Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4518
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4518, 552 aa
1>>>pF1KE4518 552 - 552 aa - 552 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2376+/-0.000405; mu= 19.1031+/- 0.025
mean_var=72.6352+/-14.666, 0's: 0 Z-trim(112.3): 20 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.150488
statistics sampled from 21187 (21205) to 21187 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16
Scan time: 9.740
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001076428 (OMIM: 601040,610762) scavenger recep ( 506) 3174 698.8 1e-200
NP_005496 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor ( 509) 3174 698.8 1e-200
NP_005497 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane ( 478) 992 225.1 4e-58
NP_001001548 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 970 220.3 1.1e-56
XP_005250771 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 970 220.3 1.1e-56
NP_001120916 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 970 220.3 1.1e-56
NP_000063 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) plat ( 472) 970 220.3 1.1e-56
XP_005250772 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 970 220.3 1.1e-56
NP_001120915 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 970 220.3 1.1e-56
NP_001001547 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472) 970 220.3 1.1e-56
XP_005250770 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472) 970 220.3 1.1e-56
NP_001276840 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 396) 838 191.6 4e-48
NP_001276838 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 412) 593 138.4 4.3e-32
NP_001191184 (OMIM: 254900,602257) lysosome membra ( 335) 538 126.4 1.4e-28
NP_001276837 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 433) 397 95.8 2.9e-19
>>NP_001076428 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor (506 aa)
initn: 3174 init1: 3174 opt: 3174 Z-score: 3724.4 bits: 698.8 E(85289): 1e-200
Smith-Waterman score: 3174; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQVGAGQRAARADSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQGPEDTVSQPGLAA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 SLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLASFACRVATTLPVLE
NP_001 GPDRPPSPYTPLLPDSPSGQPPSPTA
490 500
>>NP_005496 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor cla (509 aa)
initn: 3174 init1: 3174 opt: 3174 Z-score: 3724.3 bits: 698.8 E(85289): 1e-200
Smith-Waterman score: 3174; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQVGAGQRAARADSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQEKCYLFWSSSKKG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 SLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLASFACRVATTLPVLE
NP_005 SKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
490 500
>>NP_005497 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane prot (478 aa)
initn: 623 init1: 321 opt: 992 Z-score: 1164.5 bits: 225.1 E(85289): 4e-58
Smith-Waterman score: 992; 33.6% identity (66.6% similar) in 473 aa overlap (15-477:10-473)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
:. .:: : .....: . . . :.. :.. . .. .:. :..
NP_005 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 IPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDT-VSFLEYR
:.: : . :::.: :: :::.:: :.:.: :::.:::.:.:.:: :..: : .: . .
NP_005 PPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
.. :. ..: :. . : : :: :: .:. .. :. :. . . .. :...::
NP_005 AYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVL--TVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 GEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDK
:..::::: ...::. . : . :. :::: : :....: .. .:: .. . . .
NP_005 DELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPY---FGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 WNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGI
::: ...:.: .:.:::::::.:. . :..: . : . . :::. . ... .:.
NP_005 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 PTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADP
:..:. .: ..:: : : ::: : :: ::. ::: :. .::...: ::: .::
NP_005 PAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADE
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 VLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLP
.. :. :.::::: : :.::.:.::: .. . ..:...:.:.. . .:: :. .:.:
NP_005 RFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFP
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 LLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVP--VICQIRSQVGA
.... :: .. :: . . .. .. :...::: . :: . :. ....
NP_005 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 GQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLASFAC
: ::
NP_005 GTADERAPLIRT
470
>>NP_001001548 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) plate (472 aa)
initn: 653 init1: 232 opt: 970 Z-score: 1138.7 bits: 220.3 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 970; 32.7% identity (65.8% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
:::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : .
NP_001 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR
: . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::.
NP_001 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG
:.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.. .. :. ::.
NP_001 GAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 EIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKW
:..:::.::...:. : .: ::: ::. .:.. ::.: .:::.. ..: .
NP_001 ELLWGYRDPFLSLV----P--YPVTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 NGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIP
.: ....:.: .:.:::::.. .:::. . :.:.: . :::. ... . ..:::
NP_001 KGKRNLSYWES-HCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIP
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFCP-------CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNA
.:::: :. ::. : : :: : :. ..: :. . :...: :::: :
NP_001 VYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLYA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE4 DPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIE-PV
.: ..: . ::.::.: : .:::.:.::. .. . .::..: .: : ...
NP_001 SPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNY
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 VLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVI--CQIRSQ
..:.::. :.:.. : . : .:.. ... ...::..: :.... .: : ::.
NP_001 IVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSK
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 VGAGQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLAS
NP_001 TIK
470
>>XP_005250771 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) PREDI (472 aa)
initn: 653 init1: 232 opt: 970 Z-score: 1138.7 bits: 220.3 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 970; 32.7% identity (65.8% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
:::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : .
XP_005 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR
: . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::.
XP_005 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG
:.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.. .. :. ::.
XP_005 GAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 EIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKW
:..:::.::...:. : .: ::: ::. .:.. ::.: .:::.. ..: .
XP_005 ELLWGYRDPFLSLV----P--YPVTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 NGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIP
.: ....:.: .:.:::::.. .:::. . :.:.: . :::. ... . ..:::
XP_005 KGKRNLSYWES-HCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIP
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFCP-------CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNA
.:::: :. ::. : : :: : :. ..: :. . :...: :::: :
XP_005 VYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLYA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE4 DPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIE-PV
.: ..: . ::.::.: : .:::.:.::. .. . .::..: .: : ...
XP_005 SPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNY
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 VLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVI--CQIRSQ
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