Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4561
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4561, 685 aa
1>>>pF1KE4561 685 - 685 aa - 685 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6906+/-0.000417; mu= -5.5655+/- 0.026
mean_var=258.8387+/-53.799, 0's: 0 Z-trim(119.6): 9 B-trim: 910 in 1/57
Lambda= 0.079719
statistics sampled from 33778 (33787) to 33778 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.734), E-opt: 0.2 (0.396), width: 16
Scan time: 13.870
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003147 (OMIM: 160565,605921,612783) stromal int ( 685) 4540 535.8 2.1e-151
NP_001264891 (OMIM: 160565,605921,612783) stromal ( 540) 3414 406.2 1.6e-112
NP_001264890 (OMIM: 160565,605921,612783) stromal ( 791) 3406 405.4 4.3e-112
NP_001162588 (OMIM: 610841) stromal interaction mo ( 599) 1911 233.4 2e-60
NP_065911 (OMIM: 610841) stromal interaction molec ( 746) 1911 233.4 2.4e-60
NP_001162589 (OMIM: 610841) stromal interaction mo ( 754) 1886 230.5 1.7e-59
>>NP_003147 (OMIM: 160565,605921,612783) stromal interac (685 aa)
initn: 4540 init1: 4540 opt: 4540 Z-score: 2839.2 bits: 535.8 E(85289): 2.1e-151
Smith-Waterman score: 4540; 100.0% identity (100.0% similar) in 685 aa overlap (1-685:1-685)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDVCVRLALWLLWGLLLHQGQSLSHSHSEKATGTSSGANSEESTAAEFCRIDKPLCHSED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MDVCVRLALWLLWGLLLHQGQSLSHSHSEKATGTSSGANSEESTAAEFCRIDKPLCHSED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EKLSFEAVRNIHKLMDDDANGDVDVEESDEFLREDLNYHDPTVKHSTFHGEDKLISVEDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EKLSFEAVRNIHKLMDDDANGDVDVEESDEFLREDLNYHDPTVKHSTFHGEDKLISVEDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 WKAWKSSEVYNWTVDEVVQWLITYVELPQYEETFRKLQLSGHAMPRLAVTNTTMTGTVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 WKAWKSSEVYNWTVDEVVQWLITYVELPQYEETFRKLQLSGHAMPRLAVTNTTMTGTVLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 MTDRSHRQKLQLKALDTVLFGPPLLTRHNHLKDFMLVVSIVIGVGGCWFAYIQNRYSKEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MTDRSHRQKLQLKALDTVLFGPPLLTRHNHLKDFMLVVSIVIGVGGCWFAYIQNRYSKEH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 MKKMMKDLEGLHRAEQSLHDLQERLHKAQEEHRTVEVEKVHLEKKLRDEINLAKQEAQRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MKKMMKDLEGLHRAEQSLHDLQERLHKAQEEHRTVEVEKVHLEKKLRDEINLAKQEAQRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 KELREGTENERSRQKYAEEELEQVREALRKAEKELESHSSWYAPEALQKWLQLTHEVEVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KELREGTENERSRQKYAEEELEQVREALRKAEKELESHSSWYAPEALQKWLQLTHEVEVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YYNIKKQNAEKQLLVAKEGAEKIKKKRNTLFGTFHVAHSSSLDDVDHKILTAKQALSEVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YYNIKKQNAEKQLLVAKEGAEKIKKKRNTLFGTFHVAHSSSLDDVDHKILTAKQALSEVT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AALRERLHRWQQIEILCGFQIVNNPGIHSLVAALNIDPSWMGSTRPNPAHFIMTDDVDDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AALRERLHRWQQIEILCGFQIVNNPGIHSLVAALNIDPSWMGSTRPNPAHFIMTDDVDDM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 DEEIVSPLSMQSPSLQSSVRQRLTEPQHGLGSQRDLTHSDSESSLHMSDRQRVAPKPPQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DEEIVSPLSMQSPSLQSSVRQRLTEPQHGLGSQRDLTHSDSESSLHMSDRQRVAPKPPQM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 SRAADEALNAMTSNGSHRLIEGVHPGSLVEKLPDSPALAKKALLALNHGLDKAHSLMELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SRAADEALNAMTSNGSHRLIEGVHPGSLVEKLPDSPALAKKALLALNHGLDKAHSLMELS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 PSAPPGGSPHLDSSRSHSPSSPDPDTPSPVGDSRALQASRNTRIPHLAGKKAVAEEDNGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PSAPPGGSPHLDSSRSHSPSSPDPDTPSPVGDSRALQASRNTRIPHLAGKKAVAEEDNGS
610 620 630 640 650 660
670 680
pF1KE4 IGEETDSSPGRKKFPLKIFKKPLKK
:::::::::::::::::::::::::
NP_003 IGEETDSSPGRKKFPLKIFKKPLKK
670 680
>>NP_001264891 (OMIM: 160565,605921,612783) stromal inte (540 aa)
initn: 3441 init1: 3414 opt: 3414 Z-score: 2140.9 bits: 406.2 E(85289): 1.6e-112
Smith-Waterman score: 3414; 96.3% identity (97.6% similar) in 539 aa overlap (1-539:1-539)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDVCVRLALWLLWGLLLHQGQSLSHSHSEKATGTSSGANSEESTAAEFCRIDKPLCHSED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDVCVRLALWLLWGLLLHQGQSLSHSHSEKATGTSSGANSEESTAAEFCRIDKPLCHSED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EKLSFEAVRNIHKLMDDDANGDVDVEESDEFLREDLNYHDPTVKHSTFHGEDKLISVEDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKLSFEAVRNIHKLMDDDANGDVDVEESDEFLREDLNYHDPTVKHSTFHGEDKLISVEDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 WKAWKSSEVYNWTVDEVVQWLITYVELPQYEETFRKLQLSGHAMPRLAVTNTTMTGTVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WKAWKSSEVYNWTVDEVVQWLITYVELPQYEETFRKLQLSGHAMPRLAVTNTTMTGTVLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 MTDRSHRQKLQLKALDTVLFGPPLLTRHNHLKDFMLVVSIVIGVGGCWFAYIQNRYSKEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTDRSHRQKLQLKALDTVLFGPPLLTRHNHLKDFMLVVSIVIGVGGCWFAYIQNRYSKEH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 MKKMMKDLEGLHRAEQSLHDLQERLHKAQEEHRTVEVEKVHLEKKLRDEINLAKQEAQRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKKMMKDLEGLHRAEQSLHDLQERLHKAQEEHRTVEVEKVHLEKKLRDEINLAKQEAQRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 KELREGTENERSRQKYAEEELEQVREALRKAEKELESHSSWYAPEALQKWLQLTHEVEVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KELREGTENERSRQKYAEEELEQVREALRKAEKELESHSSWYAPEALQKWLQLTHEVEVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YYNIKKQNAEKQLLVAKEGAEKIKKKRNTLFGTFHVAHSSSLDDVDHKILTAKQALSEVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YYNIKKQNAEKQLLVAKEGAEKIKKKRNTLFGTFHVAHSSSLDDVDHKILTAKQALSEVT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AALRERLHRWQQIEILCGFQIVNNPGIHSLVAALNIDPSWMGSTRPNPAHFIMTDDVDDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AALRERLHRWQQIEILCGFQIVNNPGIHSLVAALNIDPSWMGSTRPNPAHFIMTDDVDDM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 DEEIVSPLSMQSPSLQSSVRQRLTEPQHGLGSQRDLTHSDSESSLHMSDRQRVAPKPPQM
:::::::::::::::::::::::::::::::::: . . .. : . : : . ::.
NP_001 DEEIVSPLSMQSPSLQSSVRQRLTEPQHGLGSQRGSSLKANRLSSKGFDPFRFGVLPPHE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 SRAADEALNAMTSNGSHRLIEGVHPGSLVEKLPDSPALAKKALLALNHGLDKAHSLMELS
>>NP_001264890 (OMIM: 160565,605921,612783) stromal inte (791 aa)
initn: 4526 init1: 3405 opt: 3406 Z-score: 2133.4 bits: 405.4 E(85289): 4.3e-112
Smith-Waterman score: 3825; 85.2% identity (85.2% similar) in 717 aa overlap (1-611:1-717)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDVCVRLALWLLWGLLLHQGQSLSHSHSEKATGTSSGANSEESTAAEFCRIDKPLCHSED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDVCVRLALWLLWGLLLHQGQSLSHSHSEKATGTSSGANSEESTAAEFCRIDKPLCHSED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EKLSFEAVRNIHKLMDDDANGDVDVEESDEFLREDLNYHDPTVKHSTFHGEDKLISVEDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKLSFEAVRNIHKLMDDDANGDVDVEESDEFLREDLNYHDPTVKHSTFHGEDKLISVEDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 WKAWKSSEVYNWTVDEVVQWLITYVELPQYEETFRKLQLSGHAMPRLAVTNTTMTGTVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WKAWKSSEVYNWTVDEVVQWLITYVELPQYEETFRKLQLSGHAMPRLAVTNTTMTGTVLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 MTDRSHRQKLQLKALDTVLFGPPLLTRHNHLKDFMLVVSIVIGVGGCWFAYIQNRYSKEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTDRSHRQKLQLKALDTVLFGPPLLTRHNHLKDFMLVVSIVIGVGGCWFAYIQNRYSKEH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 MKKMMKDLEGLHRAEQSLHDLQERLHKAQEEHRTVEVEKVHLEKKLRDEINLAKQEAQRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKKMMKDLEGLHRAEQSLHDLQERLHKAQEEHRTVEVEKVHLEKKLRDEINLAKQEAQRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 KELREGTENERSRQKYAEEELEQVREALRKAEKELESHSSWYAPEALQKWLQLTHEVEVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KELREGTENERSRQKYAEEELEQVREALRKAEKELESHSSWYAPEALQKWLQLTHEVEVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YYNIKKQNAEKQLLVAKEGAEKIKKKRNTLFGTFHVAHSSSLDDVDHKILTAKQALSEVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YYNIKKQNAEKQLLVAKEGAEKIKKKRNTLFGTFHVAHSSSLDDVDHKILTAKQALSEVT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AALRERLHRWQQIEILCGFQIVNNPGIHSLVAALNIDPSWMGSTRPNPAHFIMTDDVDDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AALRERLHRWQQIEILCGFQIVNNPGIHSLVAALNIDPSWMGSTRPNPAHFIMTDDVDDM
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KE4 DEEIVSPLSMQSPSLQSSVRQRLTEPQHGLGSQR--------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEEIVSPLSMQSPSLQSSVRQRLTEPQHGLGSQRLVEGEAGHFLTSRVSLRRMRSLSSGQ
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 ------------------------------------------------------------
NP_001 SFSSEGYGTSSPSASAAASCSSSITTITTTTTTTTTFTTVHVHPVYYHHSTSYFLQMEPY
550 560 570 580 590 600
520 530 540 550
pF1KE4 --------------------DLTHSDSESSLHMSDRQRVAPKPPQMSRAADEALNAMTSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PDTPPSDSTAVMPGHSESLGDLTHSDSESSLHMSDRQRVAPKPPQMSRAADEALNAMTSN
610 620 630 640 650 660
560 570 580 590 600 610
pF1KE4 GSHRLIEGVHPGSLVEKLPDSPALAKKALLALNHGLDKAHSLMELSPSAPPGGSPHLDSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GSHRLIEGVHPGSLVEKLPDSPALAKKALLALNHGLDKAHSLMELSPSAPPGGSPHLDSS
670 680 690 700 710 720
620 630 640 650 660 670
pF1KE4 RSHSPSSPDPDTPSPVGDSRALQASRNTRIPHLAGKKAVAEEDNGSIGEETDSSPGRKKF
NP_001 RSHSPSSPDPDTPSPVGDSRALQASRNTRIPHLAGKKAVAEEDNGSIGEETDSSPGRKKF
730 740 750 760 770 780
>--
initn: 493 init1: 493 opt: 493 Z-score: 322.8 bits: 70.4 E(85289): 3.1e-11
Smith-Waterman score: 493; 100.0% identity (100.0% similar) in 74 aa overlap (612-685:718-791)
590 600 610 620 630 640
pF1KE4 ALLALNHGLDKAHSLMELSPSAPPGGSPHLDSSRSHSPSSPDPDTPSPVGDSRALQASRN
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALLALNHGLDKAHSLMELSPSAPPGGSPHLDSSRSHSPSSPDPDTPSPVGDSRALQASRN
690 700 710 720 730 740
650 660 670 680
pF1KE4 TRIPHLAGKKAVAEEDNGSIGEETDSSPGRKKFPLKIFKKPLKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TRIPHLAGKKAVAEEDNGSIGEETDSSPGRKKFPLKIFKKPLKK
750 760 770 780 790
>>NP_001162588 (OMIM: 610841) stromal interaction molecu (599 aa)
initn: 1903 init1: 1819 opt: 1911 Z-score: 1206.0 bits: 233.4 E(85289): 2e-60
Smith-Waterman score: 1914; 55.2% identity (76.2% similar) in 560 aa overlap (25-574:21-560)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MDVCVRLALWLLWGLLLHQGQSLSHSHSEKATGTSSGANSEESTAA--------EFCRID
: ....:::... : : ..:: . :
NP_001 MLVLGLLVAGAADGCELVPRHLRGRRATGSAATAASSPAAAAGDSPALMTDPCMSL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 KPLCHSEDEKLSFEAVRNIHKLMDDDANGDVDVEESDEFLREDLNYHDPTVKHSTFHGED
.: : .:....:.::...::: :::: .: ..:::::::.:::..:.: : ::: .: ::
NP_001 SPPCFTEEDRFSLEALQTIHKQMDDDKDGGIEVEESDEFIREDMKYKDATNKHSHLHRED
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 KLISVEDLWKAWKSSEVYNWTVDEVVQWLITYVELPQYEETFRKLQLSGHAMPRLAVTNT
: :..::::: ::.:::.:::.....:::: .:::::::..:: ...: ..::.:: .
NP_001 KHITIEDLWKRWKTSEVHNWTLEDTLQWLIEFVELPQYEKNFRDNNVKGTTLPRIAVHEP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TMTGTVLKMTDRSHRQKLQLKALDTVLFGPPLLTR--HNHLKDFMLVVSIVIGVGGCWFA
.. . ::..::::::::::::::.::::: ::: :: .:::.:.:::::::::::::
NP_001 SFMISQLKISDRSHRQKLQLKALDVVLFGP--LTRPPHNWMKDFILTVSIVIGVGGCWFA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 YIQNRYSKEHMKKMMKDLEGLHRAEQSLHDLQERLHKAQEEHRTVEVEKVHLEKKLRDEI
: ::. ::::. :::::::.:. ::::: ::::::.:::::.:.: ::: .::.:. :::
NP_001 YTQNKTSKEHVAKMMKDLESLQTAEQSLMDLQERLEKAQEENRNVAVEKQNLERKMMDEI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 NLAKQEAQRLKELREGTENERSRQKYAEEELEQVREALRKAEKELESHSSWYAPEALQKW
: ::.:: ::.:::::.: : ::..:::.:::::: ::.:::::.: .::: .:.:::::
NP_001 NYAKEEACRLRELREGAECELSRRQYAEQELEQVRMALKKAEKEFELRSSWSVPDALQKW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 LQLTHEVEVQYYNIKKQNAEKQLLVAKEGAEKIKKKRNTLFGTFHVAHSSSLDDVDHKIL
:::::::::::::::.:::: :: .::. ::::::::.:.:::.:::::::::.::::::
NP_001 LQLTHEVEVQYYNIKRQNAEMQLAIAKDEAEKIKKKRSTVFGTLHVAHSSSLDEVDHKIL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 TAKQALSEVTAALRERLHRWQQIEILCGFQIVNNPGIHSLVAALNIDPSWMGSTRPNPAH
::.::::.:. ::::: :::::: .:::::..: :. ::...: : ::. : .
NP_001 EAKKALSELTTCLRERLFRWQQIEKICGFQIAHNSGLPSLTSSLYSDHSWVVMPRVSIPP
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 FIMTDDVDDMDEEIVSPLSMQSPSLQSSVRQRLTEPQHGLGSQRDLTHSDSESSLHMSDR
. .. :::.::. . :. : :. ...: .:. . .: .: :
NP_001 YPIAGGVDDLDED-TPPIVSQFPGT-------MAKPPGSLARSSSLCRS----------R
480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 QRVAPKPPQMSRAADEALNAMTSNGSHRLIEGVHPGSLVEKLPDSPALAKKALLALNHGL
. ..:. :: .:: :. : : :: ::
NP_001 RSIVPSSPQPQRAQLAPHAPHPSHPRHPHHPQHTPHSLPSPDPDILSVSSCPALYRNEEE
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KE4 DKAHSLMELSPSAPPGGSPHLDSSRSHSPSSPDPDTPSPVGDSRALQASRNTRIPHLAGK
NP_001 EEAIYFSAEKQCIHLGLGACKSE
580 590
>>NP_065911 (OMIM: 610841) stromal interaction molecule (746 aa)
initn: 1977 init1: 1859 opt: 1911 Z-score: 1204.5 bits: 233.4 E(85289): 2.4e-60
Smith-Waterman score: 1916; 52.6% identity (74.3% similar) in 610 aa overlap (25-619:21-610)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MDVCVRLALWLLWGLLLHQGQSLSHSHSEKATGTSSGANSEESTAA--------EFCRID
: ....:::... : : ..:: . :
NP_065 MLVLGLLVAGAADGCELVPRHLRGRRATGSAATAASSPAAAAGDSPALMTDPCMSL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 KPLCHSEDEKLSFEAVRNIHKLMDDDANGDVDVEESDEFLREDLNYHDPTVKHSTFHGED
.: : .:....:.::...::: :::: .: ..:::::::.:::..:.: : ::: .: ::
NP_065 SPPCFTEEDRFSLEALQTIHKQMDDDKDGGIEVEESDEFIREDMKYKDATNKHSHLHRED
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 KLISVEDLWKAWKSSEVYNWTVDEVVQWLITYVELPQYEETFRKLQLSGHAMPRLAVTNT
: :..::::: ::.:::.:::.....:::: .:::::::..:: ...: ..::.:: .
NP_065 KHITIEDLWKRWKTSEVHNWTLEDTLQWLIEFVELPQYEKNFRDNNVKGTTLPRIAVHEP
120 130 140 150 160 170
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]