Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5544
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5544, 381 aa
1>>>pF1KE5544 381 - 381 aa - 381 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8192+/-0.000483; mu= 8.7662+/- 0.029
mean_var=135.5426+/-27.386, 0's: 0 Z-trim(112.1): 119 B-trim: 25 in 1/52
Lambda= 0.110163
statistics sampled from 20738 (20867) to 20738 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16
Scan time: 7.210
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_062815 (OMIM: 606679) transient receptor potent ( 729) 2491 408.3 2.9e-113
NP_061116 (OMIM: 606680) transient receptor potent ( 765) 1912 316.3 1.5e-85
XP_011522225 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 531) 324 63.8 1.1e-09
XP_005256735 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 548) 324 63.8 1.1e-09
XP_016880221 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 585) 324 63.8 1.2e-09
XP_016880220 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 629) 324 63.9 1.2e-09
XP_005256734 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 630) 324 63.9 1.2e-09
XP_016880219 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 679) 324 63.9 1.3e-09
XP_006721606 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 680) 324 63.9 1.3e-09
XP_011522224 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 719) 324 63.9 1.4e-09
XP_006721604 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 733) 324 63.9 1.4e-09
XP_005256733 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient r ( 763) 324 63.9 1.4e-09
NP_057197 (OMIM: 606676) transient receptor potent ( 764) 324 63.9 1.4e-09
NP_671737 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18409 ( 811) 293 59.0 4.5e-08
XP_011536934 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 862) 293 59.0 4.7e-08
XP_011536938 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 603) 256 53.0 2.1e-06
XP_011536937 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 695) 256 53.1 2.4e-06
XP_011536936 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 793) 256 53.1 2.6e-06
NP_001170899 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 824) 256 53.1 2.7e-06
NP_001170902 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 837) 256 53.1 2.7e-06
NP_067638 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18409 ( 871) 256 53.2 2.8e-06
XP_016875263 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 871) 256 53.2 2.8e-06
XP_005253975 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 871) 256 53.2 2.8e-06
XP_011536933 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 875) 256 53.2 2.8e-06
XP_011536932 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 922) 256 53.2 2.9e-06
NP_001170904 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 764) 230 49.0 4.5e-05
XP_011536935 (OMIM: 113500,156530,168400,181405,18 ( 815) 230 49.0 4.7e-05
NP_659505 (OMIM: 607066,614594,616400) transient r ( 790) 215 46.6 0.00024
NP_001245134 (OMIM: 607066,614594,616400) transien ( 791) 215 46.6 0.00024
NP_542436 (OMIM: 602076) transient receptor potent ( 839) 192 43.0 0.0032
NP_542437 (OMIM: 602076) transient receptor potent ( 839) 192 43.0 0.0032
NP_061197 (OMIM: 602076) transient receptor potent ( 839) 192 43.0 0.0032
NP_542435 (OMIM: 602076) transient receptor potent ( 839) 192 43.0 0.0032
>>NP_062815 (OMIM: 606679) transient receptor potential (729 aa)
initn: 2491 init1: 2491 opt: 2491 Z-score: 2154.5 bits: 408.3 E(85289): 2.9e-113
Smith-Waterman score: 2491; 100.0% identity (100.0% similar) in 374 aa overlap (1-374:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGGFLPKAEGPGSQLQKLLPSFLVREQDWDQHLDKLHMLQQKRILESPLLRASKENDLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 MGGFLPKAEGPGSQLQKLLPSFLVREQDWDQHLDKLHMLQQKRILESPLLRASKENDLSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 LRQLLLDCTCDVRQRGALGETALHIAALYDNLEAALVLMEAAPELVFEPTTCEAFAGQTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 LRQLLLDCTCDVRQRGALGETALHIAALYDNLEAALVLMEAAPELVFEPTTCEAFAGQTA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 LHIAVVNQNVNLVRALLTRRASVSARATGTAFRHSPRNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 LHIAVVNQNVNLVRALLTRRASVSARATGTAFRHSPRNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LLIEHGADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKTFACQMYNLLLSYDGHGDHLQPLDLVPNHQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 LLIEHGADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKTFACQMYNLLLSYDGHGDHLQPLDLVPNHQG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 LTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQKRRHIQWTYGPLTSILYDLTEIDSWGEELSFLELVVSSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 LTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQKRRHIQWTYGPLTSILYDLTEIDSWGEELSFLELVVSSD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 KREARQILEQTPVKELVSFKWNKYGRPYFCILAALYLLYMICFTTCCVYRPLKFRGGNRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 KREARQILEQTPVKELVSFKWNKYGRPYFCILAALYLLYMICFTTCCVYRPLKFRGGNRT
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KE5 HSRDITILQQKLLQVILLRRG
::::::::::::::
NP_062 HSRDITILQQKLLQEAYETREDIIRLVGELVSIVGAVIILLLEIPDIFRVGASRYFGKTI
370 380 390 400 410 420
>>NP_061116 (OMIM: 606680) transient receptor potential (765 aa)
initn: 1912 init1: 1912 opt: 1912 Z-score: 1656.8 bits: 316.3 E(85289): 1.5e-85
Smith-Waterman score: 1912; 77.8% identity (89.0% similar) in 374 aa overlap (1-374:41-414)
10 20 30
pF1KE5 MGGFLPKAEGPGSQLQKLLPSFLVREQDWD
:: ::: .: : . . .. :...:
NP_061 ALGGADVAPRLSPVRVWPRPQAPKEPALHPMGLSLPKEKGLILCLWSKFCRWFQRRESWA
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 QHLDKLHMLQQKRILESPLLRASKENDLSVLRQLLLDCTCDVRQRGALGETALHIAALYD
: :. ..:::::: ::::: :.:.::...: .:: : :.::::.::::::::::::
NP_061 QSRDEQNLLQQKRIWESPLLLAAKDNDVQALNKLLKYEDCKVHQRGAMGETALHIAALYD
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 NLEAALVLMEAAPELVFEPTTCEAFAGQTALHIAVVNQNVNLVRALLTRRASVSARATGT
:::::.::::::::::::: : : . :::::::::::::.:::::::.::::::::::::
NP_061 NLEAAMVLMEAAPELVFEPMTSELYEGQTALHIAVVNQNMNLVRALLARRASVSARATGT
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 AFRHSPRNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHGADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKT
:::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AFRRSPCNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHGADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKT
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 FACQMYNLLLSYDGHGDHLQPLDLVPNHQGLTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQKRRHIQWTY
::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: ::::
NP_061 FACQMYNLLLSYDRHGDHLQPLDLVPNHQGLTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQKRKHTQWTY
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 GPLTSILYDLTEIDSWGEELSFLELVVSSDKREARQILEQTPVKELVSFKWNKYGRPYFC
::::: ::::::::: :.: :.:::.... ::::::::.:::::::::.::..:::::::
NP_061 GPLTSTLYDLTEIDSSGDEQSLLELIITTKKREARQILDQTPVKELVSLKWKRYGRPYFC
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380
pF1KE5 ILAALYLLYMICFTTCCVYRPLKFRGGNRTHSRDITILQQKLLQVILLRRG
.:.:.::::.:::: ::.::::: : .::: :: :.:::::::
NP_061 MLGAIYLLYIICFTMCCIYRPLKPRTNNRTSPRDNTLLQQKLLQEAYMTPKDDIRLVGEL
380 390 400 410 420 430
NP_061 VTVIGAIIILLVEVPDIFRMGVTRFFGQTILGGPFHVLIITYAFMVLVTMVMRLISASGE
440 450 460 470 480 490
>>XP_011522225 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient recep (531 aa)
initn: 402 init1: 180 opt: 324 Z-score: 295.0 bits: 63.8 E(85289): 1.1e-09
Smith-Waterman score: 454; 34.5% identity (61.6% similar) in 307 aa overlap (76-351:113-413)
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 ESPLLRASKENDLSVLRQLLLDCTCDVRQRGALGETALHIAALY--DNLEAALV-LME--
:. :.: : :.: :...: .. :..
XP_011 VSRGVPEDLAGLPEYLSKTSKYLTDSEYTEGSTGKTCLMKAVLNLKDGVNACILPLLQID
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150
pF1KE5 ---AAPE-LVFEPTTCEAFAGQTALHIAVVNQNVNLVRALLTRRASVSARATGTAFRHSP
. :. :: : . . :..:::::. ..... :. :. :.: ::: : :...
XP_011 RDSGNPQPLVNAQCTDDYYRGHSALHIAIEKRSLQCVKLLVENGANVHARACGRFFQKGQ
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 RNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHG---ADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKTFAC
. .:::: :::.:::... ..: :.:. :...: :: :::::: :.. ...
XP_011 GTCFYFGELPLSLAACTKQWDVVSYLLENPHQPASLQATDSQGNTVLHALVMISDNS--A
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KE5 QMYNLLLS-YDG---HGDHLQP---LDLVPNHQGLTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQK----
. :. : ::: : .: : :. . : : :::.:::. ::. .:.:..:.
XP_011 ENIALVTSMYDGLLQAGARLCPTVQLEDIRNLQDLTPLKLAAKEGKIEIFRHILQREFSG
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310
pF1KE5 -----RRHIQWTYGPLTSILYDLTEIDSWGEELSFLELVV---SSDKREARQILEQTPVK
:. .: :::. ::::. .:: :: : ::... .: .:. .:: :..
XP_011 LSHLSRKFTEWCYGPVRVSLYDLASVDS-CEENSVLEIIAFHCKSPHRHRMVVLE--PLN
330 340 350 360 370
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 ELVSFKWNKYGRPYFCILAALYLLYMICFTTCCVYRPLKFRGGNRTHSRDITILQQKLLQ
.:.. ::. : : . :.::. ::. ..:
XP_011 KLLQAKWDLLI-PKFFLNFLCNLIYMFIFTAVAYHQPTLKKQAAPHLKAEVGNSMLLTGH
380 390 400 410 420 430
380
pF1KE5 VILLRRG
XP_011 ILILLGGIYLLVGQLWYFWRRHVFIWISFIDSYFEILFLFQALLTVVSQVLCFLAIEWYL
440 450 460 470 480 490
>>XP_005256735 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient recep (548 aa)
initn: 402 init1: 180 opt: 324 Z-score: 294.8 bits: 63.8 E(85289): 1.1e-09
Smith-Waterman score: 454; 34.5% identity (61.6% similar) in 307 aa overlap (76-351:113-413)
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 ESPLLRASKENDLSVLRQLLLDCTCDVRQRGALGETALHIAALY--DNLEAALV-LME--
:. :.: : :.: :...: .. :..
XP_005 VSRGVPEDLAGLPEYLSKTSKYLTDSEYTEGSTGKTCLMKAVLNLKDGVNACILPLLQID
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150
pF1KE5 ---AAPE-LVFEPTTCEAFAGQTALHIAVVNQNVNLVRALLTRRASVSARATGTAFRHSP
. :. :: : . . :..:::::. ..... :. :. :.: ::: : :...
XP_005 RDSGNPQPLVNAQCTDDYYRGHSALHIAIEKRSLQCVKLLVENGANVHARACGRFFQKGQ
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 RNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHG---ADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKTFAC
. .:::: :::.:::... ..: :.:. :...: :: :::::: :.. ...
XP_005 GTCFYFGELPLSLAACTKQWDVVSYLLENPHQPASLQATDSQGNTVLHALVMISDNS--A
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KE5 QMYNLLLS-YDG---HGDHLQP---LDLVPNHQGLTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQK----
. :. : ::: : .: : :. . : : :::.:::. ::. .:.:..:.
XP_005 ENIALVTSMYDGLLQAGARLCPTVQLEDIRNLQDLTPLKLAAKEGKIEIFRHILQREFSG
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310
pF1KE5 -----RRHIQWTYGPLTSILYDLTEIDSWGEELSFLELVV---SSDKREARQILEQTPVK
:. .: :::. ::::. .:: :: : ::... .: .:. .:: :..
XP_005 LSHLSRKFTEWCYGPVRVSLYDLASVDS-CEENSVLEIIAFHCKSPHRHRMVVLE--PLN
330 340 350 360 370
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 ELVSFKWNKYGRPYFCILAALYLLYMICFTTCCVYRPLKFRGGNRTHSRDITILQQKLLQ
.:.. ::. : : . :.::. ::. ..:
XP_005 KLLQAKWDLLI-PKFFLNFLCNLIYMFIFTAVAYHQPTLKKQAAPHLKAEVGNSMLLTGH
380 390 400 410 420 430
380
pF1KE5 VILLRRG
XP_005 ILILLGGIYLLVGQLWYFWRRHVFIWISFIDSYFEILFLFQALLTVVSQVLCFLAIEWYL
440 450 460 470 480 490
>>XP_016880221 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient recep (585 aa)
initn: 402 init1: 180 opt: 324 Z-score: 294.4 bits: 63.8 E(85289): 1.2e-09
Smith-Waterman score: 454; 34.5% identity (61.6% similar) in 307 aa overlap (76-351:113-413)
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 ESPLLRASKENDLSVLRQLLLDCTCDVRQRGALGETALHIAALY--DNLEAALV-LME--
:. :.: : :.: :...: .. :..
XP_016 VSRGVPEDLAGLPEYLSKTSKYLTDSEYTEGSTGKTCLMKAVLNLKDGVNACILPLLQID
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150
pF1KE5 ---AAPE-LVFEPTTCEAFAGQTALHIAVVNQNVNLVRALLTRRASVSARATGTAFRHSP
. :. :: : . . :..:::::. ..... :. :. :.: ::: : :...
XP_016 RDSGNPQPLVNAQCTDDYYRGHSALHIAIEKRSLQCVKLLVENGANVHARACGRFFQKGQ
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 RNLIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHG---ADIRAQDSLGNTVLHILILQPNKTFAC
. .:::: :::.:::... ..: :.:. :...: :: :::::: :.. ...
XP_016 GTCFYFGELPLSLAACTKQWDVVSYLLENPHQPASLQATDSQGNTVLHALVMISDNS--A
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KE5 QMYNLLLS-YDG---HGDHLQP---LDLVPNHQGLTPFKLAGVEGNTVMFQHLMQK----
. :. : ::: : .: : :. . : : :::.:::. ::. .:.:..:.
XP_016 ENIALVTSMYDGLLQAGARLCPTVQLEDIRNLQDLTPLKLAAKEGKIEIFRHILQREFSG
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310
pF1KE5 -----RRHIQWTYGPLTSILYDLTEIDSWGEELSFLELVV---SSDKREARQILEQTPVK
:. .: :::. ::::. .:: :: : ::... .: .:. .:: :..
XP_016 LSHLSRKFTEWCYGPVRVSLYDLASVDS-CEENSVLEIIAFHCKSPHRHRMVVLE--PLN
330 340 350 360 370
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 ELVSFKWNKYGRPYFCILAALYLLYMICFTTCCVYRPLKFRGGNRTHSRDITILQQKLLQ
.:.. ::. : : . :.::. ::. ..:
XP_016 KLLQAKWDLLI-PKFFLNFLCNLIYMFIFTAVAYHQPTLKKQAAPHLKAEVGNSMLLTGH
380 390 400 410 420 430
380
pF1KE5 VILLRRG
XP_016 ILILLGGIYLLVGQLWYFWRRHVFIWISFIDSYFEILFLFQALLTVVSQVLCFLAIEWYL
440 450 460 470 480 490
>>XP_016880220 (OMIM: 606676) PREDICTED: transient recep (629 aa)
initn: 402 init1: 180 opt: 324 Z-score: 294.0 bits: 63.9 E(85289): 1.2e-09
Smith-Waterman score: 454; 34.5% identity (61.6% similar) in 307 aa overlap (76-351:113-413)
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 ESPLLRASKENDLSVLRQLLLDCTCDVRQRGALGETALHIAALY--DNLEAALV-LME--
:. :.: : :.: :...: .. :..
XP_016 VSRGVPEDLAGLPEYLSKTSKYLTDSEYTEGSTGKTCLMKAVLNLKDGVNACILPLLQID
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pF1KE5 -----RRHIQWTYGPLTSILYDLTEIDSWGEELSFLELVV---SSDKREARQILEQTPVK
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XP_011 LSHLSRKFTEWCYGPVRVSLYDLASVDS-CEENSVLEIIAFHCKSPHRHRMVVLE--PLN
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pF1KE5 ELVSFKWNKYGRPYFCILAALYLLYMICFTTCCVYRPLKFRGGNRTHSRDITILQQKLLQ
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