Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4541
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4541, 623 aa
1>>>pF1KE4541 623 - 623 aa - 623 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9003+/-0.00106; mu= 15.6973+/- 0.063
mean_var=68.0691+/-13.551, 0's: 0 Z-trim(103.6): 17 B-trim: 147 in 1/49
Lambda= 0.155453
statistics sampled from 7480 (7492) to 7480 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 3.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2871.1 TKT gene_id:7086|Hs108|chr3 ( 623) 4092 927.2 0
CCDS58834.1 TKT gene_id:7086|Hs108|chr3 ( 631) 4066 921.4 0
CCDS3805.1 TKTL2 gene_id:84076|Hs108|chr4 ( 626) 2832 644.6 1.1e-184
CCDS55541.1 TKTL1 gene_id:8277|Hs108|chrX ( 540) 2218 506.9 2.8e-143
CCDS35448.1 TKTL1 gene_id:8277|Hs108|chrX ( 596) 2218 506.9 3.1e-143
>>CCDS2871.1 TKT gene_id:7086|Hs108|chr3 (623 aa)
initn: 4092 init1: 4092 opt: 4092 Z-score: 4956.2 bits: 927.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4092; 100.0% identity (100.0% similar) in 623 aa overlap (1-623:1-623)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESYHKPDQQKLQALKDTANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVLFFHTMRYKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 MESYHKPDQQKLQALKDTANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVLFFHTMRYKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QDPRNPHNDRFVLSKGHAAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHPVPKQAFTDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 QDPRNPHNDRFVLSKGHAAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHPVPKQAFTDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ATGSLGQGLGAACGMAYTGKYFDKASYRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFASIYKLDNLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 ATGSLGQGLGAACGMAYTGKYFDKASYRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFASIYKLDNLVA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 ILDINRLGQSDPAPLQHQMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQAKHQPTAIIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 ILDINRLGQSDPAPLQHQMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQAKHQPTAIIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 KTFKGRGITGVEDKESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATPPQEDAPSVDIAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 KTFKGRGITGVEDKESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATPPQEDAPSVDIAN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 IRMPSLPSYKVGDKIATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFSEIFKKEHPDRFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 IRMPSLPSYKVGDKIATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFSEIFKKEHPDRFI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 ECYIAEQNMVSIAVGCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISESNINLCGSHCGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 ECYIAEQNMVSIAVGCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISESNINLCGSHCGVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 IGEDGPSQMALEDLAMFRSVPTSTVFYPSDGVATEKAVELAANTKGICFIRTSRPENAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 IGEDGPSQMALEDLAMFRSVPTSTVFYPSDGVATEKAVELAANTKGICFIRTSRPENAII
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 YNNNEDFQVGQAKVVLKSKDDQVTVIGAGVTLHEALAAAELLKKEKINIRVLDPFTIKPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 YNNNEDFQVGQAKVVLKSKDDQVTVIGAGVTLHEALAAAELLKKEKINIRVLDPFTIKPL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 DRKLILDSARATKGRILTVEDHYYEGGIGEAVSSAVVGEPGITVTHLAVNRVPRSGKPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 DRKLILDSARATKGRILTVEDHYYEGGIGEAVSSAVVGEPGITVTHLAVNRVPRSGKPAE
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KE4 LLKMFGIDRDAIAQAVRGLITKA
:::::::::::::::::::::::
CCDS28 LLKMFGIDRDAIAQAVRGLITKA
610 620
>>CCDS58834.1 TKT gene_id:7086|Hs108|chr3 (631 aa)
initn: 3122 init1: 3122 opt: 4066 Z-score: 4924.6 bits: 921.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4066; 98.7% identity (98.7% similar) in 631 aa overlap (1-623:1-631)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESYHKPDQQKLQALKDTANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVLFFHTMRYKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MESYHKPDQQKLQALKDTANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVLFFHTMRYKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QDPRNPHNDRFVLSKGHAAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHPVPKQAFTDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QDPRNPHNDRFVLSKGHAAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHPVPKQAFTDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE4 ATGSLGQGLGAACGMAYTGKYFDKAS--------YRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFASI
:::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ATGSLGQGLGAACGMAYTGKYFDKASLPSSWDYSYRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFASI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 YKLDNLVAILDINRLGQSDPAPLQHQMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YKLDNLVAILDINRLGQSDPAPLQHQMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQAK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 HQPTAIIAKTFKGRGITGVEDKESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATPPQED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HQPTAIIAKTFKGRGITGVEDKESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATPPQED
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 APSVDIANIRMPSLPSYKVGDKIATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFSEIFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 APSVDIANIRMPSLPSYKVGDKIATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFSEIFK
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 KEHPDRFIECYIAEQNMVSIAVGCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISESNINL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KEHPDRFIECYIAEQNMVSIAVGCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISESNINL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 CGSHCGVSIGEDGPSQMALEDLAMFRSVPTSTVFYPSDGVATEKAVELAANTKGICFIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CGSHCGVSIGEDGPSQMALEDLAMFRSVPTSTVFYPSDGVATEKAVELAANTKGICFIRT
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 SRPENAIIYNNNEDFQVGQAKVVLKSKDDQVTVIGAGVTLHEALAAAELLKKEKINIRVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SRPENAIIYNNNEDFQVGQAKVVLKSKDDQVTVIGAGVTLHEALAAAELLKKEKINIRVL
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 DPFTIKPLDRKLILDSARATKGRILTVEDHYYEGGIGEAVSSAVVGEPGITVTHLAVNRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DPFTIKPLDRKLILDSARATKGRILTVEDHYYEGGIGEAVSSAVVGEPGITVTHLAVNRV
550 560 570 580 590 600
600 610 620
pF1KE4 PRSGKPAELLKMFGIDRDAIAQAVRGLITKA
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PRSGKPAELLKMFGIDRDAIAQAVRGLITKA
610 620 630
>>CCDS3805.1 TKTL2 gene_id:84076|Hs108|chr4 (626 aa)
initn: 1710 init1: 1710 opt: 2832 Z-score: 3428.9 bits: 644.6 E(32554): 1.1e-184
Smith-Waterman score: 2832; 66.7% identity (87.4% similar) in 625 aa overlap (1-622:2-626)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MESYHKPDQQKLQALKDTANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVLFFHTMRYK
: . ::: . .:.:.:::::::: ::.:: :.:::. ::::::::...:::::::.::
CCDS38 MMANDAKPDVKTVQVLRDTANRLRIHSIRATCASGSGQLTSCCSAAEVVSVLFFHTMKYK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 SQDPRNPHNDRFVLSKGHAAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHPVPKQAFTD
. ::..: ::::.::.:::::::::.:.:.: ..:..::::::. :::. ::.:. :.:
CCDS38 QTDPEHPDNDRFILSRGHAAPILYAAWVEVGDISESDLLNLRKLHSDLERHPTPRLPFVD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 VATGSLGQGLGAACGMAYTGKYFDKASYRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFASIYKLDNLV
:::::::::::.::::::::::.:::::::.::.:::: ::::::::.:::: :.:::::
CCDS38 VATGSLGQGLGTACGMAYTGKYLDKASYRVFCLMGDGESSEGSVWEAFAFASHYNLDNLV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 AILDINRLGQSDPAPLQHQMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQA---KHQPT
:..:.:::::: ::::.: ::::. ::::::.. .::::.:: ::.:: :: :..::
CCDS38 AVFDVNRLGQSGPAPLEHGADIYQNCCEAFGWNTYLVDGHDVEALCQAFWQASQVKNKPT
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 AIIAKTFKGRGITGVEDKESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATPPQEDAPSV
::.::::::::: ..:: :.:::::.::. :. :.. : ::::...... : ::.:..
CCDS38 AIVAKTFKGRGIPNIEDAENWHGKPVPKERADAIVKLIESQIQTNENLIPKSPVEDSPQI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 DIANIRMPSLPSYKVGDKIATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFSEIFKKEHP
.:..:.: : :.:::::::::.:.:: ::::::.:..:.:.:.::: ::::::::.::::
CCDS38 SITDIKMTSPPAYKVGDKIATQKTYGLALAKLGRANERVIVLSGDTMNSTFSEIFRKEHP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 DRFIECYIAEQNMVSIAVGCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISESNINLCGSH
.::::: ::::::::.:.:::::.::. : ..:::::::::::.::.:::..:::: :::
CCDS38 ERFIECIIAEQNMVSVALGCATRGRTIAFAGAFAAFFTRAFDQLRMGAISQANINLIGSH
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 CGVSIGEDGPSQMALEDLAMFRSVPTSTVFYPSDGVATEKAVELAANTKGICFIRTSRPE
:::: :::: :::::::::::::.:. :::::::...::.:. :::::::.::::::.::
CCDS38 CGVSTGEDGVSQMALEDLAMFRSIPNCTVFYPSDAISTEHAIYLAANTKGMCFIRTSQPE
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 NAIIYNNNEDFQVGQAKVVLKSKDDQVTVIGAGVTLHEALAAAELLKKEKINIRVLDPFT
.:.::. .:.:..:::::: .. .:.:::::::::::::: ::. :... :..::.::::
CCDS38 TAVIYTPQENFEIGQAKVVRHGVNDKVTVIGAGVTLHEALEAADHLSQQGISVRVIDPFT
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 IKPLDRKLILDSARATKGRILTVEDHYYEGGIGEAVSSAVVGEPGITVTHLAVNRVPRSG
::::: :..::.:: ::..:::::: :::::::: .:: :: : : .:::. ::. :
CCDS38 IKPLDAATIISSAKATGGRVITVEDHYREGGIGEAVCAAVSREPDILVHQLAVSGVPQRG
550 560 570 580 590 600
600 610 620
pF1KE4 KPAELLKMFGIDRDAIAQAVRGLITKA
: .::: ::::. : :: . :
CCDS38 KTSELLDMFGISTRHIIAAVTLTLMK
610 620
>>CCDS55541.1 TKTL1 gene_id:8277|Hs108|chrX (540 aa)
initn: 2351 init1: 1638 opt: 2218 Z-score: 2685.8 bits: 506.9 E(32554): 2.8e-143
Smith-Waterman score: 2276; 59.7% identity (80.9% similar) in 576 aa overlap (48-620:1-538)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 TANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVLFFHTMRYKSQDPRNPHNDRFVLSKGH
:.::::. ::::..::.:: ::::::.:
CCDS55 MSVLFFYIMRYKQSDPENPDNDRFVLAK--
10 20
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 AAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHPVPKQAFTDVATGSLGQGLGAACGMAY
. .:.::::: ::::::.::::::
CCDS55 ------------------------------------RLSFVDVATGWLGQGLGVACGMAY
30 40 50
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 TGKYFDKASYRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFASIYKLDNLVAILDINRLGQSDPAPLQH
::::::.:::::.::..::: ::::::::::::: :.:::::::.:.::::.: : .:
CCDS55 TGKYFDRASYRVFCLMSDGESSEGSVWEAMAFASYYSLDNLVAIFDVNRLGHSGALPAEH
60 70 80 90 100 110
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 QMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQA---KHQPTAIIAKTFKGRGITGVEDK
..:::.:::::::.. .:::..:: ::..: :: ::.:::..:::::::: ..::
CCDS55 CINIYQRRCEAFGWNTYVVDGRDVEALCQVFWQASQVKHKPTAVVAKTFKGRGTPSIEDA
120 130 140 150 160 170
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 ESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATPPQEDAPSVDIANIRMPSLPSYKVGDK
::::.::.:.. :. ::. : ::::..... :: ::.: :.:...:: : :.:.::::
CCDS55 ESWHAKPMPRERADAIIKLIESQIQTSRNLDPQPPIEDSPEVNITDVRMTSPPDYRVGDK
180 190 200 210 220 230
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 IATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFSEIFKKEHPDRFIECYIAEQNMVSIAV
:::::: : ::::::.:..:...:::::. :::::::.::.:.:::::..:::::::.:.
CCDS55 IATRKACGLALAKLGYANNRVVVLDGDTRYSTFSEIFNKEYPERFIECFMAEQNMVSVAL
240 250 260 270 280 290
380 390 400 410 420 430
pF1KE4 GCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISESNINLCGSHCGVSIGEDGPSQMALEDL
:::.:.::. : ::::::.:::::.::.....:::::. :::::::.:.:: :::::::.
CCDS55 GCASRGRTIAFASTFAAFLTRAFDHIRIGGLAESNINIIGSHCGVSVGDDGASQMALEDI
300 310 320 330 340 350
440 450 460 470 480 490
pF1KE4 AMFRSVPTSTVFYPSDGVATEKAVELAANTKGICFIRTSRPENAIIYNNNEDFQVGQAKV
::::..: :.:::.:.:.::.:: ::::.::.:::::.:::. .::. .: :..:::::
CCDS55 AMFRTIPKCTIFYPTDAVSTEHAVALAANAKGMCFIRTTRPETMVIYTPQERFEIGQAKV
360 370 380 390 400 410
500 510 520 530 540 550
pF1KE4 VLKSKDDQVTVIGAGVTLHEALAAAELLKKEKINIRVLDPFTIKPLDRKLILDSARATKG
. . .:.:::::::.:..::::::. :.:. : :::.: ::::::: :..::.::.:
CCDS55 LRHCVSDKVTVIGAGITVYEALAAADELSKQDIFIRVIDLFTIKPLDVATIVSSAKATEG
420 430 440 450 460 470
560 570 580 590 600 610
pF1KE4 RILTVEDHYYEGGIGEAVSSAVVGEPGITVTHLAVNRVPRSGKPAELLKMFGIDRDAIAQ
::.:::::: .::::::: .:: .: : : :::. ::.::: ::: :.::. :
CCDS55 RIITVEDHYPQGGIGEAVCAAVSMDPDIQVHSLAVSGVPQSGKSEELLDMYGISARHIIV
480 490 500 510 520 530
620
pF1KE4 AVRGLITKA
::. ..
CCDS55 AVKCMLLN
540
>>CCDS35448.1 TKTL1 gene_id:8277|Hs108|chrX (596 aa)
initn: 2519 init1: 1638 opt: 2218 Z-score: 2685.1 bits: 506.9 E(32554): 3.1e-143
Smith-Waterman score: 2444; 59.7% identity (81.2% similar) in 618 aa overlap (6-620:15-594)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MESYHKPDQQKLQALKDTANRLRISSIQATTAAGSGHPTSCCSAAEIMAVL
.::. ::.:.: :.:::: ::.:: ...::::::: :..:::.::
CCDS35 MADAEARAEFPEEARPDRGTLQVLQDMASRLRIHSIRATCSTSSGHPTSCSSSSEIMSVL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 FFHTMRYKSQDPRNPHNDRFVLSKGHAAPILYAVWAEAGFLAEAELLNLRKISSDLDGHP
::. ::::..::.:: ::::::.:
CCDS35 FFYIMRYKQSDPENPDNDRFVLAK------------------------------------
70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 VPKQAFTDVATGSLGQGLGAACGMAYTGKYFDKASYRVYCLLGDGELSEGSVWEAMAFAS
. .:.::::: ::::::.::::::::::::.:::::.::..::: :::::::::::::
CCDS35 --RLSFVDVATGWLGQGLGVACGMAYTGKYFDRASYRVFCLMSDGESSEGSVWEAMAFAS
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 IYKLDNLVAILDINRLGQSDPAPLQHQMDIYQKRCEAFGWHAIIVDGHSVEELCKAFGQA
:.:::::::.:.::::.: : .: ..:::.:::::::.. .:::..:: ::..: ::
CCDS35 YYSLDNLVAIFDVNRLGHSGALPAEHCINIYQRRCEAFGWNTYVVDGRDVEALCQVFWQA
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KE4 ---KHQPTAIIAKTFKGRGITGVEDKESWHGKPLPKNMAEQIIQEIYSQIQSKKKILATP
::.:::..:::::::: ..:: ::::.::.:.. :. ::. : ::::..... :
CCDS35 SQVKHKPTAVVAKTFKGRGTPSIEDAESWHAKPMPRERADAIIKLIESQIQTSRNLDPQP
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 PQEDAPSVDIANIRMPSLPSYKVGDKIATRKAYGQALAKLGHASDRIIALDGDTKNSTFS
: ::.: :.:...:: : :.:.:::::::::: : ::::::.:..:...:::::. ::::
CCDS35 PIEDSPEVNITDVRMTSPPDYRVGDKIATRKACGLALAKLGYANNRVVVLDGDTRYSTFS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 EIFKKEHPDRFIECYIAEQNMVSIAVGCATRNRTVPFCSTFAAFFTRAFDQIRMAAISES
:::.::.:.:::::..:::::::.:.:::.:.::. : ::::::.:::::.::.....::
CCDS35 EIFNKEYPERFIECFMAEQNMVSVALGCASRGRTIAFASTFAAFLTRAFDHIRIGGLAES
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
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