Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5559
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5559, 404 aa
1>>>pF1KE5559 404 - 404 aa - 404 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1023+/-0.00098; mu= 7.0464+/- 0.059
mean_var=230.0533+/-46.333, 0's: 0 Z-trim(113.4): 12 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.084559
statistics sampled from 14026 (14038) to 14026 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.754), E-opt: 0.2 (0.431), width: 16
Scan time: 3.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11124.1 KCNAB3 gene_id:9196|Hs108|chr17 ( 404) 2738 346.6 2.5e-95
CCDS33882.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 ( 401) 1817 234.2 1.6e-61
CCDS3175.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 ( 408) 1731 223.7 2.4e-58
CCDS56.1 KCNAB2 gene_id:8514|Hs108|chr1 ( 353) 1723 222.7 4.2e-58
CCDS55.1 KCNAB2 gene_id:8514|Hs108|chr1 ( 367) 1712 221.4 1.1e-57
CCDS3174.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 ( 419) 1713 221.6 1.1e-57
CCDS55571.1 KCNAB2 gene_id:8514|Hs108|chr1 ( 300) 1518 197.6 1.3e-50
CCDS77845.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 ( 372) 996 134.0 2.2e-31
CCDS77844.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 ( 390) 996 134.1 2.3e-31
CCDS55570.1 KCNAB2 gene_id:8514|Hs108|chr1 ( 415) 990 133.4 3.9e-31
>>CCDS11124.1 KCNAB3 gene_id:9196|Hs108|chr17 (404 aa)
initn: 2738 init1: 2738 opt: 2738 Z-score: 1825.0 bits: 346.6 E(32554): 2.5e-95
Smith-Waterman score: 2738; 100.0% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MQVSIACTEQNLRSRSSEDRLCGPRPGPGGGNGGPAGGGHGNPPGGGGSGPKARAALVPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MQVSIACTEQNLRSRSSEDRLCGPRPGPGGGNGGPAGGGHGNPPGGGGSGPKARAALVPR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PPAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGSQISDETAEDVLTVAYEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PPAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGSQISDETAEDVLTVAYEH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRSSYVITTKIFWGGQAETERGLSRKHIIEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRSSYVITTKIFWGGQAETERGLSRKHIIEG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPMEEIVRAMTYVINQGLALYWGTSRWGAAEIMEAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPMEEIVRAMTYVINQGLALYWGTSRWGAAEIMEAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 SMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKVEMQLPELYHKIGVGSVTWYPLACGLITSKYDGRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKVEMQLPELYHKIGVGSVTWYPLACGLITSKYDGRV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 PDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQQAKVMDLLPVAHQLGCTVAQLAIAWCLRSEGVSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQQAKVMDLLPVAHQLGCTVAQLAIAWCLRSEGVSS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE5 VLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTPQTVMEIDGLLGNKPHSKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTPQTVMEIDGLLGNKPHSKK
370 380 390 400
>>CCDS33882.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 (401 aa)
initn: 1851 init1: 1752 opt: 1817 Z-score: 1217.8 bits: 234.2 E(32554): 1.6e-61
Smith-Waterman score: 1817; 67.6% identity (84.9% similar) in 410 aa overlap (1-404:1-397)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MQVSIACTEQNLRSRSSEDRLCGPRPGPGGGNGGPAGGGHGNPPGGGGSGPKARA-ALVP
:::::::::.::.::..:::: . . . . : ... : :. :..
CCDS33 MQVSIACTEHNLKSRNGEDRLLSKQSSTA-------------PNVVNAARAKFRTVAIIA
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 RP-----PAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGSQISDETAEDVL
: : .:.:::.. :::::::::::::::::::::::::::.:::::.:: ..
CCDS33 RSLGTFTPQHHISLKESTAKQTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGGQISDEVAERLM
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 TVAYEHGVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRSSYVITTKIFWGGQAETERGLSR
:.::: ::::::::::::::::: ::.:.:.::::::: :::::..:::.:::::::::
CCDS33 TIAYESGVNLFDTAEVYAAGKAEVILGSIIKKKGWRRSSLVITTKLYWGGKAETERGLSR
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 KHIIEGLRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPMEEIVRAMTYVINQGLALYWGTSRWGAA
:::::::.:::.:::: :::.::::: : : ::::::::::.:::::.:.:::::::.:
CCDS33 KHIIEGLKGSLQRLQLEYVDVVFANRPDSNTPMEEIVRAMTHVINQGMAMYWGTSRWSAM
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 EIMEAYSMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKVEMQLPELYHKIGVGSVTWYPLACGLITS
:::::::.:::::.:::::::::.:::::::::.::::::::::::..:: :::::.:..
CCDS33 EIMEAYSVARQFNMIPPVCEQAEYHLFQREKVEVQLPELYHKIGVGAMTWSPLACGIISG
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 KYDGRVPDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQQAKVMDLLPVAHQLGCTVAQLAIAWCLR
:: . ::.. :::.: :::::... ::.:.::: :. :: :.:..::::. :::.:::::
CCDS33 KYGNGVPESSRASLKCYQWLKERIVSEEGRKQQNKLKDLSPIAERLGCTLPQLAVAWCLR
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE5 SEGVSSVLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTPQTVMEIDGLLGNKPHSKK
.::::::::: :. :::::.:::.::: ..: ..: :::..: :::.:::
CCDS33 NEGVSSVLLGSSTPEQLIENLGAIQVLPKMTSHVVNEIDNILRNKPYSKKDYRS
350 360 370 380 390 400
>>CCDS3175.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 (408 aa)
initn: 1731 init1: 1731 opt: 1731 Z-score: 1161.1 bits: 223.7 E(32554): 2.4e-58
Smith-Waterman score: 1731; 74.6% identity (91.1% similar) in 338 aa overlap (67-404:67-404)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 GGGHGNPPGGGGSGPKARAALVPRPPAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLG
.:.:.: ::: :::::::::::::::::
CCDS31 TQPQAACKPVRPSGAAEQKYVEKFLRVHGISLQETTRAETGMAYRNLGKSGLRVSCLGLG
40 50 60 70 80 90
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 TWVTFGSQISDETAEDVLTVAYEHGVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRSSYVI
::::::.:::::.:: ..:.::: ::::::::::::::::: ::.:.:.::::::: ::
CCDS31 TWVTFGGQISDEVAERLMTIAYESGVNLFDTAEVYAAGKAEVILGSIIKKKGWRRSSLVI
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 TTKIFWGGQAETERGLSRKHIIEGLRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPMEEIVRAMTY
:::..:::.::::::::::::::::.:::.:::: :::.::::: : : ::::::::::.
CCDS31 TTKLYWGGKAETERGLSRKHIIEGLKGSLQRLQLEYVDVVFANRPDSNTPMEEIVRAMTH
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 VINQGLALYWGTSRWGAAEIMEAYSMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKVEMQLPELYHK
:::::.:.:::::::.: :::::::.:::::.:::::::::.:::::::::.::::::::
CCDS31 VINQGMAMYWGTSRWSAMEIMEAYSVARQFNMIPPVCEQAEYHLFQREKVEVQLPELYHK
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 IGVGSVTWYPLACGLITSKYDGRVPDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQQAKVMDLLPV
::::..:: :::::.:..:: . ::.. :::.: :::::... ::.:.::: :. :: :.
CCDS31 IGVGAMTWSPLACGIISGKYGNGVPESSRASLKCYQWLKERIVSEEGRKQQNKLKDLSPI
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 AHQLGCTVAQLAIAWCLRSEGVSSVLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTPQTVMEIDGLL
:..::::. :::.:::::.::::::::: :. :::::.:::.::: ..: ..: :::..:
CCDS31 AERLGCTLPQLAVAWCLRNEGVSSVLLGSSTPEQLIENLGAIQVLPKMTSHVVNEIDNIL
340 350 360 370 380 390
400
pF1KE5 GNKPHSKK
:::.:::
CCDS31 RNKPYSKKDYRS
400
>>CCDS56.1 KCNAB2 gene_id:8514|Hs108|chr1 (353 aa)
initn: 1718 init1: 1718 opt: 1723 Z-score: 1156.6 bits: 222.7 E(32554): 4.2e-58
Smith-Waterman score: 1723; 72.2% identity (91.2% similar) in 342 aa overlap (63-404:9-349)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 GGPAGGGHGNPPGGGGSGPKARAALVPRPPAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSC
.:: ..:: . :: :::::::::::::
CCDS56 MYPESTTGSPARLSLRQTG-SPGMIYRNLGKSGLRVSC
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 LGLGTWVTFGSQISDETAEDVLTVAYEHGVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRS
::::::::::.::.:: ::...:.::..:.::::::::::::::: .::::.:.::::::
CCDS56 LGLGTWVTFGGQITDEMAEQLMTLAYDNGINLFDTAEVYAAGKAEVVLGNIIKKKGWRRS
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 SYVITTKIFWGGQAETERGLSRKHIIEGLRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPMEEIVR
: ::::::::::.::::::::::::::::..::::::: :::.::::: ::: :::: ::
CCDS56 SLVITTKIFWGGKAETERGLSRKHIIEGLKASLERLQLEYVDVVFANRPDPNTPMEETVR
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 AMTYVINQGLALYWGTSRWGAAEIMEAYSMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKVEMQLPE
:::.:::::.:.:::::::.. :::::::.:::::: ::.:::::.:.:::::::.::::
CCDS56 AMTHVINQGMAMYWGTSRWSSMEIMEAYSVARQFNLTPPICEQAEYHMFQREKVEVQLPE
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 LYHKIGVGSVTWYPLACGLITSKYDGRVPDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQQAKVMD
:.::::::..:: :::::....:::. .: :::.:::::::::. ::.:..::::. .
CCDS56 LFHKIGVGAMTWSPLACGIVSGKYDSGIPPYSRASLKGYQWLKDKILSEEGRRQQAKLKE
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 LLPVAHQLGCTVAQLAIAWCLRSEGVSSVLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTPQTVMEI
: .:..::::. :::::::::.:::::::::.:.:.::.:..::.::: .:. . . ::
CCDS56 LQAIAERLGCTLPQLAIAWCLRNEGVSSVLLGASNADQLMENIGAIQVLPKLSSSIIHEI
280 290 300 310 320 330
400
pF1KE5 DGLLGNKPHSKK
:..:::::.:::
CCDS56 DSILGNKPYSKKDYRS
340 350
>>CCDS55.1 KCNAB2 gene_id:8514|Hs108|chr1 (367 aa)
initn: 1706 init1: 1706 opt: 1712 Z-score: 1149.1 bits: 221.4 E(32554): 1.1e-57
Smith-Waterman score: 1712; 69.4% identity (88.1% similar) in 360 aa overlap (49-404:7-363)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 DRLCGPRPGPGGGNGGPAGGGHGNPPGGGGSGPKARAALVPRPPAPAGALRESTGRGTGM
.: :: .: : . : . :: :.
CCDS55 MYPESTTGSPARLSL--RQTGSPGMIY-STRYGSPK
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 K----YRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGSQISDETAEDVLTVAYEHGVNLFDTAEVYAAG
. :::::::::::::::::::::::.::.:: ::...:.::..:.::::::::::::
CCDS55 RQLQFYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGGQITDEMAEQLMTLAYDNGINLFDTAEVYAAG
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 KAERTLGNILKSKGWRRSSYVITTKIFWGGQAETERGLSRKHIIEGLRGSLERLQLGYVD
::: .::::.:.::::::: ::::::::::.::::::::::::::::..::::::: :::
CCDS55 KAEVVLGNIIKKKGWRRSSLVITTKIFWGGKAETERGLSRKHIIEGLKASLERLQLEYVD
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 IVFANRSDPNCPMEEIVRAMTYVINQGLALYWGTSRWGAAEIMEAYSMARQFNLIPPVCE
.::::: ::: :::: :::::.:::::.:.:::::::.. :::::::.:::::: ::.::
CCDS55 VVFANRPDPNTPMEETVRAMTHVINQGMAMYWGTSRWSSMEIMEAYSVARQFNLTPPICE
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 QAEHHLFQREKVEMQLPELYHKIGVGSVTWYPLACGLITSKYDGRVPDTCRASIKGYQWL
:::.:.:::::::.:::::.::::::..:: :::::....:::. .: :::.::::::
CCDS55 QAEYHMFQREKVEVQLPELFHKIGVGAMTWSPLACGIVSGKYDSGIPPYSRASLKGYQWL
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 KDKVQSEDGKKQQAKVMDLLPVAHQLGCTVAQLAIAWCLRSEGVSSVLLGVSSAEQLIEH
:::. ::.:..::::. .: .:..::::. :::::::::.:::::::::.:.:.::.:.
CCDS55 KDKILSEEGRRQQAKLKELQAIAERLGCTLPQLAIAWCLRNEGVSSVLLGASNADQLMEN
280 290 300 310 320 330
380 390 400
pF1KE5 LGALQVLSQLTPQTVMEIDGLLGNKPHSKK
.::.::: .:. . . :::..:::::.:::
CCDS55 IGAIQVLPKLSSSIIHEIDSILGNKPYSKKDYRS
340 350 360
>>CCDS3174.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 (419 aa)
initn: 1713 init1: 1713 opt: 1713 Z-score: 1149.0 bits: 221.6 E(32554): 1.1e-57
Smith-Waterman score: 1713; 75.4% identity (91.8% similar) in 329 aa overlap (76-404:87-415)
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 GGGSGPKARAALVPRPPAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGSQI
::: .::::::::::::::::::::::.::
CCDS31 ARQLALLREVEMNWYLKLCDLSSEHTTVCTTGMPHRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGGQI
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 SDETAEDVLTVAYEHGVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRSSYVITTKIFWGGQ
:::.:: ..:.::: ::::::::::::::::: ::.:.:.::::::: :::::..:::.
CCDS31 SDEVAERLMTIAYESGVNLFDTAEVYAAGKAEVILGSIIKKKGWRRSSLVITTKLYWGGK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 AETERGLSRKHIIEGLRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPMEEIVRAMTYVINQGLALY
::::::::::::::::.:::.:::: :::.::::: : : ::::::::::.:::::.:.:
CCDS31 AETERGLSRKHIIEGLKGSLQRLQLEYVDVVFANRPDSNTPMEEIVRAMTHVINQGMAMY
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 WGTSRWGAAEIMEAYSMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKVEMQLPELYHKIGVGSVTWY
::::::.: :::::::.:::::.:::::::::.:::::::::.::::::::::::..::
CCDS31 WGTSRWSAMEIMEAYSVARQFNMIPPVCEQAEYHLFQREKVEVQLPELYHKIGVGAMTWS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 PLACGLITSKYDGRVPDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQQAKVMDLLPVAHQLGCTVA
:::::.:..:: . ::.. :::.: :::::... ::.:.::: :. :: :.:..::::.
CCDS31 PLACGIISGKYGNGVPESSRASLKCYQWLKERIVSEEGRKQQNKLKDLSPIAERLGCTLP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 QLAIAWCLRSEGVSSVLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTPQTVMEIDGLLGNKPHSKK
:::.:::::.::::::::: :. :::::.:::.::: ..: ..: :::..: :::.:::
CCDS31 QLAVAWCLRNEGVSSVLLGSSTPEQLIENLGAIQVLPKMTSHVVNEIDNILRNKPYSKKD
360 370 380 390 400 410
CCDS31 YRS
>>CCDS55571.1 KCNAB2 gene_id:8514|Hs108|chr1 (300 aa)
initn: 1518 init1: 1518 opt: 1518 Z-score: 1022.3 bits: 197.6 E(32554): 1.3e-50
Smith-Waterman score: 1518; 72.5% identity (92.5% similar) in 295 aa overlap (110-404:2-296)
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 YRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGSQISDETAEDVLTVAYEHGVNLFDTAEVYAAGKAERT
::...:.::..:.::::::::::::::: .
CCDS55 MAEQLMTLAYDNGINLFDTAEVYAAGKAEVV
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 LGNILKSKGWRRSSYVITTKIFWGGQAETERGLSRKHIIEGLRGSLERLQLGYVDIVFAN
::::.:.::::::: ::::::::::.::::::::::::::::..::::::: :::.::::
CCDS55 LGNIIKKKGWRRSSLVITTKIFWGGKAETERGLSRKHIIEGLKASLERLQLEYVDVVFAN
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 RSDPNCPMEEIVRAMTYVINQGLALYWGTSRWGAAEIMEAYSMARQFNLIPPVCEQAEHH
: ::: :::: :::::.:::::.:.:::::::.. :::::::.:::::: ::.:::::.:
CCDS55 RPDPNTPMEETVRAMTHVINQGMAMYWGTSRWSSMEIMEAYSVARQFNLTPPICEQAEYH
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 LFQREKVEMQLPELYHKIGVGSVTWYPLACGLITSKYDGRVPDTCRASIKGYQWLKDKVQ
.:::::::.:::::.::::::..:: :::::....:::. .: :::.:::::::::.
CCDS55 MFQREKVEVQLPELFHKIGVGAMTWSPLACGIVSGKYDSGIPPYSRASLKGYQWLKDKIL
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 SEDGKKQQAKVMDLLPVAHQLGCTVAQLAIAWCLRSEGVSSVLLGVSSAEQLIEHLGALQ
::.:..::::. .: .:..::::. :::::::::.:::::::::.:.:.::.:..::.:
CCDS55 SEEGRRQQAKLKELQAIAERLGCTLPQLAIAWCLRNEGVSSVLLGASNADQLMENIGAIQ
220 230 240 250 260 270
380 390 400
pF1KE5 VLSQLTPQTVMEIDGLLGNKPHSKK
:: .:. . . :::..:::::.:::
CCDS55 VLPKLSSSIIHEIDSILGNKPYSKKDYRS
280 290 300
>>CCDS77845.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 (372 aa)
initn: 1118 init1: 996 opt: 996 Z-score: 677.0 bits: 134.0 E(32554): 2.2e-31
Smith-Waterman score: 1600; 62.2% identity (78.8% similar) in 410 aa overlap (1-404:1-368)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MQVSIACTEQNLRSRSSEDRLCGPRPGPGGGNGGPAGGGHGNPPGGGGSGPKARA-ALVP
:::::::::.::.::..:::: . . . . : ... : :. :..
CCDS77 MQVSIACTEHNLKSRNGEDRLLSKQSSTA-------------PNVVNAARAKFRTVAIIA
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 RP-----PAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGSQISDETAEDVL
: : .:.:::.. :::::::::::::::::::::::::::.:::::.:: ..
CCDS77 RSLGTFTPQHHISLKESTAKQTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGGQISDEVAERLM
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 TVAYEHGVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRSSYVITTKIFWGGQAETERGLSR
:.::: ::::::::::::::::: ::.:.:.::::::: :::::..:::.:::::::::
CCDS77 TIAYESGVNLFDTAEVYAAGKAEVILGSIIKKKGWRRSSLVITTKLYWGGKAETERGLSR
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 KHIIEGLRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPMEEIVRAMTYVINQGLALYWGTSRWGAA
::::: :::::::.:::::.:.:::::::.:
CCDS77 KHIIE-----------------------------EIVRAMTHVINQGMAMYWGTSRWSAM
170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 EIMEAYSMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKVEMQLPELYHKIGVGSVTWYPLACGLITS
:::::::.:::::.:::::::::.:::::::::.::::::::::::..:: :::::.:..
CCDS77 EIMEAYSVARQFNMIPPVCEQAEYHLFQREKVEVQLPELYHKIGVGAMTWSPLACGIISG
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 KYDGRVPDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQQAKVMDLLPVAHQLGCTVAQLAIAWCLR
:: . ::.. :::.: :::::... ::.:.::: :. :: :.:..::::. :::.:::::
CCDS77 KYGNGVPESSRASLKCYQWLKERIVSEEGRKQQNKLKDLSPIAERLGCTLPQLAVAWCLR
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400
pF1KE5 SEGVSSVLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTPQTVMEIDGLLGNKPHSKK
.::::::::: :. :::::.:::.::: ..: ..: :::..: :::.:::
CCDS77 NEGVSSVLLGSSTPEQLIENLGAIQVLPKMTSHVVNEIDNILRNKPYSKKDYRS
320 330 340 350 360 370
>>CCDS77844.1 KCNAB1 gene_id:7881|Hs108|chr3 (390 aa)
initn: 1044 init1: 996 opt: 996 Z-score: 676.7 bits: 134.1 E(32554): 2.3e-31
Smith-Waterman score: 1496; 68.7% identity (84.2% similar) in 329 aa overlap (76-404:87-386)
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 GGGSGPKARAALVPRPPAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGSQI
::: .::::::::::::::::::::::.::
CCDS77 ARQLALLREVEMNWYLKLCDLSSEHTTVCTTGMPHRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTFGGQI
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 SDETAEDVLTVAYEHGVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRSSYVITTKIFWGGQ
:::.:: ..:.::: ::::::::::::::::: ::.:.:.::::::: :::::..:::.
CCDS77 SDEVAERLMTIAYESGVNLFDTAEVYAAGKAEVILGSIIKKKGWRRSSLVITTKLYWGGK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 AETERGLSRKHIIEGLRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPMEEIVRAMTYVINQGLALY
:::::::::::::: :::::::.:::::.:.:
CCDS77 AETERGLSRKHIIE-----------------------------EIVRAMTHVINQGMAMY
180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 WGTSRWGAAEIMEAYSMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKVEMQLPELYHKIGVGSVTWY
::::::.: :::::::.:::::.:::::::::.:::::::::.::::::::::::..::
CCDS77 WGTSRWSAMEIMEAYSVARQFNMIPPVCEQAEYHLFQREKVEVQLPELYHKIGVGAMTWS
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 PLACGLITSKYDGRVPDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQQAKVMDLLPVAHQLGCTVA
:::::.:..:: . ::.. :::.: :::::... ::.:.::: :. :: :.:..::::.
CCDS77 PLACGIISGKYGNGVPESSRASLKCYQWLKERIVSEEGRKQQNKLKDLSPIAERLGCTLP
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 QLAIAWCLRSEGVSSVLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTPQTVMEIDGLLGNKPHSKK
:::.:::::.::::::::: :. :::::.:::.::: ..: ..: :::..: :::.:::
CCDS77 QLAVAWCLRNEGVSSVLLGSSTPEQLIENLGAIQVLPKMTSHVVNEIDNILRNKPYSKKD
330 340 350 360 370 380
CCDS77 YRS
390
>>CCDS55570.1 KCNAB2 gene_id:8514|Hs108|chr1 (415 aa)
initn: 989 init1: 989 opt: 990 Z-score: 672.4 bits: 133.4 E(32554): 3.9e-31
Smith-Waterman score: 1695; 70.7% identity (88.8% similar) in 348 aa overlap (72-404:64-411)
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 NPPGGGGSGPKARAALVPRPPAPAGALRESTGRGTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTF
:.. ::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LQRLREVRAAAQARNMESFLRMHGLSLDGCTAQRTGMKYRNLGKSGLRVSCLGLGTWVTF
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 GSQISDETAEDVLTVAYEHGVNLFDTAEVYAAGKAERTLGNILKSKGWRRSSYVITTKIF
:.::.:: ::...:.::..:.::::::::::::::: .::::.:.::::::: :::::::
CCDS55 GGQITDEMAEQLMTLAYDNGINLFDTAEVYAAGKAEVVLGNIIKKKGWRRSSLVITTKIF
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200
pF1KE5 WGGQAETERGLSRKHIIEGLRGSLERLQLGYVDIVFANRSDPNCPME-------------
:::.::::::::::::::::..::::::: :::.::::: ::: :::
CCDS55 WGGKAETERGLSRKHIIEGLKASLERLQLEYVDVVFANRPDPNTPMEGDPFSSSKSRTFI
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 --EIVRAMTYVINQGLALYWGTSRWGAAEIMEAYSMARQFNLIPPVCEQAEHHLFQREKV
: :::::.:::::.:.:::::::.. :::::::.:::::: ::.:::::.:.::::::
CCDS55 IEETVRAMTHVINQGMAMYWGTSRWSSMEIMEAYSVARQFNLTPPICEQAEYHMFQREKV
220 230 240 250 260 270
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 EMQLPELYHKIGVGSVTWYPLACGLITSKYDGRVPDTCRASIKGYQWLKDKVQSEDGKKQ
:.:::::.::::::..:: :::::....:::. .: :::.:::::::::. ::.:..:
CCDS55 EVQLPELFHKIGVGAMTWSPLACGIVSGKYDSGIPPYSRASLKGYQWLKDKILSEEGRRQ
280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 QAKVMDLLPVAHQLGCTVAQLAIAWCLRSEGVSSVLLGVSSAEQLIEHLGALQVLSQLTP
:::. .: .:..::::. :::::::::.:::::::::.:.:.::.:..::.::: .:.
CCDS55 QAKLKELQAIAERLGCTLPQLAIAWCLRNEGVSSVLLGASNADQLMENIGAIQVLPKLSS
340 350 360 370 380 390
390 400
pF1KE5 QTVMEIDGLLGNKPHSKK
. . :::..:::::.:::
CCDS55 SIIHEIDSILGNKPYSKKDYRS
400 410
404 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 01:49:28 2016 done: Tue Nov 8 01:49:29 2016
Total Scan time: 3.010 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]