Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4424
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4424, 439 aa
1>>>pF1KE4424 439 - 439 aa - 439 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2309+/-0.00101; mu= 13.2743+/- 0.060
mean_var=86.5254+/-16.918, 0's: 0 Z-trim(104.9): 56 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.137880
statistics sampled from 8062 (8117) to 8062 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16
Scan time: 2.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 ( 439) 2826 572.4 3.2e-163
CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 367) 1120 233.0 3.9e-61
CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 440) 1120 233.0 4.6e-61
CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 398) 1055 220.1 3.3e-57
CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 406) 1055 220.1 3.3e-57
CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 387) 1018 212.7 5.2e-55
CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 418) 1018 212.7 5.6e-55
CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 ( 433) 982 205.5 8.2e-53
CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 ( 403) 944 198.0 1.5e-50
CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 ( 806) 640 137.6 4.2e-32
CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 ( 797) 631 135.9 1.5e-31
CCDS6343.1 ATAD2 gene_id:29028|Hs108|chr8 (1390) 584 126.6 1.5e-28
CCDS3730.1 SPATA5 gene_id:166378|Hs108|chr4 ( 893) 581 125.9 1.6e-28
CCDS58062.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 667) 578 125.3 1.9e-28
CCDS1542.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 750) 577 125.1 2.4e-28
CCDS58063.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 765) 577 125.1 2.4e-28
CCDS1541.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 856) 577 125.1 2.6e-28
CCDS4877.1 PEX6 gene_id:5190|Hs108|chr6 ( 980) 573 124.4 5.1e-28
CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 795) 571 123.9 5.7e-28
CCDS46227.1 ATAD2B gene_id:54454|Hs108|chr2 (1458) 562 122.2 3.3e-27
CCDS64710.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1226) 549 119.6 1.7e-26
CCDS5627.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1283) 549 119.6 1.8e-26
CCDS31956.1 KATNAL1 gene_id:84056|Hs108|chr13 ( 490) 543 118.2 1.8e-26
CCDS58072.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 683) 543 118.3 2.4e-26
CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 716) 543 118.3 2.5e-26
CCDS7152.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 773) 543 118.3 2.6e-26
CCDS5217.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 491) 531 115.9 9.3e-26
CCDS7386.1 ATAD1 gene_id:84896|Hs108|chr10 ( 361) 503 110.2 3.4e-24
CCDS11983.1 VPS4B gene_id:9525|Hs108|chr18 ( 444) 492 108.1 1.8e-23
CCDS32828.1 KATNAL2 gene_id:83473|Hs108|chr18 ( 466) 490 107.7 2.5e-23
CCDS1779.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 584) 490 107.7 3.1e-23
CCDS1778.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 616) 490 107.8 3.2e-23
CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7 ( 674) 487 107.2 5.3e-23
CCDS45517.1 VPS4A gene_id:27183|Hs108|chr16 ( 437) 475 104.7 1.9e-22
CCDS42354.1 NSF gene_id:4905|Hs108|chr17 ( 744) 426 95.1 2.6e-19
CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2 ( 759) 389 87.7 4.3e-17
CCDS10978.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 489) 350 79.9 6.4e-15
CCDS56456.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 311) 344 78.6 9.9e-15
CCDS81877.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 620) 338 77.5 4.1e-14
CCDS10123.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 753) 338 77.6 4.8e-14
>>CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 (439 aa)
initn: 2826 init1: 2826 opt: 2826 Z-score: 3043.9 bits: 572.4 E(32554): 3.2e-163
Smith-Waterman score: 2826; 100.0% identity (100.0% similar) in 439 aa overlap (1-439:1-439)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 RVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 RVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 CAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 CAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDER
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 PTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 PTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARAC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 AAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 AAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 AGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 AGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 ARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 ARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDY
370 380 390 400 410 420
430
pF1KE4 MEGILEVQAKKKANLQYYA
:::::::::::::::::::
CCDS79 MEGILEVQAKKKANLQYYA
430
>>CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (367 aa)
initn: 1107 init1: 1107 opt: 1120 Z-score: 1211.1 bits: 233.0 E(32554): 3.9e-61
Smith-Waterman score: 1135; 45.5% identity (76.2% similar) in 378 aa overlap (55-432:1-358)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 EQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNK
:. : .: .... ...: .:. :. .
CCDS81 MEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLR
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 TLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEK
:. :... :..: :.. :...::. . ... ....:: .
CCDS81 GTPMSVGTLEEIID---------------DNH-----AIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDL
40 50 60 70
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 LKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVL
:.:: : .:. . .. .: . : : .:.:.. : : :.::::::.::::. :.. :
CCDS81 LEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVEL
80 90 100 110 120 130
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 PMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDG
:..: : .:..::.:::::..::::::::::::.: : ::.::::...: .:.: ..:::
CCDS81 PLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDG
140 150 160 170 180 190
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 AKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNT
::::. : .:.:.::::.::::.:::::::.::...:.::.::::::::::::::.
CCDS81 PKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRG
200 210 220 230 240 250
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 QVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEEL
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CCDS81 DVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDL
260 270 280 290 300 310
390 400 410 420 430
pF1KE4 ARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
::..::. ::.:.:::..:::. ..:.::. .. .: ::.
CCDS81 IMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
320 330 340 350 360
>>CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (440 aa)
initn: 1107 init1: 1107 opt: 1120 Z-score: 1209.8 bits: 233.0 E(32554): 4.6e-61
Smith-Waterman score: 1146; 42.8% identity (72.2% similar) in 432 aa overlap (5-432:27-431)
10 20 30
pF1KE4 MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMST
: . . : ...: . : : . : . :
CCDS32 MGQSQSGGHGPGGGKKDDKDKKKKYEPPVPTRVGKKKKKTKGPDAASK-------LPLVT
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 EEIIQRTRLLDSE-IK---IMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVI
. : .:: : :: .:. : .: .... ...: .:. :. . :. :...
CCDS32 PHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLE
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 ELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVN
:..: :.. :...::. . ... ....:: . :.:: : .:
CCDS32 EIID---------------DNH-----AIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLN
120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 KDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFEN
. . .. .: . : : .:.:.. : : :.::::::.::::. :.. ::..: : .:.
CCDS32 HKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEE
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 LGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFAL
.::.:::::..::::::::::::.: : ::.::::...: .:.: ..::: ::::. : .
CCDS32 MGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRV
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 AKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNR
:.:.::::.::::.:::::::.::...:.::.::::::::::::::. .:::: ::::
CCDS32 AEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNR
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 VDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGA
.. :::::.: ::.:::::::.:.:... ::.:::. .:... ::. ..: ::..::
CCDS32 IETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGA
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430
pF1KE4 QCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
. ::.:.:::..:::. ..:.::. .. .: ::.
CCDS32 DIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
400 410 420 430 440
>>CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 1041 init1: 1019 opt: 1055 Z-score: 1140.6 bits: 220.1 E(32554): 3.3e-57
Smith-Waterman score: 1055; 45.1% identity (73.7% similar) in 377 aa overlap (55-430:12-385)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 EQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNK
... : .::: . . ..: .......
CCDS56 MELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQR
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 TLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANI-DLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAE
. .. ..:: . . .:.:. . .. : ...:. . . . : .: .
CCDS56 NE---LNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRAMDKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDIN
50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 KLKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIV
. :. :.. .::: . . ::.. : :. : :.. : : ::::::::.:. :.:
CCDS56 DVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKEIKEVIE
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 LPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGD
::..: : :: ::: :::::.:::::::::::::: : .: ::....: .::: :::.
CCDS56 LPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGE
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 GAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPN
::..::. :..:.:.::::::.::.:.::..:... ..:: ::::::::::::::::. .
CCDS56 GARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEAT
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 TQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEE
..::: ::::.:::: :::: ::.::::::: :::::: :..:::::::.. .: ..
CCDS56 KNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRK
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430
pF1KE4 LARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
.:. .::. :.::.:::: :::. ...:.::. .. .:. :
CCDS56 IAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMSIKKLWK
340 350 360 370 380 390
>>CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 1041 init1: 1019 opt: 1055 Z-score: 1140.5 bits: 220.1 E(32554): 3.3e-57
Smith-Waterman score: 1055; 45.1% identity (73.7% similar) in 377 aa overlap (55-430:20-393)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 EQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNK
... : .::: . . ..: .......
CCDS11 MALDGPEQMELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQR
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 TLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANI-DLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAE
. .. ..:: . . .:.:. . .. : ...:. . . . : .: .
CCDS11 NE---LNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRAMDKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDIN
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 KLKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIV
. :. :.. .::: . . ::.. : :. : :.. : : ::::::::.:. :.:
CCDS11 DVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKEIKEVIE
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 LPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGD
::..: : :: ::: :::::.:::::::::::::: : .: ::....: .::: :::.
CCDS11 LPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGE
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 GAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPN
::..::. :..:.:.::::::.::.:.::..:... ..:: ::::::::::::::::. .
CCDS11 GARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEAT
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 TQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEE
..::: ::::.:::: :::: ::.::::::: :::::: :..:::::::.. .: ..
CCDS11 KNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRK
290 300 310 320 330 340
390 400 410 420 430
pF1KE4 LARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
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CCDS11 IAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMSIKKLWK
350 360 370 380 390 400
>>CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (387 aa)
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40 50 60 70 80 90
pF1KE4 KMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVI
: . ..: .. .:..: ...: .... .
CCDS46 EIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKEEVKRIQSIPLVIGQFL
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 ELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVN
: :: : :.. ..: ..:.. ... .: : :::. :...
CCDS46 E--AVDQNT------------------AIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALH
70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 KDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFEN
: : ....:: : :: . . :..: .:.::::.: : ::. ::. ::..: : ...
CCDS46 KHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQ
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 LGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFAL
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CCDS46 IGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRL
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 AKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNR
:::.::.::::::.:::.:::::.. ..:::::: .::::::.:::. :..:::: ::::
CCDS46 AKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNR
230 240 250 260 270 280
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 VDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGA
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CCDS46 ADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGA
290 300 310 320 330 340
400 410 420 430
pF1KE4 QCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
. ...: :.::.:.:.. . .:. .. : : . . ..:
CCDS46 DINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
350 360 370 380
>>CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (418 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE4 SPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQA
:.. .: . :..:..... . . : .
CCDS12 VEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIKDEQKN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 MKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTST
.: .. . .:..: ...: .... .: :: : :.. ..:
CCDS12 LKKEFLHAQEEVKRIQSIPLVIGQFLE--AVDQNT------------------AIVGSTT
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 RQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDI
..:.. ... .: : :::. :...: : ....:: : :: . . :..: .:.::
CCDS12 GSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADI
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 GGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATF
::.: : ::. ::. ::..: : ....::.::.::::::::: :::.::.: : .: :.:
CCDS12 GGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAF
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 LKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQR
....: ..:: ..:.: ..:::.: ::::.::.::::::.:::.:::::.. ..::::::
CCDS12 IRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQR
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 TMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQI
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CCDS12 ILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFST
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 HSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQ
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CCDS12 ITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVI
350 360 370 380 390 400
430
pF1KE4 AKKKANLQYYA
: . . ..:
CCDS12 KKDEQEHEFYK
410
>>CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 (433 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE4 MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRT-RLLD-SEIKIMKS-
: .: . : . .: .. : :: ..: ..:.
CCDS57 MPDYLGADQRKTKEDEKDDKPIRALDEGDIALLKTY
10 20 30
60 70 80 90 100
pF1KE4 -------EVLRVTHELQAMKDKIKE-----NSEKIKVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQE
.. .: ..: . ::.: .:. . .: :... : . .: .
CCDS57 GQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKESDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVA
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 EDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLILETLP
. :. ::. .:... . . . : .. : :::....: : ::
CCDS57 RCTKIINADSEDPKY--IINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLP
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 TEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLM
. : : :.:.:.: :::.:: .::..: :.. :. : :.: ::::.::::::.
CCDS57 PKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLL
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 YGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFI
.::::::::: ::: : .: : :... : .::: ..:.::..::. : .:. : .::.
CCDS57 FGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFF
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 DELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRS
::.:::: :::. .:: :::::::::.::::::.: ..::. :::: : :::::.:
CCDS57 DEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRP
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 GRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVCVEAGM
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CCDS57 GRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGM
340 350 360 370 380 390
410 420 430
pF1KE4 IALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
.:.: :..:..:.. .:
CCDS57 FAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN
400 410 420 430
>>CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 (403 aa)
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40 50 60 70 80 90
pF1KE4 STEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVIEL
.:..: :. :. ... : : .. ::
CCDS97 MAIPGIPYERRLLIMADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKEL
10 20 30 40 50
100 110 120 130 140
pF1KE4 LDVDPNDQEEDGANIDLDS-QRKGKCA--VIKTSTRQTYFL-----P--VIGL---VDAE
. : : . : :: . : :. . :.: :.. ... : :.: .:
CCDS97 -----TKQYEKSEN-DLKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKS
60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 KLKPGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIV
::::: :... . :.. :: : : : : .. . .::.::::..::.:: :.:
CCDS97 KLKPGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIE
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 LPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGD
::... : :. .:: :::: :.:::::::::::::: :.: .:::... ..:. .::.
CCDS97 LPLTNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGE
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 GAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPN
.:.:.:. : :... : :::.::.:::: .::. ..:::.:::..:::::.:::.
CCDS97 SARLIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTL
230 240 250 260 270 280
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pF1KE4 TQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEE
.::.: :::: : ::::::: :::::::.. .:::.:: :..::. .. ...::
CCDS97 HRVKMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEA
290 300 310 320 330 340
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pF1KE4 LARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
... .: ::::. . ::.::::.:.: ...::.:... .: .::
CCDS97 IVKLSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
350 360 370 380 390 400
>>CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 (806 aa)
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pF1KE4 RLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNKTL-PYLVSNVIELLDVDPNDQ
..:::..:... : . ......: .
CCDS65 ELQLFRGDTVLLKGKKRREAVCIVLSDDTCSDEKIRMNRVVRNNLRVRLGDVISIQPCPD
50 60 70 80 90 100
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pF1KE4 EEDGANID---LDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLV----GVNKDS
. : : .:. .: : . ..:. : . : . .. ::. :.
CCDS65 VKYGKRIHVLPIDDTVEG----ITGNLFEVYLKPYF-LEAYRPIRKGDIFLVRGGMRAVE
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200
pF1KE4 YLILETLPTEY-----DSRVKAM-EVDERPTEQ-------YSDIGGLDKQIQELVEAIVL
. ..:: :. : :. .. : .: :. :.:::: ::. .. : . :
CCDS65 FKVVETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVEL
170 180 190 200 210 220
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pF1KE4 PMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDG
:. : :. .:..::.:.:.::::::::::.::: : .: : :. . ::.... . :..
CCDS65 PLRHPALFKAIGVKPPRGILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGES
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 AKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNT
. .: :: :...::.::::::::::. :: ::. . .: . .::. .::.. .
CCDS65 ESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKR---EKTHGEVERRIVSQLLTLMDGLKQRA
290 300 310 320 330
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pF1KE4 QVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEEL
.: :.::::: . .:::: : ::.::.... .:. .: .:.:::...:... ::. :..
CCDS65 HVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQV
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430
pF1KE4 ARCTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
: : ::. :.: ::.. :.:. . ::
CCDS65 ANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQS
400 410 420 430 440 450
CCDS65 NPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGP
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>--
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150 160 170 180 190 200
pF1KE4 PGDLVGVNKDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPM
: : : . :::::. .:: : . :.
CCDS65 DAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPV
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pF1KE4 NHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAK
.: .:: ..:. : ::::.::::: ::::::.: : . .:.:... ::.:. :..:..
CCDS65 EHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEA
500 510 520 530 540 550
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::. : :.. :: ..:.::::.:. : . : ..:.. ..:...::.. . .:
CCDS65 NVREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMDGMSTKKNV
560 570 580 590 600 610
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pF1KE4 KVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELAR
.:.:::: ::.:::.:: ::::. : .:.:.:..:. :.. . :: :. ::. : ::.
CCDS65 FIIGATNRPDIIDPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKDVDLEFLAK
620 630 640 650 660 670
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pF1KE4 CTDDFNGAQCKAVCVEAGMIALRRGA-TELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
:. :.::. .: .: .:.:.. .:. .:
CCDS65 MTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAMEVEEDDPVPEIRRDHFE
680 690 700 710 720 730
CCDS65 EAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGGAGPSQGSGGGTGGSVYT
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439 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]