Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4496
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4496, 521 aa
1>>>pF1KE4496 521 - 521 aa - 521 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4075+/-0.000387; mu= 18.3225+/- 0.024
mean_var=79.6668+/-16.288, 0's: 0 Z-trim(113.2): 162 B-trim: 1230 in 1/55
Lambda= 0.143693
statistics sampled from 22240 (22418) to 22240 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 8.830
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002259 (OMIM: 602970) importin subunit alpha-3 ( 521) 3435 722.1 9.8e-208
NP_002258 (OMIM: 601892) importin subunit alpha-4 ( 521) 3004 632.7 7.8e-181
XP_016876050 (OMIM: 601892) PREDICTED: importin su ( 497) 2891 609.3 8.4e-174
NP_002257 (OMIM: 600685) importin subunit alpha-1 ( 529) 1725 367.6 5.1e-101
NP_001307540 (OMIM: 600685) importin subunit alpha ( 529) 1725 367.6 5.1e-101
NP_036448 (OMIM: 610563) importin subunit alpha-7 ( 536) 1597 341.1 5e-93
XP_005270768 (OMIM: 610563) PREDICTED: importin su ( 566) 1597 341.1 5.3e-93
XP_016866329 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 536) 1480 316.8 1e-85
XP_016866328 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 539) 1480 316.8 1e-85
NP_002260 (OMIM: 604545) importin subunit alpha-6 ( 539) 1480 316.8 1e-85
XP_011534107 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 559) 1480 316.8 1e-85
XP_016866327 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 559) 1480 316.8 1e-85
NP_001139187 (OMIM: 614107) importin subunit alpha ( 516) 1454 311.4 4.1e-84
XP_011514517 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 543) 1454 311.4 4.3e-84
XP_016867701 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1437 307.9 4.8e-83
XP_016867703 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1437 307.9 4.8e-83
XP_016867702 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1437 307.9 4.8e-83
XP_016867699 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 537) 1437 307.9 4.9e-83
XP_016867697 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 548) 1437 307.9 5e-83
XP_016867700 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 522) 1436 307.7 5.5e-83
NP_002255 (OMIM: 600686) importin subunit alpha-5 ( 538) 1419 304.2 6.5e-82
XP_005247494 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 538) 1419 304.2 6.5e-82
XP_011511097 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 477) 1415 303.3 1.1e-81
XP_016867698 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 544) 1400 300.2 1e-80
XP_016867705 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 425) 1259 270.9 5.2e-72
XP_016867704 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 487) 1150 248.4 3.7e-65
XP_005247496 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1044 226.3 1.1e-58
XP_016861852 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1044 226.3 1.1e-58
XP_011511099 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1044 226.3 1.1e-58
XP_016861853 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1044 226.3 1.1e-58
XP_016861854 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1044 226.3 1.1e-58
XP_016866330 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 332) 992 215.5 2e-55
XP_016866332 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 327) 987 214.5 4e-55
XP_016866331 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 327) 987 214.5 4e-55
NP_758442 (OMIM: 605730) sperm-associated antigen ( 458) 283 68.6 4.5e-11
NP_001240783 (OMIM: 605730) sperm-associated antig ( 484) 283 68.6 4.7e-11
NP_001240784 (OMIM: 605730) sperm-associated antig ( 484) 283 68.6 4.7e-11
XP_005252702 (OMIM: 605730) PREDICTED: sperm-assoc ( 506) 283 68.7 4.8e-11
NP_036575 (OMIM: 605730) sperm-associated antigen ( 509) 283 68.7 4.9e-11
XP_005252703 (OMIM: 605730) PREDICTED: sperm-assoc ( 451) 186 48.5 5e-05
XP_011508976 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and (1434) 191 49.9 6e-05
NP_653309 (OMIM: 609803) ankyrin and armadillo rep (1434) 191 49.9 6e-05
XP_016872013 (OMIM: 614777) PREDICTED: MMS19 nucle ( 871) 158 42.9 0.0047
NP_001276333 (OMIM: 614777) MMS19 nucleotide excis ( 871) 158 42.9 0.0047
XP_016872007 (OMIM: 614777) PREDICTED: MMS19 nucle ( 986) 158 43.0 0.0051
XP_006718007 (OMIM: 614777) PREDICTED: MMS19 nucle (1029) 158 43.0 0.0053
XP_016872005 (OMIM: 614777) PREDICTED: MMS19 nucle (1068) 158 43.0 0.0055
XP_005270098 (OMIM: 614777) PREDICTED: MMS19 nucle ( 829) 154 42.1 0.008
XP_011538364 (OMIM: 614777) PREDICTED: MMS19 nucle ( 829) 154 42.1 0.008
XP_016872012 (OMIM: 614777) PREDICTED: MMS19 nucle ( 872) 154 42.1 0.0083
>>NP_002259 (OMIM: 602970) importin subunit alpha-3 [Hom (521 aa)
initn: 3435 init1: 3435 opt: 3435 Z-score: 3850.5 bits: 722.1 E(85289): 9.8e-208
Smith-Waterman score: 3435; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVPHEDICEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVPHEDICEDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DIDGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DIDGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCEQAVWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCEQAVWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCRHKDPPPPMETI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCRHKDPPPPMETI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 QEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVPLLSHQEVKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVPLLSHQEVKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 VQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQNVIPPFCNLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQNVIPPFCNLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 TVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHENEDIYKLAYEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHENEDIYKLAYEI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KE4 IDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGTFGFNSSANVPTEGFQF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGTFGFNSSANVPTEGFQF
490 500 510 520
>>NP_002258 (OMIM: 601892) importin subunit alpha-4 [Hom (521 aa)
initn: 3266 init1: 3004 opt: 3004 Z-score: 3367.6 bits: 632.7 E(85289): 7.8e-181
Smith-Waterman score: 3004; 85.8% identity (96.2% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVPHEDICEDS
::.: .:.:.:.:.:::::::.:::::.::::.::::::::::::::.::::.:. :::
NP_002 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DIDGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
:.:.:...::..::::.:::.::: .:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCEQAVWA
.:::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::.:::::::::::::
NP_002 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCRHKDPPPPMETI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::.
NP_002 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 QEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVPLLSHQEVKV
:::::::::::.:::.:::::::::::::::.::::::::::::.:: ::::::::::::
NP_002 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
::::::::::::::::::::::::::.::::: ::.::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 VQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQNVIPPFCNLL
:::::::.:.::::: : :::::::::::::::::::::::::: ::.::::::::::::
NP_002 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 TVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHENEDIYKLAYEI
.:::.::::::::::.::: :: ::: ::...::::::::::: ::.::::::::::.::
NP_002 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KE4 IDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGTFGFNSSANVPTEGFQF
:::.::.::::::: :.::: ::::..:. .::. :. :.:
NP_002 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
490 500 510 520
>>XP_016876050 (OMIM: 601892) PREDICTED: importin subuni (497 aa)
initn: 3153 init1: 2891 opt: 2891 Z-score: 3241.3 bits: 609.3 E(85289): 8.4e-174
Smith-Waterman score: 2891; 86.7% identity (96.2% similar) in 497 aa overlap (25-521:1-497)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVPHEDICEDS
:::.::::.::::::::::::::.::::.:. :::
XP_016 MRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVPQEESLEDS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DIDGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
:.:.:...::..::::.:::.::: .:::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCEQAVWA
.:::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::.:::::::::::::
XP_016 KCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSPHQNVCEQAVWA
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCRHKDPPPPMETI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::.
XP_016 LGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCRNKDPPPPMETV
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 QEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVPLLSHQEVKV
:::::::::::.:::.:::::::::::::::.::::::::::::.:: ::::::::::::
XP_016 QEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFLVPLLSHQEVKV
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
::::::::::::::::::::::::::.::::: ::.::::::::::::::::::::::::
XP_016 QTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQ
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 VQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQNVIPPFCNLL
:::::::.:.::::: : :::::::::::::::::::::::::: ::.::::::::::::
XP_016 VQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQQNVIPPFCNLL
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 TVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHENEDIYKLAYEI
.:::.::::::::::.::: :: ::: ::...::::::::::: ::.::::::::::.::
XP_016 SVKDSQVVQVVLDGLKNILIMAGDEASTIAEIIEECGGLEKIEVLQQHENEDIYKLAFEI
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520
pF1KE4 IDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGTFGFNSSANVPTEGFQF
:::.::.::::::: :.::: ::::..:. .::. :. :.:
XP_016 IDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
460 470 480 490
>>NP_002257 (OMIM: 600685) importin subunit alpha-1 [Hom (529 aa)
initn: 1702 init1: 885 opt: 1725 Z-score: 1934.5 bits: 367.6 E(85289): 5.1e-101
Smith-Waterman score: 1726; 51.1% identity (78.8% similar) in 524 aa overlap (1-512:1-523)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MADNEKLDNQ--RLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNV---PHED
:. ::. .. ::. :::::.: :::.: :: ::::: :.:...:::::: : .
NP_002 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 ICEDSDIDGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGI
.. .. . : :.. ::.. .:.: ::.:.:::::::: ...::::..:..:.
NP_002 TSPLQENRNNQGTVNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 LPILVHCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCE
.: .: : : : .:::.:::::::::::::::.:::...:.: :. :: ::: .. :
NP_002 IPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 QAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFIS-P---SIPITFLRNVTWVMVNLCRHK
::::::::: ::: :: ::. :.: :::.... : :. .:::.::.. ::::.:
NP_002 QAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCRNK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DPPPPMETIQEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVP
.: ::......:::.: :.:: : ..:.:: ::.:::::. ::.: ::. .:.::.::
NP_002 NPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVVKTGVVPQLVK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 LLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLS
::. .:. . : ::::.::::::::::::::.. ::. ::.:::.:: .:.:::.: .:
NP_002 LLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWTMS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 NITAGNQQQVQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQN
::::: :.:.: :.. .:::... .:.:.:: :::::.::..: : .: .:..::.. .
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pF1KE4 VIPPFCNLLTVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAED--EAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHE
.: :. ::::.::.... :.::..:::.. :: :.: .. .:::::::.::: :::::
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470 480 490 500 510 520
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::..:: . .:...:: .. .:: ..:::. .: :: ...:
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490 500 510 520
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10 20 30 40 50
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.. .. . : :.. ::.. .:.: ::.:.:::::::: ...::::..:..:.
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::::::::: ::: :: ::. :.: :::.... : :. .:::.::.. ::::.:
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::::: :.:.: :.. .:::... .:.:.:: :::::.::..: : .: .:..::.. .
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::..:: . .:...:: .. .:: ..:::. .: :: ...:
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520
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NP_036 QL
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..:::.... : .:. ::..:.. :::: :.::: . .. ::.: :. .: ..:.
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:.:::.:: . ::. :::.: ::: : .:::::::. :.:::::::. :..:..:.:.
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..:.:.. :. :::: ::.::: ::.:::..::. :...:...:. . :.:
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XP_016 ESMLESPIQDPDISSTVPIPEEEVVTTDMVQMIFSNNADQQLTATQKFRKLLSKEPNPPI
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:..: : :.. .:. :::..: .:::::::::::::::: .:..:....:::.:..::
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XP_016 NSEHEDVQEQAVWALGNIAGDNAECRDFVLNCEILPPLLELLTNSNRLTTTRNAVWALSN
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pF1KE4 LCRHKDPPPPMETIQEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIV
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XP_016 LCRGKNPPPNFSKVSPCLNVLSRLLFSSDPDVLADVCWALSYLSDGPNDKIQAVIDSGVC
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XP_016 FQL
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