Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4273
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4273, 1189 aa
1>>>pF1KE4273 1189 - 1189 aa - 1189 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1466+/-0.00109; mu= 18.8155+/- 0.066
mean_var=94.4176+/-18.908, 0's: 0 Z-trim(104.9): 62 B-trim: 35 in 1/49
Lambda= 0.131992
statistics sampled from 8081 (8134) to 8081 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.607), E-opt: 0.2 (0.25), width: 16
Scan time: 4.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7588.1 TDRD1 gene_id:56165|Hs108|chr10 (1189) 7964 1527.9 0
CCDS55017.1 TDRD6 gene_id:221400|Hs108|chr6 (2066) 414 90.4 5e-17
CCDS34470.1 TDRD6 gene_id:221400|Hs108|chr6 (2096) 414 90.4 5e-17
CCDS41395.1 TDRKH gene_id:11022|Hs108|chr1 ( 516) 301 68.5 4.8e-11
CCDS41394.1 TDRKH gene_id:11022|Hs108|chr1 ( 561) 301 68.5 5.2e-11
>>CCDS7588.1 TDRD1 gene_id:56165|Hs108|chr10 (1189 aa)
initn: 7964 init1: 7964 opt: 7964 Z-score: 8192.7 bits: 1527.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7964; 100.0% identity (100.0% similar) in 1189 aa overlap (1-1189:1-1189)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSVKSPFNVMSRNNLEAPPCKMTEPFNFEKNENKLPPHESLRSPGTLPNHPNFRLKSSEN
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CCDS75 MSVKSPFNVMSRNNLEAPPCKMTEPFNFEKNENKLPPHESLRSPGTLPNHPNFRLKSSEN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GNKKNNFLLCEQTKQYLASQEDNSVSSNPNGINGEVVGSKGDRKKLPAGNSVSPPSAESN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GNKKNNFLLCEQTKQYLASQEDNSVSSNPNGINGEVVGSKGDRKKLPAGNSVSPPSAESN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 SPPKEVNIKPGNNVRPAKSKKLNKLVENSLSISNPGLFTSLGPPLRSTTCHRCGLFGSLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SPPKEVNIKPGNNVRPAKSKKLNKLVENSLSISNPGLFTSLGPPLRSTTCHRCGLFGSLR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 CSQCKQTYYCSTACQRRDWSAHSIVCRPVQPNFHKLENKSSIETKDVEVNNKSDCPLGVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 CSQCKQTYYCSTACQRRDWSAHSIVCRPVQPNFHKLENKSSIETKDVEVNNKSDCPLGVT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 KEIAIWAERIMFSDLRSLQLKKTMEIKGTVTEFKHPGDFYVQLYSSEVLEYMNQLSASLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KEIAIWAERIMFSDLRSLQLKKTMEIKGTVTEFKHPGDFYVQLYSSEVLEYMNQLSASLK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 ETYANVHEKDYIPVKGEVCIAKYTVDQTWNRAIIQNVDVQQKKAHVLYIDYGNEEIIPLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ETYANVHEKDYIPVKGEVCIAKYTVDQTWNRAIIQNVDVQQKKAHVLYIDYGNEEIIPLN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 RIYHLNRNIDLFPPCAIKCFVANVIPAEGNWSSDCIKATKPLLMEQYCSIKIVDILEEEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RIYHLNRNIDLFPPCAIKCFVANVIPAEGNWSSDCIKATKPLLMEQYCSIKIVDILEEEV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 VTFAVEVELPNSGKLLDHVLIEMGYGLKPSGQDSKKENADQSDPEDVGKMTTENNIVVDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VTFAVEVELPNSGKLLDHVLIEMGYGLKPSGQDSKKENADQSDPEDVGKMTTENNIVVDK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 SDLIPKVLTLNVGDEFCGVVAHIQTPEDFFCQQLQSGRKLAELQASLSKYCDQLPPRSDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SDLIPKVLTLNVGDEFCGVVAHIQTPEDFFCQQLQSGRKLAELQASLSKYCDQLPPRSDF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 YPAIGDICCAQFSEDDQWYRASVLAYASEESVLVGYVDYGNFEILSLMRLCPIIPKLLEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YPAIGDICCAQFSEDDQWYRASVLAYASEESVLVGYVDYGNFEILSLMRLCPIIPKLLEL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 PMQAIKCVLAGVKPSLGIWTPEAICLMKKLVQNKIITVKVVDKLENSSLVELIDKSETPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PMQAIKCVLAGVKPSLGIWTPEAICLMKKLVQNKIITVKVVDKLENSSLVELIDKSETPH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 VSVSKVLLDAGFAVGEQSMVTDKPSDVKETSVPLGVEGKVNPLEWTWVELGVDQTVDVVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VSVSKVLLDAGFAVGEQSMVTDKPSDVKETSVPLGVEGKVNPLEWTWVELGVDQTVDVVV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 CVIYSPGEFYCHVLKEDALKKLNDLNKSLAEHCQQKLPNGFKAEIGQPCCAFFAGDGSWY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 CVIYSPGEFYCHVLKEDALKKLNDLNKSLAEHCQQKLPNGFKAEIGQPCCAFFAGDGSWY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE4 RALVKEILPNGHVKVHFVDYGNIEEVTADELRMISSTFLNLPFQGIRCQLADIQSRNKHW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RALVKEILPNGHVKVHFVDYGNIEEVTADELRMISSTFLNLPFQGIRCQLADIQSRNKHW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE4 SEEAITRFQMCVAGIKLQARVVEVTENGIGVELTDLSTCYPRIISDVLIDEHLVLKSASP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SEEAITRFQMCVAGIKLQARVVEVTENGIGVELTDLSTCYPRIISDVLIDEHLVLKSASP
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE4 HKDLPNDRLVNKHELQVHVQGLQATSSAEQWKTIELPVDKTIQANVLEIISPNLFYALPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HKDLPNDRLVNKHELQVHVQGLQATSSAEQWKTIELPVDKTIQANVLEIISPNLFYALPK
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE4 GMPENQEKLCMLTAELLEYCNAPKSRPPYRPRIGDACCAKYTSDDFWYRAVVLGTSDTDV
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CCDS75 GMPENQEKLCMLTAELLEYCNAPKSRPPYRPRIGDACCAKYTSDDFWYRAVVLGTSDTDV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE4 EVLYADYGNIETLPLCRVQPITSSHLALPFQIIRCSLEGLMELNGSSSQLIIMLLKNFML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EVLYADYGNIETLPLCRVQPITSSHLALPFQIIRCSLEGLMELNGSSSQLIIMLLKNFML
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE4 NQNVMLSVKGITKNVHTVSVEKCSENGTVDVADKLVTFGLAKNITPQRQSALNTEKMYRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NQNVMLSVKGITKNVHTVSVEKCSENGTVDVADKLVTFGLAKNITPQRQSALNTEKMYRM
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180
pF1KE4 NCCCTELQKQVEKHEHILLFLLNNSTNQNKFIEMKKLLKKTASLGGKPL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NCCCTELQKQVEKHEHILLFLLNNSTNQNKFIEMKKLLKKTASLGGKPL
1150 1160 1170 1180
>>CCDS55017.1 TDRD6 gene_id:221400|Hs108|chr6 (2066 aa)
initn: 397 init1: 247 opt: 414 Z-score: 419.2 bits: 90.4 E(32554): 5e-17
Smith-Waterman score: 633; 23.6% identity (51.3% similar) in 1004 aa overlap (258-1151:246-1199)
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 EVNNKSDCPLGVTKEIAIWAERIMFSDLRSLQLKKTMEIKGTVTEFKHPGDFYVQLYSSE
::: : . ..:. :: .. :: :
CCDS55 ATASVGSGVPVLSRVPLKQKQPGLDYFYPQLQLGVTEAV--VITQVCHPHRIHCQLRS--
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330
pF1KE4 VLEYMNQLSASLKETY-------------ANVHEKDYIPVK-GEVCIAKYTVDQTWNRAI
: . ...:: :. ..: :. .:.. : : : : :. .: : ::.
CCDS55 VSQEIHRLSESMAQVYRGSTGTGDENSTSATWEEREESPDKPGSPC-ASCGLDGHWYRAL
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 IQNVDVQQKKAHVLYIDYGNEEIIPLNRIYHLNRNIDLFPPCAIKCFVANVIPAEGNWSS
. .. :. :.::..::: .:.. . . .: . .: . : . .. . .::
CCDS55 LLETFRPQRCAQVLHVDYGRKELVSCSSLRYLLPEYFRMPVVTYPCALYGLWDGGRGWSR
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 DCIKATKPLLMEQYCSIKIVDILEEEVVTFAVEVELPNSGKLLDHVLIEMGYGLKP---S
. . : :.. . . :: : .: . :. : . .. .:.. .
CCDS55 SQVGDLKTLILGKAVNAKI-----EFYCSFEHVYYVSLYGE--DGINLNRVFGVQSCCLA
400 410 420 430 440
460 470 480 490 500
pF1KE4 GQDSKKENADQSDPEDVGKMTTENNIVVDKSDLIP--KVLTLNVGDEFCGVVAHIQTPED
. ... ... .:: ... .. ::. .: . . :... . . : ...: .
CCDS55 DRVLQSQATEEEEPETSQSQSPAEE--VDEEISLPALRSIRLKMNAFYDAQVEFVKNPSE
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KE4 FFCQQLQSGRKLAELQASLSKYCDQLPPRSDF-----YPAIGDICCAQFSEDDQWYRASV
:. . . . ...: . ..: : . : :.::....:. .::: .
CCDS55 FWIRLRKHNVTFSKL---MRRMCGFYSSASKLDGVVLKPEPDDLCCVKWKENG-YYRA-I
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KE4 LAYASEESVLVGYVDYGNFEILSLMRLCPIIPKLLELPMQAIKCVLAGVKPSLGIWTPEA
.. ...:: : :: :: : .. . . ..:.. .::. :.::.:: . : :. ::
CCDS55 VTKLDDKSVDVFLVDRGNSENVDWYDVRMLLPQFRQLPILAVKCTLADIWPLGKTWSQEA
560 570 580 590 600 610
630 640 650 660 670
pF1KE4 ICLMKKLVQNKIITVKVVDKLENSSLVELIDKSETPHVSVSKVLLDAGFAV---------
. ..:: : .: ......:: ... ..:..:.:.: . ..:::. .::.:
CCDS55 VSFFKKTVLHKELVIHILDKQDHQYVIEILDESRTGEENISKVIAQAGYAKYQEFETKEN
620 630 640 650 660 670
680 690
pF1KE4 -----------------------------GEQ--------SMVTDKPSD---VKETSVPL
::: . :. :: : . :. :
CCDS55 ILVNAHSPGHVSNHFTTESNKIPFAKTGEGEQKAKRENKTTSVSKALSDTTVVTNGSTEL
680 690 700 710 720 730
700 710 720 730
pF1KE4 GVEGKVN------PLEWTWVE----------LGVDQTVDVVVCVIYSPGEFYCHVLKEDA
:. ::. :: . .: : : .::.: : . .:: :.:.. ..
CCDS55 VVQEKVKRASVYFPLMQNCLEIKPGSSSKGELEVGSTVEVRVSYVENPGYFWCQLTRN--
740 750 760 770 780 790
740 750 760 770 780 790
pF1KE4 LKKLNDLNKSLAEHCQQKLPNGFKAEIGQPCCAFFAGDGSWYRALVKEILPNGHVKVHFV
.. :. : ... .:.. . .. : : . . .: :::.. : ::.: ::
CCDS55 IQGLKTLMSDIQYYCKNTAAPHQRNTLA--CLAKRTVNRQWSRALISGIQSVEHVNVTFV
800 810 820 830 840 850
800 810 820 830 840 850
pF1KE4 DYGNIEEVTADELRMISSTFLNLPFQGIRCQLAD-IQSRNKH---WSEEAITRFQMCVAG
:::. : :.. .. :: ::.. :..::.: . :: ... :. .:: :. . .
CCDS55 DYGDREMVSVKNIYSISEEFLKVKAQAFRCSLYNLIQPVGQNPFVWDVKAIQAFNEFIDN
860 870 880 890 900 910
860 870 880 890 900 910
pF1KE4 I---KLQARVVEVTENGIGVELTDLSTCYPRIISDVLIDEHLVLKSASPHKDLPNDRLVN
.:. . . . .:. :: . : :.: ..:: : . ::.
CCDS55 AWQKNLELKCTIFALASINEELFN--------IVDLLTP----FQSACHF--LVEKRLAR
920 930 940 950
920 930 940 950 960 970
pF1KE4 KHELQVHVQGLQATSSAEQWKTIELPVDKTIQANVLEIISPNLFYALPKGMPENQEKL-C
.:: ... : ..: .. . . . . .: .: :: . :.: :
CCDS55 PVKLQKPLESSVQLHSYF-YSTHDMKIGSEELVYITHIDDPWTFYCQLARNANILEQLSC
960 970 980 990 1000 1010
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KE4 MLTAELLEYCNAPKSRPPYRPRIGDACCAKYTSDDFWYRAVVLGTSDTDVEVLYADYGNI
.: : : : : : : :::: : :::..:. .:...:.:::
CCDS55 SITQLSKVLLNLKTS--PLNP--GTLCLAKYT-DGNWYRGIVIEKEPK--KVFFVDFGNI
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE4 ETLPLCRVQPITSSH---LALPFQIIRCSLEGLMELNGSSSQLIIMLLKNFMLNQNVMLS
.. . :: :. : ::.: .:::: .. . ... ... .:....
CCDS55 YVVTSDDLLPIPSDAYDVLLLPMQAVRCSLS---DIPDHIPEEVVVWFQETILDKSLKAL
1080 1090 1100 1110 1120
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KE4 VKGITKNVH-TVSVEKCSENGTVD--VADKLVTFGLAKNITPQRQSALNT------EKMY
: ..:. :. .: ..: .. . :: .. : ... .: . ::
CCDS55 V--VAKDPDGTLIIELYGDNIQISASINKKLGLLSYKDRIRKKESEVLCSTTETLEEKNE
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1140 1150 1160 1170 1180
pF1KE4 RMNCCCTE-LQKQVEKHEHILLFLLNNSTNQNKFIEMKKLLKKTASLGGKPL
:. ::: :.:.:
CCDS55 NMKLPCTEYLSKSVGYKLPNKEILEESYKPQINSSYKELKLLQSLTKTNLVTQYQDSVGN
1190 1200 1210 1220 1230 1240
>>CCDS34470.1 TDRD6 gene_id:221400|Hs108|chr6 (2096 aa)
initn: 397 init1: 247 opt: 414 Z-score: 419.1 bits: 90.4 E(32554): 5e-17
Smith-Waterman score: 633; 23.6% identity (51.3% similar) in 1004 aa overlap (258-1151:246-1199)
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 EVNNKSDCPLGVTKEIAIWAERIMFSDLRSLQLKKTMEIKGTVTEFKHPGDFYVQLYSSE
::: : . ..:. :: .. :: :
CCDS34 ATASVGSGVPVLSRVPLKQKQPGLDYFYPQLQLGVTEAV--VITQVCHPHRIHCQLRS--
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330
pF1KE4 VLEYMNQLSASLKETY-------------ANVHEKDYIPVK-GEVCIAKYTVDQTWNRAI
: . ...:: :. ..: :. .:.. : : : : :. .: : ::.
CCDS34 VSQEIHRLSESMAQVYRGSTGTGDENSTSATWEEREESPDKPGSPC-ASCGLDGHWYRAL
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 IQNVDVQQKKAHVLYIDYGNEEIIPLNRIYHLNRNIDLFPPCAIKCFVANVIPAEGNWSS
. .. :. :.::..::: .:.. . . .: . .: . : . .. . .::
CCDS34 LLETFRPQRCAQVLHVDYGRKELVSCSSLRYLLPEYFRMPVVTYPCALYGLWDGGRGWSR
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 DCIKATKPLLMEQYCSIKIVDILEEEVVTFAVEVELPNSGKLLDHVLIEMGYGLKP---S
. . : :.. . . :: : .: . :. : . .. .:.. .
CCDS34 SQVGDLKTLILGKAVNAKI-----EFYCSFEHVYYVSLYGE--DGINLNRVFGVQSCCLA
400 410 420 430 440
460 470 480 490 500
pF1KE4 GQDSKKENADQSDPEDVGKMTTENNIVVDKSDLIP--KVLTLNVGDEFCGVVAHIQTPED
. ... ... .:: ... .. ::. .: . . :... . . : ...: .
CCDS34 DRVLQSQATEEEEPETSQSQSPAEE--VDEEISLPALRSIRLKMNAFYDAQVEFVKNPSE
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KE4 FFCQQLQSGRKLAELQASLSKYCDQLPPRSDF-----YPAIGDICCAQFSEDDQWYRASV
:. . . . ...: . ..: : . : :.::....:. .::: .
CCDS34 FWIRLRKHNVTFSKL---MRRMCGFYSSASKLDGVVLKPEPDDLCCVKWKENG-YYRA-I
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KE4 LAYASEESVLVGYVDYGNFEILSLMRLCPIIPKLLELPMQAIKCVLAGVKPSLGIWTPEA
.. ...:: : :: :: : .. . . ..:.. .::. :.::.:: . : :. ::
CCDS34 VTKLDDKSVDVFLVDRGNSENVDWYDVRMLLPQFRQLPILAVKCTLADIWPLGKTWSQEA
560 570 580 590 600 610
630 640 650 660 670
pF1KE4 ICLMKKLVQNKIITVKVVDKLENSSLVELIDKSETPHVSVSKVLLDAGFAV---------
. ..:: : .: ......:: ... ..:..:.:.: . ..:::. .::.:
CCDS34 VSFFKKTVLHKELVIHILDKQDHQYVIEILDESRTGEENISKVIAQAGYAKYQEFETKEN
620 630 640 650 660 670
680 690
pF1KE4 -----------------------------GEQ--------SMVTDKPSD---VKETSVPL
::: . :. :: : . :. :
CCDS34 ILVNAHSPGHVSNHFTTESNKIPFAKTGEGEQKAKRENKTTSVSKALSDTTVVTNGSTEL
680 690 700 710 720 730
700 710 720 730
pF1KE4 GVEGKVN------PLEWTWVE----------LGVDQTVDVVVCVIYSPGEFYCHVLKEDA
:. ::. :: . .: : : .::.: : . .:: :.:.. ..
CCDS34 VVQEKVKRASVYFPLMQNCLEIKPGSSSKGELEVGSTVEVRVSYVENPGYFWCQLTRN--
740 750 760 770 780 790
740 750 760 770 780 790
pF1KE4 LKKLNDLNKSLAEHCQQKLPNGFKAEIGQPCCAFFAGDGSWYRALVKEILPNGHVKVHFV
.. :. : ... .:.. . .. : : . . .: :::.. : ::.: ::
CCDS34 IQGLKTLMSDIQYYCKNTAAPHQRNTLA--CLAKRTVNRQWSRALISGIQSVEHVNVTFV
800 810 820 830 840 850
800 810 820 830 840 850
pF1KE4 DYGNIEEVTADELRMISSTFLNLPFQGIRCQLAD-IQSRNKH---WSEEAITRFQMCVAG
:::. : :.. .. :: ::.. :..::.: . :: ... :. .:: :. . .
CCDS34 DYGDREMVSVKNIYSISEEFLKVKAQAFRCSLYNLIQPVGQNPFVWDVKAIQAFNEFIDN
860 870 880 890 900 910
860 870 880 890 900 910
pF1KE4 I---KLQARVVEVTENGIGVELTDLSTCYPRIISDVLIDEHLVLKSASPHKDLPNDRLVN
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CCDS34 AWQKNLELKCTIFALASINEELFN--------IVDLLTP----FQSACHF--LVEKRLAR
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