Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4223
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4223, 776 aa
1>>>pF1KE4223 776 - 776 aa - 776 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0413+/-0.000959; mu= 16.5729+/- 0.058
mean_var=79.0824+/-15.814, 0's: 0 Z-trim(105.9): 52 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.144223
statistics sampled from 8621 (8673) to 8621 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.266), width: 16
Scan time: 3.640
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 5193 1090.6 0
CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 5175 1086.9 0
CCDS7415.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 207) 1285 277.3 1.8e-74
CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 542 122.9 1.9e-27
CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 542 122.9 2.2e-27
CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 542 122.9 2.3e-27
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 516 117.5 1e-25
CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 489 111.8 2.5e-24
CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 489 111.9 4e-24
CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 489 111.9 4.6e-24
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 484 110.9 1.1e-23
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 479 109.8 1.9e-23
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 479 109.8 1.9e-23
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 479 109.8 1.9e-23
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 483 110.9 4.4e-23
CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 473 108.6 4.8e-23
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 464 106.7 1.7e-22
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 464 106.7 2e-22
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 458 105.4 3.5e-22
CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 455 104.8 6.3e-22
CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 453 104.4 7.9e-22
CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 453 104.4 8.1e-22
CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 455 104.9 8.4e-22
CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 453 104.4 8.5e-22
CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 455 104.9 8.7e-22
CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 453 104.4 8.8e-22
CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 455 104.9 8.8e-22
CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 453 104.4 8.9e-22
CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 453 104.4 9e-22
CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 453 104.4 9e-22
CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 ( 823) 447 103.1 1.9e-21
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 439 101.5 7.3e-21
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 421 97.8 9.8e-20
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 390 91.3 8.1e-18
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 390 91.3 8.3e-18
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 329 78.6 5.5e-14
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 331 79.3 1.6e-13
CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068) 316 75.9 3.7e-13
CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 317 76.2 4.5e-13
CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 317 76.2 4.6e-13
CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 309 74.4 7.4e-13
CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 309 74.4 7.6e-13
CCDS41939.1 HECTD1 gene_id:25831|Hs108|chr14 (2610) 314 75.7 1.1e-12
CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 308 74.3 1.3e-12
CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 308 74.3 1.7e-12
CCDS41318.1 HECTD3 gene_id:79654|Hs108|chr1 ( 861) 285 69.4 2.7e-11
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 295 71.8 2.9e-11
CCDS63145.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1722) 284 69.4 5.7e-11
CCDS33391.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1992) 284 69.4 6.5e-11
CCDS63146.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (2040) 284 69.4 6.6e-11
>>CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 (776 aa)
initn: 5193 init1: 5193 opt: 5193 Z-score: 5836.0 bits: 1090.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5193; 99.9% identity (99.9% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSEAVRVPSPATPLVVAAAAPEERKGKESEREKLPPIVSAGAGATAGLDRGAKGQISTFS
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MSEAVRVPSPATPLVVAAPAPEERKGKESEREKLPPIVSAGAGATAGLDRGAKGQISTFS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 SFISAVSPKKEAAENRSSPAHLVFPNIKNVREPPPICLDVRQKQRTSMDASSSEMKAPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SFISAVSPKKEAAENRSSPAHLVFPNIKNVREPPPICLDVRQKQRTSMDASSSEMKAPVL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 PEPILPIQPKTVKDFQEDVEKVKSSGDWKAVHDFYLTTFDSFPELNAAFKKDATASFNTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PEPILPIQPKTVKDFQEDVEKVKSSGDWKAVHDFYLTTFDSFPELNAAFKKDATASFNTI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 EDSGINAKFVNAVYDTLLNTPQDVQKTVLKGIINSLLREWKGPRTKDDLRAYFILLQNPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 EDSGINAKFVNAVYDTLLNTPQDVQKTVLKGIINSLLREWKGPRTKDDLRAYFILLQNPQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 FNNTSTYVIYAHLLRQIATLVEADHHFLVHWFKKLSQKRFKQLVERLLQFISLRLFPAKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FNNTSTYVIYAHLLRQIATLVEADHHFLVHWFKKLSQKRFKQLVERLLQFISLRLFPAKP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 EEFPPITKCSWWIPSAAKVLALLNTANNLVHPPLIPYTDFYNSTLDHIDLMEEYHTWQNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 EEFPPITKCSWWIPSAAKVLALLNTANNLVHPPLIPYTDFYNSTLDHIDLMEEYHTWQNF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 GNSHRFSFCQYPFVISVAAKKIIIQRDSEQQMINIARQSLVDKVSRRQRPDMNILFLNMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GNSHRFSFCQYPFVISVAAKKIIIQRDSEQQMINIARQSLVDKVSRRQRPDMNILFLNMK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 VRRTHLVSDSLDELTRKRADLKKKLKVTFVGEAGLDMGGLTKEWFLLLIRQIFHPDYGMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VRRTHLVSDSLDELTRKRADLKKKLKVTFVGEAGLDMGGLTKEWFLLLIRQIFHPDYGMF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 TYHKDSHCHWFSSFKCDNYSEFRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPIIPSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TYHKDSHCHWFSSFKCDNYSEFRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPIIPSD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 QNIPVGICNVTVDDLCQIMPELAHGLSELLSHEGNVEEDFYSTFQVFQEEFGIIKSYNLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QNIPVGICNVTVDDLCQIMPELAHGLSELLSHEGNVEEDFYSTFQVFQEEFGIIKSYNLK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 PGGDKISVTNQNRKEYVQLYTDFLLNKSIYKQFAAFYYGFHSVCASNALMLLRPEEVEIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PGGDKISVTNQNRKEYVQLYTDFLLNKSIYKQFAAFYYGFHSVCASNALMLLRPEEVEIL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 VCGSPDLDMHALQRSTQYDGYAKTDLTIKYFWDVVLGFPLDLQKKLLHFTTGSDRVPVGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VCGSPDLDMHALQRSTQYDGYAKTDLTIKYFWDVVLGFPLDLQKKLLHFTTGSDRVPVGG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KE4 MADLNFKISKNETSTNCLPVAHTCFNQLCLPPYKSKKDLKQKLIIGISNSEGFGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MADLNFKISKNETSTNCLPVAHTCFNQLCLPPYKSKKDLKQKLIIGISNSEGFGLE
730 740 750 760 770
>>CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 (780 aa)
initn: 3425 init1: 3425 opt: 5175 Z-score: 5815.7 bits: 1086.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5175; 99.4% identity (99.4% similar) in 780 aa overlap (1-776:1-780)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSEAVRVPSPATPLVVAAAAPEERKGKESEREKLPPIVSAGAGATAGLDRGAKGQISTFS
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MSEAVRVPSPATPLVVAAPAPEERKGKESEREKLPPIVSAGAGATAGLDRGAKGQISTFS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 SFISAVSPKKEAAENRSSPAHLVFPNIKNVREPPPICLDVRQKQRTSMDASSSEMKAPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SFISAVSPKKEAAENRSSPAHLVFPNIKNVREPPPICLDVRQKQRTSMDASSSEMKAPVL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 PEPILPIQPKTVKDFQEDVEKVKSSGDWKAVHDFYLTTFDSFPELNAAFKKDATASFNTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PEPILPIQPKTVKDFQEDVEKVKSSGDWKAVHDFYLTTFDSFPELNAAFKKDATASFNTI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 EDSGINAKFVNAVYDTLLNTPQDVQKTVLKGIINSLLREWKGPRTKDDLRAYFILLQNPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EDSGINAKFVNAVYDTLLNTPQDVQKTVLKGIINSLLREWKGPRTKDDLRAYFILLQNPQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE4 FNNTSTYVIYAHLLRQIATLVEADHHFLVHWFKK----LSQKRFKQLVERLLQFISLRLF
:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS60 FNNTSTYVIYAHLLRQIATLVEADHHFLVHWFKKQYSRLSQKRFKQLVERLLQFISLRLF
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 PAKPEEFPPITKCSWWIPSAAKVLALLNTANNLVHPPLIPYTDFYNSTLDHIDLMEEYHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PAKPEEFPPITKCSWWIPSAAKVLALLNTANNLVHPPLIPYTDFYNSTLDHIDLMEEYHT
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 WQNFGNSHRFSFCQYPFVISVAAKKIIIQRDSEQQMINIARQSLVDKVSRRQRPDMNILF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 WQNFGNSHRFSFCQYPFVISVAAKKIIIQRDSEQQMINIARQSLVDKVSRRQRPDMNILF
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 LNMKVRRTHLVSDSLDELTRKRADLKKKLKVTFVGEAGLDMGGLTKEWFLLLIRQIFHPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LNMKVRRTHLVSDSLDELTRKRADLKKKLKVTFVGEAGLDMGGLTKEWFLLLIRQIFHPD
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 YGMFTYHKDSHCHWFSSFKCDNYSEFRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 YGMFTYHKDSHCHWFSSFKCDNYSEFRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPI
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 IPSDQNIPVGICNVTVDDLCQIMPELAHGLSELLSHEGNVEEDFYSTFQVFQEEFGIIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 IPSDQNIPVGICNVTVDDLCQIMPELAHGLSELLSHEGNVEEDFYSTFQVFQEEFGIIKS
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KE4 YNLKPGGDKISVTNQNRKEYVQLYTDFLLNKSIYKQFAAFYYGFHSVCASNALMLLRPEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 YNLKPGGDKISVTNQNRKEYVQLYTDFLLNKSIYKQFAAFYYGFHSVCASNALMLLRPEE
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KE4 VEILVCGSPDLDMHALQRSTQYDGYAKTDLTIKYFWDVVLGFPLDLQKKLLHFTTGSDRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 VEILVCGSPDLDMHALQRSTQYDGYAKTDLTIKYFWDVVLGFPLDLQKKLLHFTTGSDRV
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KE4 PVGGMADLNFKISKNETSTNCLPVAHTCFNQLCLPPYKSKKDLKQKLIIGISNSEGFGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PVGGMADLNFKISKNETSTNCLPVAHTCFNQLCLPPYKSKKDLKQKLIIGISNSEGFGLE
730 740 750 760 770 780
>>CCDS7415.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 (207 aa)
initn: 1285 init1: 1285 opt: 1285 Z-score: 1450.4 bits: 277.3 E(32554): 1.8e-74
Smith-Waterman score: 1285; 99.5% identity (99.5% similar) in 200 aa overlap (1-200:1-200)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSEAVRVPSPATPLVVAAAAPEERKGKESEREKLPPIVSAGAGATAGLDRGAKGQISTFS
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MSEAVRVPSPATPLVVAAPAPEERKGKESEREKLPPIVSAGAGATAGLDRGAKGQISTFS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 SFISAVSPKKEAAENRSSPAHLVFPNIKNVREPPPICLDVRQKQRTSMDASSSEMKAPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SFISAVSPKKEAAENRSSPAHLVFPNIKNVREPPPICLDVRQKQRTSMDASSSEMKAPVL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 PEPILPIQPKTVKDFQEDVEKVKSSGDWKAVHDFYLTTFDSFPELNAAFKKDATASFNTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PEPILPIQPKTVKDFQEDVEKVKSSGDWKAVHDFYLTTFDSFPELNAAFKKDATASFNTI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 EDSGINAKFVNAVYDTLLNTPQDVQKTVLKGIINSLLREWKGPRTKDDLRAYFILLQNPQ
::::::::::::::::::::
CCDS74 EDSGINAKFVNAVYDTLLNTVSIMTCK
190 200
>>CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 (752 aa)
initn: 645 init1: 345 opt: 542 Z-score: 606.2 bits: 122.9 E(32554): 1.9e-27
Smith-Waterman score: 752; 36.5% identity (67.6% similar) in 373 aa overlap (417-776:397-752)
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 DSEQQMINIARQSLVDKVSRRQRPDMNILFLNMKVRRTHLVSDSLDE-LTRKRADLKKKL
... : : : ::... .. . ::...:
CCDS58 NGPQIAYVRDFKAKVQYFRFWCQQLAMPQHIKITVTRKTLFEDSFQQIMSFSPQDLRRRL
370 380 390 400 410 420
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 KVTFVGEAGLDMGGLTKEWFLLLIRQIFHPDYGMFTYH-KDSHCHWF---SSFKCDNYSE
: : :: :::.::...:::.:: .....: : .: : ::..: . : .. :. .
CCDS58 WVIFPGEEGLDYGGVAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKDNYCLQINPASYINPDHLKY
430 440 450 460 470 480
510 520 530 540 550 560
pF1KE4 FRLVGILMGLAVYNSITLDIRFPPCCYKKLLSPPIIPSDQNIPVGICNVTVDDLCQIMPE
::..: ....:.... .: : ::..: : :::. :: .: ::
CCDS58 FRFIGRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRIL---------NKPVGL-----KDLESIDPE
490 500 510 520 530
570 580 590 600 610 620
pF1KE4 LAHGLSELLSHEGNVEE-DFYSTFQVFQEEFGIIKSYNLKPGGDKISVTNQNRKEYVQLY
. ..: . .:.:.:: :. :.: .: .: :::..:::.: .: ::..:..::...
CCDS58 FYNSL--IWVKENNIEECDLEMYFSVDKEILGEIKSHDLKPNGGNILVTEENKEEYIRMV
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