Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4471
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4471, 492 aa
1>>>pF1KE4471 492 - 492 aa - 492 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2148+/-0.00107; mu= 12.9930+/- 0.064
mean_var=73.1112+/-14.685, 0's: 0 Z-trim(103.0): 71 B-trim: 2 in 1/51
Lambda= 0.149997
statistics sampled from 7148 (7219) to 7148 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.572), E-opt: 0.2 (0.222), width: 16
Scan time: 2.630
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 3225 707.6 7.6e-204
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 1913 423.7 2.1e-118
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 1907 422.4 5.1e-118
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 1905 422.0 6.8e-118
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1869 414.2 1.7e-115
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1695 376.5 3.3e-104
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1644 365.5 8.3e-101
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1253 280.9 2.1e-75
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1185 266.2 5.6e-71
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1182 265.5 8.8e-71
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1173 263.6 3.4e-70
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 973 220.3 3.9e-57
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 937 212.5 7.9e-55
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 920 208.8 1e-53
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 859 195.6 9.6e-50
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 857 195.2 1.3e-49
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 856 195.0 1.5e-49
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 847 193.0 5.7e-49
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 846 192.8 6.5e-49
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 845 192.6 7.6e-49
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 845 192.6 7.6e-49
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 845 192.6 8.1e-49
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 843 192.2 1.1e-48
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 840 191.5 1.6e-48
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 837 190.9 2.9e-48
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 836 190.6 3.1e-48
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 825 188.3 1.4e-47
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 820 187.2 2.8e-47
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 816 186.3 6.1e-47
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 815 186.1 6.7e-47
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 783 179.2 8.6e-45
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 750 172.0 1.1e-42
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 752 172.5 1.2e-42
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 745 170.9 2e-42
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 729 167.5 2.4e-41
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 672 155.2 1.6e-37
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 659 152.3 5.8e-37
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 605 140.7 3.7e-33
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 580 135.2 9.2e-32
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 544 127.4 2.1e-29
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 317 78.3 2.1e-14
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 312 77.3 4.1e-14
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 312 77.3 4.3e-14
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 296 73.8 4.9e-13
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 292 72.9 9.1e-13
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 284 71.2 2.8e-12
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 283 71.0 4.2e-12
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 273 68.8 1.4e-11
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 264 66.9 5.9e-11
>>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa)
initn: 3225 init1: 3225 opt: 3225 Z-score: 3773.2 bits: 707.6 E(32554): 7.6e-204
Smith-Waterman score: 3225; 99.8% identity (99.8% similar) in 492 aa overlap (1-492:1-492)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MIITQTSHCYMTSLGILFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MIITQTSHCYMTSLGILFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 TDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 NQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 RESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 APSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 APSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVN
430 440 450 460 470 480
490
pF1KE4 RESAIKGMIRKQ
::::::::::::
CCDS14 RESAIKGMIRKQ
490
>>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa)
initn: 2114 init1: 1875 opt: 1913 Z-score: 2239.2 bits: 423.7 E(32554): 2.1e-118
Smith-Waterman score: 2112; 73.0% identity (87.8% similar) in 441 aa overlap (47-487:29-457)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 LFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLD
:.: . .. :...::::::::::: :::
CCDS45 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLD
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 GYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKIL
:::::::::::. .:.:.::::::::::::::.:::::::::::.:.::::.: :::. :
CCDS45 GYDNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRL
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 PLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLE
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::: :.::: ::::::: :::::.::
CCDS45 PLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLE
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 DFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIR
:::::.:::::::::::: ..:::: :: :..::: ::.:::::::: :.:..:::: :
CCDS45 DFPMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENIS
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 SSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL
.:::::..::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TSTGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::. :
CCDS45 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALE
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420 430
pF1KE4 ALEMKKKTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKA
: ..::: . .:....:. ..: :. :. .:...:. : . : :
CCDS45 AAKIKKKREVI-LNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQ---------TPAGTSNTTSV-SVKP
360 370 380 390 400
440 450 460 470 480 490
pF1KE4 TYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
. . : .. :::::.::.::.:::.:::::. :::::::::.::: .:::
CCDS45 SEEKTSESK-KTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
410 420 430 440 450 460
>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa)
initn: 2041 init1: 1849 opt: 1907 Z-score: 2232.3 bits: 422.4 E(32554): 5.1e-118
Smith-Waterman score: 2083; 74.5% identity (86.0% similar) in 436 aa overlap (54-486:29-450)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 PGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLR
:.. :. :: :.:::::::::::::::::
CCDS43 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLR
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 PGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLA
::::. ::::::::.::::::::: ::::::::::::.:.:::::: ::: .: ::::.:
CCDS43 PGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMA
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 SKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVH
:::::::::::::::::::::: ::::::....::: ::::::..:::::::::::::.:
CCDS43 SKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAH
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 ACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYV
:::::::::::: ::::: :: .:: ::.::::::::::::..: . :..:::::::
CCDS43 ACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYV
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 VMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSI
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 SARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKV-PEALEMKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::.::.: :: :
CCDS43 SARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPE----KP
300 310 320 330 340 350
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 KTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYPINLAK-DTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQD
: : : ..:. ..:.: :::. : ..::.:.: :: :: . .
CCDS43 KKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSA--------TI--EPKEVKPET
360 370 380 390 400
450 460 470 480 490
pF1KE4 SPTETK-TYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
.: : : :.:::::.:..::: ::.::.::::::::::.::: .:
CCDS43 KPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
410 420 430 440 450
>>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (451 aa)
initn: 2096 init1: 1850 opt: 1905 Z-score: 2230.1 bits: 422.0 E(32554): 6.8e-118
Smith-Waterman score: 2090; 74.8% identity (88.6% similar) in 429 aa overlap (58-485:33-447)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 GQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG
:.. .:::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 DAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIW
:..::: :.:::::::::::::::::::::::: :.:::::: :::.:: ::::.:::::
CCDS34 DSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIW
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 TPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPL
:::::::::::::::::: ::::::. :.::: ::::::..:::::::::::::.:.:::
CCDS34 TPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPL
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 KFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTT
:::::::::.::.: :: . . ::.:: ::::::::::::. .: : :.::::::.:::.
CCDS34 KFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTA
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::.: .. ::: :.
CCDS34 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSV---VNDKKKEKAS
310 320 330 340 350
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 PAKKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETK
.... . .. ..: ::.:: .:::::.: .:: .: ...:.:.:
CCDS34 VMIQNNA-YAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSA-----TTPEPNKKP-----ENKPAEAK
360 370 380 390 400
450 460 470 480 490
pF1KE4 -TYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
:.:::::.:..:::.:::::. :::::::::.::: ..
CCDS34 KTFNSVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
410 420 430 440 450
>>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (511 aa)
initn: 2081 init1: 1850 opt: 1869 Z-score: 2187.1 bits: 414.2 E(32554): 1.7e-115
Smith-Waterman score: 1962; 67.3% identity (79.0% similar) in 477 aa overlap (58-477:33-499)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 GQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG
:.. .:::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 DAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIW
:..::: :.:::::::::::::::::::::::: :.:::::: :::.:: ::::.:::::
CCDS82 DSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIW
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 TPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPL
:::::::::::::::::: ::::::. :.::: ::::::..:::::::::::::.:.:::
CCDS82 TPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPL
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 KFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTT
:::::::::.::.: :: . . ::.:: ::::::::::::. .: : :.::::::.:::.
CCDS82 KFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTA
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370
pF1KE4 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKV-----P-------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::.: :
CCDS82 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKSPSIKAEGI
310 320 330 340 350 360
380 390
pF1KE4 --------------------------------EALEMKKK-----TPAAPAKKTSTTFNI
..::. .: : .:: ... :
CCDS82 TLTYNSVKAILQGAKLIWSKYIAFSWPSLFQEKTLEYLEKWMDCLTFKQSSKKEKASVMI
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 VGTTYPI-------NLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETK-TYN
...: . ::.:: .:::::.: .:: .: ...:.:.: :.:
CCDS82 QNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSA-----TTPEPNKKP-----ENKPAEAKKTFN
430 440 450 460 470
460 470 480 490
pF1KE4 SVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
::::.:..:::.:::::. ::::::::
CCDS82 SVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
480 490 500 510
>>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa)
initn: 1690 init1: 1566 opt: 1695 Z-score: 1984.4 bits: 376.5 E(32554): 3.3e-104
Smith-Waterman score: 1697; 61.0% identity (82.7% similar) in 423 aa overlap (68-483:33-445)
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 GDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDI
.:::: ::.:::::::::.: :::::::::
CCDS43 SSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKTDI
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK
::::::::::..::::.:::::::: :::::: :: .:: ::::..::::::::::.:::
CCDS43 YVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRNGK
70 80 90 100 110 120
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 KSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTA
::.::::::::::.:...:::. :::::::.:.:::.: .:::: :::::::::::: .
CCDS43 KSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYPKS
130 140 150 160 170 180
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 EVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGY
:..:.: : :::: ...: : ::::.:..:..: :.:.:::::.::..:::.::.::
CCDS43 EIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKMGY
190 200 210 220 230 240
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 FVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA
:.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.::::
CCDS43 FMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATA
250 260 270 280 290 300
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPAKKTSTTFN
::::::::.:::::::::::.:::::. . .:. : :.. .:.. ..
CCDS43 MDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFA-----APPTVTISKATEPLE
310 320 330 340 350
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 IVGTTYPINLAKDTEF---STISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTE----TKTYN
. .: :... . :.. . : .::. . . .: .:..:. . ...
CCDS43 AEIVLHP-----DSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSPAFG
360 370 380 390 400 410
460 470 480 490
pF1KE4 SVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
..::.:. :::.::: :: ::::::..:.....
CCDS43 GTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
420 430 440 450
>>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa)
initn: 1769 init1: 1590 opt: 1644 Z-score: 1923.3 bits: 365.5 E(32554): 8.3e-101
Smith-Waterman score: 1654; 62.7% identity (84.5% similar) in 399 aa overlap (67-455:48-445)
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 PGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTD
:::::: ::::::::::::.: :::::::
CCDS34 FALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTD
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 IYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNG
:::::::::::..::::.:::::::: :.:::.:::..:: :::....:.:::::::.::
CCDS34 IYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNG
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 KKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTT
::::.::::.::::.:.. :::. ::::::: :::::.: ::::: ::::::::::::
CCDS34 KKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPK
140 150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 AEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIG
.:..:.:: : .::::: ...: : ::::.:..:..: :.: ::::.:::..:::.::.:
CCDS34 SEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMG
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.:::
CCDS34 YFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYAT
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380
pF1KE4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT-------KRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPA
:::::::::.:::::::::::.::::: ::. . ..:: : ...: : ::
CCDS34 AMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPL
320 330 340 350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 KKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKAT---YVQDSPTET
..:....:. : . . .... .. .. . :..:. .. : :.: :. .::.
CCDS34 QNTNANLNMRKRTNAL-VHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPF
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490
pF1KE4 KTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
. :.. .
CCDS34 SRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFGSRLQRIKTTVNTIGAT
440 450 460 470 480 490
>>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa)
initn: 1234 init1: 641 opt: 1253 Z-score: 1467.2 bits: 280.9 E(32554): 2.1e-75
Smith-Waterman score: 1284; 44.3% identity (73.6% similar) in 469 aa overlap (16-479:27-473)
10 20 30 40
pF1KE4 MIITQTSHCYMTSLGILFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLS
::.:... :: :.: . : :.... :.
CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYE--DYASNKTWVLT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 PKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTD
:: .:. ..:. ::. ::.::::.::: .: : ..::.::.:.:::. .
CCDS43 PK----VPE---GDVTV---ILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAIN
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 MEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNK
::::::.:: :::.:.::::.. .:.: ::. ...::: :::::.:.::. :: .::::.
CCDS43 MEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNR
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 LLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNK
.::. ..: . ::.:::: ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: :.::.: : .
CCDS43 MLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQW---KRS
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 SVEVAQDGS-RLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIM
::::.. : :: :....: ::......:.::::...: :.:..:::.::::.:: .
CCDS43 SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTL
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 TVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAF
:.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:::: :..::. :
CCDS43 IVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIF
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 VFSALIEFATVNYFT---KRSWAWEGKKVPEALEMKK-KTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYP
:::::.:..:..::. : : . :: :.: . :.:. . :.:... ..:.
CCDS43 VFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTIDIRPRSATIQMNNATHL
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 INLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFP
. .: :.. . :: . ... . . . ..:.:. .::.::
CCDS43 QE--RDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHG-----RIHIRIAKMDSYARIFFP
410 420 430 440 450
470 480 490
pF1KE4 VLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
. : .::::::..:.
CCDS43 TAFCLFNLVYWVSYLYL
460 470
>>CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 (467 aa)
initn: 1199 init1: 590 opt: 1185 Z-score: 1387.8 bits: 266.2 E(32554): 5.6e-71
Smith-Waterman score: 1189; 41.4% identity (71.9% similar) in 474 aa overlap (16-479:5-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MIITQTSHCYMTSLGILFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDS
.:.:. .. : ...::. : .. .: . : .. : ..
CCDS45 MAPKLLLLLCLFSGL--HARSRKVEEDEY--ED--SSSNQKWVLAPKSQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 TDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQ
..:. ::..:: ::..::: .: : . .::::.:.::::. .::: ::.:: :
CCDS45 DTDVTL---ILNKLLREYDKKLRPDIGIKPTVIDVDIYVNSIGPVSSINMEYQIDIFFAQ
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLP
:: : ::.:.. :::: ::. ... :: :::.:.:.: . :: .::::.:::. ..: .
CCDS45 TWTDSRLRFNSTMKILTLNSNMVGLIWIPDTIFRNSKTAEAHWITTPNQLLRIWNDGKIL
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE4 YTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGS-R
::.::::.::: ..:..:::: :.::: :.::.: :..: : ...:::.:.. : :
CCDS45 YTLRLTINAECQLQLHNFPMDEHSCPLIFSSYGYPKEEMIYRW---RKNSVEAADQKSWR
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 LNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWL
: :.:..: :::. .:.:.::::: .:.:.:..:::.::::.:::.::.:: ::::.
CCDS45 LYQFDFMGLRNTTEIVTTSAGDYVVMTIYFELSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWI
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 NRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATV
.....::::..:.:::::::::: ::.:::.:.:.:::: :..::. :::.::.:.::.
CCDS45 KKDATPARTALGITTVLTMTTLSTIARKSLPRVSYVTAMDLFVTVCFLFVFAALMEYATL
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 NYFTKRSWAWEGKKVPEAL--EMKKKTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYP----INLAKDT--
::... ::. : . .. : . .. ...... : :.: ...
CCDS45 NYYSSCRKPTTTKKTTSLLHPDSSRWIPERISLQAPSNYSLLDMRPPPTAMITLNNSVYW
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 -EFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIF
:: .... ... . . : . . . .. ..:. ::..::. : .:
CCDS45 QEFEDTCVYECLDGKDCQSFFCCYEECK-SGSWRKGRIHIDILELDSYSRVFFPTSFLLF
400 410 420 430 440 450
480 490
pF1KE4 NLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
:::::. :.
CCDS45 NLVYWVGYLYL
460
>>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa)
initn: 1234 init1: 641 opt: 1182 Z-score: 1384.2 bits: 265.5 E(32554): 8.8e-71
Smith-Waterman score: 1282; 44.1% identity (73.7% similar) in 467 aa overlap (16-479:27-465)
10 20 30 40
pF1KE4 MIITQTSHCYMTSLGILFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLS
::.:... :: :.: . : :.... :.
CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYE--DYASNKTWVLT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 PKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTD
:: .:. ..:. ::. ::.::::.::: .: : ..::.::.:.:::. .
CCDS43 PK----VPE---GDVTV---ILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAIN
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 MEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNK
::::::.:: :::.:.::::.. .:.: ::. ...::: :::::.:.::. :: .::::.
CCDS43 MEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNR
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 LLRLVDNGTLPYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNK
.::. ..: . ::.:::: ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: :.::.: : .
CCDS43 MLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQW---KRS
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 SVEVAQDGS-RLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIM
::::.. : :: :....: ::......:.::::...: :.:..:::.::::.:: .
CCDS43 SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTL
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 TVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAF
:.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:::: :..::. :
CCDS43 IVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIF
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 VFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPA--KKTSTTFNIVGTTYPIN
:::::.:..:..::.. ..: . . :::.:: . :.:... ..:. .
CCDS43 VFSALVEYGTLHYFVS------NRKPSKDKDKKKKNPAPTIDIRPRSATIQMNNATHLQE
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 LAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVL
.: :.. . :: . ... . . . ..:.:. .::.::.
CCDS43 --RDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHG-----RIHIRIAKMDSYARIFFPTA
400 410 420 430 440 450
470 480 490
pF1KE4 FAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
: .::::::..:.
CCDS43 FCLFNLVYWVSYLYL
460
492 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 00:28:56 2016 done: Sun Nov 6 00:28:57 2016
Total Scan time: 2.630 Total Display time: 0.110
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]