Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5005
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5005, 467 aa
1>>>pF1KE5005 467 - 467 aa - 467 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9725+/-0.00108; mu= -10.3480+/- 0.064
mean_var=324.6885+/-72.388, 0's: 0 Z-trim(110.8): 114 B-trim: 699 in 1/52
Lambda= 0.071177
statistics sampled from 11765 (11873) to 11765 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10265.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 ( 490) 2207 240.8 2.4e-63
CCDS45304.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 ( 638) 2207 240.9 3e-63
CCDS72939.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 ( 499) 1625 181.0 2.4e-45
CCDS1107.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 ( 498) 1614 179.9 5.2e-45
CCDS4437.1 CLK4 gene_id:57396|Hs108|chr5 ( 481) 1376 155.5 1.2e-37
CCDS2331.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 ( 484) 1330 150.7 3.1e-36
CCDS54427.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 ( 526) 1330 150.8 3.3e-36
>>CCDS10265.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 (490 aa)
initn: 2138 init1: 2138 opt: 2207 Z-score: 1250.7 bits: 240.8 E(32554): 2.4e-63
Smith-Waterman score: 3217; 95.3% identity (95.3% similar) in 490 aa overlap (1-467:1-490)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MHHCKRYRSPEPDPYLSYRWKRRRSYSREHEGRLRYPSRREPPPRRSRSRSHDRLPYQRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MHHCKRYRSPEPDPYLSYRWKRRRSYSREHEGRLRYPSRREPPPRRSRSRSHDRLPYQRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 YRERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSRHRRRSRERGPYRTRKHAHHCHKRRTRSCSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YRERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSRHRRRSRERGPYRTRKHAHHCHKRRTRSCSS
70 80 90 100 110 120
130 140 150
pF1KE5 ASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGDWLQERYE-----------------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGDWLQERYEIVGNLGEGTFGKVVECLDHARGK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 SQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKEKDKENKFLCVLMSDWFNFHGHMCIAFELLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKEKDKENKFLCVLMSDWFNFHGHMCIAFELLG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 KNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHALRFLHENQLTHTDLKPENILFVNSEFETLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHALRFLHENQLTHTDLKPENILFVNSEFETLY
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 NEHKSCEEKSVKNTSIRVADFGSATFDHEHHTTIVATRHYRPPEVILELGWAQPCDVWSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NEHKSCEEKSVKNTSIRVADFGSATFDHEHHTTIVATRHYRPPEVILELGWAQPCDVWSI
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 GCILFEYYRGFTLFQTHENREHLVMMEKILGPIPSHMIHRTRKQKYFYKGGLVWDENSSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GCILFEYYRGFTLFQTHENREHLVMMEKILGPIPSHMIHRTRKQKYFYKGGLVWDENSSD
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 GRYVKENCKPLKSYMLQDSLEHVQLFDLMRRMLEFDPAQRITLAEALLHPFFAGLTPEER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GRYVKENCKPLKSYMLQDSLEHVQLFDLMRRMLEFDPAQRITLAEALLHPFFAGLTPEER
430 440 450 460 470 480
460
pF1KE5 SFHTSRNPSR
::::::::::
CCDS10 SFHTSRNPSR
490
>>CCDS45304.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 (638 aa)
initn: 2214 init1: 2138 opt: 2207 Z-score: 1249.1 bits: 240.9 E(32554): 3e-63
Smith-Waterman score: 3217; 95.3% identity (95.3% similar) in 490 aa overlap (1-467:149-638)
10 20 30
pF1KE5 MHHCKRYRSPEPDPYLSYRWKRRRSYSREH
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GLPRAEVAAGSGRGARSGEWGLAAAGAWETMHHCKRYRSPEPDPYLSYRWKRRRSYSREH
120 130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 EGRLRYPSRREPPPRRSRSRSHDRLPYQRRYRERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EGRLRYPSRREPPPRRSRSRSHDRLPYQRRYRERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSR
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 HRRRSRERGPYRTRKHAHHCHKRRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HRRRSRERGPYRTRKHAHHCHKRRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGD
240 250 260 270 280 290
160 170 180
pF1KE5 WLQERYE-----------------------SQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKE
::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WLQERYEIVGNLGEGTFGKVVECLDHARGKSQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKE
300 310 320 330 340 350
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 KDKENKFLCVLMSDWFNFHGHMCIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KDKENKFLCVLMSDWFNFHGHMCIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHA
360 370 380 390 400 410
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 LRFLHENQLTHTDLKPENILFVNSEFETLYNEHKSCEEKSVKNTSIRVADFGSATFDHEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LRFLHENQLTHTDLKPENILFVNSEFETLYNEHKSCEEKSVKNTSIRVADFGSATFDHEH
420 430 440 450 460 470
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 HTTIVATRHYRPPEVILELGWAQPCDVWSIGCILFEYYRGFTLFQTHENREHLVMMEKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HTTIVATRHYRPPEVILELGWAQPCDVWSIGCILFEYYRGFTLFQTHENREHLVMMEKIL
480 490 500 510 520 530
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 GPIPSHMIHRTRKQKYFYKGGLVWDENSSDGRYVKENCKPLKSYMLQDSLEHVQLFDLMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GPIPSHMIHRTRKQKYFYKGGLVWDENSSDGRYVKENCKPLKSYMLQDSLEHVQLFDLMR
540 550 560 570 580 590
430 440 450 460
pF1KE5 RMLEFDPAQRITLAEALLHPFFAGLTPEERSFHTSRNPSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RMLEFDPAQRITLAEALLHPFFAGLTPEERSFHTSRNPSR
600 610 620 630
>>CCDS72939.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 (499 aa)
initn: 1851 init1: 1547 opt: 1625 Z-score: 927.6 bits: 181.0 E(32554): 2.4e-45
Smith-Waterman score: 1848; 56.8% identity (75.4% similar) in 500 aa overlap (1-467:1-499)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MHHCKRYRSPEPDPYLSYRW-------KRRRSYS-REHEGRLRYPSRREPPPRRSRSRSH
: : .::.: : ::: ::::: : : : :.. ::::
CCDS72 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSYD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 DRLPYQRRYRERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSRHRRRSRERGPYRTRKHAHHCHK
:: .:: .:: .:: .. : . :. :: . . . .:: . ::... ... :.
CCDS72 DR-SSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKHR
70 80 90 100 110
120 130 140 150
pF1KE5 RRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGDWLQERYE---------------
:: : . : :.: :.: ..::::: ::::. ..:::::::::
CCDS72 RRRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVVQ
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KE5 --------SQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKEKDKENKFLCVLMSDWFNFHGHM
..::::::.:: ::.::::::::::.::.::: .:: ::: : :::..::::
CCDS72 CVDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGHM
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 CIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHALRFLHENQLTHTDLKPENILFV
::.::::: .::.:::.::. :::. .:::::.:::.:..:::.:.::::::::::::::
CCDS72 CISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILFV
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 NSEFETLYNEHKSCEEKSVKNTSIRVADFGSATFDHEHHTTIVATRHYRPPEVILELGWA
::..: :: .:. .:.:::.:..::.::::::::::::.:::.::::: :::::::::.
CCDS72 NSDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGWS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 QPCDVWSIGCILFEYYRGFTLFQTHENREHLVMMEKILGPIPSHMIHRTRKQKYFYKGGL
:::::::::::.:::: ::::::::.:::::.:::.:::::::.::..::::::::.: :
CCDS72 QPCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGRL
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 VWDENSSDGRYVKENCKPLKSYMLQDSLEHVQLFDLMRRMLEFDPAQRITLAEALLHPFF
::::.: ::::.::::::. :. ... :: :::::.. :::..::.:.::.::: ::::
CCDS72 DWDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPFF
420 430 440 450 460 470
450 460
pF1KE5 AGLT--PEERSFHTSRNPSR
: : : .. . .::. ::
CCDS72 ARLRAEPPNKLWDSSRDISR
480 490
>>CCDS1107.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 (498 aa)
initn: 1729 init1: 1547 opt: 1614 Z-score: 921.5 bits: 179.9 E(32554): 5.2e-45
Smith-Waterman score: 1842; 57.0% identity (75.8% similar) in 500 aa overlap (1-467:1-498)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MHHCKRYRSPEPDPYLSYRW-------KRRRSYS-REHEGRLRYPSRREPPPRRSRSRSH
: : .::.: : ::: ::::: : : : :.. ::::
CCDS11 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRREDSYHVRSRSSYD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 DRLPYQRRYRERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSRHRRRSRERGPYRTRKHAHHCHK
:: .:: .:: .:: .. : . :. :: . . . .:: . ::... ... :.
CCDS11 DR-SSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRRKHR
70 80 90 100 110
120 130 140 150
pF1KE5 RRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGDWLQERYE---------------
:: : : . :::.. :.: ..::::: ::::. ..:::::::::
CCDS11 RRRRR-SRTFSRSSSHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGRVVQ
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KE5 --------SQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKEKDKENKFLCVLMSDWFNFHGHM
..::::::.:: ::.::::::::::.::.::: .:: ::: : :::..::::
CCDS11 CVDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYHGHM
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 CIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHALRFLHENQLTHTDLKPENILFV
::.::::: .::.:::.::. :::. .:::::.:::.:..:::.:.::::::::::::::
CCDS11 CISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENILFV
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 NSEFETLYNEHKSCEEKSVKNTSIRVADFGSATFDHEHHTTIVATRHYRPPEVILELGWA
::..: :: .:. .:.:::.:..::.::::::::::::.:::.::::: :::::::::.
CCDS11 NSDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILELGWS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 QPCDVWSIGCILFEYYRGFTLFQTHENREHLVMMEKILGPIPSHMIHRTRKQKYFYKGGL
:::::::::::.:::: ::::::::.:::::.:::.:::::::.::..::::::::.: :
CCDS11 QPCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYRGRL
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 VWDENSSDGRYVKENCKPLKSYMLQDSLEHVQLFDLMRRMLEFDPAQRITLAEALLHPFF
::::.: ::::.::::::. :. ... :: :::::.. :::..::.:.::.::: ::::
CCDS11 DWDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQHPFF
420 430 440 450 460 470
450 460
pF1KE5 AGLT--PEERSFHTSRNPSR
: : : .. . .::. ::
CCDS11 ARLRAEPPNKLWDSSRDISR
480 490
>>CCDS4437.1 CLK4 gene_id:57396|Hs108|chr5 (481 aa)
initn: 1600 init1: 1357 opt: 1376 Z-score: 789.6 bits: 155.5 E(32554): 1.2e-37
Smith-Waterman score: 1578; 50.7% identity (72.6% similar) in 489 aa overlap (1-449:1-475)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MHHCKRYRSPEPDP-----YLSYRW---KRRRSYSREHEGRLRYPSR--REPPPRRSRSR
:.: :: . :. : . ::: ..:::.: .:.: : . .: . ..:
CCDS44 MRHSKRTHCPDWDSRESWGHESYRGSHKRKRRSHSSTQENRHCKPHHQFKESDCHYLEAR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE5 SHDRLPYQRRYRERRDSDTYR---CEERSPS-FGEDYYGPSR---SRHRRRSRERGPYRT
: . .: ::.:: : :: :: : . .: . : :. :::. .: :
CCDS44 SLN----ERDYRDRRYVDEYRNDYCEGYVPRHYHRDIESGYRIHCSKSSVRSRRSSPKR-
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE5 RKHAHHCHKRRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGDWLQERYE------
.:.: ::: .:::.. .. :::.:::.::::.:. :: :. :::
CCDS44 ---------KRNRHCSSHQSRSKSHRRKRSRSIEDDEEGHLICQSGDVLRARYEIVDTLG
120 130 140 150 160
160 170 180 190 200
pF1KE5 -----------------SQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKEKDKENKFLCVLMS
.::.::..:::.:::::: ::.::.... : .. : :: :
CCDS44 EGAFGKVVECIDHGMDGMHVAVKIVKNVGRYREAARSEIQVLEHLNSTDPNSVFRCVQML
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 DWFNFHGHMCIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHALRFLHENQLTHTD
.::. :::.::.::::: .:..:.:::.: :. . :.:.::::.:... :::.:.:::::
CCDS44 EWFDHHGHVCIVFELLGLSTYDFIKENSFLPFQIDHIRQMAYQICQSINFLHHNKLTHTD
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 LKPENILFVNSEFETLYNEHKSCEEKSVKNTSIRVADFGSATFDHEHHTTIVATRHYRPP
:::::::::.:.. . :: . . .:...:::.:.:.::::::.: :::.:.:.::::: :
CCDS44 LKPENILFVKSDYVVKYNSKMKRDERTLKNTDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVSTRHYRAP
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 EVILELGWAQPCDVWSIGCILFEYYRGFTLFQTHENREHLVMMEKILGPIPSHMIHRTRK
:::: :::.::::::::::::.::: :::.::::...:::.:::.::::::.:::..:::
CCDS44 EVILALGWSQPCDVWSIGCILIEYYLGFTVFQTHDSKEHLAMMERILGPIPQHMIQKTRK
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 QKYFYKGGLVWDENSSDGRYVKENCKPLKSYMLQDSLEHVQLFDLMRRMLEFDPAQRITL
.:::... : :::.:: ::::.. ::::: .:: . :: .::::.:::::.::.:::::
CCDS44 RKYFHHNQLDWDEHSSAGRYVRRRCKPLKEFMLCHDEEHEKLFDLVRRMLEYDPTQRITL
410 420 430 440 450 460
450 460
pF1KE5 AEALLHPFFAGLTPEERSFHTSRNPSR
::: ::::
CCDS44 DEALQHPFFDLLKKK
470 480
>>CCDS2331.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 (484 aa)
initn: 1426 init1: 1301 opt: 1330 Z-score: 764.1 bits: 150.7 E(32554): 3.1e-36
Smith-Waterman score: 1476; 47.9% identity (71.1% similar) in 484 aa overlap (1-449:1-477)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MHHCKRYRSPE-PDPYLSY-RWK-------RRRSYSREHEG-RLRYPSRREPPPRRSRSR
:.: :: :. : .: .:. :.::.: .:. : .: . . .::
CCDS23 MRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKRRKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE5 SHDRLPYQ-RRY-RERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSRHRRRSRERGPYRTRKHAH
: .. :. ::: : :.. : :: :. . . . : .: :. . : :
CCDS23 SINEKDYHSRRYIDEYRNDYTQGCE---PGHRQRDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYKSKH
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE5 HCHKRRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGDWLQERYE-----------
. :. : : :.... .. .::::::.::::.:. :: :. :::
CCDS23 RIHH----STSHRRSHGKSHRRKRTRSVEDDEEGHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFG
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KE5 ------------SQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKEKDKENKFLCVLMSDWFNF
.::.::..:: .: :::: ::.::.... : .. : :: : .::.
CCDS23 KVVECIDHKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVLEHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEH
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 HGHMCIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHALRFLHENQLTHTDLKPEN
:::.::.::::: .:..:.:::.: :. : :.:.::::.:... ::: :.::::::::::
CCDS23 HGHICIVFELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAYQICKSVNFLHSNKLTHTDLKPEN
240 250 260 270 280 290
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