.. .: .. :.: .
CCDS77 RWDPNAYGGLDAIRIPSSLVWRPDIVLYNKADAQPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITR
100 110 120 130 140 150
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 SSCYIDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQ--EADISGYIPNGEWDLVGIPGKR
::: .:: ::::.::: : ::::..:: .::.. . :... .. : :: ..:.:..:
CCDS77 SSCRVDVAAFPFDAQHCGLTFGSWTHGGHQLDVRPRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARR
160 170 180 190 200 210
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pF1KE5 SERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLG
: ::.:::::::::. .:::. : :::.:::::: :: :.: ::::::::.:::
CCDS77 RVLTYGCCSEPYPDVTFTLLLRRRAAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLG
220 230 240 250 260 270
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pF1KE5 ITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGG
.::::.::::.::.:: :: ..:::::..:. .:: .: .:...:..... :. :.
CCDS77 VTVLLALTVFQLLLAESMPP-AESVPLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVR
280 290 300 310 320 330
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 KMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLL
.: :.:..::. : : ... :: : : . :.: : : :
CCDS77 PVPAWARALLLGHLARGLCVRERGE----PCGQSRPP-------ELS---PSPQSP----
340 350 360 370
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pF1KE5 YIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIAN
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CCDS77 ----EGGAG------PPAGP-CHEPRCL-CRQEALLH----------------HVATIAN
380 390 400
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 RFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
:: . .. .:: : :.::. : : .... .. .:..:
CCDS77 TFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSLLVLVQAL
410 420 430 440 450
412 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 01:51:09 2016 done: Tue Nov 8 01:51:09 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]