Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4373
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4373, 391 aa
1>>>pF1KE4373 391 - 391 aa - 391 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3126+/-0.00108; mu= -1.3566+/- 0.066
mean_var=442.1983+/-92.501, 0's: 0 Z-trim(116.6): 88 B-trim: 190 in 1/51
Lambda= 0.060991
statistics sampled from 17114 (17200) to 17114 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.528), width: 16
Scan time: 3.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX ( 391) 2756 256.2 3.8e-68
CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 ( 390) 2587 241.3 1.1e-63
CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 ( 392) 1940 184.4 1.6e-46
CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 459) 1202 119.5 6.1e-27
CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY ( 496) 1199 119.3 7.7e-27
CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 496) 1199 119.3 7.7e-27
CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY ( 496) 1199 119.3 7.7e-27
CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY ( 496) 1198 119.2 8.2e-27
CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY ( 496) 1197 119.1 8.7e-27
CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY ( 496) 1197 119.1 8.7e-27
CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX (1067) 830 87.2 7.4e-17
>>CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX (391 aa)
initn: 2756 init1: 2756 opt: 2756 Z-score: 1337.0 bits: 256.2 E(32554): 3.8e-68
Smith-Waterman score: 2756; 100.0% identity (100.0% similar) in 391 aa overlap (1-391:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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CCDS14 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
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CCDS14 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 APVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
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CCDS14 APVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTRGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTRGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE4 RDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
370 380 390
>>CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 (390 aa)
initn: 2274 init1: 2274 opt: 2587 Z-score: 1256.6 bits: 241.3 E(32554): 1.1e-63
Smith-Waterman score: 2587; 95.1% identity (97.4% similar) in 391 aa overlap (1-391:1-390)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS71 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
:::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::::::::::. .:::::::::
CCDS71 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::: ::::::::::
CCDS71 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 APVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 APLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTRGP
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS71 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTRGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::.:::::
CCDS71 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSC-DRVGRQERGLPPSVERGYPSS
310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KE4 RDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
::::::::::::::.: ::::::::::::::
CCDS71 RDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
360 370 380 390
>>CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 (392 aa)
initn: 1185 init1: 902 opt: 1940 Z-score: 948.9 bits: 184.4 E(32554): 1.6e-46
Smith-Waterman score: 1940; 73.5% identity (84.8% similar) in 396 aa overlap (1-391:1-392)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::::::::::::: ::.:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
::: ::::::::::::::::: :::::.:::.::::::: :::: :: ::: :::.:: :
CCDS77 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE4 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSG-MGG
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CCDS77 RSPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 RAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
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CCDS77 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTR
.::.::::::: ::: : :::::::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.: : :
CCDS77 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMER
: ::::::..::..: . : :.:.:.::::::: ::: :: :: :::: .::: ::::
CCDS77 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE4 GYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
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CCDS77 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
360 370 380 390
>>CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (459 aa)
initn: 1124 init1: 394 opt: 1202 Z-score: 597.2 bits: 119.5 E(32554): 6.1e-27
Smith-Waterman score: 1266; 52.6% identity (68.8% similar) in 426 aa overlap (1-353:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS83 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. :::
CCDS83 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::
CCDS83 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST----------------------
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:
CCDS83 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250
pF1KE4 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS
.: .::: : :::.::::::: : ..::::::: ::
CCDS83 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS
240 250 260 270 280 290
260 270 280
pF1KE4 RD--------------DYP--------SRGYSDRDGYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYES
:. :: ::::: .::::. ::.:.: ::.::::. .
CCDS83 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 YGNSRSAPPTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQER
::.:..:::.::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. :..: :...
CCDS83 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHYCDREHVCRKDQ
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390
pF1KE4 GLPPSMERGYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
:::.
CCDS83 RNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
420 430 440 450
>>CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 1142 init1: 394 opt: 1199 Z-score: 595.4 bits: 119.3 E(32554): 7.7e-27
Smith-Waterman score: 1214; 52.9% identity (71.0% similar) in 393 aa overlap (1-386:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. :::
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP-T
: :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: ::.:: .
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRD----YGHSRRDESYS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 RGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSME-RG
:: . .: . .:. :.: :: : : . :: : :. : : : :
CCDS35 RGYR-NRRSSRETREYAPPSRGHG-YRDYGHSRRHESYSRGY-------RNHPSSRETRD
300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE4 YPPPRDSYSSSSRGAP---RGGGRGGSRSDRGGGRSRY
: ::. .:. . : . ..:: : : :
CCDS35 YAPPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTAH
350 360 370 380 390 400
CCDS35 GAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLG
410 420 430 440 450 460
>>CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 1147 init1: 394 opt: 1199 Z-score: 595.4 bits: 119.3 E(32554): 7.7e-27
Smith-Waterman score: 1214; 52.9% identity (71.0% similar) in 393 aa overlap (1-386:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. :::
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP-T
: :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: ::.:: .
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRD----YGHSRRDESYS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 RGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSME-RG
:: . .: . .:. :.: :: : : . :: : :. : : : :
CCDS35 RGYR-NRRSSRETREYAPPSRGHG-YRDYGHSRRHESYSRGY-------RNHPSSRETRD
300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE4 YPPPRDSYSSSSRGAP---RGGGRGGSRSDRGGGRSRY
: ::. .:. . : . ..:: : : :
CCDS35 YAPPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSH
350 360 370 380 390 400
CCDS35 GAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLG
410 420 430 440 450 460
>>CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 1146 init1: 394 opt: 1199 Z-score: 595.4 bits: 119.3 E(32554): 7.7e-27
Smith-Waterman score: 1214; 52.9% identity (71.0% similar) in 393 aa overlap (1-386:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]