FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4510, 532 aa
1>>>pF1KE4510 532 - 532 aa - 532 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7080+/-0.00103; mu= 16.1383+/- 0.061
mean_var=65.2007+/-13.044, 0's: 0 Z-trim(103.7): 28 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.158836
statistics sampled from 7507 (7523) to 7507 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 2.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1292.1 FMO3 gene_id:2328|Hs108|chr1 ( 532) 3633 841.7 0
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CCDS44210.1 FMO5 gene_id:2330|Hs108|chr1 ( 285) 1164 275.8 4.7e-74
>>CCDS1292.1 FMO3 gene_id:2328|Hs108|chr1 (532 aa)
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Smith-Waterman score: 3633; 99.8% identity (100.0% similar) in 532 aa overlap (1-532:1-532)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NSSKEMMCFPDFPFPDDFPNFMHNSKIQEYIIAFAKEKNLLKYIQFKTFVSSVNKHPDFA
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GARNAILTQWDRSLKPMQTRVVGRLQKPCFFFHWLKLFAIPILLIAVFLVLT
490 500 510 520 530
>>CCDS1293.2 FMO2 gene_id:2327|Hs108|chr1 (535 aa)
initn: 2182 init1: 1820 opt: 2163 Z-score: 2675.8 bits: 504.8 E(32554): 1e-142
Smith-Waterman score: 2163; 57.2% identity (83.4% similar) in 530 aa overlap (1-528:1-529)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGKKVAIIGAGVSGLASIRSCLEEGLEPTCFEKSNDIGGLWKFSDHAEEGRASIYKSVFS
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CCDS12 MAKKVAVIGAGVSGLISLKCCVDEGLEPTCFERTEDIGGVWRFKENVEDGRASIYQSVVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 NSSKEMMCFPDFPFPDDFPNFMHNSKIQEYIIAFAKEKNLLKYIQFKTFVSSVNKHPDFA
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CCDS12 NTSKEMSCFSDFPMPEDFPNFLHNSKLLEYFRIFAKKFDLLKYIQFQTTVLSVRKCPDFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TTGQWDVTTERDGKKESAVFDAVMVCSGHHVYPNLPKESFPGLNHFKGKCFHSRDYKEPG
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CCDS12 SSGQWKVVTQSNGKEQSAVFDAVMVCSGHHILPHIPLKSFPGMERFKGQYFHSRQYKHPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 VFNGKRVLVVGLGNSGCDIATELSRTAEQVMISSRSGSWVMSRVWDNGYPWDMLLVTRFG
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CCDS12 GFEGKRILVIGMGNSGSDIAVELSKNAAQVFISTRHGTWVMSRISEDGYPWDSVFHTRFR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TFLKNNLPTAISDWLYMKQMNARFKHENYGLMPLNGVLRKEPVFNDELPASILCGIVSVK
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CCDS12 SMLRNVLPRTAVKWMIEQQMNRWFNHENYGLEPQNKYIMKEPVLNDDVPSRLLCGAIKVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PNVKEFTETSAIFEDGTIFEGIDCVIFATGYSFAYPFLDESIIKSRNNEIILFKGVFPPL
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CCDS12 STVKELTETSAIFEDGTVEENIDVIIFATGYSFSFPFLEDSLVKVENNMVSLYKYIFPAH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 LEKSTIAVIGFVQSLGAAIPTVDLQSRWAAQVIKGTCTLPSMEDMMNDINEKMEKKRKWF
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CCDS12 LDKSTLACIGLIQPLGSIFPTAELQARWVTRVFKGLCSLPSERTMMMDIIKRNEKRIDLF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE4 G--KSETIQTDYIVYMDELSSFIGAKPNIPWLFLTDPKLAMEVYFGPCSPYQFRLVGPGQ
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CCDS12 GESQSQTLQTNYVDYLDELALEIGAKPDFCSLLFKDPKLAVRLYFGPCNSYQYRLVGPGQ
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 WPGARNAILTQWDRSLKPMQTRVVGRLQKPCFFFHWLKLFAIPILLIAVFLVLT
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CCDS12 WEGARNAIFTQKQRILKPLKTRALKDSSNFSVSF-LLKILGLLAVVVAFFCQLQWS
490 500 510 520 530
>>CCDS1294.1 FMO1 gene_id:2326|Hs108|chr1 (532 aa)
initn: 2034 init1: 1663 opt: 2084 Z-score: 2578.0 bits: 486.7 E(32554): 2.8e-137
Smith-Waterman score: 2084; 54.6% identity (82.6% similar) in 533 aa overlap (1-531:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGKKVAIIGAGVSGLASIRSCLEEGLEPTCFEKSNDIGGLWKFSDHAEEGRASIYKSVFS
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CCDS12 MAKRVAIVGAGVSGLASIKCCLEEGLEPTCFERSDDLGGLWRFTEHVEEGRASLYKSVVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 NSSKEMMCFPDFPFPDDFPNFMHNSKIQEYIIAFAKEKNLLKYIQFKTFVSSVNKHPDFA
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CCDS12 NSCKEMSCYSDFPFPEDYPNYVPNSQFLEYLKMYANHFDLLKHIQFKTKVCSVTKCSDSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TTGQWDVTTERDGKKESAVFDAVMVCSGHHVYPNLPKESFPGLNHFKGKCFHSRDYKEPG
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CCDS12 VSGQWEVVTMHEEKQESAIFDAVMVCTGFLTNPYLPLDSFPGINAFKGQYFHSRQYKHPD
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190 200 210 220 230 240
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CCDS12 IFKDKRVLVIGMGNSGTDIAVEASHLAEKVFLSTTGGGWVISRIFDSGYPWDMVFMTRFQ
190 200 210 220 230 240
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pF1KE4 TFLKNNLPTAISDWLYMKQMNARFKHENYGLMPLNGVLRKEPVFNDELPASILCGIVSVK
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CCDS12 NMLRNSLPTPIVTWLMERKINNWLNHANYGLIPEDRTQLKEFVLNDELPGRIITGKVFIR
250 260 270 280 290 300
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CCDS12 PSIKEVKENSVIFNNTSKEEPIDIIVFATGYTFAFPFLDESVVKVEDGQASLYKYIFPAH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 LEKSTIAVIGFVQSLGAAIPTVDLQSRWAAQVIKGTCTLPSMEDMMNDINEKMEKKRKWF
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CCDS12 LQKPTLAIIGLIKPLGSMIPTGETQARWAVRVLKGVNKLPPPSVMIEEINARKENKPSWF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE4 G--KSETIQTDYIVYMDELSSFIGAKPNIPWLFLTDPKLAMEVYFGPCSPYQFRLVGPGQ
: ...:.:::.:.::: ..:.::::. ..::::.::. :.:::::::::::.:::.
CCDS12 GLCYCKALQSDYITYIDELLTYINAKPNLFSMLLTDPHLALTVFFGPCSPYQFRLTGPGK
430 440 450 460 470 480
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pF1KE4 WPGARNAILTQWDRSLKPMQTRVVGRLQKPCFFFHWLKLFAIPILLIAVFLVLT
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CCDS12 WEGARNAIMTQWDRTFKVIKARVVQ--ESPSPFESFLKVFSFLALLVAIFLIFL
490 500 510 520 530
>>CCDS1295.1 FMO4 gene_id:2329|Hs108|chr1 (558 aa)
initn: 1892 init1: 1473 opt: 2017 Z-score: 2494.7 bits: 471.4 E(32554): 1.2e-132
Smith-Waterman score: 2017; 52.5% identity (80.6% similar) in 531 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
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CCDS12 MAKKVAVIGAGVSGLSSIKCCVDEDLEPTCFERSDDIGGLWKFTESSKDGMTRVYKSLVT
10 20 30 40 50 60
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pF1KE4 NSSKEMMCFPDFPFPDDFPNFMHNSKIQEYIIAFAKEKNLLKYIQFKTFVSSVNKHPDFA
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CCDS12 NVCKEMSCYSDFPFHEDYPNFMNHEKFWDYLQEFAEHFDLLKYIQFKTTVCSITKRPDFS
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pF1KE4 TTGQWDVTTERDGKKESAVFDAVMVCSGHHVYPNLPKESFPGLNHFKGKCFHSRDYKEPG
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CCDS12 ETGQWDVVTETEGKQNRAVFDAVMVCTGHFLNPHLPLEAFPGIHKFKGQILHSQEYKIPE
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pF1KE4 VFNGKRVLVVGLGNSGCDIATELSRTAEQVMISSRSGSWVMSRVWDNGYPWDMLLVTRFG
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CCDS12 GFQGKRVLVIGLGNTGGDIAVELSRTAAQVLLSTRTGTWVLGRSSDWGYPYNMMVTRRCC
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pF1KE4 TFLKNNLPTAISDWLYMKQMNARFKHENYGLMPLNGVLRKEPVFNDELPASILCGIVSVK
.:. . ::. . .:. ...: ::.::.::: .: . . . ::::: :::: ...:
CCDS12 SFIAQVLPSRFLNWIQERKLNKRFNHEDYGLSITKGK-KAKFIVNDELPNCILCGAITMK
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pF1KE4 PNVKEFTETSAIFEDGTIFEGIDCVIFATGYSFAYPFLDESIIKSRNNEIILFKGVFPPL
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CCDS12 TSVIEFTETSAVFEDGTVEENIDVVIFTTGYTFSFPFFEEPLKSLCTKKIFLYKQVFPLN
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pF1KE4 LEKSTIAVIGFVQSLGAAIPTVDLQSRWAAQVIKGTCTLPSMEDMMNDINEKMEK-KRKW
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CCDS12 LERATLAIIGLIGLKGSILSGTELQARWVTRVFKGLCKIPPSQKLMMEATEKEQLIKRGV
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pF1KE4 FGKSETIQTDYIVYMDELSSFIGAKPNIPWLFLTDPKLAMEVYFGPCSPYQFRLVGPGQW
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CCDS12 FKDTSKDKFDYIAYMDDIAACIGTKPSIPLLFLKDPRLAWEVFFGPCTPYQYRLMGPGKW
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CCDS12 DGARNAILTQWDRTLKPLKTRIVPDSSKPASMSHYLKAWGAPVLLASLLLICKSSLFLKL
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CCDS12 VRDKLQDRMSPYLVSLWRG
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>>CCDS926.1 FMO5 gene_id:2330|Hs108|chr1 (533 aa)
initn: 1983 init1: 1406 opt: 1963 Z-score: 2428.1 bits: 459.0 E(32554): 6.3e-129
Smith-Waterman score: 1963; 55.8% identity (82.1% similar) in 504 aa overlap (3-504:4-506)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MGKKVAIIGAGVSGLASIRSCLEEGLEPTCFEKSNDIGGLWKFSDHAEEGRASIYKSVF
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CCDS92 MTKKRIAVIGGGVSGLSSIKCCVEEGLEPVCFERTDDIGGLWRFQENPEEGRASIYKSVI
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pF1KE4 SNSSKEMMCFPDFPFPDDFPNFMHNSKIQEYIIAFAKEKNLLKYIQFKTFVSSVNKHPDF
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CCDS92 INTSKEMMCFSDYPIPDHYPNFMHNAQVLEYFRMYAKEFDLLKYIRFKTTVCSVKKQPDF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ATTGQWDVTTERDGKKESAVFDAVMVCSGHHVYPNLPKESFPGLNHFKGKCFHSRDYKEP
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CCDS92 ATSGQWEVVTESEGKKEMNVFDGVMVCTGHHTNAHLPLESFPGIEKFKGQYFHSRDYKNP
130 140 150 160 170 180
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pF1KE4 GVFNGKRVLVVGLGNSGCDIATELSRTAEQVMISSRSGSWVMSRVWDNGYPWDMLLVTRF
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CCDS92 EGFTGKRVIIIGIGNSGGDLAVEISQTAKQVFLSTRRGAWILNRVGDYGYPADVLFSSRL
190 200 210 220 230 240
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pF1KE4 GTFLKNNLPTAISDWLYMKQMNARFKHENYGLMPLNGVLRKEPVFNDELPASILCGIVSV
:. . .... :..: :: :: .:: : . .: ..:..::.:: :. :.:.:
CCDS92 THFIWKICGQSLANKYLEKKINQRFDHEMFGLKPKHRALSQHPTLNDDLPNRIISGLVKV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 KPNVKEFTETSAIFEDGTIFEGIDCVIFATGYSFAYPFLDESIIKSRNNEIILFKGVFPP
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CCDS92 KGNVKEFTETAAIFEDGSREDDIDAVIFATGYSFDFPFLEDSV-KVVKNKISLYKKVFPP
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 LLEKSTIAVIGFVQSLGAAIPTVDLQSRWAAQVIKGTCTLPSMEDMMNDINEKMEKKRKW
::. :.:.::..: ::: .: .::.:::.::.:: ::::. .:: .:.. .:. :
CCDS92 NLERPTLAIIGLIQPLGAIMPISELQGRWATQVFKGLKTLPSQSEMMAEISKAQEEIDKR
360 370 380 390 400 410
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pF1KE4 FGKSE--TIQTDYIVYMDELSSFIGAKPNIPWLFLTDPKLAMEVYFGPCSPYQFRLVGPG
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CCDS92 YVESQRHTIQGDYIDTMEELADLVGVRPNLLSLAFTDPKLALHLLLGPCTPIHYRVQGPG
420 430 440 450 460 470
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pF1KE4 QWPGARNAILTQWDRSLKPMQTRVVGRLQKPCFFFHWLKLFAIPILLIAVFLVLT
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CCDS92 KWDGARKAILTTDDRIRKPLMTRVVERSSSMTSTMTIGKFMLALAFFAIIIAYF
480 490 500 510 520 530
>>CCDS44209.1 FMO5 gene_id:2330|Hs108|chr1 (464 aa)
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10 20 30 40 50
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CCDS44 MTKKRIAVIGGGVSGLSSIKCCVEEGLEPVCFERTDDIGGLWRFQENPEEGRASIYKSVI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
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CCDS44 INTSKEMMCFSDYPIPDHYPNFMHNAQVLEYFRMYAKEFDLLKYIRFKTTVCSVKKQPDF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
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CCDS44 ATSGQWEVVTESEGKKEMNVFDGVMVCTGHHTNAHLPLESFPGIEKFKGQYFHSRDYKNP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
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190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
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300 310 320 330 340 350
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: ::::::::.::::::. . :: ::::::::: .:::..:. : .:.: :.: ::::
CCDS44 KGNVKEFTETAAIFEDGSREDDIDAVIFATGYSFDFPFLEDSV-KVVKNKISLYKKVFPP
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pF1KE4 LLEKSTIAVIGFVQSLGAAIPTVDLQSRWAAQVIKGTCTLPSMEDMMNDINEKMEKKRKW
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CCDS44 NLERPTLAIIGLIQPLGAIMPISELQGRWATQVFKGLKTLPSQSEMMAEISKAQEEIDKS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 FGKSETIQTDYIVYMDELSSFIGAKPNIPWLFLTDPKLAMEVYFGPCSPYQFRLVGPGQW
CCDS44 LTMRKTSDKPKLKNILQIPDYLKTVKIINKESLRNCPGIKGPKET
420 430 440 450 460
>>CCDS60351.1 FMO1 gene_id:2326|Hs108|chr1 (469 aa)
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10 20 30 40 50 60
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:.:.:::.::::::::::. ::::::::::::.:.:.::::.:.
CCDS60 MAKRVAIVGAGVSGLASIKCCLEEGLEPTCFERSDDLGGLWRFT----------------
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: : ::.: : :
CCDS60 -----------------------------------------------TKVCSVTKCSDSA
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pF1KE4 TTGQWDVTTERDGKKESAVFDAVMVCSGHHVYPNLPKESFPGLNHFKGKCFHSRDYKEPG
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pF1KE4 VFNGKRVLVVGLGNSGCDIATELSRTAEQVMISSRSGSWVMSRVWDNGYPWDMLLVTRFG
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CCDS60 IFKDKRVLVIGMGNSGTDIAVEASHLAEKVFLSTTGGGWVISRIFDSGYPWDMVFMTRFQ
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TFLKNNLPTAISDWLYMKQMNARFKHENYGLMPLNGVLRKEPVFNDELPASILCGIVSVK
..:.:.::: : ::. ...: ..: ::::.: . . :: :.:::::. :. : : ..
CCDS60 NMLRNSLPTPIVTWLMERKINNWLNHANYGLIPEDRTQLKEFVLNDELPGRIITGKVFIR
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PNVKEFTETSAIFEDGTIFEGIDCVIFATGYSFAYPFLDESIIKSRNNEIILFKGVFPPL
:..:: :.:.::.. . : :: ..:::::.::.::::::..: .... :.: .::
CCDS60 PSIKEVKENSVIFNNTSKEEPIDIIVFATGYTFAFPFLDESVVKVEDGQASLYKYIFPAH
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pF1KE4 LEKSTIAVIGFVQSLGAAIPTVDLQSRWAAQVIKGTCTLPSMEDMMNDINEKMEKKRKWF
:.: :.:.::... ::. ::: . :.:::..:.::. :: :...:: . :.: .::
CCDS60 LQKPTLAIIGLIKPLGSMIPTGETQARWAVRVLKGVNKLPPPSVMIEEINARKENKPSWF
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pF1KE4 G--KSETIQTDYIVYMDELSSFIGAKPNIPWLFLTDPKLAMEVYFGPCSPYQFRLVGPGQ
: ...:.:::.:.::: ..:.::::. ..::::.::. :.:::::::::::.:::.
CCDS60 GLCYCKALQSDYITYIDELLTYINAKPNLFSMLLTDPHLALTVFFGPCSPYQFRLTGPGK
360 370 380 390 400 410
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pF1KE4 WPGARNAILTQWDRSLKPMQTRVVGRLQKPCFFFHWLKLFAIPILLIAVFLVLT
: ::::::.:::::..: ...::: ..: : .::.:.. ::.:.::..
CCDS60 WEGARNAIMTQWDRTFKVIKARVVQ--ESPSPFESFLKVFSFLALLVAIFLIFL
420 430 440 450 460
>>CCDS44210.1 FMO5 gene_id:2330|Hs108|chr1 (285 aa)
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CCDS44 MTKKRIAVIGGGVSGLSSIKCCVEEGLEPVCFERTDDIGGLWRFQENPEEGRASIYKSVI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 SNSSKEMMCFPDFPFPDDFPNFMHNSKIQEYIIAFAKEKNLLKYIQFKTFVSSVNKHPDF
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CCDS44 INTSKEMMCFSDYPIPDHYPNFMHNAQVLEYFRMYAKEFDLLKYIRFKTTVCSVKKQPDF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ATTGQWDVTTERDGKKESAVFDAVMVCSGHHVYPNLPKESFPGLNHFKGKCFHSRDYKEP
::.:::.:.:: .:::: :::.::::.:::. .:: :::::...:::. :::::::.:
CCDS44 ATSGQWEVVTESEGKKEMNVFDGVMVCTGHHTNAHLPLESFPGIEKFKGQYFHSRDYKNP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
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CCDS44 EGFTGKRVIIIGIGNSGGDLAVEISQTAKQVFLSTRRGAWILNRVGDYGYPADVLFSSRL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
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250 260 270 280
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]