Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4432
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4432, 451 aa
1>>>pF1KE4432 451 - 451 aa - 451 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7403+/- 0.001; mu= 15.3592+/- 0.060
mean_var=69.2241+/-13.961, 0's: 0 Z-trim(104.0): 35 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.154151
statistics sampled from 7651 (7686) to 7651 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.607), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16
Scan time: 2.490
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11433.1 TUBG1 gene_id:7283|Hs108|chr17 ( 451) 2999 676.3 1.7e-194
CCDS32658.1 TUBG2 gene_id:27175|Hs108|chr17 ( 451) 2947 664.7 5.2e-191
CCDS7039.1 TUBB4B gene_id:10383|Hs108|chr9 ( 445) 1013 234.6 1.5e-61
CCDS4485.1 TUBB2B gene_id:347733|Hs108|chr6 ( 445) 1008 233.5 3.3e-61
CCDS7051.1 TUBB8 gene_id:347688|Hs108|chr10 ( 444) 1007 233.3 3.9e-61
CCDS4687.1 TUBB gene_id:203068|Hs108|chr6 ( 444) 1007 233.3 3.9e-61
CCDS4484.1 TUBB2A gene_id:7280|Hs108|chr6 ( 445) 1006 233.1 4.6e-61
CCDS12168.1 TUBB4A gene_id:10382|Hs108|chr19 ( 444) 1003 232.4 7.2e-61
CCDS11858.1 TUBB6 gene_id:84617|Hs108|chr18 ( 446) 1003 232.4 7.2e-61
CCDS10988.1 TUBB3 gene_id:10381|Hs108|chr16 ( 450) 997 231.1 1.8e-60
CCDS13475.1 TUBB1 gene_id:81027|Hs108|chr20 ( 451) 980 227.3 2.5e-59
CCDS2438.1 TUBA4A gene_id:7277|Hs108|chr2 ( 448) 829 193.7 3.2e-49
CCDS8782.1 TUBA1C gene_id:84790|Hs108|chr12 ( 449) 824 192.6 7e-49
CCDS76556.1 TUBA1C gene_id:84790|Hs108|chr12 ( 519) 824 192.6 8e-49
CCDS31792.1 TUBA1B gene_id:10376|Hs108|chr12 ( 451) 820 191.7 1.3e-48
CCDS8781.1 TUBA1A gene_id:7846|Hs108|chr12 ( 451) 817 191.0 2.1e-48
CCDS58227.1 TUBA1A gene_id:7846|Hs108|chr12 ( 451) 817 191.0 2.1e-48
CCDS33290.1 TUBA3D gene_id:113457|Hs108|chr2 ( 450) 815 190.6 2.8e-48
CCDS9284.1 TUBA3C gene_id:7278|Hs108|chr13 ( 450) 815 190.6 2.8e-48
CCDS2158.1 TUBA3E gene_id:112714|Hs108|chr2 ( 450) 807 188.8 9.7e-48
CCDS13751.1 TUBA8 gene_id:51807|Hs108|chr22 ( 449) 799 187.0 3.3e-47
CCDS7066.2 TUBAL3 gene_id:79861|Hs108|chr10 ( 446) 785 183.9 2.8e-46
CCDS63131.1 TUBA4A gene_id:7277|Hs108|chr2 ( 433) 782 183.2 4.4e-46
CCDS78124.1 TUBB gene_id:203068|Hs108|chr6 ( 372) 774 181.4 1.3e-45
CCDS56012.1 TUBB3 gene_id:10381|Hs108|chr16 ( 378) 770 180.5 2.5e-45
CCDS58226.1 TUBA1A gene_id:7846|Hs108|chr12 ( 416) 711 167.4 2.4e-41
CCDS53491.1 TUBAL3 gene_id:79861|Hs108|chr10 ( 406) 682 161.0 2.1e-39
CCDS54495.1 TUBA8 gene_id:51807|Hs108|chr22 ( 383) 645 152.7 5.9e-37
CCDS54154.1 TUBD1 gene_id:51174|Hs108|chr17 ( 396) 543 130.1 4.1e-30
CCDS11620.1 TUBD1 gene_id:51174|Hs108|chr17 ( 453) 543 130.1 4.6e-30
CCDS54152.1 TUBD1 gene_id:51174|Hs108|chr17 ( 351) 506 121.8 1.1e-27
CCDS54153.1 TUBD1 gene_id:51174|Hs108|chr17 ( 398) 493 119.0 9.1e-27
CCDS5100.1 TUBE1 gene_id:51175|Hs108|chr6 ( 475) 446 108.5 1.5e-23
CCDS77153.1 TUBB6 gene_id:84617|Hs108|chr18 ( 104) 283 72.0 3.2e-13
>>CCDS11433.1 TUBG1 gene_id:7283|Hs108|chr17 (451 aa)
initn: 2999 init1: 2999 opt: 2999 Z-score: 3605.2 bits: 676.3 E(32554): 1.7e-194
Smith-Waterman score: 2999; 100.0% identity (100.0% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
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CCDS11 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 IIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPNQDEMSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPNQDEMSD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 VVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 KNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 SRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFERTCRQYDKLRKREAFLEQFRKEDMFKDNFDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFERTCRQYDKLRKREAFLEQFRKEDMFKDNFDE
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 MDTSREIVQQLIDEYHAATRPDYISWGTQEQ
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MDTSREIVQQLIDEYHAATRPDYISWGTQEQ
430 440 450
>>CCDS32658.1 TUBG2 gene_id:27175|Hs108|chr17 (451 aa)
initn: 2947 init1: 2947 opt: 2947 Z-score: 3542.7 bits: 664.7 E(32554): 5.2e-191
Smith-Waterman score: 2947; 97.8% identity (99.3% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 IIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPNQDEMSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS32 IIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPYQDEMSD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 VVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 KNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 SRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFERTCRQYDKLRKREAFLEQFRKEDMFKDNFDE
::::::::::::::::::::::::::::: .:.:.::::::.::::::::::::::::::
CCDS32 SRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFESSCQQFDKLRKRDAFLEQFRKEDMFKDNFDE
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430 440 450
pF1KE4 MDTSREIVQQLIDEYHAATRPDYISWGTQEQ
:: :::.::.:::::::::.:::::::::::
CCDS32 MDRSREVVQELIDEYHAATQPDYISWGTQEQ
430 440 450
>>CCDS7039.1 TUBB4B gene_id:10383|Hs108|chr9 (445 aa)
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Smith-Waterman score: 1015; 34.9% identity (72.6% similar) in 435 aa overlap (3-436:2-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
:::. :: :::::::: .::. . ::::.: : . . .: .:.. .: .:
CCDS70 MREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLERINVYYNEATGGKY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASG-FSQGEKIHEDIF
.:::::.:::: .. :. ..:..... :.:. ... .:::::::.: ...: .. ....
CCDS70 VPRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQ--SGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVL
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120 130 140 150 160 170
pF1KE4 DIIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPNQDEMS
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180 190 200 210 220 230
pF1KE4 DVVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAS
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pF1KE4 TTTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQ
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300 310 320 330 340 350
pF1KE4 PKNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVA
::.:.. : . .. :... ...:... .: ... ..... . :. : : ....:
CCDS70 AKNMMAAC--DPRHGR-YLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTA
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pF1KE4 LSRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFERTCRQYDKLRKREAFLEQFRKEDMFKDNFD
. : : . ..:. ...: :.:. ::.: .:. . .:.:::. . : : . .:
CCDS70 VC-DIP--PRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFT
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420 430 440 450
pF1KE4 EMDTSREIVQQLIDEYHAATRPDYISWGTQEQ
: ... ...:..::.
CCDS70 EAESN---MNDLVSEYQQYQDATAEEEGEFEEEAEEEVA
410 420 430 440
>>CCDS4485.1 TUBB2B gene_id:347733|Hs108|chr6 (445 aa)
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Smith-Waterman score: 1010; 34.5% identity (73.1% similar) in 435 aa overlap (3-436:2-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
:::. .: :::::::: .::. . ::::.: : . . .: .:.. .: ..:
CCDS44 MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASG-FSQGEKIHEDIF
.:::.:.:::: .. :. ..:..... :.:. ... .:::::::.: ...: .. ....
CCDS44 VPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQ--SGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVL
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120 130 140 150 160 170
pF1KE4 DIIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPNQDEMS
:.. .:... : :.:: : ::..::::::.:. :. .. ..:: ....:.::.:. ..:
CCDS44 DVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSP-KVS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 DVVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAS
:.::.:::. :....:..:.: . .:: :: : :.. .:.....:.:::. ::.
CCDS44 DTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGV
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pF1KE4 TTTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQ
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CCDS44 TTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGS-QQYRALTVPELTQQMFD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 PKNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVA
::.:.. : . .. :... :..:... .: ... ..... . :. : : ....:
CCDS44 SKNMMAAC--DPRHGR-YLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 LSRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFERTCRQYDKLRKREAFLEQFRKEDMFKDNFD
. : : . ..:. ...: :.:. ::.: .:. . .:.:::. . : : . .:
CCDS44 VC-DIP--PRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFT
360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KE4 EMDTSREIVQQLIDEYHAATRPDYISWGTQEQ
: ... ...:..::.
CCDS44 EAESN---MNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEA
410 420 430 440
>>CCDS7051.1 TUBB8 gene_id:347688|Hs108|chr10 (444 aa)
initn: 825 init1: 324 opt: 1007 Z-score: 1211.1 bits: 233.3 E(32554): 3.9e-61
Smith-Waterman score: 1009; 35.2% identity (72.4% similar) in 435 aa overlap (3-436:2-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
:::. :.:::::::: .::. . ::.:. : . . .: .:.. .:. .:
CCDS70 MREIVLTQIGQCGNQIGAKFWEVISDEHAIDSAGTYHGDSHLQLERINVYYNEASGGRY
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70 80 90 100 110
pF1KE4 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASG-FSQGEKIHEDIF
.:::::.:::: .. :. ..:..... :.:. ... : ::::::.: ...: .. :...
CCDS70 VPRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQVFRPDNFIFGQCG--AGNNWAKGHYTEGAELMESVM
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pF1KE4 DIIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPNQDEMS
:.. .::.. : :.:: : ::..::::::.:. :: .. ..:: ....:.:..:. ..:
CCDS70 DVVRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLLSKIREEYPDRIINTFSILPSP-KVS
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pF1KE4 DVVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAS
:.::.:::. :....: .::: . .:: :: : . :.. .:.....:.:::. ::.
CCDS70 DTVVEPYNATLSVHQLIENADETFCIDNEALYDICSKTLKLPTPTYGDLNHLVSATMSGV
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pF1KE4 TTTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQ
:: ::.:: .: :: : ....: :::::.: :..:::. : . : :: .. .....
CCDS70 TTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGS-QQYRALTVAELTQQMFD
240 250 260 270 280 290
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pF1KE4 PKNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVA
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