Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4286
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4286, 1631 aa
1>>>pF1KE4286 1631 - 1631 aa - 1631 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4830+/-0.00051; mu= 18.4308+/- 0.032
mean_var=107.7539+/-21.783, 0's: 0 Z-trim(110.3): 95 B-trim: 196 in 1/58
Lambda= 0.123554
statistics sampled from 18517 (18612) to 18517 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.555), E-opt: 0.2 (0.218), width: 16
Scan time: 18.470
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003861 (OMIM: 603379) ras GTPase-activating-lik (1657) 5923 1068.3 0
NP_001272389 (OMIM: 605401) ras GTPase-activating- (1525) 3728 677.0 3.3e-193
XP_005248467 (OMIM: 605401) PREDICTED: ras GTPase- (1548) 3728 677.0 3.3e-193
NP_006624 (OMIM: 605401) ras GTPase-activating-lik (1575) 3728 677.0 3.4e-193
XP_005248471 (OMIM: 605401) PREDICTED: ras GTPase- (1128) 3273 595.8 6.7e-169
XP_011541410 (OMIM: 605401) PREDICTED: ras GTPase- (1128) 3273 595.8 6.7e-169
NP_001272391 (OMIM: 605401) ras GTPase-activating- (1071) 2828 516.5 4.9e-145
NP_001272390 (OMIM: 605401) ras GTPase-activating- (1071) 2828 516.5 4.9e-145
XP_016864449 (OMIM: 605401) PREDICTED: ras GTPase- (1518) 2828 516.6 6.4e-145
NP_001317706 (OMIM: 611714) GTPase-activating prot (1412) 179 44.4 0.0084
XP_005251961 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1433) 179 44.4 0.0085
NP_001317707 (OMIM: 611714) GTPase-activating prot (1433) 179 44.4 0.0085
XP_016870098 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1433) 179 44.4 0.0085
NP_001269610 (OMIM: 611714) GTPase-activating prot (1439) 179 44.4 0.0086
XP_016870097 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1439) 179 44.4 0.0086
XP_006717107 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1439) 179 44.4 0.0086
XP_016870095 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1439) 179 44.4 0.0086
XP_016870096 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1439) 179 44.4 0.0086
XP_016870094 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1460) 179 44.4 0.0087
XP_016870092 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1460) 179 44.4 0.0087
XP_005251958 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1460) 179 44.4 0.0087
XP_011516809 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1460) 179 44.4 0.0087
XP_016870090 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1460) 179 44.4 0.0087
NP_001269609 (OMIM: 611714) GTPase-activating prot (1460) 179 44.4 0.0087
XP_016870093 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1460) 179 44.4 0.0087
XP_016870091 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1460) 179 44.4 0.0087
XP_011516808 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1466) 179 44.4 0.0087
NP_001269608 (OMIM: 611714) GTPase-activating prot (1478) 179 44.4 0.0088
NP_056450 (OMIM: 611714) GTPase-activating protein (1487) 179 44.4 0.0088
XP_011516801 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1487) 179 44.4 0.0088
XP_011516802 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1487) 179 44.4 0.0088
XP_011516804 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1487) 179 44.4 0.0088
XP_016870089 (OMIM: 611714) PREDICTED: GTPase-acti (1487) 179 44.4 0.0088
>>NP_003861 (OMIM: 603379) ras GTPase-activating-like pr (1657 aa)
initn: 4879 init1: 1813 opt: 5923 Z-score: 5703.7 bits: 1068.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6380; 59.4% identity (83.8% similar) in 1636 aa overlap (14-1631:24-1657)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MERRAAGPGWAAYERLTAEEMDEQRRQNVAYQYLCRLEEAKRWMEACLKE
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NP_003 MSAADEVDGLGVARPHYGSVLDNERLTAEEMDERRRQNVAYEYLCHLEEAKRWMEACLGE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 ELPSPVELEESLRNGVLLAKLGHCFAPSVVPLKKIYDVEQLRYQATGLHFRHTDNINFWL
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NP_003 DLPPTTELEEGLRNGVYLAKLGNFFSPKVVSLKKIYDREQTRYKATGLHFRHTDNVIQWL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 SAIAHIGLPSTFFPETTDIYDKKNMPRVVYCIHALSLFLFRLGLAPQIHDLYGKVKFTAE
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NP_003 NAMDEIGLPKIFYPETTDIYDRKNMPRCIYCIHALSLYLFKLGLAPQIQDLYGKVDFTEE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 ELSNMASELAKYGLQLPAFSKIGGILANELSVDEAAVHAAVLAINEAVERGVVEDTLAAL
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NP_003 EINNMKTELEKYGIQMPAFSKIGGILANELSVDEAALHAAVIAINEAIDRRIPADTFAAL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KE4 QNPSALLENLREPLAAVYQEMLAQAKMEKAANARN---HDDRESQDIYDHYLTQAEIQGN
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NP_003 KNPNAMLVNLEEPLASTYQDILYQAKQDKMTNAKNRTENSERE-RDVYEELLTQAEIQGN
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 INHVNAHGALEVVDDALERQSPEALLKALQDPALALRGVRRDFADWYLEQLNSDREQKAQ
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NP_003 INKVNTFSALANIDLALEQGDALALFRALQSPALGLRGLQQQNSDWYLKQLLSDKQQKRQ
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 ELGLVELLEKEEVQAGVAAANTKGDQEQAMLHAVQRINKAIRRGVAADTVKELMCPEAQL
: .. :.:::.:.:: :::. ..: : : :: :: ::..::: :: ::: :::::
NP_003 S-GQTDPLQKEELQSGVDAANSAAQQYQRRLAAVALINAAIQKGVAEKTVLELMNPEAQL
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 PPVYPVASSMYQLELAVLQQQQGE--LGQEELFVAVEMLSAVVLINRALEARDASGFWSS
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NP_003 PQVYPFAADLYQKELATLQRQSPEHNLTHPELSVAVEMLSSVALINRALESGDVNTVWKQ
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 LVNPATGLAEVEGENAQRYFDALLKLR-QERGMGEDFLSWNDLQATVSQVNAQTQEETDR
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NP_003 LSSSVTGLTNIEEENCQRYLDELMKLKAQAHAENNEFITWNDIQACVDHVNLVVQEEHER
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KE4 VLAVSLINEALDKGSPEKTLSALLLPAAGLDDVSLPVAPRYHLLLVAAKRQKAQVTGDPG
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NP_003 ILAIGLINEALDEGDAQKTLQALQIPAAKLEGVLAEVAQHYQDTLIRAKREKAQEIQDES
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KE4 AVLWLEEIRQGVVRANQDTNTAQRMALGVAAINQAIKEGKAAQTERVLRNPAVALRGVVP
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NP_003 AVLWLDEIQGGIWQSNKDTQEAQKFALGIFAINEAVESGDVGKTLSALRSPDVGLYGVIP
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KE4 DCANGYQRALESAMAKKQCPADT-AFWVQHDMKDGTAYYFHLQTFQGIWEQPPGCPLNTS
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NP_003 ECGETYHSDLAEAKKKKLAVGDNNSKWVKHWVKGGYYYYHNLETQEGGWDEPPNFVQNSM
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KE4 HLTREEIQSAVTKVTAAYDRQQLWKANVGFVIQLQARLRGFLVRQKFAEHSHFLRTWLPA
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NP_003 QLSREEIQSSISGVTAAYNREQLWLANEGLITRLQARCRGYLVRQEFRSRMNFLKKQIPA
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KE4 VIKIQAHWRGYRQRKIYLEWLQYFKANLDAIIKIQAWARMWAARRQYLRRLHYFQKNVNS
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NP_003 ITCIQSQWRGYKQKKAYQDRLAYLRSHKDEVVKIQSLARMHQARKRYRDRLQYFRDHIND
780 790 800 810 820 830
830 840 850 860 870 880
pF1KE4 IVKIQAFFRARKAQDDYRILVHAPHPPLSVVRRFAHLLNQSQQDFLAEAELLKLQEEVVR
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NP_003 IIKIQAFIRANKARDDYKTLINAEDPPMVVVRKFVHLLDQSDQDFQEELDLMKMREEVIT
840 850 860 870 880 890
890 900 910 920 930 940
pF1KE4 KIRSNQQLEQDLNIMDIKIGLLVKNRITLQEVVSHCKKLTKRNKEQLSDMMVLDKQKG-L
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NP_003 LIRSNQQLENDLNLMDIKIGLLVKNKITLQDVVSHSKKLTKKNKEQLSDMMMINKQKGGL
900 910 920 930 940 950
950 960 970 980 990 1000
pF1KE4 KSLSKEKRQKLEAYQHLFYLLQTQPIYLAKLIFQMPQNKTTKFMEAVIFSLYNYASSRRE
:.::::::.::::::::::::::.: :::::::::::::.::::..:::.::::::..::
NP_003 KALSKEKREKLEAYQHLFYLLQTNPTYLAKLIFQMPQNKSTKFMDSVIFTLYNYASNQRE
960 970 980 990 1000 1010
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KE4 AYLLLQLFKTALQEEIKSKVEQPQDVVTGNPTVVRLVVRFYRNGRGQSALQEILGKVIQD
::::.::::::::::::::.: :..:::::::...:: : :..:::.::..::. :...
NP_003 EYLLLRLFKTALQEEIKSKVDQIQEIVTGNPTVIKMVVSFNRGARGQNALRQILAPVVKE
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KE4 VLEDKVLSVHTDPVHLYKNWINQTEAQTGQRSHLPYDVTPEQALSHPEVQRRLDIALRNL
...:: :...:::: .::.:.:: :.:::. :.:::::::::::.: ::. ::: ..::.
NP_003 IMDDKSLNIKTDPVDIYKSWVNQMESQTGEASKLPYDVTPEQALAHEEVKTRLDSSIRNM
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KE4 LAMTDKFLLAITSSVDQIPYGMRYVAKVLKATLAEKFPDATDSEVYKVVGNLLYYRFLNP
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NP_003 RAVTDKFLSAIVSSVDKIPYGMRFIAKVLKDSLHEKFPDAGEDELLKIIGNLLYYRYMNP
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KE4 AVVAPDAFDIVAMAAGGALAAPQRHALGAVAQLLQHAAAGKAFSGQSQHLRVLNDYLEET
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NP_003 AIVAPDAFDIIDLSAGGQLTTDQRRNLGSIAKMLQHAASNKMFLGDNAHLSIINEYLSQS
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KE4 HLKFRKFIHRACQVPEPEERFAVDEYSDMVAVAKPMVYITVGELVNTHRLLLEHQDCIAP
. :::.:.. ::.::: ...: ::::::.:...::..::..::..::: :::.::: :::
NP_003 YQKFRRFFQTACDVPELQDKFNVDEYSDLVTLTKPVIYISIGEIINTHTLLLDHQDAIAP
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1310 1320 1330 1340 1350
pF1KE4 DHQDPLHELLEDLGELPTIPDLIGES---IAADGHTDLSKLEVSLTLTNKFEGLEADADD
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NP_003 EHNDPIHELLDDLGEVPTIESLIGESSGNLNDPNKEALAKTEVSLTLTNKFDVPGDENAE
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KE4 SNTRSLLLSTKQLLADIIQFHPGDTLKEILSLSASREQEAAHKQLMSRRQACTAQTPEPL
..:..::.::.:..:.:.:.::.:: ::: :. :::: :.. :.:: :.::. .
NP_003 MDARTILLNTKRLIVDVIRFQPGETLTEILETPATSEQEAEHQRAMQRRAIRDAKTPDKM
1380 1390 1400 1410 1420 1430
1420 1430 1440 1450 1460 1470
pF1KE4 RRHRSLTAHSLLPLAEKQRRVLRNLRRLEALGLVSARNGYQGLVDELAKDIRNQHRHRHR
.. .:. : : : ::.... .:..: :: :. .: :: :....:.:::::.:.:.:
NP_003 KKSKSVKEDSNLTLQEKKEKIQTGLKKLTELGTVDPKNKYQELINDIARDIRNQRRYRQR
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1480 1490 1500 1510 1520 1530
pF1KE4 RKAELVKLQATLQGLSTKTTFYEEQGDYYSQYIRACLDHLAPDSKSS-------GKGKKQ
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NP_003 RKAELVKLQQTYAALNSKATFYGEQVDYYKSYIKTCLDNLASKGKVSKKPREMKGKKSKK
1500 1510 1520 1530 1540 1550
1540 1550 1560 1570 1580 1590
pF1KE4 PSLHYTAAQLLEKGVLVEIEDLPASHFRNVIFDITPGDEAGKFEVNAKFLGVDMERFQLH
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NP_003 ISLKYTAARLHEKGVLLEIEDLQVNQFKNVIFEISPTEEVGDFEVKAKFMGVQMETFMLH
1560 1570 1580 1590 1600 1610
1600 1610 1620 1630
pF1KE4 YQDLLQLQYEGVAVMKLFNKAKVNVNLLIFLLNKKFLRK
::::::::::::::::::..:::::::::::::::: :
NP_003 YQDLLQLQYEGVAVMKLFDRAKVNVNLLIFLLNKKFYGK
1620 1630 1640 1650
>>NP_001272389 (OMIM: 605401) ras GTPase-activating-like (1525 aa)
initn: 3786 init1: 1801 opt: 3728 Z-score: 3589.7 bits: 677.0 E(85289): 3.3e-193
Smith-Waterman score: 4932; 49.4% identity (75.7% similar) in 1613 aa overlap (44-1631:1-1525)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 ERLTAEEMDEQRRQNVAYQYLCRLEEAKRWMEACLKEELPSPVELEESLRNGVLLAKLGH
::.:: :::: .::::.::::: ::::..
NP_001 MEVCLVEELPPTTELEEGLRNGVYLAKLAK
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 CFAPSVVPLKKIYDVEQLRYQATGLHFRHTDNINFWLSAIAHIGLPSTFFPETTDIYDKK
:::..: :::::::: ::. .::::::::: :: :. ::::. :.:::::.::.:
NP_001 FFAPKMVSEKKIYDVEQTRYKKSGLHFRHTDNTVQWLRAMESIGLPKIFYPETTDVYDRK
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 NMPRVVYCIHALSLFLFRLGLAPQIHDLYGKVKFTAEELSNMASELAKYGLQLPAFSKIG
:.::..::::::::.::.::.::::.:: ::: :: ::.::: .:: :::.:.:.:::::
NP_001 NIPRMIYCIHALSLYLFKLGIAPQIQDLLGKVDFTEEEISNMRKELEKYGIQMPSFSKIG
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 GILANELSVDEAAVHAAVLAINEAVERGVVEDTLAALQNPSALLENLREPLAAVYQEMLA
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NP_001 GILANELSVDEAALHAAVIAINEAVEKGIAEQTVVTLRNPNAVLTLVDDNLAPEYQKELW
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 QAKMEKAANARNHDD---RESQDIYDHYLTQAEIQGNINHVNAHGALEVVDDALERQSPE
.:: .: ::: ... .: .: :.. :::::::::::.:: ..:.. .. .. ::
NP_001 DAKKKKEENARLKNSCISEEERDAYEELLTQAEIQGNINKVNRQAAVDHINAVI----PE
220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 ALLKALQDPALALRGVRRDFADWYLEQLNSDREQKAQELGLVELLEKEEVQAGVAAANTK
NP_001 ------------------------------------------------------------
380 390 400 410 420
pF1KE4 GDQEQAMLHAVQRINKAIRRGVAADTVKELMCPEAQLPPVYPVASSMYQLELAVLQQQQ-
:: :...: :... :::::: ::: :..::: :: ::.:.
NP_001 GDPENTLL--------ALKK------------PEAQLPAVYPFAAAMYQNELFNLQKQNT
270 280 290 300
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 -GELGQEELFVAVEMLSAVVLINRALEARDASGFWSSLVNPATGLAEVEGENAQRYFDAL
. :..:::..::::::::.:.:.:::. : . ..: .:: :: ... ..:: ..:
NP_001 MNYLAHEELLIAVEMLSAVALLNQALESNDLVSVQNQLRSPAIGLNNLDKAYVERYANTL
310 320 330 340 350 360
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 LKLRQER-GMGEDFLSWNDLQATVSQVNAQTQEETDRVLAVSLINEALDKGSPEKTLSAL
:... : ..:.: ::::..: ...:::: :::.:::.::. ::::.:.:.: .:: .:
NP_001 LSVKLEVLSQGQDNLSWNEIQNCIDMVNAQIQEENDRVVAVGYINEAIDEGNPLRTLETL
370 380 390 400 410 420
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 LLPAAGLDDVSLPVAPRYHLLLVAAKRQKAQVTGDPGAVLWLEEIRQGVVRANQDTNTAQ
:::.:...::. : .:. .: :: :: . . . ::::.::.:.: :: : . :.
NP_001 LLPTANISDVDPAHAQHYQDVLYHAKSQKLGDSESVSKVLWLDEIQQAVDDANVDEDRAK
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:: :...: :... :::::: :
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:: :..::: :: ::.:. . :..:::..::::::::.:.:.:::. : . ..: .
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:: :: ... ..:: ..::... : ..:.: ::::..: ...:::: :::.:::.:
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:::: :.::.::: :.. : : : :.:.:::.: :: .::..:: ::.::. . : ::
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1120
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]