Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4329
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4329, 334 aa
1>>>pF1KE4329 334 - 334 aa - 334 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6147+/-0.00106; mu= 13.7623+/- 0.064
mean_var=59.5347+/-12.398, 0's: 0 Z-trim(101.6): 33 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.166222
statistics sampled from 6577 (6601) to 6577 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.567), E-opt: 0.2 (0.203), width: 16
Scan time: 2.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8691.1 LDHB gene_id:3945|Hs108|chr12 ( 334) 2161 527.0 8.3e-150
CCDS7839.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 332) 1720 421.2 5.6e-118
CCDS53609.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 361) 1720 421.3 6.1e-118
CCDS7840.1 LDHC gene_id:3948|Hs108|chr11 ( 332) 1584 388.6 3.7e-108
CCDS10171.1 LDHAL6B gene_id:92483|Hs108|chr15 ( 381) 1516 372.3 3.4e-103
CCDS7841.1 LDHAL6A gene_id:160287|Hs108|chr11 ( 332) 1504 369.4 2.2e-102
CCDS53611.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 241) 1283 316.4 1.5e-86
CCDS53610.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 274) 1243 306.8 1.3e-83
CCDS44549.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 274) 1023 254.1 9.7e-68
CCDS58122.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 341) 514 132.0 6.6e-31
CCDS58123.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 357) 514 132.0 6.9e-31
CCDS7843.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 379) 514 132.1 7.3e-31
CCDS58124.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 449) 514 132.1 8.6e-31
CCDS41624.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 471) 514 132.1 8.9e-31
>>CCDS8691.1 LDHB gene_id:3945|Hs108|chr12 (334 aa)
initn: 2161 init1: 2161 opt: 2161 Z-score: 2803.0 bits: 527.0 E(32554): 8.3e-150
Smith-Waterman score: 2161; 100.0% identity (100.0% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLK
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CCDS86 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSKIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 GEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSKIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 IIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKLSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 IIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKLSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 IHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVSLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 IHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVSLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 EVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRIHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 EVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRIHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARG
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE4 LTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKDLKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 LTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKDLKDL
310 320 330
>>CCDS7839.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 (332 aa)
initn: 1712 init1: 1668 opt: 1720 Z-score: 2231.5 bits: 421.2 E(32554): 5.6e-118
Smith-Waterman score: 1720; 75.6% identity (93.7% similar) in 332 aa overlap (1-332:1-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLK
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CCDS78 MATLKDQLIYNLLKEEQT-PQNKITVVGVGAVGMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSKIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKF
:::::::::::::.:::::. :::.::::::.:..:::.:::::::::::::::::.:::
CCDS78 GEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 IIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKLSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLG
:::..:::::.: ...:::::::::::.::.::.::.::::::::::::::::::.:.::
CCDS78 IIPNVVKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKISGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYLMGERLG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 IHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVSLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAY
.:: :::::.::::::::: ::::.:::::::. :.:..:::.:.:.::::::.::::::
CCDS78 VHPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDLGTDKDKEQWKEVHKQVVESAY
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 EVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRIHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARG
:::::::::.:::::::::: ::..::: :.::::::.::.:::...::::.::::. :
CCDS78 EVIKLKGYTSWAIGLSVADLAESIMKNLRRVHPVSTMIKGLYGIKDDVFLSVPCILGQNG
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KE4 LTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKDLKDL
...... : ..: :.::::::::: :::.:.
CCDS78 ISDLVKVTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKELQF
300 310 320 330
>>CCDS53609.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 (361 aa)
initn: 1712 init1: 1668 opt: 1720 Z-score: 2230.9 bits: 421.3 E(32554): 6.1e-118
Smith-Waterman score: 1720; 75.6% identity (93.7% similar) in 332 aa overlap (1-332:30-360)
10 20 30
pF1KE4 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQ
:::::..:: . .:: : :.:::::::::
CCDS53 MGEPSGGYTYTQTSIFLFHAKIPFGSKSNMATLKDQLIYNLLKEEQT-PQNKITVVGVGA
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 VGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLKGEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSK
:::::::::: :.::::::::::.::::::::::::::::::.:::::. :::.::::::
CCDS53 VGMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLKGEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSK
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 IVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKFIIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKL
.:..:::.:::::::::::::::::.::::::..:::::.: ...:::::::::::.::.
CCDS53 LVIITAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKFIIPNVVKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKI
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 SGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLGIHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVS
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CCDS53 SGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYLMGERLGVHPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVS
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 LQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAYEVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRI
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CCDS53 LKTLHPDLGTDKDKEQWKEVHKQVVESAYEVIKLKGYTSWAIGLSVADLAESIMKNLRRV
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 HPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARGLTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKDL
::::::.::.:::...::::.::::. :...... : ..: :.::::::::: :::.:
CCDS53 HPVSTMIKGLYGIKDDVFLSVPCILGQNGISDLVKVTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKEL
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 KDL
.
CCDS53 QF
360
>>CCDS7840.1 LDHC gene_id:3948|Hs108|chr11 (332 aa)
initn: 1554 init1: 1554 opt: 1584 Z-score: 2055.3 bits: 388.6 E(32554): 3.7e-108
Smith-Waterman score: 1584; 69.8% identity (90.9% similar) in 331 aa overlap (1-331:1-330)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLK
:.:.::.:: . :.. . . :::.::.: :::::::::: :.:::::::::: ::::
CCDS78 MSTVKEQLIEKLIEDDEN-SQCKITIVGTGAVGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSKIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKF
::::::::::::..: ::.. :::::.:::.::.::::.::::::.:: :::::: ..:
CCDS78 GEMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSRIVIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 IIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKLSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLG
::: ::.::::: :.:::::::::::..::.:::: :::::::::::::::::..::::
CCDS78 IIPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKISGLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 IHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVSLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAY
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CCDS78 VHPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVALKTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAY
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 EVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRIHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARG
:.:::::::.::::::: ::. :.:::: :.:::::::::.:::..:.:::.::.:. :
CCDS78 EIIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRVHPVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNG
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KE4 LTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKDLKDL
...:.. .:...: : .::::.:::.:::::
CCDS78 VSDVVKINLNSEEEALFKKSAETLWNIQKDLIF
300 310 320 330
>>CCDS10171.1 LDHAL6B gene_id:92483|Hs108|chr15 (381 aa)
initn: 1518 init1: 1498 opt: 1516 Z-score: 1966.1 bits: 372.3 E(32554): 3.4e-103
Smith-Waterman score: 1516; 66.9% identity (88.6% similar) in 332 aa overlap (1-332:50-380)
10 20 30
pF1KE4 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVG
:::.: .:: . :. : ..:....:.:
CCDS10 NFLCLGMALCPRQATRIPLNGTWLFTPVSKMATVKSELIERFTSEKP-VHHSKVSIIGTG
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 QVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLKGEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANS
.:::::::::: :.:.:::::::. ::::::: ::::::: : . :.:: .::: :::::
CCDS10 SVGMACAISILLKGLSDELALVDLDEDKLKGETMDLQHGSPFTKMPNIVCSKDYFVTANS
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 KIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKFIIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWK
..:..:::.::..::.::::::::: .::..: .::.::: : .:.:::::::::::.::
CCDS10 NLVIITAGARQEKGETRLNLVQRNVAIFKLMISSIVQYSPHCKLIIVSNPVDILTYVAWK
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 LSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLGIHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGV
::..::.:.::::::::.::::.:...::::: ::::::::::::::: ::::::.:::
CCDS10 LSAFPKNRIIGSGCNLDTARFRFLIGQKLGIHSESCHGWILGEHGDSSVPVWSGVNIAGV
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 SLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAYEVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSR
:..:: ..:::.: :.::.::: :. .:::.::.::::.:::::::::: ::.:::: :
CCDS10 PLKDLNSDIGTDKDPEQWKNVHKEVTATAYEIIKMKGYTSWAIGLSVADLTESILKNLRR
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 IHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARGLTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKD
::::::..::.:::..:::::.::::. :.:..:. :: .: :.::::: :::.::.
CCDS10 IHPVSTIIKGLYGIDEEVFLSIPCILGENGITNLIKIKLTPEEEAHLKKSAKTLWEIQNK
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 LKDL
::
CCDS10 LKL
380
>>CCDS7841.1 LDHAL6A gene_id:160287|Hs108|chr11 (332 aa)
initn: 1468 init1: 1468 opt: 1504 Z-score: 1951.6 bits: 369.4 E(32554): 2.2e-102
Smith-Waterman score: 1504; 65.7% identity (90.1% similar) in 332 aa overlap (1-332:1-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLK
:::.: .:: ::::: . .:::..::.:.::.::::::: :.:.:::.:::: : :::
CCDS78 MATIKSELIKNFAEEEA-IHHNKISIVGTGSVGVACAISILLKGLSDELVLVDVDEGKLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSKIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKF
:: ::::::: :.. :.::..::: :::::..:..:::.::..::.::.::::::..::.
CCDS78 GETMDLQHGSPFMKMPNIVSSKDYLVTANSNLVIITAGARQKKGETRLDLVQRNVSIFKL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 IIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKLSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLG
.::.:..::: : ...:.:::::::::.:::::.::.::::::::::::::::.....::
CCDS78 MIPNITQYSPHCKLLIVTNPVDILTYVAWKLSGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYFIGQRLG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 IHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVSLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAY
:: :::: :::::::::: ::::::.::: :..:::..:::.: :.:..::: :. :.:
CCDS78 IHSESCHGLILGEHGDSSVPVWSGVNIAGVPLKDLNPDIGTDKDPEQWENVHKKVISSGY
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 EVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRIHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARG
:..:.::::.:.:.:::::: ::.:::: :.:::::. ::.:::....:::.::::. :
CCDS78 EMVKMKGYTSWGISLSVADLTESILKNLRRVHPVSTLSKGLYGINEDIFLSVPCILGENG
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KE4 LTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKDLKDL
.:..:. :: .: : :.:::.:::.:::.::
CCDS78 ITDLIKVKLTLEEEACLQKSAETLWEIQKELKL
300 310 320 330
>>CCDS53611.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 (241 aa)
initn: 1275 init1: 1231 opt: 1283 Z-score: 1667.5 bits: 316.4 E(32554): 1.5e-86
Smith-Waterman score: 1283; 77.9% identity (94.6% similar) in 240 aa overlap (1-240:1-239)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLK
:::::..:: . .:: : :.::::::::: :::::::::: :.::::::::::.:::::
CCDS53 MATLKDQLIYNLLKEEQT-PQNKITVVGVGAVGMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSKIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKF
:::::::::::::.:::::. :::.::::::.:..:::.:::::::::::::::::.:::
CCDS53 GEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 IIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKLSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLG
:::..:::::.: ...:::::::::::.::.::.::.::::::::::::::::::.:.::
CCDS53 IIPNVVKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKISGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYLMGERLG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 IHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVSLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAY
.:: :::::.::::::::: ::::.:::::::. :.:..:::.:.:.::::::.::: ..
CCDS53 VHPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDLGTDKDKEQWKEVHKQVVERVF
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 EVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRIHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARG
CCDS53 TE
240
>>CCDS53610.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 (274 aa)
initn: 1206 init1: 1206 opt: 1243 Z-score: 1614.7 bits: 306.8 E(32554): 1.3e-83
Smith-Waterman score: 1243; 78.7% identity (94.8% similar) in 230 aa overlap (1-230:1-229)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLK
:::::..:: . .:: : :.::::::::: :::::::::: :.::::::::::.:::::
CCDS53 MATLKDQLIYNLLKEEQT-PQNKITVVGVGAVGMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
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:::::::::::::.:::::. :::.::::::.:..:::.:::::::::::::::::.:::
CCDS53 GEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKF
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:::..:::::.: ...:::::::::::.::.::.::.::::::::::::::::::.:.::
CCDS53 IIPNVVKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKISGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYLMGERLG
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190 200 210 220 230 240
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.:: :::::.::::::::: ::::.:::::::. :.:..:::.:.:.:::
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240 250 260 270
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:::::::::::::.:::::. :
CCDS44 GEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGK--------------------------------------
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:::::::.::.::.::.::::::::::::::::::.:.::
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.:: :::::.::::::::: ::::.:::::::. :.:..:::.:.:.::::::.::::::
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:::::::::.:::::::::: ::..::: :.::::::.::.:::...::::.::::. :
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...... : ..: :.::::::::: :::.:.
CCDS44 ISDLVKVTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKELQF
250 260 270
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10 20 30 40
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:. :: ::::::: :..:.::...: .:.
CCDS58 DEARQVDLLAYIAKITEGVSDTNSKSWANHENKTV--NKITVVGGGELGIACTLAISAKG
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.::.:.:.: : . :: :::. ... :.. .:: :..:.::.:. :.. .
CCDS58 IADRLVLLD-LSEGTKGATMDLE----IFNLPNVEISKDLSASAHSKVVIFTVN-SLGSS
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CCDS58 QSYLDVVQSNVDMFRALVPALGHYSQHSVLLVASQPVEIMTYVTWKLSTFPANRVIGIGC
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:::: :..:.... : . :. . :..::.:...: .:::
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290 300 310 320 330 340
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]