FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4222, 773 aa
1>>>pF1KE4222 773 - 773 aa - 773 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1076+/-0.000908; mu= 19.1219+/- 0.055
mean_var=161.6062+/-34.600, 0's: 0 Z-trim(111.9): 97 B-trim: 4 in 1/51
Lambda= 0.100889
statistics sampled from 12606 (12713) to 12606 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.391), width: 16
Scan time: 4.030
The best scores are: opt bits E(32554)
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>>CCDS5987.2 LONRF1 gene_id:91694|Hs108|chr8 (773 aa)
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Smith-Waterman score: 5291; 100.0% identity (100.0% similar) in 773 aa overlap (1-773:1-773)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GGHLKGALEAFAAALRRGAPARPECLGALVDCLVFNYRLRHGLGWSAAPVAGADGGAGGL
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LRCLGCRGFLSEPVTVPCGHSYCRRCLRRELRARCRLCRDRLPPATASATDAEGTAPRPP
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PLAAAIAASDFRTSVVLNHLAEKWFPGQRERARAAGRLGELLHQGRYREALAAACEALRA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 EPSDLIVKIYRAESYAGLQEFKAAIEDLNAVLFQLPDWPEVYFRKGKVLCDAGFLGDALQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LFLQCLALDEDFAPAKLQVQKILCDLLLPENLKEGLKESSWSSLPCTKNRPFDFHSVMEE
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370 380 390 400 410 420
pF1KE4 SQSLNEPSPKQSEEIPEVTSEPVKGSLNRAQSAQSINSTEMPAREDCLKRVSSEPVLSVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SQSLNEPSPKQSEEIPEVTSEPVKGSLNRAQSAQSINSTEMPAREDCLKRVSSEPVLSVQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 EKGVLLKRKLSLLEQDVIVNEDGRNKLKKQGETPNEVCMFSLAYGDIPEELIDVSDFECS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LCMRLFFEPVTTPCGHSFCKNCLERCLDHAPYCPLCKESLKEYLADRRYCVTQLLEELIV
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550 560 570 580 590 600
pF1KE4 KYLPDELSERKKIYDEETAELSHLTKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHVFEPRYRLMIRRSIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KYLPDELSERKKIYDEETAELSHLTKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHVFEPRYRLMIRRSIQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 TGTKQFGMCVSDTQNSFADYGCMLQIRNVHFLPDGRSVVDTVGGKRFRVLKRGMKDGYCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TGTKQFGMCVSDTQNSFADYGCMLQIRNVHFLPDGRSVVDTVGGKRFRVLKRGMKDGYCT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 ADIEYLEDVKVENEDEIKNLRELHDLVYSQACSWFQNLRDRFRSQILQHFGSMPEREENL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 ADIEYLEDVKVENEDEIKNLRELHDLVYSQACSWFQNLRDRFRSQILQHFGSMPEREENL
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730 740 750 760 770
pF1KE4 QAAPNGPAWCWWLLAVLPVDPRYQLSVLSMKSLKERLTKIQHILTYFSRDQSK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 QAAPNGPAWCWWLLAVLPVDPRYQLSVLSMKSLKERLTKIQHILTYFSRDQSK
730 740 750 760 770
>>CCDS76014.1 LONRF3 gene_id:79836|Hs108|chrX (503 aa)
initn: 1450 init1: 1030 opt: 1458 Z-score: 1159.3 bits: 224.7 E(32554): 3e-58
Smith-Waterman score: 1468; 45.9% identity (73.2% similar) in 508 aa overlap (280-772:4-503)
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YRAESYAGLQEFKAAIEDLNAVLFQLPDWPEVYFRKGKVLCDAGFLGDALQLFLQCLALD
...:::...: : . .::. :: :..::
CCDS76 MGFKAHFRKAQALATLGKVEEALREFLYCVSLD
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 EDFAPAKLQVQKILCDLLLPENLKEGLKESSWSSLPCTKNRPF---DFHSVMEESQSLNE
:. ..:..: ... : .. .: : . : .: . .:. : : :
CCDS76 GKNKRARCEAQRLLLSFFSP-SVPGDSQEHSPDILKLLAPHPRLKENVESMTTEVTSHNL
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370 380 390 400 410
pF1KE4 PSPKQSE-EIPEVTSEP---VKGS----LNRAQSAQSINSTEMPAREDCLKRV-SSEPVL
: :.. :.:. .:. ..:. .. :. . .. .: .:. .. .. :
CCDS76 PRLLQDNLELPHCSSQEEAAARGDGSSLMDPAKVKGDGQQHHMKDQEEEEEKWDATSPKA
100 110 120 130 140 150
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 SVQEKGVLL--KRKLSLLEQDVIVNEDGR-NKLKKQGETPNEVCMFSLAYGDIPEELIDV
. .. : ::: .:.. .: : :: .:: .. .:. .: .:.
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160 170 180 190 200
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 SDFECSLCMRLFFEPVTTPCGHSFCKNCLERCLDHAPYCPLCKESLKEYLADRRYCVTQL
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CCDS76 SDLECALCMRLFYEPVTTPCGHTFCLKCLERCLDHNAKCPLCKDGLSQCLASRKYSKNVI
210 220 230 240 250 260
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 LEELIVKYLPDELSERKKIYDEETAELSHLTKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHVFEPRYRLM
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CCDS76 MEELIAKFLPEELKERRKLYEEEMEELSNLNKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHIFEPCYRLM
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600 610 620 630 640 650
pF1KE4 IRRSIQTGTKQFGMCVSDTQNSFADYGCMLQIRNVHFLPDGRSVVDTVGGKRFRVLKRGM
::: :.:::.:::::..: ..::.:::.:.::::.:. :::::::..: .:::::....
CCDS76 IRRCIETGTRQFGMCLGDPVKGFAEYGCILEIRNVQFFADGRSVVDSIGKRRFRVLHQSQ
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660 670 680 690 700 710
pF1KE4 KDGYCTADIEYLEDVKVENEDEIKNLRELHDLVYSQACSWFQNLRDRFRSQILQHFGSMP
.::: ::::::.:: ::..:: .: ::. ::.:: ::..:. ....::.::: ::
CCDS76 RDGYNTADIEYIEDQKVQGED-CAELMGLHNCVYQQASLWFHSLKLSLKNRILNHFGPMP
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pF1KE4 EREENLQAAPNGPAWCWWLLAVLPVDPRYQLSVLSMKSLKERLTKIQHILTYFSRDQSK
:.. . : :::::::::.:::::.. : :: :.:.:::.::. :...:...::.:.
CCDS76 EKDADPQMNPNGPAWCWWMLAVLPLESRAQLPFLAMRSLKDRLNGIRRVLAFISRNQN
450 460 470 480 490 500
>>CCDS14575.1 LONRF3 gene_id:79836|Hs108|chrX (718 aa)
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20 30 40 50 60 70
pF1KE4 PAPQGRGRFWEVGGGSGHRLERAAAESERWELLLRRGELLALGGHLKGALEAFAAALRRG
..:: ... :: :... :::.. .:
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80 90 100 110 120
pF1KE4 APARPECLGALVDCLVFNYRLRHGLGWSAAP----------VAGADGGAGGL--------
. : : :: ::. .. .: . . :: ::. . ::..
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100 110 120 130 140 150
130 140 150 160 170
pF1KE4 -LRCLGCRGFLSEPVTVPCGHSYCRRCLRRELRA--RCRLCRDRLPP---ATASATDAEG
..: :.::::.::.. :::..:. ::.: : :: :: .: ::. : :.
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160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TAPRPPPLAAAIAASDFRTSVVLNHLAEKWFPGQRERARAAGRLGELLHQGRYREA-LAA
.. .::: .:..:::. : : ::: :: . :. :.. : :: :
CCDS14 AGQQPPP--------PLRVNVVLSGLLGKLFPGP-ARASQLRHEGNRLYRERQVEAALLK
220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 ACEALRAEPSDLIVKIYRAESYAGLQEFKAAIEDLNAVLFQLPDWPEVYFRKGKVLCDAG
::.. :.: .. :.. : :. . :..: :. . : :
CCDS14 YNEAVKLAPNDHLLYSNRSQIYFTLESHENALHD-----------AEIACK----LRPMG
270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 FLGDALQLFLQCLALDEDFAPAKLQVQKILCDLLLPENLKEGLKESSWSSLPCTKNRPFD
: : :.: .: . .: : :. .: ::: .:
CCDS14 F-KDNLELP-HCSSQEE--AAAR----------------GDG------SSL-------MD
320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 FHSVMEESQSLNEPSPKQSEEIPEVTSEPVKGSLNRAQSAQSINSTEMPAREDCLKRVSS
.: ..:. . . .. :: ..:: : .: :... . : :. :
CCDS14 PAKVKGDGQQHHMKDQEEEEEKWDATS-P------KAASSKTGKCQE-KKRKHC------
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 EPVLSVQEKGVLLKRKLSLLEQDVIVNEDGRNKLKKQGETPNEVCMFSLAYGDIPEELID
. : .: : . : : .:: .. ::. : .:: : .:
CCDS14 -QIESQEETG--MPNKAS--KQDPPTD---------QGDKPA----LSL-----PLASFD
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480 490 500 510 520 530
pF1KE4 VSDFECSLCMRLFFEPVTTPCGHSFCKNCLERCLDHAPYCPLCKESLKEYLADRRYCVTQ
.::.::.::::::.:::::::::.:: .:::::::: :::::..:.. ::.:.: .
CCDS14 ASDLECALCMRLFYEPVTTPCGHTFCLKCLERCLDHNAKCPLCKDGLSQCLASRKYSKNV
430 440 450 460 470 480
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pF1KE4 LLEELIVKYLPDELSERKKIYDEETAELSHLTKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHVFEPRYRL
..::::.:.::.::.::.:.:.:: :::.:.::::::::::::::::::::.::: :::
CCDS14 IMEELIAKFLPEELKERRKLYEEEMEELSNLNKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHIFEPCYRL
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pF1KE4 MIRRSIQTGTKQFGMCVSDTQNSFADYGCMLQIRNVHFLPDGRSVVDTVGGKRFRVLKRG
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CCDS14 MIRRCIETGTRQFGMCLGDPVKGFAEYGCILEIRNVQFFADGRSVVDSIGKRRFRVLHQS
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pF1KE4 MKDGYCTADIEYLEDVKVENEDEIKNLRELHDLVYSQACSWFQNLRDRFRSQILQHFGSM
..::: ::::::.:: ::..:: . : ::. ::.:: ::..:. ....::.::: :
CCDS14 QRDGYNTADIEYIEDQKVQGEDCAE-LMGLHNCVYQQASLWFHSLKLSLKNRILNHFGPM
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pF1KE4 PEREENLQAAPNGPAWCWWLLAVLPVDPRYQLSVLSMKSLKERLTKIQHILTYFSRDQSK
::.. . : :::::::::.:::::.. : :: :.:.:::.::. :...:...::.:.
CCDS14 PEKDADPQMNPNGPAWCWWMLAVLPLESRAQLPFLAMRSLKDRLNGIRRVLAFISRNQN
660 670 680 690 700 710
>>CCDS35374.1 LONRF3 gene_id:79836|Hs108|chrX (759 aa)
initn: 1659 init1: 1030 opt: 1393 Z-score: 1106.2 bits: 215.4 E(32554): 2.7e-55
Smith-Waterman score: 1704; 41.3% identity (65.8% similar) in 751 aa overlap (49-772:68-759)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 PAPQGRGRFWEVGGGSGHRLERAAAESERWELLLRRGELLALGGHLKGALEAFAAALRRG
..:: ... :: :... :::.. .:
CCDS35 HPKVAAEGPAPLPTREPEQEQSPGTSTPESKVLLTQADALASRGRIREALEVYRQLSERQ
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pF1KE4 APARPECLGALVDCLVFNYRLRHGLGWSAAP----------VAGADGGAGGL--------
. : : :: ::. .. .: . . :: ::. . ::..
CCDS35 QLV-AEQLEQLVRCLA--EKVPQGEALAPAPPDEGSTASGTVAAEETGAAAAAAATEVWD
100 110 120 130 140 150
130 140 150 160 170
pF1KE4 -LRCLGCRGFLSEPVTVPCGHSYCRRCLRRELRA--RCRLCRDRLPP---ATASATDAEG
..: :.::::.::.. :::..:. ::.: : :: :: .: ::. : :.
CCDS35 GFKCRKCHGFLSDPVSLSCGHTFCKLCLERGRAADRRCALCGVKLSALMVATGRARGARR
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180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TAPRPPPLAAAIAASDFRTSVVLNHLAEKWFPGQRERARAAGRLGELLHQGRYREA-LAA
.. .::: .:..:::. : : ::: :: . :. :.. : :: :
CCDS35 AGQQPPP--------PLRVNVVLSGLLGKLFPGP-ARASQLRHEGNRLYRERQVEAALLK
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240 250 260 270 280 290
pF1KE4 ACEALRAEPSDLIVKIYRAESYAGLQEFKAAIEDLNAVLFQLPDWPEVYFRKGKVLCDAG
::.. :.: .. :.. : :. . :..: . . : ...:::...: :
CCDS35 YNEAVKLAPNDHLLYSNRSQIYFTLESHENALHDAEIACKLRPMGFKAHFRKAQALATLG
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pF1KE4 FLGDALQLFLQCLALDEDFAPAKLQVQKILCDLLLPE--NLKEGLKESSWSSLPCTKNRP
. .::. :: :..:: :. ..:. .: ::. . .:. ... :::
CCDS35 KVEEALREFLYCVSLDGKNKRARCEAQR--DNLELPHCSSQEEAAARGDGSSL-------
330 340 350 360 370
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 FDFHSVMEESQSLNEPSPKQSEEIPEVTSEPVKGSLNRAQSAQSINSTEMPAREDCLKRV
.: .: ..:. . . .. :: ..:: : .: :... . : :. :
CCDS35 MDPAKVKGDGQQHHMKDQEEEEEKWDATS-P------KAASSKTGKCQE-KKRKHC----
380 390 400 410 420
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pF1KE4 SSEPVLSVQEKGVLLKRKLSLLEQDVIVNEDGRNKLKKQGETPNEVCMFSLAYGDIPEEL
. : .: : . : : .:: .. ::. : .:: :
CCDS35 ---QIESQEETG--MPNKAS--KQDPPTD---------QGDKPA----LSL-----PLAS
430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 IDVSDFECSLCMRLFFEPVTTPCGHSFCKNCLERCLDHAPYCPLCKESLKEYLADRRYCV
.:.::.::.::::::.:::::::::.:: .:::::::: :::::..:.. ::.:.:
CCDS35 FDASDLECALCMRLFYEPVTTPCGHTFCLKCLERCLDHNAKCPLCKDGLSQCLASRKYSK
460 470 480 490 500 510
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pF1KE4 TQLLEELIVKYLPDELSERKKIYDEETAELSHLTKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHVFEPRY
. ..::::.:.::.::.::.:.:.:: :::.:.::::::::::::::::::::.::: :
CCDS35 NVIMEELIAKFLPEELKERRKLYEEEMEELSNLNKNVPIFVCTMAYPTVPCPLHIFEPCY
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pF1KE4 RLMIRRSIQTGTKQFGMCVSDTQNSFADYGCMLQIRNVHFLPDGRSVVDTVGGKRFRVLK
:::::: :.:::.:::::..: ..::.:::.:.::::.:. :::::::..: .:::::.
CCDS35 RLMIRRCIETGTRQFGMCLGDPVKGFAEYGCILEIRNVQFFADGRSVVDSIGKRRFRVLH
580 590 600 610 620 630
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pF1KE4 RGMKDGYCTADIEYLEDVKVENEDEIKNLRELHDLVYSQACSWFQNLRDRFRSQILQHFG
....::: ::::::.:: ::..:: . : ::. ::.:: ::..:. ....::.:::
CCDS35 QSQRDGYNTADIEYIEDQKVQGEDCAE-LMGLHNCVYQQASLWFHSLKLSLKNRILNHFG
640 650 660 670 680 690
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pF1KE4 SMPEREENLQAAPNGPAWCWWLLAVLPVDPRYQLSVLSMKSLKERLTKIQHILTYFSRDQ
:::.. . : :::::::::.:::::.. : :: :.:.:::.::. :...:...::.:
CCDS35 PMPEKDADPQMNPNGPAWCWWMLAVLPLESRAQLPFLAMRSLKDRLNGIRRVLAFISRNQ
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pF1KE4 SK
.
CCDS35 N
>>CCDS2046.2 LONRF2 gene_id:164832|Hs108|chr2 (754 aa)
initn: 1744 init1: 1033 opt: 1384 Z-score: 1099.2 bits: 214.1 E(32554): 6.7e-55
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10 20 30 40
pF1KE4 MSSPAVARTSPGGSREMAPAPQGRGRFWEVGGGSGHRLERAAAESERWE
:. :. : ..: :. .:... . . . :. .:
CCDS20 MSPEPVPPPPPPQCPGCDRAEPIAQRLEEGDEAFRAGDYEMAAELFRSMLAGLAQPDRG-
10 20 30 40 50
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CCDS20 LCLRLGDALARAGRLPEALGAFRGAARLGA-LRPEELEELAGGLVRAVGLRDRPLSAENP
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CCDS20 VSWFASLQDRMKEQILSHFGVMPDREPEPQSNPSGPAWSWWILAVLPLERKAQLAILGMT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]