Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4191
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4191, 688 aa
1>>>pF1KE4191 688 - 688 aa - 688 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8125+/-0.000932; mu= -0.8041+/- 0.056
mean_var=229.5996+/-46.444, 0's: 0 Z-trim(114.1): 41 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.084643
statistics sampled from 14608 (14640) to 14608 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.45), width: 16
Scan time: 4.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35242.1 TBC1D25 gene_id:4943|Hs108|chrX ( 688) 4666 582.9 5.3e-166
CCDS54294.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 ( 615) 648 92.2 2.4e-18
CCDS12785.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 ( 648) 648 92.2 2.5e-18
CCDS53814.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 674) 602 86.6 1.3e-16
CCDS55849.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 682) 602 86.6 1.3e-16
CCDS31858.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 691) 602 86.6 1.3e-16
CCDS62351.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 405) 522 76.7 7.3e-14
CCDS62352.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 278) 518 76.1 7.5e-14
CCDS11766.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 767) 522 76.9 1.2e-13
CCDS62353.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 392) 472 70.6 4.9e-12
>>CCDS35242.1 TBC1D25 gene_id:4943|Hs108|chrX (688 aa)
initn: 4666 init1: 4666 opt: 4666 Z-score: 3093.8 bits: 582.9 E(32554): 5.3e-166
Smith-Waterman score: 4666; 99.7% identity (100.0% similar) in 688 aa overlap (1-688:1-688)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MATASGASDLSGSGAPPPGVGAQAAAAAEEEEREVVRVRVKKCESFLPPEFRSFAVDPQI
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CCDS35 MATASGASDLSGSGAPPPGVGAQAAAAAEEEEREVVRVRVKKCESFLPPEFRSFAVDPQI
10 20 30 40 50 60
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pF1KE4 TSLDVLQHILIRAFDLSGKKNFGISYLGRDRLGQEVYLSLLSDWDLSTAFATASKPYLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TSLDVLQHILIRAFDLSGKKNFGISYLGRDRLGQEVYLSLLSDWDLSTAFATASKPYLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RVDIRPSEDSPLLEDWDIISPKDVIGSDVLLAEKRSSLTTAALPFTQSILTQVGRTLSKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 QQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIYHGGVEPSLRKVVWRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIYHGGVEPSLRKVVWRY
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pF1KE4 LLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRASPEDLEFIRSTVLKDVLRTDRAHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS35 LLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRANPEDLEFIRSTVLKDVLRTDRAHP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YYAGPEDGPHLRALHDLLTTYAVTHPQVSYCQGMSDLASPILAVMDHEGHAFVCFCGIMK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 RLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGADDLFFCYRWLLLELKREFAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGADDLFFCYRWLLLELKREFAF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 DDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADTGFGGHRGWPVRQRHMLRPAGGGGST
::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADAGFGGHRGWPVRQRHMLRPAGGGGST
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 FEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSRRDPLVQLPHPAALISSKSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSRRDPLVQLPHPAALISSKSLS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 EPLLNSPDPLLSSFSHPDSPSSSSPPSTQEASPTGDMAVGSPLMQEVGSPKDPGKSLPPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EPLLNSPDPLLSSFSHPDSPSSSSPPSTQEASPTGDMAVGSPLMQEVGSPKDPGKSLPPV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 PPMGLPPPQEFGRGNPFMLFLCLAILLEHRDHIMRNGLDYNELAMHFDRLVRKHHLGRVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PPMGLPPPQEFGRGNPFMLFLCLAILLEHRDHIMRNGLDYNELAMHFDRLVRKHHLGRVL
610 620 630 640 650 660
670 680
pF1KE4 RRARALFADYLQSEVWDSEEGAEATAAS
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RRARALFADYLQSEVWDSEEGAEATAAS
670 680
>>CCDS54294.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 (615 aa)
initn: 718 init1: 384 opt: 648 Z-score: 442.8 bits: 92.2 E(32554): 2.4e-18
Smith-Waterman score: 656; 33.2% identity (60.7% similar) in 389 aa overlap (197-576:246-599)
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 QSILTQVGRTLSKVQQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIYH
::... :. ... ::.:.. ::. ::.
CCDS54 LPPPPDDEPEPGFEVISCVELGPRPTVERGPPVTEEEWARHVGPEGRLQQVPELKNRIFS
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 GGVEPSLRKVVWRYLLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRASPED------
::. ::::. .:..::. :..:. ....:. :: ..: .: . .:::.
CCDS54 GGLSPSLRREAWKFLLGYLSWEGTAEEHKAHIRKKTDEYFRMKLQW-KSVSPEQERRNSL
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 LEFIRSTVLKDVLRTDRAHPYYAGPEDGPHLRALHDLLTTYAVTHPQVSYCQGMSDLASP
:. :: . .:: ::::.. .: :::. : : :.:.: :: . : ...: :::::: ::
CCDS54 LHGYRSLIERDVSRTDRTNKFYEGPEN-PGLGLLNDILLTYCMYHFDLGYVQGMSDLLSP
340 350 360 370 380 390
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 ILAVMDHEGHAFVCFCGIMKRLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGA
:: :...: :: ::::.:. . .::. . ..: ....: :::: :: . ..:. .
CCDS54 ILYVIQNEVDAFWCFCGFMELVQGNFEESQETMKRQLGRLLLLLRVLDPLLCDFLDSQDS
400 410 420 430 440 450
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 DDLFFCYRWLLLELKREFAFDDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADTGFGGH
.: ::.::::. .:::: : :.::. :: :..:: : : ::. . :
CCDS54 GSLCFCFRWLLIWFKREFPFPDVLRLWEVLWTGLP-GPNLHL--LVA--CAILDM-----
460 470 480 490 500
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 RGWPVRQRHMLRPAGGGGSTFEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSR
.: : .: :.. . . :. ..: . :.. . . . .
CCDS54 ------ERDTLMLSGFGSN---EILKHI----------NELTMKLSVEDVLTRAEALHRQ
510 520 530 540
530 540 550 560 570
pF1KE4 RDPLVQLPHPAA-LISSKSLSEPLLNSPDPLLSSFSHPDSPSSS--SPPSTQEASPTGDM
.::: . ... .:: .::.: : . : ::. . .:: . ...: :
CCDS54 LTACPELPHNVQEILGLAPPAEP--HSPSPTASPL--PLSPTRAPPTPPPSTDTAPQPDS
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KE4 AVGSPLMQEVGSPKDPGKSLPPVPPMGLPPPQEFGRGNPFMLFLCLAILLEHRDHIMRNG
CCDS54 SLEILPEEEDEGADS
610
>>CCDS12785.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 (648 aa)
initn: 718 init1: 384 opt: 648 Z-score: 442.5 bits: 92.2 E(32554): 2.5e-18
Smith-Waterman score: 656; 33.2% identity (60.7% similar) in 389 aa overlap (197-576:279-632)
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 QSILTQVGRTLSKVQQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIYH
::... :. ... ::.:.. ::. ::.
CCDS12 LPPPPDDEPEPGFEVISCVELGPRPTVERGPPVTEEEWARHVGPEGRLQQVPELKNRIFS
250 260 270 280 290 300
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 GGVEPSLRKVVWRYLLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRASPED------
::. ::::. .:..::. :..:. ....:. :: ..: .: . .:::.
CCDS12 GGLSPSLRREAWKFLLGYLSWEGTAEEHKAHIRKKTDEYFRMKLQW-KSVSPEQERRNSL
310 320 330 340 350 360
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 LEFIRSTVLKDVLRTDRAHPYYAGPEDGPHLRALHDLLTTYAVTHPQVSYCQGMSDLASP
:. :: . .:: ::::.. .: :::. : : :.:.: :: . : ...: :::::: ::
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370 380 390 400 410 420
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 ILAVMDHEGHAFVCFCGIMKRLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGA
:: :...: :: ::::.:. . .::. . ..: ....: :::: :: . ..:. .
CCDS12 ILYVIQNEVDAFWCFCGFMELVQGNFEESQETMKRQLGRLLLLLRVLDPLLCDFLDSQDS
430 440 450 460 470 480
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 DDLFFCYRWLLLELKREFAFDDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADTGFGGH
.: ::.::::. .:::: : :.::. :: :..:: : : ::. . :
CCDS12 GSLCFCFRWLLIWFKREFPFPDVLRLWEVLWTGLP-GPNLHL--LVA--CAILDM-----
490 500 510 520 530
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 RGWPVRQRHMLRPAGGGGSTFEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSR
.: : .: :.. . . :. ..: . :.. . . . .
CCDS12 ------ERDTLMLSGFGSN---EILKHI----------NELTMKLSVEDVLTRAEALHRQ
540 550 560 570
530 540 550 560 570
pF1KE4 RDPLVQLPHPAA-LISSKSLSEPLLNSPDPLLSSFSHPDSPSSS--SPPSTQEASPTGDM
.::: . ... .:: .::.: : . : ::. . .:: . ...: :
CCDS12 LTACPELPHNVQEILGLAPPAEP--HSPSPTASPL--PLSPTRAPPTPPPSTDTAPQPDS
580 590 600 610 620 630
580 590 600 610 620 630
pF1KE4 AVGSPLMQEVGSPKDPGKSLPPVPPMGLPPPQEFGRGNPFMLFLCLAILLEHRDHIMRNG
CCDS12 SLEILPEEEDEGADS
640
>>CCDS53814.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 (674 aa)
initn: 638 init1: 377 opt: 602 Z-score: 411.9 bits: 86.6 E(32554): 1.3e-16
Smith-Waterman score: 602; 38.8% identity (67.3% similar) in 245 aa overlap (196-435:297-540)
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 TQSILTQVGRTLSKVQQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIY
. :.: :. .. ::.. .... :.
CCDS53 IPGLKINQQEEPGFEVITRIDLGERPVVQRREPVSLEEWTKNIDSEGRILNVDNMKQMIF
270 280 290 300 310 320
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 HGGVEPSLRKVVWRYLLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRASPED-----
.::. .::: .:..::. .: : .:: . .:.:. :: ..: .: . .. ..
CCDS53 RGGLSHALRKQAWKFLLGYFPWDSTKEERTQLQKQKTDEYFRMKLQWKSISQEQEKRNSR
330 340 350 360 370 380
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 LEFIRSTVLKDVLRTDRAHPYYAGPEDGPHLRALHDLLTTYAVTHPQVSYCQGMSDLASP
:. :: . ::: ::::.. .: : .:.: : :::.: :: . ...: :::::: ::
CCDS53 LRDYRSLIEKDVNRTDRTNKFYEG-QDNPGLILLHDILMTYCMYDFDLGYVQGMSDLLSP
390 400 410 420 430 440
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 ILAVMDHEGHAFVCFCGIMKRLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGA
.: ::..: :: :: . : .. ::. . ..: :.. .:. ::: : : .::. .
CCDS53 LLYVMENEVDAFWCFASYMDQMHQNFEEQMQGMKTQLIQLSTLLRLLDSGFCSYLESQDS
450 460 470 480 490 500
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 DDLFFCYRWLLLELKREFAFDDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADTGFGGH
:.::.::::...::::.: : ::. :: :. ::
CCDS53 GYLYFCFRWLLIRFKREFSFLDILRLWEVMWTELPCTNFHLLLCCAILESEKQQIMEKHY
510 520 530 540 550 560
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 RGWPVRQRHMLRPAGGGGSTFEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSR
CCDS53 GFNEILKHINELSMKIDVEDILCKAEAISLQMVKCKELPQAVCEILGLQGSEVTTPDSDV
570 580 590 600 610 620
>>CCDS55849.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 (682 aa)
initn: 638 init1: 377 opt: 602 Z-score: 411.8 bits: 86.6 E(32554): 1.3e-16
Smith-Waterman score: 602; 38.8% identity (67.3% similar) in 245 aa overlap (196-435:305-548)
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 TQSILTQVGRTLSKVQQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIY
. :.: :. .. ::.. .... :.
CCDS55 IPGLKINQQEEPGFEVITRIDLGERPVVQRREPVSLEEWTKNIDSEGRILNVDNMKQMIF
280 290 300 310 320 330
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 HGGVEPSLRKVVWRYLLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRASPED-----
.::. .::: .:..::. .: : .:: . .:.:. :: ..: .: . .. ..
CCDS55 RGGLSHALRKQAWKFLLGYFPWDSTKEERTQLQKQKTDEYFRMKLQWKSISQEQEKRNSR
340 350 360 370 380 390
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 LEFIRSTVLKDVLRTDRAHPYYAGPEDGPHLRALHDLLTTYAVTHPQVSYCQGMSDLASP
:. :: . ::: ::::.. .: : .:.: : :::.: :: . ...: :::::: ::
CCDS55 LRDYRSLIEKDVNRTDRTNKFYEG-QDNPGLILLHDILMTYCMYDFDLGYVQGMSDLLSP
400 410 420 430 440 450
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 ILAVMDHEGHAFVCFCGIMKRLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGA
.: ::..: :: :: . : .. ::. . ..: :.. .:. ::: : : .::. .
CCDS55 LLYVMENEVDAFWCFASYMDQMHQNFEEQMQGMKTQLIQLSTLLRLLDSGFCSYLESQDS
460 470 480 490 500 510
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 DDLFFCYRWLLLELKREFAFDDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADTGFGGH
:.::.::::...::::.: : ::. :: :. ::
CCDS55 GYLYFCFRWLLIRFKREFSFLDILRLWEVMWTELPCTNFHLLLCCAILESEKQQIMEKHY
520 530 540 550 560 570
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 RGWPVRQRHMLRPAGGGGSTFEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSR
CCDS55 GFNEILKHINELSMKIDVEDILCKAEAISLQMVKCKELPQAVCEILGLQGSEVTTPDSDV
580 590 600 610 620 630
>>CCDS31858.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 (691 aa)
initn: 638 init1: 377 opt: 602 Z-score: 411.7 bits: 86.6 E(32554): 1.3e-16
Smith-Waterman score: 602; 38.8% identity (67.3% similar) in 245 aa overlap (196-435:314-557)
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 TQSILTQVGRTLSKVQQVLSWSYGEDVKPFKPPLSDAEFHTYLNHEGQLSRPEELRLRIY
. :.: :. .. ::.. .... :.
CCDS31 IPGLKINQQEEPGFEVITRIDLGERPVVQRREPVSLEEWTKNIDSEGRILNVDNMKQMIF
290 300 310 320 330 340
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 HGGVEPSLRKVVWRYLLNVYPDGLTGRERMDYMKRKSREYEQLKSEWAQRASPED-----
.::. .::: .:..::. .: : .:: . .:.:. :: ..: .: . .. ..
CCDS31 RGGLSHALRKQAWKFLLGYFPWDSTKEERTQLQKQKTDEYFRMKLQWKSISQEQEKRNSR
350 360 370 380 390 400
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 LEFIRSTVLKDVLRTDRAHPYYAGPEDGPHLRALHDLLTTYAVTHPQVSYCQGMSDLASP
:. :: . ::: ::::.. .: : .:.: : :::.: :: . ...: :::::: ::
CCDS31 LRDYRSLIEKDVNRTDRTNKFYEG-QDNPGLILLHDILMTYCMYDFDLGYVQGMSDLLSP
410 420 430 440 450 460
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 ILAVMDHEGHAFVCFCGIMKRLAANFHPDGRAMATKFAHLKLLLRHADPDFYQYLQEAGA
.: ::..: :: :: . : .. ::. . ..: :.. .:. ::: : : .::. .
CCDS31 LLYVMENEVDAFWCFASYMDQMHQNFEEQMQGMKTQLIQLSTLLRLLDSGFCSYLESQDS
470 480 490 500 510 520
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 DDLFFCYRWLLLELKREFAFDDALRMLEVTWSSLPPDPPEHEVELVGPPSQVADTGFGGH
:.::.::::...::::.: : ::. :: :. ::
CCDS31 GYLYFCFRWLLIRFKREFSFLDILRLWEVMWTELPCTNFHLLLCCAILESEKQQIMEKHY
530 540 550 560 570 580
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 RGWPVRQRHMLRPAGGGGSTFEDAVDHLATASQGPGGGGRLLRQASLDGLQQLRDNMGSR
CCDS31 GFNEILKHINELSMKIDVEDILCKAEAISLQMVKCKELPQAVCEILGLQGSEVTTPDSDV
590 600 610 620 630 640
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CCDS62 RTDRNNQFFRG-EDNPNVESMRRILLNYAVYNPAVGYSQGMSDLVAPILAEVLDESDTFW
120 130 140 150 160 170
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]