Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4529
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4529, 580 aa
1>>>pF1KE4529 580 - 580 aa - 580 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4684+/-0.000701; mu= 14.9003+/- 0.043
mean_var=98.9270+/-19.719, 0's: 0 Z-trim(112.6): 6 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.128949
statistics sampled from 13374 (13379) to 13374 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.728), E-opt: 0.2 (0.411), width: 16
Scan time: 2.750
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12180.1 MCOLN1 gene_id:57192|Hs108|chr19 ( 580) 3938 742.6 3e-214
CCDS81347.1 MCOLN2 gene_id:255231|Hs108|chr1 ( 538) 1673 321.3 2e-87
CCDS30762.1 MCOLN2 gene_id:255231|Hs108|chr1 ( 566) 1673 321.3 2.1e-87
CCDS58009.1 MCOLN3 gene_id:55283|Hs108|chr1 ( 497) 1619 311.2 2e-84
CCDS701.1 MCOLN3 gene_id:55283|Hs108|chr1 ( 553) 1619 311.2 2.1e-84
>>CCDS12180.1 MCOLN1 gene_id:57192|Hs108|chr19 (580 aa)
initn: 3938 init1: 3938 opt: 3938 Z-score: 3959.9 bits: 742.6 E(32554): 3e-214
Smith-Waterman score: 3938; 100.0% identity (100.0% similar) in 580 aa overlap (1-580:1-580)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTAPAGPRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEEEDLRRRLKYFFMSPCDKFRAKG
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CCDS12 MTAPAGPRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEEEDLRRRLKYFFMSPCDKFRAKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 RKPCKLMLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFAAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RKPCKLMLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFAAY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TREQLYQAIFHAVDQYLALPDVSLGRYAYVRGGGDPWTNGSGLALCQRYYHRGHVDPAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TREQLYQAIFHAVDQYLALPDVSLGRYAYVRGGGDPWTNGSGLALCQRYYHRGHVDPAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 TFDIDPMVVTDCIQVDPPERPPPPPSDDLTLLESSSSYKNLTLKFHKLVNVTIHFRLKTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TFDIDPMVVTDCIQVDPPERPPPPPSDDLTLLESSSSYKNLTLKFHKLVNVTIHFRLKTI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 NLQSLINNEIPDCYTFSVLITFDNKAHSGRIPISLETQAHIQECKHPSVFQHGDNSFRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLQSLINNEIPDCYTFSVLITFDNKAHSGRIPISLETQAHIQECKHPSVFQHGDNSFRLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FDVVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWYILLVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FDVVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWYILLVT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 SDVLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILIATLRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SDVLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILIATLRV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 ALPSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFVTFAAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ALPSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFVTFAAM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 QAQQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEESELQAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QAQQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEESELQAY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KE4 IAQCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IAQCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN
550 560 570 580
>>CCDS81347.1 MCOLN2 gene_id:255231|Hs108|chr1 (538 aa)
initn: 1666 init1: 758 opt: 1673 Z-score: 1683.1 bits: 321.3 E(32554): 2e-87
Smith-Waterman score: 1771; 49.4% identity (77.7% similar) in 543 aa overlap (37-575:9-533)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 PRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEEEDLRRRLKYFFMSPCDKFRAKGRKPCKL
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CCDS81 MAHRDSEMKEECLREDLKFYFMSPCEKYRARRQIPWKL
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 MLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFA--AYTREQ
::..::..::.::. :::::::.:.:.:.::.::.:::: ::: .: .. .::.:.
CCDS81 GLQILKIVMVTTQLVRFGLSNQLVVAFKEDNTVAFKHLFLKGYSGTDEDDYSCSVYTQED
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LYQAIFHAVDQYLALPDVSLGRYAYVRGGGDPWTNGSGLALCQRYYHRGHVDPANDTFDI
:..:: :..:: : :..:: .: :. : :: .:...:..: . :.:.:..:
CCDS81 AYESIFFAINQYHQLKDITLGTLGY----GENEDNRIGLKVCKQHYKKGTMFPSNETLNI
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 DPMVVTDCIQVDPPERPPPPPSDDLTLLESSSSYKNLTLKFHKLVNVTIHFRLKTINLQS
: : ::.:.: . ::. ..:: .. :.:..:..: : :.:: :.::.
CCDS81 DNDVELDCVQLDLQDLSKKPPD-----WKNSSFFR---LEFYRLLQVEISFHLKGIDLQT
160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 LINNEIPDCYTFSVLITFDNKAHSGRIPISLETQAHIQECKHPSVF--QHGDNSFRLLFD
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CCDS81 IHSRELPDCYVFQNTIIFDNKAHSGKIKIYFDSDAKIEECKDLNIFGSTQKNAQYVLVFD
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWYILLVTSD
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CCDS81 AFVIVICLASLILCTRSIVLALRLRKRFLNFFLEKYKRPVCDTDQWEFINGWYVLVIISD
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 VLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILIATLRVAL
..:: :.:.:. :.::::..::.:::.:::::::::::::::: .:. ::.:: :....:
CCDS81 LMTIIGSILKMEIKAKNLTNYDLCSIFLGTSTLLVWVGVIRYLGYFQAYNVLILTMQASL
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 PSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFVTFAAMQA
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CCDS81 PKVLRFCACAGMIYLGYTFCGWIVLGPYHDKFENLNTVAECLFSLVNGDDMFATFA--QI
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 QQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEESELQAYIA
:: .: ::::::.:::::::::::::.::::::::: .:::::. : :..:: ..
CCDS81 QQ-KSILVWLFSRLYLYSFISLFIYMILSLFIALITDSYDTIKKFQQNGFPETDLQEFLK
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580
pF1KE4 QCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN
.:. .. .... :.. : .:: : :..:
CCDS81 ECS---SKEEYQKESSAFLSCICCRRRKRSDDHLIPIS
510 520 530
>>CCDS30762.1 MCOLN2 gene_id:255231|Hs108|chr1 (566 aa)
initn: 1752 init1: 758 opt: 1673 Z-score: 1682.8 bits: 321.3 E(32554): 2.1e-87
Smith-Waterman score: 1771; 49.4% identity (77.7% similar) in 543 aa overlap (37-575:37-561)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 PRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEEEDLRRRLKYFFMSPCDKFRAKGRKPCKL
.:: ::. ::..:::::.:.::. . : ::
CCDS30 RFPQARIPERGSGVFRLTVRNAMAHRDSEMKEECLREDLKFYFMSPCEKYRARRQIPWKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 MLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFA--AYTREQ
::..::..::.::. :::::::.:.:.:.::.::.:::: ::: .: .. .::.:.
CCDS30 GLQILKIVMVTTQLVRFGLSNQLVVAFKEDNTVAFKHLFLKGYSGTDEDDYSCSVYTQED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LYQAIFHAVDQYLALPDVSLGRYAYVRGGGDPWTNGSGLALCQRYYHRGHVDPANDTFDI
:..:: :..:: : :..:: .: :. : :: .:...:..: . :.:.:..:
CCDS30 AYESIFFAINQYHQLKDITLGTLGY----GENEDNRIGLKVCKQHYKKGTMFPSNETLNI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 DPMVVTDCIQVDPPERPPPPPSDDLTLLESSSSYKNLTLKFHKLVNVTIHFRLKTINLQS
: : ::.:.: . ::. ..:: .. :.:..:..: : :.:: :.::.
CCDS30 DNDVELDCVQLDLQDLSKKPPD-----WKNSSFFR---LEFYRLLQVEISFHLKGIDLQT
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 LINNEIPDCYTFSVLITFDNKAHSGRIPISLETQAHIQECKHPSVF--QHGDNSFRLLFD
. . :.::::.:. : ::::::::.: : ....:.:.::: ..: . . .. :.::
CCDS30 IHSRELPDCYVFQNTIIFDNKAHSGKIKIYFDSDAKIEECKDLNIFGSTQKNAQYVLVFD
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWYILLVTSD
. ::. : :..::.::.. .. :...:..:. .. : . .. ::.::::.:.. ::
CCDS30 AFVIVICLASLILCTRSIVLALRLRKRFLNFFLEKYKRPVCDTDQWEFINGWYVLVIISD
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 VLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILIATLRVAL
..:: :.:.:. :.::::..::.:::.:::::::::::::::: .:. ::.:: :....:
CCDS30 LMTIIGSILKMEIKAKNLTNYDLCSIFLGTSTLLVWVGVIRYLGYFQAYNVLILTMQASL
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 PSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFVTFAAMQA
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CCDS30 PKVLRFCACAGMIYLGYTFCGWIVLGPYHDKFENLNTVAECLFSLVNGDDMFATFA--QI
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 QQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEESELQAYIA
:: .: ::::::.:::::::::::::.::::::::: .:::::. : :..:: ..
CCDS30 QQ-KSILVWLFSRLYLYSFISLFIYMILSLFIALITDSYDTIKKFQQNGFPETDLQEFLK
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580
pF1KE4 QCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN
.:. .. .... :.. : .:: : :..:
CCDS30 ECS---SKEEYQKESSAFLSCICCRRRKRSDDHLIPIS
540 550 560
>>CCDS58009.1 MCOLN3 gene_id:55283|Hs108|chr1 (497 aa)
initn: 1818 init1: 887 opt: 1619 Z-score: 1629.3 bits: 311.2 E(32554): 2e-84
Smith-Waterman score: 1723; 50.9% identity (71.7% similar) in 544 aa overlap (34-569:27-497)
10 20 30 40 50
pF1KE4 PAGPRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEE---ED-LRRRLKYFFMSPCDKFRAK
.: :: :: .::.::.:::.::.:: :.
CCDS58 MADPEVVVSSCSSHEEENRCNFNQQTSPSEELLLEDQMRRKLKFFFMNPCEKFWAR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 GRKPCKLMLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFAA
:::: :: .:..:: .::.:
CCDS58 GRKPWKLAIQILKIAMVTIQ----------------------------------------
60 70
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 YTREQLYQAIFHAVDQYLALPDVSLGRYAYVRGGGDPWTNGSGLALCQRYYHRGHVDPAN
:: : .::.: .:: : :. :..:.::..:.::.. :.:
CCDS58 ----------------YLQLYNVSVGNHAYENKG----TKQSAMAICQHFYKRGNIYPGN
80 90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 DTFDIDPMVVTDCIQVDP--PERPPPPPSDDLTLLESSSSYKNLTLKFHKLVNVTIHFRL
::::::: . :.:. :.: : . : . : :::: ::.:..: ..:.:
CCDS58 DTFDIDPEIETECFFVEPDEPFHIGTPAENKL----------NLTLDFHRLLTVELQFKL
120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 KTINLQSLINNEIPDCYTFSVLITFDNKAHSGRIPISLETQAHIQECK--HPSVFQHGDN
:.::::.. ..:.:::: :.. :::::::::::: :::... :.::: : : . ..
CCDS58 KAINLQTVRHQELPDCYDFTLTITFDNKAHSGRIKISLDNDISIRECKDWHVSGSIQKNT
170 180 190 200 210 220
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 SFRLLFDVVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWY
. ..::. ::::: .:..:: ::..::. ::.:::.:. . . .:. ...:::::::
CCDS58 HYMMIFDAFVILTCLVSLILCIRSVIRGLQLQQEFVNFFLLHYKKEVSVSDQMEFVNGWY
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 ILLVTSDVLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILI
:... ::.::: :.:.:. :.::.:.:::::::::::::.:::.:::::: :: .::.::
CCDS58 IMIIISDILTIIGSILKMEIQAKSLTSYDVCSILLGTSTMLVWLGVIRYLGFFAKYNLLI
290 300 310 320 330 340
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 ATLRVALPSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFV
::..:::.:.:::::.:.::::::::::::::::: :::::.::::::::::::::::.
CCDS58 LTLQAALPNVIRFCCCAAMIYLGYCFCGWIVLGPYHDKFRSLNMVSECLFSLINGDDMFA
350 360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 TFAAMQAQQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEES
::: :: .: ::::::..::::::::::::.::::::::: .:.:::. : :.
CCDS58 TFAKMQQ---KSYLVWLFSRIYLYSFISLFIYMILSLFIALITDTYETIKQYQQDGFPET
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580
pF1KE4 ELQAYIAQCQDSPTSGKFRRGSGSACSLLCCCGRDPSEEHSLLVN
::...:..:.: :.:::.: . ::.::: .
CCDS58 ELRTFISECKDLPNSGKYRLEDDPPVSLFCCCKK
470 480 490
>>CCDS701.1 MCOLN3 gene_id:55283|Hs108|chr1 (553 aa)
initn: 2111 init1: 887 opt: 1619 Z-score: 1628.6 bits: 311.2 E(32554): 2.1e-84
Smith-Waterman score: 2077; 57.2% identity (80.7% similar) in 544 aa overlap (34-569:27-553)
10 20 30 40 50
pF1KE4 PAGPRGSETERLLTPNPGYGTQAGPSPAPPTPPEE---ED-LRRRLKYFFMSPCDKFRAK
.: :: :: .::.::.:::.::.:: :.
CCDS70 MADPEVVVSSCSSHEEENRCNFNQQTSPSEELLLEDQMRRKLKFFFMNPCEKFWAR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 GRKPCKLMLQVVKILVVTVQLILFGLSNQLAVTFREENTIAFRHLFLLGYSDGADDTFAA
:::: :: .:..:: .::.::.:::::::..:.:.:::::::.:::: :: : :::.:.
CCDS70 GRKPWKLAIQILKIAMVTIQLVLFGLSNQMVVAFKEENTIAFKHLFLKGYMDRMDDTYAV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 YTREQLYQAIFHAVDQYLALPDVSLGRYAYVRGGGDPWTNGSGLALCQRYYHRGHVDPAN
::. ..:. .. ::.::: : .::.: .:: : :. :..:.::..:.::.. :.:
CCDS70 YTQSDVYDQLIFAVNQYLQLYNVSVGNHAYENKG----TKQSAMAICQHFYKRGNIYPGN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 DTFDIDPMVVTDCIQVDP--PERPPPPPSDDLTLLESSSSYKNLTLKFHKLVNVTIHFRL
::::::: . :.:. :.: : . : . : :::: ::.:..: ..:.:
CCDS70 DTFDIDPEIETECFFVEPDEPFHIGTPAENKL----------NLTLDFHRLLTVELQFKL
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 KTINLQSLINNEIPDCYTFSVLITFDNKAHSGRIPISLETQAHIQECK--HPSVFQHGDN
:.::::.. ..:.:::: :.. :::::::::::: :::... :.::: : : . ..
CCDS70 KAINLQTVRHQELPDCYDFTLTITFDNKAHSGRIKISLDNDISIRECKDWHVSGSIQKNT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 SFRLLFDVVVILTCSLSFLLCARSLLRGFLLQNEFVGFMWRQRGRVISLWERLEFVNGWY
. ..::. ::::: .:..:: ::..::. ::.:::.:. . . .:. ...:::::::
CCDS70 HYMMIFDAFVILTCLVSLILCIRSVIRGLQLQQEFVNFFLLHYKKEVSVSDQMEFVNGWY
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 ILLVTSDVLTISGTIMKIGIEAKNLASYDVCSILLGTSTLLVWVGVIRYLTFFHNYNILI
:... ::.::: :.:.:. :.::.:.:::::::::::::.:::.:::::: :: .::.::
CCDS70 IMIIISDILTIIGSILKMEIQAKSLTSYDVCSILLGTSTMLVWLGVIRYLGFFAKYNLLI
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 ATLRVALPSVMRFCCCVAVIYLGYCFCGWIVLGPYHVKFRSLSMVSECLFSLINGDDMFV
::..:::.:.:::::.:.::::::::::::::::: :::::.::::::::::::::::.
CCDS70 LTLQAALPNVIRFCCCAAMIYLGYCFCGWIVLGPYHDKFRSLNMVSECLFSLINGDDMFA
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 TFAAMQAQQGRSSLVWLFSQLYLYSFISLFIYMVLSLFIALITGAYDTIKHPGGAGAEES
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