Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4518
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4518, 552 aa
1>>>pF1KE4518 552 - 552 aa - 552 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3524+/-0.000891; mu= 18.2898+/- 0.053
mean_var=64.3210+/-12.909, 0's: 0 Z-trim(105.9): 17 B-trim: 96 in 1/48
Lambda= 0.159918
statistics sampled from 8686 (8695) to 8686 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45008.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 ( 506) 3174 741.2 6.8e-214
CCDS9259.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 ( 509) 3174 741.2 6.9e-214
CCDS3577.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 ( 478) 992 237.8 2.3e-62
CCDS34673.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 472) 970 232.7 7.6e-61
CCDS78251.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 396) 838 202.2 9.6e-52
CCDS78250.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 412) 593 145.7 1e-34
CCDS56335.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 ( 335) 538 133.0 5.7e-31
CCDS78249.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 ( 433) 397 100.5 4.4e-21
>>CCDS45008.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 (506 aa)
initn: 3174 init1: 3174 opt: 3174 Z-score: 3953.5 bits: 741.2 E(32554): 6.8e-214
Smith-Waterman score: 3174; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQVGAGQRAARADSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQGPEDTVSQPGLAA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 SLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLASFACRVATTLPVLE
CCDS45 GPDRPPSPYTPLLPDSPSGQPPSPTA
490 500
>>CCDS9259.1 SCARB1 gene_id:949|Hs108|chr12 (509 aa)
initn: 3174 init1: 3174 opt: 3174 Z-score: 3953.5 bits: 741.2 E(32554): 6.9e-214
Smith-Waterman score: 3174; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQVGAGQRAARADSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQEKCYLFWSSSKKG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 SLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLASFACRVATTLPVLE
CCDS92 SKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
490 500
>>CCDS3577.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 (478 aa)
initn: 623 init1: 321 opt: 992 Z-score: 1233.2 bits: 237.8 E(32554): 2.3e-62
Smith-Waterman score: 992; 33.6% identity (66.6% similar) in 473 aa overlap (15-477:10-473)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
:. .:: : .....: . . . :.. :.. . .. .:. :..
CCDS35 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 IPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDT-VSFLEYR
:.: : . :::.: :: :::.:: :.:.: :::.:::.:.:.:: :..: : .: . .
CCDS35 PPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
.. :. ..: :. . : : :: :: .:. .. :. :. . . .. :...::
CCDS35 AYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVL--TVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 GEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDK
:..::::: ...::. . : . :. :::: : :....: .. .:: .. . . .
CCDS35 DELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPY---FGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 WNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGI
::: ...:.: .:.:::::::.:. . :..: . : . . :::. . ... .:.
CCDS35 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 PTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADP
:..:. .: ..:: : : ::: : :: ::. ::: :. .::...: ::: .::
CCDS35 PAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADE
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 VLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLP
.. :. :.::::: : :.::.:.::: .. . ..:...:.:.. . .:: :. .:.:
CCDS35 RFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFP
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 LLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVP--VICQIRSQVGA
.... :: .. :: . . .. .. :...::: . :: . :. ....
CCDS35 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 GQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLASFAC
: ::
CCDS35 GTADERAPLIRT
470
>>CCDS34673.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 (472 aa)
initn: 653 init1: 232 opt: 970 Z-score: 1205.9 bits: 232.7 E(32554): 7.6e-61
Smith-Waterman score: 970; 32.7% identity (65.8% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
:::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : .
CCDS34 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR
: . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::.
CCDS34 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG
:.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.. .. :. ::.
CCDS34 GAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 EIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKW
:..:::.::...:. : .: ::: ::. .:.. ::.: .:::.. ..: .
CCDS34 ELLWGYRDPFLSLV----P--YPVTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 NGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIP
.: ....:.: .:.:::::.. .:::. . :.:.: . :::. ... . ..:::
CCDS34 KGKRNLSYWES-HCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIP
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFCP-------CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNA
.:::: :. ::. : : :: : :. ..: :. . :...: :::: :
CCDS34 VYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLYA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE4 DPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIE-PV
.: ..: . ::.::.: : .:::.:.::. .. . .::..: .: : ...
CCDS34 SPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNY
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 VLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVI--CQIRSQ
..:.::. :.:.. : . : .:.. ... ...::..: :.... .: : ::.
CCDS34 IVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSK
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 VGAGQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLAS
CCDS34 TIK
470
>>CCDS78251.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 (396 aa)
initn: 592 init1: 232 opt: 838 Z-score: 1042.5 bits: 202.2 E(32554): 9.6e-52
Smith-Waterman score: 838; 33.6% identity (65.4% similar) in 408 aa overlap (72-467:1-393)
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 KNVRIDPSSLSFNMWKEIPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYR-EFRHK
.:: :.: ::..::::.:: .: :
CCDS78 MMNSSNI------QVKQRGPYTYRVRFLAK
10 20
110 120 130 140 150
pF1KE4 SNITFNNND-TVSFLEYRTFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIM
:.: . .: :::::. :.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.
CCDS78 ENVTQDAEDNTVSFLQPNGAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMIL
30 40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 TLAFTTLGERAFMNRTVGEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLF
. .. :. ::. :..:::.::...:. : .: ::: ::. .:..
CCDS78 NSLINKSKSSMFQVRTLRELLWGYRDPFLSLV----P--YPVTTTVGLFYPYNNTADGVY
90 100 110 120 130
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 TVFTGVQNISRIHLVDKWNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEA
::.: .:::.. ..: ..: ....:.: .:.:::::.. .:::. . :.:.: .
CCDS78 KVFNGKDNISKVAIIDTYKGKRNLSYWES-HCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDI
140 150 160 170 180 190
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 CRSMKLMYKESGVFEGIPTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFCP-------CLESGIQNVS
:::. ... . ..:::.:::: :. ::. : : :: : :. ..:
CCDS78 CRSIYAVFESDVNLKGIPVYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDIS
200 210 220 230 240 250
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 TCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSL
:. . :...: :::: :.: ..: . ::.::.: : .:::.:.::. .. . .::..:
CCDS78 KCKEGRPVYISLPHFLYASPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNL
260 270 280 290 300 310
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 YMKSVAGIGQTGKIE-PVVLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLAL
.: : ... ..:.::. :.:.. : . : .:.. ... ...::..
CCDS78 LVKPSEKIQVLKNLKRNYIVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSV
320 330 340 350 360 370
460 470 480 490 500
pF1KE4 GCVLLLVPVI--CQIRSQVGAGQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLR
: :.... .: : ::.
CCDS78 GVVMFVAFMISYCACRSKTIK
380 390
>>CCDS78250.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 (412 aa)
initn: 592 init1: 209 opt: 593 Z-score: 736.7 bits: 145.7 E(32554): 1e-34
Smith-Waterman score: 739; 29.6% identity (57.7% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-409)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
:::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : .
CCDS78 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR
: . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::.
CCDS78 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG
:.:: : :.:.: :. ::. :: .
CCDS78 GAIFEPSLSVGTEAD-----NFTVLNLAVAY-----------------------------
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 EIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKW
::. .:.. ::.: .:::.. ..: .
CCDS78 ----------------------------------NNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTY
150 160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 NGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIP
.: ....:.: .:.:::::.. .:::. . :.:.: . :::. ... . ..:::
CCDS78 KGKRNLSYWES-HCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIP
180 190 200 210 220
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFCP-------CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNA
.:::: :. ::. : : :: : :. ..: :. . :...: :::: :
CCDS78 VYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLYA
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400
pF1KE4 DPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIE-PV
.: ..: . ::.::.: : .:::.:.::. .. . .::..: .: : ...
CCDS78 SPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNY
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 VLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVI--CQIRSQ
..:.::. :.:.. : . : .:.. ... ...::..: :.... .: : ::.
CCDS78 IVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSK
350 360 370 380 390 400
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 VGAGQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLAS
CCDS78 TIK
410
>>CCDS56335.1 SCARB2 gene_id:950|Hs108|chr4 (335 aa)
initn: 661 init1: 316 opt: 538 Z-score: 669.5 bits: 133.0 E(32554): 5.7e-31
Smith-Waterman score: 538; 34.0% identity (66.0% similar) in 241 aa overlap (243-477:94-330)
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 NSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSL
.:.: .:.:::::::.:. . :..: . :
CCDS56 FYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVL
70 80 90 100 110 120
280 290 300 310 320
pF1KE4 EFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGI
. . :::. . ... .:.:..:. .: ..:: : : ::: : :: ::.
CCDS56 YVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGV
130 140 150 160 170 180
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 QNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKL
::: :. .::...: ::: .:: .. :. :.::::: : :.::.:.::: .. . ..
CCDS56 LNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRF
190 200 210 220 230 240
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 QLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVL
:...:.:.. . .:: :. .:.:.... :: .. :: . . .. .. :..
CCDS56 QINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYII
250 260 270 280 290
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 LALGCVLLLVP--VICQIRSQVGAGQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAA
.::: . :: . :. .... : ::
CCDS56 MALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
300 310 320 330
510 520 530 540 550
pF1KE4 VLRLCRSGSGHCWGLRSTLASFACRVATTLPVLEGLGPSLGGGTGS
>>CCDS78249.1 CD36 gene_id:948|Hs108|chr7 (433 aa)
initn: 544 init1: 173 opt: 397 Z-score: 492.0 bits: 100.5 E(32554): 4.4e-21
Smith-Waterman score: 761; 29.6% identity (59.6% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-430)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
:::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : .
CCDS78 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR
: . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::.
CCDS78 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG
:.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.. .. :. ::.
CCDS78 GAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 EIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKW
:..:::.::...:. : .: ::: ::. .:.. ::.: .:::.. ..: .
CCDS78 ELLWGYRDPFLSLV----P--YPVTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 NGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIP
.: ::. ... . ..:::
CCDS78 KGK----------------------------------------RSIYAVFESDVNLKGIP
240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFCP-------CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNA
.:::: :. ::. : : :: : :. ..: :. . :...: :::: :
CCDS78 VYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLYA
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400
pF1KE4 DPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIE-PV
.: ..: . ::.::.: : .:::.:.::. .. . .::..: .: : ...
CCDS78 SPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNY
320 330 340 350 360 370
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 VLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVI--CQIRSQ
..:.::. :.:.. : . : .:.. ... ...::..: :.... .: : ::.
CCDS78 IVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSK
380 390 400 410 420 430
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 VGAGQRAARADSHSLACWGKGASDRTLWPTAAWSPPPAAVLRLCRSGSGHCWGLRSTLAS
CCDS78 TIK
552 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 00:18:08 2016 done: Sun Nov 6 00:18:09 2016
Total Scan time: 3.270 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]