Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4595
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4595, 1241 aa
1>>>pF1KE4595 1241 - 1241 aa - 1241 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0216+/-0.00114; mu= 9.9705+/- 0.068
mean_var=208.4752+/-43.730, 0's: 0 Z-trim(109.1): 143 B-trim: 112 in 1/51
Lambda= 0.088827
statistics sampled from 10481 (10634) to 10481 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16
Scan time: 5.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32996.1 NPHS1 gene_id:4868|Hs108|chr19 (1241) 8359 1085.6 0
CCDS43109.1 ROBO2 gene_id:6092|Hs108|chr3 (1378) 461 73.5 4.1e-12
CCDS54609.1 ROBO2 gene_id:6092|Hs108|chr3 (1394) 461 73.5 4.1e-12
>>CCDS32996.1 NPHS1 gene_id:4868|Hs108|chr19 (1241 aa)
initn: 8359 init1: 8359 opt: 8359 Z-score: 5801.6 bits: 1085.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8359; 100.0% identity (100.0% similar) in 1241 aa overlap (1-1241:1-1241)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MALGTTLRASLLLLGLLTEGLAQLAIPASVPRGFWALPENLTVVEGASVELRCGVSTPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MALGTTLRASLLLLGLLTEGLAQLAIPASVPRGFWALPENLTVVEGASVELRCGVSTPGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AVQWAKDGLLLGPDPRIPGFPRYRLEGDPARGEFHLHIEACDLSDDAEYECQVGRSEMGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AVQWAKDGLLLGPDPRIPGFPRYRLEGDPARGEFHLHIEACDLSDDAEYECQVGRSEMGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVNCVSGDAKPAPDITILLSGQTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ELVSPRVILSILVPPKLLLLTPEAGTMVTWVAGQEYVVNCVSGDAKPAPDITILLSGQTI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 SDISANVNEGSQQKLFTVEATARVTPRSSDNRQLLVCEASSPALEAPIKASFTVNVLFPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SDISANVNEGSQQKLFTVEATARVTPRSSDNRQLLVCEASSPALEAPIKASFTVNVLFPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GPPVIEWPGLDEGHVRAGQSLELPCVARGGNPLATLQWLKNGQPVSTAWGTEHTQAVARS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GPPVIEWPGLDEGHVRAGQSLELPCVARGGNPLATLQWLKNGQPVSTAWGTEHTQAVARS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VLVMTVRPEDHGAQLSCEAHNSVSAGTQEHGITLQVTFPPSAIIILGSASQTENKNVTLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VLVMTVRPEDHGAQLSCEAHNSVSAGTQEHGITLQVTFPPSAIIILGSASQTENKNVTLS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 CVSKSSRPRVLLRWWLGWRQLLPMEETVMDGLHGGHISMSNLTFLARREDNGLTLTCEAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CVSKSSRPRVLLRWWLGWRQLLPMEETVMDGLHGGHISMSNLTFLARREDNGLTLTCEAF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 SEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCLAIGGNPEPSLMWYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCLAIGGNPEPSLMWYK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 DSRTVTESRLPQESRRVHLGSVEKSGSTFSRELVLVTGPSDNQAKFTCKAGQLSASTQLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DSRTVTESRLPQESRRVHLGSVEKSGSTFSRELVLVTGPSDNQAKFTCKAGQLSASTQLA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 VQFPPTNVTILANASALRPGDALNLTCVSVSSNPPVNLSWDKEGERLEGVAAPPRRAPFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VQFPPTNVTILANASALRPGDALNLTCVSVSSNPPVNLSWDKEGERLEGVAAPPRRAPFK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 GSAAARSVLLQVSSRDHGQRVTCRAHSAELRETVSSFYRLNVLYRPEFLGEQVLVVTAVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GSAAARSVLLQVSSRDHGQRVTCRAHSAELRETVSSFYRLNVLYRPEFLGEQVLVVTAVE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 QGEALLPVSVSANPAPEAFNWTFRGYRLSPAGGPRHRILSSGALHLWNVTRADDGLYQLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QGEALLPVSVSANPAPEAFNWTFRGYRLSPAGGPRHRILSSGALHLWNVTRADDGLYQLH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 CQNSEGTAEARLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDANPILPGMFNWERLGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CQNSEGTAEARLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDANPILPGMFNWERLGE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE4 DEEDQSLDDMEKISRGPTGRLRIHHAKLAQAGAYQCIVDNGVAPPARRLLRLVVRFAPQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DEEDQSLDDMEKISRGPTGRLRIHHAKLAQAGAYQCIVDNGVAPPARRLLRLVVRFAPQV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE4 EHPTPLTKVAAAGDSTSSATLHCRARGVPNIVFTWTKNGVPLDLQDPRYTEHTYHQGGVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EHPTPLTKVAAAGDSTSSATLHCRARGVPNIVFTWTKNGVPLDLQDPRYTEHTYHQGGVH
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE4 SSLLTIANVSAAQDYALFTCTATNALGSDQTNIQLVSISRPDPPSGLKVVSLTPHSVGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SSLLTIANVSAAQDYALFTCTATNALGSDQTNIQLVSISRPDPPSGLKVVSLTPHSVGLE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE4 WKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHYVDVVPPQATTFTLTGLQPSTRYRVWLLASNALG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHYVDVVPPQATTFTLTGLQPSTRYRVWLLASNALG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE4 DSGLADKGTQLPITTPGLHQPSGEPEDQLPTEPPSGPSGLPLLPVLFALGGLLLLSNASC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DSGLADKGTQLPITTPGLHQPSGEPEDQLPTEPPSGPSGLPLLPVLFALGGLLLLSNASC
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE4 VGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERDTQSSTVSTTEAEPYYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEAGSEEDRVRNEYEESQWTGERDTQSSTVSTTEAEPYYR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE4 SLRDFSPQLPPTQEEVSYSRGFTGEDEDMAFPGHLYDEVERTYPPSGAWGPLYDEVQMGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SLRDFSPQLPPTQEEVSYSRGFTGEDEDMAFPGHLYDEVERTYPPSGAWGPLYDEVQMGP
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240
pF1KE4 WDLHWPEDTYQDPRGIYDQVAGDLDTLEPDSLPFELRGHLV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WDLHWPEDTYQDPRGIYDQVAGDLDTLEPDSLPFELRGHLV
1210 1220 1230 1240
>>CCDS43109.1 ROBO2 gene_id:6092|Hs108|chr3 (1378 aa)
initn: 255 init1: 106 opt: 461 Z-score: 330.9 bits: 73.5 E(32554): 4.1e-12
Smith-Waterman score: 500; 25.7% identity (52.1% similar) in 639 aa overlap (450-1052:37-633)
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 FSEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCLAIGGNPEPSLMWY
: . : . : : : : : :.. ::
CCDS43 TQLLLCGFLYVRVDGSRLRQEDFPPRIVEHPSDVIVSKGEPTTLNCKA-EGRPTPTIEWY
10 20 30 40 50 60
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 KDSRTVTESRLPQESRRVHLGSVEKSGSTFSRELVLVTGPSDNQAKFTCKA----GQL--
::.. : .. .:.:. : ::: : ..: . ......: : :.
CCDS43 KDGERVETDKDDPRSHRMLL----PSGSLFFLRIVHGRRSKPDEGSYVCVARNYLGEAVS
70 80 90 100 110 120
540 550 560 570 580
pF1KE4 -SASTQLAV---QF--PPTNVTILANASALRPGDALNLTCVSVSSNPPVNLSWDKEGERL
.:: ..:. .: ::.:.. :. :. : : ..: .. : :. :.
CCDS43 RNASLEVALLRDDFRQNPTDVVVAAGEPAI-------LECQPPRGHPEPTIYWKKDKVRI
130 140 150 160 170
590 600 610 620 630 640
pF1KE4 EGVAAPPRRAPFKGSAAARSVLLQVSSRDHGQRVTCRAHSAELRETVSSFYRLNVLYRPE
. .: ..:. ..... . .. . :: . . . : :. .:.:. ::
CCDS43 DD---KEERISIRGG----KLMISNTRKSDAGMYTC-VGTNMVGERDSDPAELTVFERPT
180 190 200 210 220
650 660 670 680 690 700
pF1KE4 FLGEQVLVVTAVEQGEALLPVSVSANPAPEAFNWTFRGYRLSPAGGPRHRILSSGALHLW
:: . . :. .:. . . .:...: : . : : : : :. : .. .:..
CCDS43 FLRRPINQVV-LEEEAVEFRCQVQGDPQPTV-RWKKDDADL-PRG--RYDIKDDYTLRIK
230 240 250 260 270 280
710 720 730 740 750 760
pF1KE4 NVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEARLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDANP
.. .:.: :. .: : :: : :. : . . : : .: . : . .::
CCDS43 KTMSTDEGTYMCIAENRVGKMEASATLTVRAPPQFVVRPRDQIVAQGRTVTFPCETKGNP
290 300 310 320 330 340
770 780 790 800 810 820
pF1KE4 ILPGMFNWERLGEDE---EDQSLDDMEKISRGPTGRLRIHHAKLAQAGAYQC----IVDN
:..: :.. : .. .: . . : .::: : : . . ..:: : : .. .
CCDS43 -QPAVF-WQKEGSQNLLFPNQPQQPNSRCSVSPTGDLTITNIQRSDAGYYICQALTVAGS
350 360 370 380 390
830 840 850 860 870 880
pF1KE4 GVAPPARRLLRLVVRFAPQVEHPTPLTKVAAAGDSTSSATLHCRARGVPNIVFTWTKNGV
.: .. ... : . : ... :. :.: : :.:.: : : :..: :.:
CCDS43 ILAKAQLEVTDVLTDRPPPIILQGPANQTLAV-DGT--ALLKCKATGDPLPVISWLKEGF
400 410 420 430 440 450
890 900 910 920 930
pF1KE4 PLDLQDPRYTEHTYHQGGVHSSLLTIANVSAAQDYALFTCTATNALGSDQTNIQL-----
. .::: : .:: : : :. . : . .::.::.. : . . :
CCDS43 TFPGRDPRAT--IQEQG-----TLQIKNLRIS-DTGTYTCVATSSSGETSWSAVLDVTES
460 470 480 490 500
940 950 960 970 980
pF1KE4 -VSISR-------PDPPSGLKVVSLTPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHY
..::. : ::: .:...: .:: : :.:: : :: : ::.. .
CCDS43 GATISKNYDLSDLPGPPSKPQVTDVTKNSVTLSWQPGTPGTLPASAYI-IEAFSQSVSNS
510 520 530 540 550 560
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KE4 VDVVPP--QATTFTLTGLQPSTRYRVWLLASNALGDSGLADKGTQL-PITTPGLHQPS-G
..: ..: .:. ::.:.: ..:. :.. .::.: . . :. : . :. :
CCDS43 WQTVANHVKTTLYTVRGLRPNT---IYLFMVRAINPQGLSDPSPMSDPVRTQDISPPAQG
570 580 590 600 610 620
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KE4 EPEDQLPTEPPSGPSGLPLLPVLFALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEA
. :. :
CCDS43 VDHRQVQKELGDVLVRLHNPVVLTPTTVQVTWTVDRQPQFIQGYRVMYRQTSGLQATSSW
630 640 650 660 670 680
>>CCDS54609.1 ROBO2 gene_id:6092|Hs108|chr3 (1394 aa)
initn: 221 init1: 106 opt: 461 Z-score: 330.9 bits: 73.5 E(32554): 4.1e-12
Smith-Waterman score: 500; 25.7% identity (52.1% similar) in 639 aa overlap (450-1052:53-649)
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 FSEAFTKETFKKSLILNVKYPAQKLWIEGPPEGQKLRAGTRVRLVCLAIGGNPEPSLMWY
: . : . : : : : : :.. ::
CCDS54 TVVFWGHQGNGQGQGSRLRQEDFPPRIVEHPSDVIVSKGEPTTLNCKA-EGRPTPTIEWY
30 40 50 60 70 80
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 KDSRTVTESRLPQESRRVHLGSVEKSGSTFSRELVLVTGPSDNQAKFTCKA----GQL--
::.. : .. .:.:. : ::: : ..: . ......: : :.
CCDS54 KDGERVETDKDDPRSHRMLL----PSGSLFFLRIVHGRRSKPDEGSYVCVARNYLGEAVS
90 100 110 120 130
540 550 560 570 580
pF1KE4 -SASTQLAV---QF--PPTNVTILANASALRPGDALNLTCVSVSSNPPVNLSWDKEGERL
.:: ..:. .: ::.:.. :. :. : : ..: .. : :. :.
CCDS54 RNASLEVALLRDDFRQNPTDVVVAAGEPAI-------LECQPPRGHPEPTIYWKKDKVRI
140 150 160 170 180 190
590 600 610 620 630 640
pF1KE4 EGVAAPPRRAPFKGSAAARSVLLQVSSRDHGQRVTCRAHSAELRETVSSFYRLNVLYRPE
. .: ..:. ..... . .. . :: . . . : :. .:.:. ::
CCDS54 DD---KEERISIRGG----KLMISNTRKSDAGMYTC-VGTNMVGERDSDPAELTVFERPT
200 210 220 230 240
650 660 670 680 690 700
pF1KE4 FLGEQVLVVTAVEQGEALLPVSVSANPAPEAFNWTFRGYRLSPAGGPRHRILSSGALHLW
:: . . :. .:. . . .:...: : . : : : : :. : .. .:..
CCDS54 FLRRPINQVV-LEEEAVEFRCQVQGDPQPTV-RWKKDDADL-PRG--RYDIKDDYTLRIK
250 260 270 280 290
710 720 730 740 750 760
pF1KE4 NVTRADDGLYQLHCQNSEGTAEARLRLDVHYAPTIRALQDPTEVNVGGSVDIVCTVDANP
.. .:.: :. .: : :: : :. : . . : : .: . : . .::
CCDS54 KTMSTDEGTYMCIAENRVGKMEASATLTVRAPPQFVVRPRDQIVAQGRTVTFPCETKGNP
300 310 320 330 340 350
770 780 790 800 810 820
pF1KE4 ILPGMFNWERLGEDE---EDQSLDDMEKISRGPTGRLRIHHAKLAQAGAYQC----IVDN
:..: :.. : .. .: . . : .::: : : . . ..:: : : .. .
CCDS54 -QPAVF-WQKEGSQNLLFPNQPQQPNSRCSVSPTGDLTITNIQRSDAGYYICQALTVAGS
360 370 380 390 400 410
830 840 850 860 870 880
pF1KE4 GVAPPARRLLRLVVRFAPQVEHPTPLTKVAAAGDSTSSATLHCRARGVPNIVFTWTKNGV
.: .. ... : . : ... :. :.: : :.:.: : : :..: :.:
CCDS54 ILAKAQLEVTDVLTDRPPPIILQGPANQTLAV-DGT--ALLKCKATGDPLPVISWLKEGF
420 430 440 450 460 470
890 900 910 920 930
pF1KE4 PLDLQDPRYTEHTYHQGGVHSSLLTIANVSAAQDYALFTCTATNALGSDQTNIQL-----
. .::: : .:: : : :. . : . .::.::.. : . . :
CCDS54 TFPGRDPRAT--IQEQG-----TLQIKNLRIS-DTGTYTCVATSSSGETSWSAVLDVTES
480 490 500 510 520
940 950 960 970 980
pF1KE4 -VSISR-------PDPPSGLKVVSLTPHSVGLEWKPGFDGGLPQRFCIRYEALGTPGFHY
..::. : ::: .:...: .:: : :.:: : :: : ::.. .
CCDS54 GATISKNYDLSDLPGPPSKPQVTDVTKNSVTLSWQPGTPGTLPASAYI-IEAFSQSVSNS
530 540 550 560 570 580
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KE4 VDVVPP--QATTFTLTGLQPSTRYRVWLLASNALGDSGLADKGTQL-PITTPGLHQPS-G
..: ..: .:. ::.:.: ..:. :.. .::.: . . :. : . :. :
CCDS54 WQTVANHVKTTLYTVRGLRPNT---IYLFMVRAINPQGLSDPSPMSDPVRTQDISPPAQG
590 600 610 620 630 640
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KE4 EPEDQLPTEPPSGPSGLPLLPVLFALGGLLLLSNASCVGGVLWQRRLRRLAEGISEKTEA
. :. :
CCDS54 VDHRQVQKELGDVLVRLHNPVVLTPTTVQVTWTVDRQPQFIQGYRVMYRQTSGLQATSSW
650 660 670 680 690 700
1241 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 23:43:03 2016 done: Sat Nov 5 23:43:04 2016
Total Scan time: 5.030 Total Display time: 0.130
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]