Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5434
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5434, 331 aa
1>>>pF1KE5434 331 - 331 aa - 331 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6343+/-0.000297; mu= 15.5868+/- 0.019
mean_var=79.3741+/-15.971, 0's: 0 Z-trim(118.5): 27 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.143958
statistics sampled from 31405 (31434) to 31405 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.369), width: 16
Scan time: 6.490
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001071087 (OMIM: 610686) UBX domain-containing ( 331) 2162 458.0 1.2e-128
XP_005251222 (OMIM: 610686) PREDICTED: UBX domain- ( 285) 1201 258.4 1.3e-68
NP_001317464 (OMIM: 610686) UBX domain-containing ( 196) 1195 257.0 2.3e-68
XP_011527606 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 319) 1031 223.1 6.2e-58
XP_016883445 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 320) 1031 223.1 6.2e-58
NP_057227 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 isofor ( 370) 1031 223.1 7e-58
XP_011527603 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 373) 1031 223.1 7.1e-58
XP_016883446 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 321) 1024 221.7 1.7e-57
XP_011527604 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 322) 1024 221.7 1.7e-57
NP_001193665 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 iso ( 372) 1024 221.7 1.9e-57
XP_011527602 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 375) 1024 221.7 1.9e-57
XP_006723657 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 259) 957 207.7 2.2e-53
XP_006723655 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 261) 957 207.7 2.2e-53
XP_006723656 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 261) 957 207.7 2.2e-53
XP_016883447 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 285) 957 207.7 2.4e-53
NP_061327 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 isofor ( 339) 839 183.2 6.6e-46
XP_011527607 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofac ( 279) 643 142.5 1e-33
NP_001070730 (OMIM: 609151) UBX domain-containing ( 400) 158 41.9 0.0028
NP_663320 (OMIM: 609151) UBX domain-containing pro ( 487) 158 41.9 0.0033
NP_892120 (OMIM: 609151) UBX domain-containing pro ( 520) 158 41.9 0.0035
>>NP_001071087 (OMIM: 610686) UBX domain-containing prot (331 aa)
initn: 2162 init1: 2162 opt: 2162 Z-score: 2430.3 bits: 458.0 E(85289): 1.2e-128
Smith-Waterman score: 2162; 100.0% identity (100.0% similar) in 331 aa overlap (1-331:1-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PQRFYSSEHEYSGLNIVRPSTGKIVNELFKEAREHGAVPLNEATRASGDDKSKSFTGGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQRFYSSEHEYSGLNIVRPSTGKIVNELFKEAREHGAVPLNEATRASGDDKSKSFTGGGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RLGSSFCKRSEYIYGENQLQDVQILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLGSSFCKRSEYIYGENQLQDVQILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 PLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQEYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQEYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEEED
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 KSILNAVVLIDDSVPTTKIQIRLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSILNAVVLIDDSVPTTKIQIRLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 VTSFPNKELTDESLTLLEADILNTVLLQQLK
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTSFPNKELTDESLTLLEADILNTVLLQQLK
310 320 330
>>XP_005251222 (OMIM: 610686) PREDICTED: UBX domain-cont (285 aa)
initn: 1201 init1: 1201 opt: 1201 Z-score: 1352.6 bits: 258.4 E(85289): 1.3e-68
Smith-Waterman score: 1749; 86.1% identity (86.1% similar) in 331 aa overlap (1-331:1-285)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PQRFYSSEHEYSGLNIVRPSTGKIVNELFKEAREHGAVPLNEATRASGDDKSKSFTGGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PQRFYSSEHEYSGLNIVRPSTGKIVNELFKEAREHGAVPLNEATRASGDDKSKSFTGGGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RLGSSFCKRSEYIYGENQLQDVQILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RLGSSFCKRSEYIYGENQLQDVQILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRG--
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 PLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQEYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEEED
::::::::::::::::
XP_005 --------------------------------------------LTPEIVSTPSSPEEED
180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 KSILNAVVLIDDSVPTTKIQIRLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KSILNAVVLIDDSVPTTKIQIRLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFIL
200 210 220 230 240 250
310 320 330
pF1KE5 VTSFPNKELTDESLTLLEADILNTVLLQQLK
:::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VTSFPNKELTDESLTLLEADILNTVLLQQLK
260 270 280
>>NP_001317464 (OMIM: 610686) UBX domain-containing prot (196 aa)
initn: 1195 init1: 1195 opt: 1195 Z-score: 1348.2 bits: 257.0 E(85289): 2.3e-68
Smith-Waterman score: 1195; 100.0% identity (100.0% similar) in 178 aa overlap (1-178:1-178)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PQRFYSSEHEYSGLNIVRPSTGKIVNELFKEAREHGAVPLNEATRASGDDKSKSFTGGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQRFYSSEHEYSGLNIVRPSTGKIVNELFKEAREHGAVPLNEATRASGDDKSKSFTGGGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RLGSSFCKRSEYIYGENQLQDVQILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLGSSFCKRSEYIYGENQLQDVQILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGVT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 PLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQEYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEEED
NP_001 LIACMPEIQQLMLEIF
190
>>XP_011527606 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofactor (319 aa)
initn: 966 init1: 486 opt: 1031 Z-score: 1161.1 bits: 223.1 E(85289): 6.2e-58
Smith-Waterman score: 1031; 56.3% identity (84.2% similar) in 279 aa overlap (62-330:41-318)
40 50 60 70 80
pF1KE5 AELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTPPQRFYSSEHEYSGLNIVRP----STGKIVNE
::::.. : :: .:: : : ...:..
XP_011 AWDMLLGDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNELVDD
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 LFKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---QDVQ
::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. :::.
XP_011 LFKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDVH
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 ILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQ
..::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::.:.
XP_011 VVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDE
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 EYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTKIQI
...::. ::::.:::::::: .:...:: ::: . :... .. .:::.: :::.:::
XP_011 DFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTNIQI
200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 RLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLLEADI
:::::.::.:.:: .::: :.: :::..:: .:: .:::.:.::::::.::: :: ::..
XP_011 RLADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKEANL
250 260 270 280 290 300
330
pF1KE5 LNTVLLQQLK
::.:..:.:
XP_011 LNAVIVQRLT
310
>>XP_016883445 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofactor (320 aa)
initn: 966 init1: 486 opt: 1031 Z-score: 1161.0 bits: 223.1 E(85289): 6.2e-58
Smith-Waterman score: 1031; 56.3% identity (84.2% similar) in 279 aa overlap (62-330:42-319)
40 50 60 70 80
pF1KE5 AELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTPPQRFYSSEHEYSGLNIVRP----STGKIVNE
::::.. : :: .:: : : ...:..
XP_016 YAGSSKSDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNELVDD
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 LFKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---QDVQ
::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. :::.
XP_016 LFKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDVH
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 ILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQ
..::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::.:.
XP_016 VVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDE
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 EYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTKIQI
...::. ::::.:::::::: .:...:: ::: . :... .. .:::.: :::.:::
XP_016 DFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTNIQI
200 210 220 230 240 250
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 RLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLLEADI
:::::.::.:.:: .::: :.: :::..:: .:: .:::.:.::::::.::: :: ::..
XP_016 RLADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKEANL
260 270 280 290 300 310
330
pF1KE5 LNTVLLQQLK
::.:..:.:
XP_016 LNAVIVQRLT
320
>>NP_057227 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 isoform a (370 aa)
initn: 1011 init1: 486 opt: 1031 Z-score: 1160.1 bits: 223.1 E(85289): 7e-58
Smith-Waterman score: 1042; 48.9% identity (75.4% similar) in 354 aa overlap (10-330:17-369)
10 20 30 40
pF1KE5 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYED-----------EVKCK
: .: :. .. :::.::: .::: . .
NP_057 MAAERQEALREFVAVTGAEEDRARFFLESAGWDLQIALASFYEDGGDEDIVTISQATPSS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
pF1KE5 SSKSNRP---KATVFKS---------PRTPPQRFYSSEHEYSGLNIVRP----STGKIVN
:... : ..: :.. . ::::.. : :: .:: : : ...:.
NP_057 VSRGTAPSDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNELVD
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 ELFKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---QDV
.::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. :::
NP_057 DLFKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDV
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 QILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQD
...::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::.:
NP_057 HVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRD
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 QEYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTKIQ
....::. ::::.:::::::: .:...:: ::: . :... .. .:::.: :::.::
NP_057 EDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTNIQ
250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 IRLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLLEAD
::::::.::.:.:: .::: :.: :::..:: .:: .:::.:.::::::.::: :: ::.
NP_057 IRLADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKEAN
300 310 320 330 340 350
330
pF1KE5 ILNTVLLQQLK
.::.:..:.:
NP_057 LLNAVIVQRLT
360 370
>>XP_011527603 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofactor (373 aa)
initn: 1011 init1: 486 opt: 1031 Z-score: 1160.1 bits: 223.1 E(85289): 7.1e-58
Smith-Waterman score: 1036; 48.5% identity (74.8% similar) in 357 aa overlap (10-330:17-372)
10 20 30 40
pF1KE5 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYED-----------EVKCK
: .: :. .. :::.::: .::: . .
XP_011 MAAERQEALREFVAVTGAEEDRARFFLESAGWDLQIALASFYEDGGDEDIVTISQATPSS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
pF1KE5 SSKSNRPK------ATVFKS---------PRTPPQRFYSSEHEYSGLNIVRP----STGK
:... :. .: :.. . ::::.. : :: .:: : : ..
XP_011 VSRGTAPREKSDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNE
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KE5 IVNELFKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---
.:..::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::..
XP_011 LVDDLFKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSS
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 QDVQILLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMED
:::...::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.:::::::::::
XP_011 QDVHVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMED
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 HQDQEYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTT
:.:....::. ::::.:::::::: .:...:: ::: . :... .. .:::.: :::
XP_011 HRDEDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTT
250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 KIQIRLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLL
.::::::::.::.:.:: .::: :.: :::..:: .:: .:::.:.::::::.::: ::
XP_011 NIQIRLADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLK
300 310 320 330 340 350
320 330
pF1KE5 EADILNTVLLQQLK
::..::.:..:.:
XP_011 EANLLNAVIVQRLT
360 370
>>XP_016883446 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofactor (321 aa)
initn: 959 init1: 486 opt: 1024 Z-score: 1153.2 bits: 221.7 E(85289): 1.7e-57
Smith-Waterman score: 1024; 56.1% identity (84.2% similar) in 278 aa overlap (63-330:44-320)
40 50 60 70 80
pF1KE5 ELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTPPQRFYSSEHEYSGLNIVRP----STGKIVNEL
:::.. : :: .:: : : ...:..:
XP_016 MLLGDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRSRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNELVDDL
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 FKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---QDVQI
:: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. :::..
XP_016 FKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDVHV
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150 160 170 180 190 200
pF1KE5 LLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQE
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XP_016 VLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDED
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 YIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTKIQIR
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XP_016 FVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTNIQIR
200 210 220 230 240 250
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 LADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLLEADIL
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XP_016 LADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKEANLL
260 270 280 290 300 310
330
pF1KE5 NTVLLQQLK
:.:..:.:
XP_016 NAVIVQRLT
320
>>XP_011527604 (OMIM: 606610) PREDICTED: NSFL1 cofactor (322 aa)
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Smith-Waterman score: 1024; 56.1% identity (84.2% similar) in 278 aa overlap (63-330:45-321)
40 50 60 70 80
pF1KE5 ELYEDEVKCKSSKSNRPKATVFKSPRTPPQRFYSSEHEYSGLNIVRP----STGKIVNEL
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pF1KE5 FKEAREHGAVPLNEATRASGD-DKSKSFTGGGYRLGSSFCKRSEYIYGENQL---QDVQI
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XP_011 FKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQDVHV
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 LLKLWSNGFSLDDGELRPYNEPTNAQFLESVKRGEIPLELQRLVHGGQVNLDMEDHQDQE
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XP_011 VLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDED
140 150 160 170 180 190
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pF1KE5 YIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTKIQIR
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XP_011 FVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTNIQIR
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XP_011 LADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKEANLL
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pF1KE5 NTVLLQQLK
:.:..:.:
XP_011 NAVIVQRLT
320
>>NP_001193665 (OMIM: 606610) NSFL1 cofactor p47 isoform (372 aa)
initn: 1004 init1: 486 opt: 1024 Z-score: 1152.2 bits: 221.7 E(85289): 1.9e-57
Smith-Waterman score: 1029; 48.3% identity (75.0% similar) in 356 aa overlap (10-330:17-371)
10 20 30 40
pF1KE5 MAEGGGPEPGEQERRSSGPRPPSARDLQLALAELYED-----------EVKCK
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NP_001 MAAERQEALREFVAVTGAEEDRARFFLESAGWDLQIALASFYEDGGDEDIVTISQATPSS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
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:... : ..: :.. . .:::.. : :: .:: : : ...
NP_001 VSRGTAPSDNRVTSFRDLIHDQDEDEEEEEGQRSRFYAGGSERSGQQIVGPPRKKSPNEL
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:..::: :.::::: ....:.. :. .: . :.:::::::.. ..: :. ::.. :
NP_001 VDDLFKGAKEHGAVAVERVTKSPGETSKPRPFAGGGYRLGAAPEEESAYVAGEKRQHSSQ
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::...::::..:::::.:::: :..:.:::::::..:::.: ::.::.::::::::::::
NP_001 DVHVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDH
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KE5 QDQEYIKPRLRFKAFSGEGQKLGSLTPEIVSTPSSPEE--EDKSILNAVVLIDDSVPTTK
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NP_001 RDEDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST-SSPAQQAENEAKASSSILIDESEPTTN
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NP_001 IQIRLADGGRLVQKFNHSHRISDIRLFIVDARPAMAATSFILMTTFPNKELADESQTLKE
300 310 320 330 340 350
320 330
pF1KE5 ADILNTVLLQQLK
:..::.:..:.:
NP_001 ANLLNAVIVQRLT
360 370
331 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 00:43:59 2016 done: Tue Nov 8 00:44:00 2016
Total Scan time: 6.490 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]