Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4366
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4366, 383 aa
1>>>pF1KE4366 383 - 383 aa - 383 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7128+/-0.000876; mu= 14.2735+/- 0.052
mean_var=65.6082+/-13.600, 0's: 0 Z-trim(105.8): 26 B-trim: 232 in 1/49
Lambda= 0.158342
statistics sampled from 8599 (8616) to 8599 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.265), width: 16
Scan time: 2.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1435.1 CHI3L1 gene_id:1116|Hs108|chr1 ( 383) 2605 604.0 7.3e-173
CCDS1436.1 CHIT1 gene_id:1118|Hs108|chr1 ( 466) 1389 326.2 3.7e-89
CCDS30802.1 CHI3L2 gene_id:1117|Hs108|chr1 ( 390) 1376 323.2 2.4e-88
CCDS30803.1 CHI3L2 gene_id:1117|Hs108|chr1 ( 380) 1336 314.1 1.3e-85
CCDS41368.1 CHIA gene_id:27159|Hs108|chr1 ( 476) 1309 307.9 1.2e-83
CCDS41367.1 CHI3L2 gene_id:1117|Hs108|chr1 ( 311) 1133 267.7 1e-71
CCDS834.1 OVGP1 gene_id:5016|Hs108|chr1 ( 678) 1130 267.1 3.3e-71
CCDS58057.1 CHIT1 gene_id:1118|Hs108|chr1 ( 447) 999 237.1 2.3e-62
CCDS832.1 CHIA gene_id:27159|Hs108|chr1 ( 368) 905 215.6 5.7e-56
CCDS58017.1 CHIA gene_id:27159|Hs108|chr1 ( 315) 745 179.0 5e-45
>>CCDS1435.1 CHI3L1 gene_id:1116|Hs108|chr1 (383 aa)
initn: 2605 init1: 2605 opt: 2605 Z-score: 3216.9 bits: 604.0 E(32554): 7.3e-173
Smith-Waterman score: 2605; 100.0% identity (100.0% similar) in 383 aa overlap (1-383:1-383)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGVKASQTGFVVLVLLQCCSAYKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFAN
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CCDS14 MGVKASQTGFVVLVLLQCCSAYKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFAN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 ISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 GKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYA
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CCDS14 GKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEIC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 DFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQ
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KE4 GSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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CCDS14 GSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
370 380
>>CCDS1436.1 CHIT1 gene_id:1118|Hs108|chr1 (466 aa)
initn: 1379 init1: 626 opt: 1389 Z-score: 1714.2 bits: 326.2 E(32554): 3.7e-89
Smith-Waterman score: 1389; 53.2% identity (80.5% similar) in 380 aa overlap (9-381:9-386)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGVKASQTGFVVLVLLQCCSAYKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFAN
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CCDS14 MVRSVAWAGFMVLLMIPWGSAAKLVCYFTNWAQYRQGEARFLPKDLDPSLCTHLIYAFAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 ISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFI
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CCDS14 MTNHQLSTTEWNDETLYQEFNGLKKMNPKLKTLLAIGGWNFGTQKFTDMVATANNRQTFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE4 KSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRR-----DKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQP-GKKQLLL
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CCDS14 NSAIRFLRKYSFDGLDLDWEYPGSQGSPAVDKERFTTLVQDLANAFQQEAQTSGKERLLL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 SAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRF
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CCDS14 SAAVPAGQTYVDAGYEVDKIAQNLDFVNLMAYDFHGSWEKVTGHNSPLYKRQEESGAAAS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 SNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASS-ETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGT
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CCDS14 LNVDAAVQQWLQKGTPASKLILGMPTYGRSFTLASSSDTRVGAPATGSGTPGPFTKEGGM
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 LAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWA
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CCDS14 LAYYEVCSW-KGATKQRIQDQKVPYIFRDNQWVGFDDVESFKTKVSYLKQKGLGGAMVWA
310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KE4 LDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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CCDS14 LDLDDFAGFSCNQG-RYPLIQTLRQELSLPYLPSGTPELEVPKPGQPSEPEHGPSPGQDT
360 370 380 390 400 410
>>CCDS30802.1 CHI3L2 gene_id:1117|Hs108|chr1 (390 aa)
initn: 1358 init1: 656 opt: 1376 Z-score: 1699.5 bits: 323.2 E(32554): 2.4e-88
Smith-Waterman score: 1376; 51.2% identity (80.0% similar) in 385 aa overlap (1-382:6-389)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MGVKASQTGFVVLVLLQCCSAYKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHII
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CCDS30 MGATTMDQKSLWAGVVVLLLLQGGSAYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 YSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQS
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CCDS30 YSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 RRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKE-AQPGKKQLLL
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CCDS30 RLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 SAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGT--TGHHSPLFRGQEDASPD
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CCDS30 TAGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 RFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAG
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CCDS30 SYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVW
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CCDS30 FLAYYEICQFLKGAKITRLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIW
310 320 330 340 350 360
360 370 380
pF1KE4 ALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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CCDS30 SIDMDDFTGKSCNQG-PYPLVQAVKRSLGSL
370 380 390
>>CCDS30803.1 CHI3L2 gene_id:1117|Hs108|chr1 (380 aa)
initn: 1318 init1: 656 opt: 1336 Z-score: 1650.3 bits: 314.1 E(32554): 1.3e-85
Smith-Waterman score: 1336; 51.4% identity (80.9% similar) in 366 aa overlap (20-382:15-379)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGVKASQTGFVVLVLLQCCSAYKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFAN
::::::::.:.::: :. :. :. .: :::.:.:::::.
CCDS30 MGATTMDQKSLWAGSAYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFAS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 ISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFI
: :... . ..: :: .:.::..::.:: :::.::. :::. : ..... :: ::
CCDS30 IENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE4 KSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKE-AQPGKKQLLLSAALS
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CCDS30 NSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTAGVS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 AGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGT--TGHHSPLFRGQEDASPDRFSNT
::. ::.::.. :... ::::.....::::.:. :::.::: .: .: .:. . :.
CCDS30 AGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYY
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CCDS30 EYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 EICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLD
:::.::.:: . :. ::::::.:::::::::: .:...:::.::. .:.:::.:..:.:
CCDS30 EICQFLKGAKITRLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMD
300 310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KE4 DFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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CCDS30 DFTGKSCNQG-PYPLVQAVKRSLGSL
360 370 380
>>CCDS41368.1 CHIA gene_id:27159|Hs108|chr1 (476 aa)
initn: 1262 init1: 542 opt: 1309 Z-score: 1615.3 bits: 307.9 E(32554): 1.2e-83
Smith-Waterman score: 1309; 51.2% identity (77.2% similar) in 381 aa overlap (8-380:8-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGVKASQTGFVVLVLLQCCSAYKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFAN
::.:... :: :::.:.::.:.:.::: : : .:: .: ::::.::.::.
CCDS41 MTKLILLTGLVLILNLQLGSAYQLTCYFTNWAQYRPGLGRFMPDNIDPCLCTHLIYAFAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 ISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFI
.:..: : :::::::: .: :::.: .:::::..::::::. :. ..:. ..:.:::
CCDS41 RQNNEITTIEWNDVTLYQAFNGLKNKNSQLKTLLAIGGWNFGTAPFTAMVSTPENRQTFI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE4 KSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRR-----DKQHFTTLIKEMKAEFIKEA-QPGKKQLLL
:: ::: . :::::. : ::: : ::. ::.:..::. : .:: : .: .:..
CCDS41 TSVIKFLRQYEFDGLDFDWEYPGSRGSPPQDKHLFTVLVQEMREAFEQEAKQINKPRLMV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 SAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRF
.::..:: .:.:.:.: ..::.::.: .::::.::.:.: ::..:::.. :.. . .
CCDS41 TAAVAAGISNIQSGYEIPQLSQYLDYIHVMTYDLHGSWEGYTGENSPLYKYPTDTGSNAY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 SNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLAS-SETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGT
:.::...: :::: ::..:.::.:..: :.. :.::.::: :: : : ..::.:
CCDS41 LNVDYVMNYWKDNGAPAEKLIVGFPTYGHNFILSNPSNTGIGAPTSGAGPAGPYAKESGI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 LAYYEICDFLR-GATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVW
:::::: ::. ::: :.:::: .:: :::::. .: :.:.:: ...:::::
CCDS41 WAYYEICTFLKNGATQGWDAPQEVPYAYQGNVWVGYDNIKSFDIKAQWLKHNKFGGAMVW
310 320 330 340 350 360
360 370 380
pF1KE4 ALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
:.::::: :.::.: .::: ...: ::
CCDS41 AIDLDDFTGTFCNQG-KFPLISTLKKALGLQSASCTAPAQPIEPITAAPSGSGNGSGSSS
370 380 390 400 410
>>CCDS41367.1 CHI3L2 gene_id:1117|Hs108|chr1 (311 aa)
initn: 1135 init1: 656 opt: 1133 Z-score: 1401.0 bits: 267.7 E(32554): 1e-71
Smith-Waterman score: 1133; 51.6% identity (81.6% similar) in 310 aa overlap (76-382:2-310)
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 LDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQR
:: .:.::..::.:: :::.::. :::.
CCDS41 MLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKG
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 FSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKE-
: ..... :: ::.:. :::.:.:::::..:.:: .... :::.::.:. : :.
CCDS41 FHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDF
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 AQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGT--TGHHSPL
.. :..:::.:..:::. ::.::.. :... ::::.....::::.:. :::.:::
CCDS41 TKSTKERLLLTAGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPL
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 FRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPG
.: .: .:. . :..::::: .. : :. :.::::::.:.::::::.:: :::: ::::
CCDS41 SKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPG
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 IPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLK
: .:. .: :::::::.::.:: . :. ::::::.:::::::::: .:...:::.::
CCDS41 AAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITRLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLK
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380
pF1KE4 DRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
. .:.:::.:..:.::: :. :.: .::..:.: .:..
CCDS41 NLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQG-PYPLVQAVKRSLGSL
280 290 300 310
>>CCDS834.1 OVGP1 gene_id:5016|Hs108|chr1 (678 aa)
initn: 991 init1: 342 opt: 1130 Z-score: 1391.8 bits: 267.1 E(32554): 3.3e-71
Smith-Waterman score: 1130; 46.8% identity (73.4% similar) in 380 aa overlap (9-380:9-382)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGVKASQTGFVVLVLLQCCSAYKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFAN
:.:... . .:.:::::.:.:.. : : .: .: :: :::::.:..::.
CCDS83 MWKLLLWVGLVLVLKHHDGAAHKLVCYFTNWAHSRPGPASILPHDLDPFLCTHLIFAFAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE4 ISNDHIDTWEWNDVT-LYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTF
..:..: . . .: :: .: ::.:: .::::::.::::::..::. . :. .:. :
CCDS83 MNNNQIVAKDLQDEKILYPEFNKLKERNRELKTLLSIGGWNFGTSRFTTMLSTFANREKF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 IKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRR-----DKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQ-PGKKQLL
: :: .:::: :::::: .:::: : :. : ::.:. : ::: . .::
CCDS83 IASVISLLRTHDFDGLDLFFLYPGLRGSPMHDRWTFLFLIEELLFAFRKEALLTMRPRLL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 LSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDR
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CCDS83 LSAAVSGVPHIVQTSYDVRFLGRLLDFINVLSYDLHGSWERFTGHNSPLFSLPED--P--
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]