Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4127
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4127, 520 aa
1>>>pF1KE4127 520 - 520 aa - 520 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8749+/-0.000417; mu= -7.9569+/- 0.026
mean_var=465.6436+/-94.116, 0's: 0 Z-trim(124.7): 7 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.059436
statistics sampled from 46814 (46821) to 46814 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.8), E-opt: 0.2 (0.549), width: 16
Scan time: 11.020
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein ME ( 520) 3566 319.8 1.2e-86
NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin- ( 659) 1057 104.8 8.3e-22
XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 598) 1028 102.3 4.4e-21
NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D ( 651) 1028 102.3 4.6e-21
NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein ME ( 666) 1028 102.3 4.7e-21
NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B ( 569) 1008 100.5 1.4e-20
XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 417) 597 65.2 4.5e-10
>>NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein MEX3A (520 aa)
initn: 3566 init1: 3566 opt: 3566 Z-score: 1676.5 bits: 319.8 E(85289): 1.2e-86
Smith-Waterman score: 3566; 100.0% identity (100.0% similar) in 520 aa overlap (1-520:1-520)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPSLVVSGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLGEPPAPTAGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPSLVVSGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLGEPPAPTAGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DGGGGGGGAPAQPAAPPQPAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DGGGGGGGAPAQPAAPPQPAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 GRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVAPALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVAPALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 PKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 ENDFLAGSPDAAIDSRYSDAWRVHQPGCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGFEAPRLGEQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ENDFLAGSPDAAIDSRYSDAWRVHQPGCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGFEAPRLGEQG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 GDFGYGGYLFPGYGVGKQDVYYGVAETSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GDFGYGGYLFPGYGVGKQDVYYGVAETSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GPPGAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GPPGAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KE4 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS
490 500 510 520
>>NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin-prot (659 aa)
initn: 1346 init1: 507 opt: 1057 Z-score: 512.5 bits: 104.8 E(85289): 8.3e-22
Smith-Waterman score: 1336; 46.3% identity (67.2% similar) in 533 aa overlap (28-513:121-652)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MPSLVVSGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLGEPPAPT
: :::.:. . .. : : ::: :
NP_057 ERAPPGRPGAPEAAELELEEDEEEGEEAELDGDLLEEEELEEAEEEDRSSLLLLSPPAAT
100 110 120 130 140 150
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 AGEDGG--GGGGGAPAQPAAPPQPAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPT-----APKGA
:.. ::. :. ::: . :: .. .. :: . .: :
NP_057 ASQTQQIPGGSLGSVLLPAARFDAREAAAAAAAAGVLYGGDDAQGMMAAMLSHAYGPGGC
160 170 180 190 200 210
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 SDAKLCALYKEAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPV
. : ..: : . : :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GAAAAALNGEQAALLRRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPV
220 230 240 250 260 270
180 190 200 210 220
pF1KE4 RGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFG---VAPALPGQVTIR
:::::.:.::::.:::: :.:::.:::::::::::::::.: :.: .: ::::.:..
NP_057 RGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQ
280 290 300 310 320 330
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 VRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETH
::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::..::::.:: : ::.::::::: :
NP_057 VRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMH
340 350 360 370 380 390
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 IAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDS-RYSDAWRVHQP----GCKPLSTFRQNSLGCI
::.:::. .: :.:::: .. :..... ..:: .: . .:..:..: . .
NP_057 IAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSL
400 410 420 430 440 450
350 360 370 380 390
pF1KE4 GECGVDSGFEAPRLGE--QGGDFGYGGYLFPGY--GVGKQDV------YYGVAETSPPLW
: ..:: : . ::.. . :. :.. : .::..:. . .. .. .:
NP_057 GSGSTDSYFGSNRLADFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIW
460 470 480 490 500 510
400 410 420 430
pF1KE4 AGQENATPTSVLFSSASSS------SSSSAKARAGP--------PGAHR--SPATSAGPE
. : ..: : . :. :.. .:. . : .: : :.: : :.: .
NP_057 TPFEPVNPLSGFGSDPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNH
520 530 540 550 560 570
440 450 460 470 480 490
pF1KE4 LAGLPRRPPG--EPLQGFSKLGGGGLRS-PGGGR---DCMVCFESEVTAALVPCGHNLFC
. ::: :. . ...:. .::. : : .: ::..:::.:: ::::::::::::
NP_057 V-GLPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFC
580 590 600 610 620
500 510 520
pF1KE4 MECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS
:::: .:::. : ::::. ..:
NP_057 MECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
630 640 650
>>XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro (598 aa)
initn: 846 init1: 501 opt: 1028 Z-score: 499.6 bits: 102.3 E(85289): 4.4e-21
Smith-Waterman score: 1097; 46.0% identity (62.1% similar) in 485 aa overlap (37-455:5-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 SGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLG---EPPAPTAGEDG-
::.:::::: :::: . :. ::
XP_016 DAAAALRLALDQLSALGLGGAGDTDEEGAAGDGA
10 20 30
70 80 90 100
pF1KE4 ---GGGGGGAPAQPAAPPQP---APPP--PPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPT---------
::. ::: .:. : : ::: : .:: . : : :. : ::
XP_016 AAAGGADGGAAPEPVPPDGPEAGAPPTLAPAVAPGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVF
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 ---APKGASDAKLCALYKEAEL--RLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRA
::. :. . : . . : : : :::::::.::::::::::::::::::::
XP_016 AGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRA
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210
pF1KE4 KTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVA---
:::::::::::::::::.::::.::: :.:::.:::::::.:::.:.:.:. :.:
XP_016 KTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGP
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 PALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNV
: ::::.::.::::::::::::::::::::::::.:.:::.::.::..::: .:: : ::
XP_016 PNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENV
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 ERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA--W-RVHQPGCKPLSTF
.:::::::.::..::: . . . ..:: :.. :. .: . : : .. . : .: ..
XP_016 DRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLWAKTPNQGRRPPTA-
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370
pF1KE4 RQNSLGCIGEC--GVDSGFEAPRLGEQGGDF-------------GYGGYLF----PGYGV
. : :. :. :. :: : .:: : ::. : :: :
XP_016 ---TAGLRGDTALGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPDPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPV
340 350 360 370 380 390
380 390 400 410 420
pF1KE4 GK---QDVYYG------VAETSPP----LWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARAGP
: .: .: . . . : .:: : :.: .. :. :.... ::
XP_016 GTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERAAPLPAF------SGCSTVNGAPGP
400 410 420 430 440
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 P--GAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA
: ::.:: .: :: ::. : : : .:
XP_016 PAAGARRS----SG---AGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPV
450 460 470 480 490
490 500 510 520
pF1KE4 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS
XP_016 SFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSASSAPALARECVVCAEGEVMA
500 510 520 530 540 550
>>NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D iso (651 aa)
initn: 1006 init1: 501 opt: 1028 Z-score: 499.1 bits: 102.3 E(85289): 4.6e-21
Smith-Waterman score: 1097; 46.0% identity (62.1% similar) in 485 aa overlap (37-455:58-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 SGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLG---EPPAPTAGEDG-
::.:::::: :::: . :. ::
NP_976 PGPGPAPPPEGAQEAAPAPRPPPEPDDAAAALRLALDQLSALGLGGAGDTDEEGAAGDGA
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100
pF1KE4 ---GGGGGGAPAQPAAPPQP---APPP--PPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPT---------
::. ::: .:. : : ::: : .:: . : : :. : ::
NP_976 AAAGGADGGAAPEPVPPDGPEAGAPPTLAPAVAPGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVF
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 ---APKGASDAKLCALYKEAEL--RLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRA
::. :. . : . . : : : :::::::.::::::::::::::::::::
NP_976 AGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRA
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210
pF1KE4 KTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVA---
:::::::::::::::::.::::.::: :.:::.:::::::.:::.:.:.:. :.:
NP_976 KTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGP
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 PALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNV
: ::::.::.::::::::::::::::::::::::.:.:::.::.::..::: .:: : ::
NP_976 PNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENV
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 ERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA--W-RVHQPGCKPLSTF
.:::::::.::..::: . . . ..:: :.. :. .: . : : .. . : .: ..
NP_976 DRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLWAKTPNQGRRPPTA-
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370
pF1KE4 RQNSLGCIGEC--GVDSGFEAPRLGEQGGDF-------------GYGGYLF----PGYGV
. : :. :. :. :: : .:: : ::. : :: :
NP_976 ---TAGLRGDTALGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPDPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPV
390 400 410 420 430 440
380 390 400 410 420
pF1KE4 GK---QDVYYG------VAETSPP----LWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARAGP
: .: .: . . . : .:: : :.: .. :. :.... ::
NP_976 GTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERAAPLPAF------SGCSTVNGAPGP
450 460 470 480 490
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 P--GAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA
: ::.:: .: :: ::. : : : .:
NP_976 PAAGARRS----SG---AGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPV
500 510 520 530 540 550
490 500 510 520
pF1KE4 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS
NP_976 SFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSASSAPALARECVVCAEGEVMA
560 570 580 590 600 610
>>NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D (666 aa)
initn: 991 init1: 501 opt: 1028 Z-score: 499.0 bits: 102.3 E(85289): 4.7e-21
Smith-Waterman score: 1097; 46.0% identity (62.1% similar) in 485 aa overlap (37-455:58-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 SGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLG---EPPAPTAGEDG-
::.:::::: :::: . :. ::
NP_001 PGPGPAPPPEGAQEAAPAPRPPPEPDDAAAALRLALDQLSALGLGGAGDTDEEGAAGDGA
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100
pF1KE4 ---GGGGGGAPAQPAAPPQP---APPP--PPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPT---------
::. ::: .:. : : ::: : .:: . : : :. : ::
NP_001 AAAGGADGGAAPEPVPPDGPEAGAPPTLAPAVAPGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVF
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 ---APKGASDAKLCALYKEAEL--RLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRA
::. :. . : . . : : : :::::::.::::::::::::::::::::
NP_001 AGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRA
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210
pF1KE4 KTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVA---
:::::::::::::::::.::::.::: :.:::.:::::::.:::.:.:.:. :.:
NP_001 KTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGP
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 PALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNV
: ::::.::.::::::::::::::::::::::::.:.:::.::.::..::: .:: : ::
NP_001 PNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENV
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 ERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA--W-RVHQPGCKPLSTF
.:::::::.::..::: . . . ..:: :.. :. .: . : : .. . : .: ..
NP_001 DRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLWAKTPNQGRRPPTA-
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370
pF1KE4 RQNSLGCIGEC--GVDSGFEAPRLGEQGGDF-------------GYGGYLF----PGYGV
. : :. :. :. :: : .:: : ::. : :: :
NP_001 ---TAGLRGDTALGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPDPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPV
390 400 410 420 430 440
380 390 400 410 420
pF1KE4 GK---QDVYYG------VAETSPP----LWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARAGP
: .: .: . . . : .:: : :.: .. :. :.... ::
NP_001 GTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERAAPLPAF------SGCSTVNGAPGP
450 460 470 480 490
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 P--GAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA
: ::.:: .: :: ::. : : : .:
NP_001 PAAGARRS----SG---AGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPV
500 510 520 530 540 550
490 500 510 520
pF1KE4 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS
NP_001 SFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSASSAPALARECVVCAEGEVMA
560 570 580 590 600 610
>>NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B [Ho (569 aa)
initn: 975 init1: 512 opt: 1008 Z-score: 490.6 bits: 100.5 E(85289): 1.4e-20
Smith-Waterman score: 1044; 45.8% identity (60.8% similar) in 485 aa overlap (1-463:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPSLVVSGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLGEPPAPTAGE
::: . . .::::. : : :::. :.:.:::::::::: ::::
NP_115 MPSSLFAD-LERNGSGG--GG-GGSSGGGETLDDQRALQLALDQLSLLGLD---------
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DGGGGGGGAPAQPAAPPQPAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYK
. .::: ::
NP_115 ---------------------------------------------SDEGAS------LY-
50
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVT
..: : : : : :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_115 DSEPR-KKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVT
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230
pF1KE4 GRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVAPA---LPGQVTIRVRVPYRVVGL
::.:::: :::::::::::::::::::::. : :..:. ::::.::.::::::::::
NP_115 GRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGL
120 130 140 150 160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 VVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILE
::::::::::::::::.:::.:::::..::::.:: : ::.:::::::.:::.::: :.:
NP_115 VVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIE
180 190 200 210 220 230
300 310 320 330 340
pF1KE4 YNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA-------WR------VHQPGCKPLSTFRQNSLGCIGE
..:::: :.. :...: ..... : . :: ::.:..:..: . .:
NP_115 LTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGS
240 250 260 270 280 290
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 CGVDSGFEAPRLGEQGGDFGYGGYLFPGYGVGKQDVYYGVAETSPPLWAGQENATPTSVL
..:: : :: . .. .. .:. ::: . :
NP_115 ASTDSYF--------------GGGTSSSAAATQR-----LADYSPP-------SPALSFA
300 310 320
410 420 430 440 450
pF1KE4 FSSASSSSSSSAKARAGPPGAHRSPATSAGPELAGL----PRRPPGEPL--QGFSKLGGG
.. ....... :: : :. .. ::: : ::: :: : . ::
NP_115 HNGNNNNNGNGYTYTAG--GEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGG
330 340 350 360 370 380
460 470 480 490 500 510
pF1KE4 GLRSPGGGRDCMVCFESEVTAALVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRI
: .:
NP_115 GPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLH
390 400 410 420 430 440
>--
initn: 564 init1: 354 opt: 379 Z-score: 199.1 bits: 46.6 E(85289): 0.00024
Smith-Waterman score: 379; 54.5% identity (72.3% similar) in 112 aa overlap (417-520:459-569)
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 TSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARAGPPG---AHRSPATSAGPELAGL-PR
..:. : : :. . :.. : .: :: :
NP_115 HRRLHPGTSCPRLSPPLHMAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPS
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490
pF1KE4 RPPGEPLQGFSKLGGG----GLRSPGGGRDCMVCFESEVTAALVPCGHNLFCMECAVRIC
: .. :. ... ::: :. ::: ::::::: :::::::::::::::: :::
NP_115 DTSGSSSSSSSSSSSSSSSSGLRRKGS-RDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRIC
490 500 510 520 530 540
500 510 520
pF1KE4 ERTDPECPVCHITATQAIRIFS
:...::::::: ..::::::::
NP_115 EKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
550 560
>>XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro (417 aa)
initn: 840 init1: 438 opt: 597 Z-score: 301.8 bits: 65.2 E(85289): 4.5e-10
Smith-Waterman score: 610; 42.0% identity (61.9% similar) in 307 aa overlap (189-455:2-291)
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 RAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVA-
:.:::.:::::::.:::.:.:.:. :.:
XP_016 MAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQ
10 20 30
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 --PALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPG
: ::::.::.::::::::::::::::::::::::.:.:::.::.::..::: .:: :
XP_016 GPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPE
40 50 60 70 80 90
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 NVERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA--W-RVHQPGCKPLS
::.:::::::.::..::: . . . ..:: :.. :. .: . : : .. . : .: .
XP_016 NVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLWAKTPNQGRRPPT
100 110 120 130 140 150
340 350 360 370
pF1KE4 TFRQNSLGCIGEC--GVDSGFEAPRLGEQGGDF-------------GYGGYLF----PGY
. . : :. :. :. :: : .:: : ::. : ::
XP_016 A----TAGLRGDTALGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPDPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGA
160 170 180 190 200
380 390 400 410 420
pF1KE4 GVGK---QDVYYG------VAETSPP----LWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARA
:: .: .: . . . : .:: : :.: .. :. :....
XP_016 PVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERAAPLPAF------SGCSTVNGAP
210 220 230 240 250 260
430 440 450 460 470
pF1KE4 GPP--GAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVT
::: ::.:: . :: ::. : : : .:
XP_016 GPPAAGARRSSG-------AGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQG
270 280 290 300 310
480 490 500 510 520
pF1KE4 AALVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS
XP_016 PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSASSAPALARECVVCAEGEV
320 330 340 350 360 370
520 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 04:33:48 2016 done: Tue Nov 8 04:33:50 2016
Total Scan time: 11.020 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]