Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4453
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4453, 473 aa
1>>>pF1KE4453 473 - 473 aa - 473 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9641+/-0.000518; mu= 2.9620+/- 0.032
mean_var=321.8697+/-64.690, 0's: 0 Z-trim(117.7): 192 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.071488
statistics sampled from 29752 (29945) to 29752 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.668), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16
Scan time: 10.420
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 3032 326.8 7.9e-89
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 2553 277.4 5.9e-74
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 1845 204.4 5.5e-52
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 1843 204.1 6.1e-52
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 1802 199.9 1.2e-50
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 1793 199.0 2.3e-50
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 1791 198.8 2.5e-50
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 1769 196.5 1.2e-49
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 1644 183.8 1.1e-45
XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 1640 183.4 1.6e-45
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 1565 175.4 2.5e-43
NP_000214 (OMIM: 122100,601687) keratin, type I cy ( 494) 1557 174.7 5.1e-43
NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 1465 165.4 4.2e-40
NP_061889 (OMIM: 607742) keratin, type I cytoskele ( 525) 1432 161.9 4e-39
XP_016879788 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 494) 1420 160.6 9.1e-39
NP_853515 (OMIM: 616676) keratin, type I cytoskele ( 459) 1383 156.7 1.2e-37
NP_853513 (OMIM: 616677) keratin, type I cytoskele ( 464) 1350 153.3 1.3e-36
NP_853512 (OMIM: 616646,616760) keratin, type I cy ( 450) 1343 152.6 2.1e-36
NP_003762 (OMIM: 604540) keratin, type I cuticular ( 467) 1340 152.3 2.7e-36
XP_011522716 (OMIM: 616646,616760) PREDICTED: kera ( 448) 1339 152.2 2.8e-36
NP_853517 (OMIM: 616675) keratin, type I cytoskele ( 468) 1311 149.3 2.1e-35
XP_011523096 (OMIM: 602764) PREDICTED: keratin, ty ( 455) 1279 146.0 2.1e-34
NP_002271 (OMIM: 602764) keratin, type I cuticular ( 455) 1279 146.0 2.1e-34
NP_002268 (OMIM: 601077) keratin, type I cuticular ( 416) 1222 140.1 1.1e-32
NP_004129 (OMIM: 602761) keratin, type I cuticular ( 404) 1213 139.1 2.1e-32
NP_002270 (OMIM: 602762) keratin, type I cuticular ( 404) 1206 138.4 3.5e-32
NP_061883 (OMIM: 608218) keratin, type I cytoskele ( 424) 1205 138.3 3.9e-32
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448) 1190 136.8 1.2e-31
XP_006721802 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 427) 1188 136.6 1.3e-31
XP_011523095 (OMIM: 602763) PREDICTED: keratin, ty ( 412) 1181 135.8 2.1e-31
NP_066293 (OMIM: 602763) keratin, type I cuticular ( 436) 1181 135.9 2.2e-31
XP_011522762 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 422) 1177 135.4 2.9e-31
NP_000215 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 1110 128.5 3.5e-29
NP_954657 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 1110 128.5 3.5e-29
XP_016879678 (OMIM: 616679) PREDICTED: keratin, ty ( 484) 1098 127.4 8.9e-29
NP_872303 (OMIM: 616679) keratin, type I cytoskele ( 431) 1086 126.1 1.9e-28
NP_056330 (OMIM: 606194) keratin, type I cytoskele ( 422) 1046 121.9 3.3e-27
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456) 1036 120.9 7.2e-27
NP_998821 (OMIM: 616678) keratin, type I cytoskele ( 491) 1027 120.1 1.4e-26
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449) 1016 118.9 3e-26
NP_001269362 (OMIM: 606194) keratin, type I cytosk ( 285) 765 92.8 1.4e-18
XP_005257257 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 765 92.8 1.4e-18
XP_011522897 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 765 92.8 1.4e-18
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 681 84.5 9.4e-16
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 672 83.8 2.2e-15
XP_011523088 (OMIM: 602761) PREDICTED: keratin, ty ( 245) 652 81.0 4e-15
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 657 81.8 4.1e-15
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 655 81.6 4.7e-15
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 653 81.4 5.4e-15
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 653 81.5 5.7e-15
>>NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, type I (473 aa)
initn: 3032 init1: 3032 opt: 3032 Z-score: 1715.7 bits: 326.8 E(85289): 7.9e-89
Smith-Waterman score: 3032; 100.0% identity (100.0% similar) in 473 aa overlap (1-473:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSRFSSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSRFSSGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 ACGLGGGYGGGFSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGFGGGLGAGFGGGFAGGDGLLVGSEKVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ACGLGGGYGGGFSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGFGGGLGAGFGGGFAGGDGLLVGSEKVT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 MQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSEIKDYSPYFKTIEDLRNKIIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSEIKDYSPYFKTIEDLRNKIIA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 ATIENAQPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADVNGLRRVLDELTLARTDLEMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ATIENAQPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADVNGLRRVLDELTLARTDLEMQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 IEGLKEELAYLRKNHEEEMLALRGQTGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEQMAEKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IEGLKEELAYLRKNHEEEMLALRGQTGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEQMAEKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 RRDAETWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVLQGLEIELQSQLSMKASLENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RRDAETWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVLQGLEIELQSQLSMKASLENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 LEETKGRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEYQILLDVKTRLEQEIATYRRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LEETKGRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEYQILLDVKTRLEQEIATYRRL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE4 LEGEDAHLSSQQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILKEQSSSSFSQGQSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LEGEDAHLSSQQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILKEQSSSSFSQGQSS
430 440 450 460 470
>>NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,148066,16 (472 aa)
initn: 2065 init1: 2065 opt: 2553 Z-score: 1448.8 bits: 277.4 E(85289): 5.9e-74
Smith-Waterman score: 2553; 87.3% identity (95.2% similar) in 458 aa overlap (1-456:1-449)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSS-RFSSG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
NP_000 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSSRFSSG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 GACGLGGGYGGGFSSSSS-FGSGFGGGYGGGLGAGFGGGLGAGFGGGFAGGDGLLVGSEK
:: ::::::::::::::: ::::::::::::::::.::: :::::::::::::::::
NP_000 GAYGLGGGYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGG----FGGGFAGGDGLLVGSEK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 VTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSEIKDYSPYFKTIEDLRNKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
NP_000 VTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIKDYSPYFKTIEDLRNKI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 IAATIENAQPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADVNGLRRVLDELTLARTDLE
..::..::. .:::::::::::::::::: :: ::..::::.::::::::::::::.:::
NP_000 LTATVDNANVLLQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTLARADLE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 MQIEGLKEELAYLRKNHEEEMLALRGQTGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEQMAE
::::.::::::::.::::::: :::::.::::::::::::::::::::::::::::.:::
NP_000 MQIESLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 KNRRDAETWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVLQGLEIELQSQLSMKASLE
:::.::: ::..::::::.:::.:::::::..::..::::..:.::::::::::::::::
NP_000 KNRKDAEEWFFTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLSMKASLE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 NSLEETKGRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEYQILLDVKTRLEQEIATYR
::::::::::::::.::: .::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::
NP_000 NSLEETKGRYCMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 RLLEGEDAHLSSQQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILKEQSSSSFSQGQSS
::::::::::::.: :. : :::.: .::::: :
NP_000 RLLEGEDAHLSSSQFSSGSQSSRDV-----TSSSRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRTK
420 430 440 450 460 470
NP_000 N
>>NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskeletal (456 aa)
initn: 1786 init1: 1368 opt: 1845 Z-score: 1054.3 bits: 204.4 E(85289): 5.5e-52
Smith-Waterman score: 1845; 69.2% identity (86.9% similar) in 428 aa overlap (25-440:14-433)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGG-----LSVSS-
::::.: .:.::::. . .. .:: .:.::
NP_002 MTTTFLQTSSSTFGGGSTRGGSLLAGGGGFGGGSLSGGGGSRSISASSA
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 RFSSGGACGLGGGYGGGFSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGFGGGLGAGFGGGFAGGDG-LL
:: :.:. :::::::. ::::: :. .:.:::::.:.::::::.:::: ::
NP_002 RFVSSGS---GGGYGGGMRVC-----GFGGGAGSVFGGGFGGGVGGGFGGGFGGGDGGLL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 VGSEKVTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSEIK-DYSPYFKTIE
:.::.::::::::::::::::::::::::::::::.::::.: :. . ::: ::::::
NP_002 SGNEKITMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIHDWYQKQTPTSPECDYSQYFKTIE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 DLRNKIIAATIENAQPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADVNGLRRVLDELTL
.::.::.:.::.:.. ::.:::::::::::: :::.:::::: ::::.::::::::::::
NP_002 ELRDKIMATTIDNSRVILEIDNARLAADDFRLKYENELALRQGVEADINGLRRVLDELTL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 ARTDLEMQIEGLKEELAYLRKNHEEEMLALRGQTGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQ
::::::::::::.::::::.::::::: . .: .:.:::::::::::::.:.: :::.:
NP_002 ARTDLEMQIEGLNEELAYLKKNHEEEMKEFSSQLAGQVNVEMDAAPGVDLTRVLAEMREQ
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 YEQMAEKNRRDAETWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVLQGLEIELQSQLS
:: ::::::::.:.::.:::::::::::::.:..:.:..:.:.:::..: ::::::::::
NP_002 YEAMAEKNRRDVEAWFFSKTEELNKEVASNTEMIQTSKTEITDLRRTMQELEIELQSQLS
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 MKASLENSLEETKGRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEYQILLDVKTRLEQ
:::.::::: ::. :: ::.:::::::..: ::..:::::: :.:::..:::.::::::
NP_002 MKAGLENSLAETECRYATQLQQIQGLIGGLEAQLSELRCEMEAQNQEYKMLLDIKTRLEQ
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE4 EIATYRRLLEGEDAHLSS----QQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILKEQSSSSFS
:::::: ::::.::.... . .:: . ::
NP_002 EIATYRSLLEGQDAKMAGIGIREASSGGGGSSSNFHINVEESVDGQVVSSHKREI
410 420 430 440 450
470
pF1KE4 QGQSS
>>NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, type I (432 aa)
initn: 2010 init1: 1803 opt: 1843 Z-score: 1053.5 bits: 204.1 E(85289): 6.1e-52
Smith-Waterman score: 1904; 70.2% identity (84.8% similar) in 446 aa overlap (1-445:1-410)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSRFSSGG
::: ::::::::.::: :.::: . : :.:. :..:::: :.
NP_000 MTTSIRQFTSSSSIKGSSGLGGGSSRTSCRLSGGLGAGSCRL----------------GS
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE4 ACGLGGGYGGG-FSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGFGGGLGAGFGGGFAGGDGLLVGSEKV
: :::. ::. .:: ::::: ::::...: : ::::.:.::.
NP_000 AGGLGSTLGGSSYSSCYSFGSG--GGYGSSFG----------------GVDGLLAGGEKA
50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 TMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSEIKDYSPYFKTIEDLRNKII
:::::::::::::::::::::::..:::::::::::: :. .::: :..:::.:.:::.
NP_000 TMQNLNDRLASYLDKVRALEEANTELEVKIRDWYQRQAPGPARDYSQYYRTIEELQNKIL
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 AATIENAQPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADVNGLRRVLDELTLARTDLEM
.::..::. .::::::::::::::::.: : ::: .::::.::::::::::::::.::::
NP_000 TATVDNANILLQIDNARLAADDFRTKFETEQALRLSVEADINGLRRVLDELTLARADLEM
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 QIEGLKEELAYLRKNHEEEMLALRGQTGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEQMAEK
:::.::::::::.::::::: :::::.::..::::::::::::::::::::::::.::::
NP_000 QIENLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGEINVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAEK
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 NRRDAETWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVLQGLEIELQSQLSMKASLEN
::.::: ::.:::::::.:::.:::::::..::..::::..:.::::::::::::::::.
NP_000 NRKDAEDWFFSKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQALEIELQSQLSMKASLEG
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 SLEETKGRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEYQILLDVKTRLEQEIATYRR
.: ::..:::.::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::
NP_000 NLAETENRYCVQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRR
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 LLEGEDAHLSSQQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILKEQSSSSFSQGQSS
:::::::::. : . . ..:.: :
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::
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:::.:.::::::.: ::: :.::::::::::::::::::::::::.: .:: ::..::
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::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]