Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4102
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4102, 471 aa
1>>>pF1KE4102 471 - 471 aa - 471 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3420+/-0.00128; mu= 9.1179+/- 0.076
mean_var=180.7981+/-38.088, 0's: 0 Z-trim(107.1): 159 B-trim: 353 in 1/51
Lambda= 0.095384
statistics sampled from 9198 (9377) to 9198 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.288), width: 16
Scan time: 2.050
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 3222 456.3 3.2e-128
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 1325 195.3 1.2e-49
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 1000 150.6 3.7e-36
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 976 147.2 3.5e-35
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 947 143.2 5.6e-34
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 937 141.9 1.4e-33
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 866 132.1 1.3e-30
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 863 131.7 1.7e-30
CCDS34093.1 TRIM61 gene_id:391712|Hs108|chr4 ( 209) 828 126.5 2.7e-29
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 733 113.8 4e-25
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 680 106.5 6.5e-23
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 680 106.5 6.8e-23
CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 500) 677 106.1 8.8e-23
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 664 104.3 3e-22
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 664 104.5 4.4e-22
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 652 102.8 1.1e-21
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 648 102.1 1.3e-21
CCDS376.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 475) 648 102.1 1.3e-21
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 644 101.5 1.9e-21
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 642 101.2 2.3e-21
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 634 100.1 4.9e-21
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 632 99.9 6e-21
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 630 99.6 7.3e-21
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 612 97.1 4e-20
CCDS4465.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 518) 613 97.3 4e-20
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 612 97.1 4.3e-20
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 610 96.9 5.1e-20
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 608 96.6 6.3e-20
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 606 96.3 7.4e-20
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 599 95.3 1.4e-19
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 599 95.4 1.5e-19
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 547 88.1 1.6e-17
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 541 87.4 3.8e-17
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 529 85.6 1e-16
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 529 85.7 1.2e-16
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 510 83.1 6.8e-16
CCDS4614.1 BTN1A1 gene_id:696|Hs108|chr6 ( 526) 509 83.0 8.3e-16
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 503 82.2 1.4e-15
CCDS10498.1 MEFV gene_id:4210|Hs108|chr16 ( 781) 506 82.8 1.5e-15
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 491 80.5 4.7e-15
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 486 79.6 5.3e-15
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 486 79.7 5.6e-15
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 481 79.1 1.1e-14
CCDS10114.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 341) 476 78.3 1.4e-14
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 471 77.8 3.1e-14
CCDS73719.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 296) 464 76.6 4.1e-14
CCDS56403.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 313) 464 76.6 4.2e-14
CCDS4607.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 407) 464 76.7 5.1e-14
CCDS4606.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 523) 464 76.8 6e-14
CCDS56405.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 466) 460 76.2 8.2e-14
>>CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 (471 aa)
initn: 3222 init1: 3222 opt: 3222 Z-score: 2415.5 bits: 456.3 E(32554): 3.2e-128
Smith-Waterman score: 3222; 100.0% identity (100.0% similar) in 471 aa overlap (1-471:1-471)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MEFVTALVNLQEESSCPICLEYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDLDDTFPCPVCRFCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 MEFVTALVNLQEESSCPICLEYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDLDDTFPCPVCRFCF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 PYKSFRRNPQLRNLTEIAKQLQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLFCVKDLEILCTQCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 PYKSFRRNPQLRNLTEIAKQLQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLFCVKDLEILCTQCS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FSTKHQKHYICPIKKAASYHREILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGSKSVELKKKVEYKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 FSTKHQKHYICPIKKAASYHREILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGSKSVELKKKVEYKR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 EEINSEFEQIRLFLQNEQEMILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYVSTLKHLLREVEGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 EEINSEFEQIRLFLQNEQEMILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYVSTLKHLLREVEGK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 SVQSNLELLTQAKSMHHKYQNLKCPELFSFRLTKYGFSLPPQYSGLDRIIKPFQVDVILD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 SVQSNLELLTQAKSMHHKYQNLKCPELFSFRLTKYGFSLPPQYSGLDRIIKPFQVDVILD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LNTAHPQLLVSEDRKAVRYERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQRFSSGRHYWEVEVGNKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 LNTAHPQLLVSEDRKAVRYERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQRFSSGRHYWEVEVGNKP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAIGRYMKSGYVASGPKTTQLLPVVKPSKIGIFLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 KWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAIGRYMKSGYVASGPKTTQLLPVVKPSKIGIFLD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE4 YELGDLSFYNMNDRSILYTFNDCFTEAVWPYFYTGTDSEPLKICSVSDSER
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 YELGDLSFYNMNDRSILYTFNDCFTEAVWPYFYTGTDSEPLKICSVSDSER
430 440 450 460 470
>>CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 (488 aa)
initn: 1195 init1: 651 opt: 1325 Z-score: 1004.5 bits: 195.3 E(32554): 1.2e-49
Smith-Waterman score: 1325; 43.1% identity (70.6% similar) in 473 aa overlap (6-470:19-488)
10 20 30 40
pF1KE4 MEFVTALVNLQEESSCPICLEYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDL
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CCDS34 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 DDTFPCPVCRFCFPYKSFRRNPQLRNLTEIAKQLQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLF
. ::::::: :.:.: : :: ...::::::: . ... .....: .:.. :.::
CCDS34 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQ---AVKRKIRDESLCPQHHEALSLF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 CVKDLEILCTQCSFSTKHQKHYICPIKKAASYHREILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGS
: .: : .: :..: :. : . :. :.. ..: :. ::::....... . . .
CCDS34 CYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 KSVELKKKVEYKREEINSEFEQIRLFLQNEQEMILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYV
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CCDS34 KPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 STLKHLLREVEGKSVQSNLELLTQAKSMHHKYQNLKCPEL--FSFRLTKYGFSLPPQYSG
: :: ::::: .::..:.: ..:: .: ...: :. :..: : ..: :: .
CCDS34 RDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFA
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 LDRIIKPFQVDVILDLNTAHPQLLVSEDRKAVRY-ERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQR
: .:.: . .:: :: .::::.:..:::::.:.. : . :.. :::: : ::...
CCDS34 LRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 FSSGRHYWEVEVGNKPKWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAIGRYMKSGYVASGPKTT
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CCDS34 FTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFT
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KE4 QLLPVVKPSKIGIFLDYELGDLSFYNMNDRSILYTFNDCFTEAVWPYFYTGT-----DSE
: :::...::::::: : :::::..::: .:::.: ::: .:: :: : ..
CCDS34 PLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHIYTFTDTFTEKLWPLFYPGIRAGRKNAA
420 430 440 450 460 470
460 470
pF1KE4 PLKICSVSDSER
:: : .: :
CCDS34 PLTIRPPTDWE
480
>>CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 (503 aa)
initn: 860 init1: 371 opt: 1000 Z-score: 762.7 bits: 150.6 E(32554): 3.7e-36
Smith-Waterman score: 1000; 42.7% identity (73.3% similar) in 356 aa overlap (6-358:19-371)
10 20 30 40
pF1KE4 MEFVTALVNLQEESSCPICLEYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDL
:: ::: :.:: .::::::.:: :.::::::..:.. :.::
CCDS78 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 DDTFPCPVCRFCFPYKSFRRNPQLRNLTEIAKQLQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLF
. ::::::: :.:.: : :: ...::::::: . ... .....: .:.. :.::
CCDS78 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQ---AVKRKIRDESLCPQHHEALSLF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 CVKDLEILCTQCSFSTKHQKHYICPIKKAASYHREILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGS
: .: : .: :..: :. : . :. :.. ..: :. ::::....... . . .
CCDS78 CYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 KSVELKKKVEYKREEINSEFEQIRLFLQNEQEMILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYV
: :::. :: .:..: :::... :..::...: ....::..:: .: :: ..:.:
CCDS78 KPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 STLKHLLREVEGKSVQSNLELLTQAKSMHHKYQNLKCPEL--FSFRLTKYGFSLPPQYSG
: :: ::::: .::..:.: ..:: .: ...: :. :..: : ..: :: .
CCDS78 RDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFA
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 LDRIIKPFQVDVILDLNTAHPQLLVSEDRKAVRY-ERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQR
: .:.: . .:: :: .::::.:..:::::.:.. : . :.. :::: : ::...
CCDS78 LRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 FSSGRHYWEVEVGNKPKWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAIGRYMKSGYVASGPKTT
:.:::::::::...
CCDS78 FTSGRHYWEVEAAHCVLAQDPENQALARFYCYTERTIAKRLVLRRDPSVKRTLCRGCSSL
360 370 380 390 400 410
>>CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 (468 aa)
initn: 918 init1: 322 opt: 976 Z-score: 745.2 bits: 147.2 E(32554): 3.5e-35
Smith-Waterman score: 976; 35.6% identity (63.5% similar) in 463 aa overlap (9-464:9-455)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MEFVTALVNLQEESSCPICLEYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDLDDTFPCPVCRFCF
:::::..: :::.:. ::: .::::::: :. : . . . :: ::
CCDS31 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 PYKSFRRNPQLRNLTEIAKQLQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLFCVKDLEILCTQCS
: ...: : : ...:.: :: . ...: : . :. :: .:..::. :
CCDS31 PQRNLRPNRPLAKMAEMA-----RRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACE
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FSTKHQKHYICPIKKAASYHREILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGSKSVELKKKVEYKR
: .: : . :.. :: . :: ::: ::.... . : .: :: .:
CCDS31 RSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 EEINSEFEQIRLFLQNEQEMILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYVSTLKHLLREVEGK
... .:::..: .: .:....:.....::...: .: :. ..:.. . : .:. :.::.
CCDS31 QNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE4 SVQSNLELLTQAKSMHHKYQNLKC--PELFSFRLTKYGFSLPPQYSGLDRIIKPFQVDVI
: :: . :. .. :..: ::. ..: . .: :: . .. :. ::
CCDS31 CQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMEL-RTVCRVP----GLVETLRRFRGDVT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 LDLNTAHPQLLVSEDRKAVRYERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQRFSSGRHYWEVEVGN
:: .::.:.:..::::..:. .. . .:.:: : :::..::.:::::::::::.
CCDS31 LDPDTANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 KPKWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAI---GRYMKSGYVASGPKTTQLLPVVKPSKI
. .: ::::.. . :. . . :. .::: . : :..:. : .: : : ..
CCDS31 RTSWALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLGSYYNSSERALAPLRD---P---PRRV
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 GIFLDYELGDLSFYNMNDRSILYTFNDC-FTEAVWPYFYTGTDSE-PLKICSVSDSER
::::::: : ::::. .: :.:. : . :. .. : : ..: :. ::
CCDS31 GIFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDT
410 420 430 440 450 460
CCDS31 LAPQ
>>CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 (486 aa)
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10 20 30 40 50
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CCDS16 EMQRQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQQSKALKELADE
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CCDS16 GIFLDYEAGEISFYNVTDGSYIYTFNQLFSGLLRPYFFI-CDATPLILPPTTIAGSGNWA
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CCDS16 SRDHLDPASDVRDDHL
480
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CCDS44 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEIS-QEAREGTQGER--CAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCA
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CCDS44 QSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQK
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CCDS44 SRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRR
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CCDS44 CHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSV-CHVP----GLKKMLRTCAVHIT
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CCDS44 LDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTG
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CCDS44 KEAWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVGIF
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CCDS44 LDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQ
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CCDS44 GSTDY
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CCDS31 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIPGESQNWGYTCPL
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CCDS31 CRAPVQPRNLRPNWQLANVVEKVRLLRLHPGMGLK---GDLCERHGEKLKMFCKEDVLIM
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CCDS31 CEACSQSPEHEAHSVVPMEDVAWEYKWELHEALEHLKKEQEEAWKLEVGERKRTATWKIQ
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:: ... : :::. . .:...: : ..: : . . ::. : :: .
CCDS31 VETRKQSIVWEFEKYQRLLEKKQPPHRQLGAEVAAALASLQREAAETMQKLELNHSELIQ
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CCDS31 QSQVLWRMIAELKERSQRPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKTDCRVL----
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CCDS31 -GLREILKTYAADVRLDPDTAYSRLIVSEDRKRVHYGDTNQKLPDNPERFYRYNIVLGSQ
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CCDS31 CISSGRHYWEVEVGDRSEWGLGVCKQNVDRKEVVYLSPHYGFWVI-RLRKGNEYRAGTDE
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CCDS31 YPILSLPVPPRRVGIFVDYEAHDISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPYFSPCYSIGT
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CCDS31 NNTAPLAICSL-DGED
480
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CCDS15 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
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CCDS15 PCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQ------HPGLQKQD-LCQEHHEPLKLFCQKD
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CCDS15 QSPICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAE
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CCDS15 WQGKVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLE
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CCDS15 LLLLQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPRTVCRVPGQI----EV
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CCDS15 LRGFLEDVVPDATSAYPYLLLYESRQR-RYLGSSPEGSGFC-SKDRFVAYPCAVGQTAFS
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CCDS15 SGRHYWEVGMNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKYLSTFSALT
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CCDS15 PVMLMEPPSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMV
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CCDS15 ISTVTMWVKG
470
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CCDS34 MEFVTALADLRAEASCPICLDYLKDPVTISCGHNFCLSCIIMSWKDLHDSFPCPFCHFCC
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CCDS34 PERKFISNPQLGSLTEIAKQLQIRSKKRKRQEEKHVCKKHNQVLTFFCQKDLELLCPRCS
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CCDS34 LSTDHQHHCVWPIKKAASYHRKKLEEYNAPWKERVELIEKVITMQTRKSLELKKKMESPS
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CCDS34 VTRLECSCTISAHFNLRLPGSSDSSASGS
190 200
>>CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 (465 aa)
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CCDS45 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQETFCCP
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CCDS45 ICWRCERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLSTAMRITKWKE
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CCDS45 KVQIQRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKSNELKSHI
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CCDS45 LELEEKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELHTM-CNVSKLYFDVKKMLRS
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CCDS45 HQVSVTLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSRRFTAFPCVLGCEGFTSGRRYF
290 300 310 320 330 340
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pF1KE4 EVEVGNKPKWILGVCQDCLLRNWQDQPSVLGGFWAIGRYMKSGYVA-SGPKTTQLLPVVK
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CCDS45 EVDVGEGTGWDLGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTSPPTSLHLHE-Q
350 360 370 380 390 400
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CCDS45 PLLVGIFLDYEAGVVSFYNGNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPPPGD
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 R
471 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]