Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4095
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4095, 468 aa
1>>>pF1KE4095 468 - 468 aa - 468 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3553+/-0.00112; mu= -1.4564+/- 0.066
mean_var=222.7620+/-46.538, 0's: 0 Z-trim(109.7): 129 B-trim: 13 in 1/50
Lambda= 0.085932
statistics sampled from 10921 (11050) to 10921 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.339), width: 16
Scan time: 2.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 3112 399.0 5.6e-111
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 1112 151.0 2.4e-36
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 1027 140.5 3.7e-33
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 929 128.4 1.7e-29
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 895 124.1 2.9e-28
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 893 123.9 3.5e-28
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 871 121.1 2.3e-27
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 864 120.3 4.2e-27
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 811 113.7 4.2e-25
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 782 110.1 4.9e-24
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 779 109.7 6.3e-24
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 778 109.6 6.9e-24
CCDS3850.2 TRIML2 gene_id:205860|Hs108|chr4 ( 437) 771 108.7 1.2e-23
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 768 108.4 1.7e-23
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 766 108.1 1.9e-23
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 757 107.0 4.3e-23
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 742 105.2 1.6e-22
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 681 97.6 2.9e-20
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 599 87.4 3.4e-17
CCDS475.1 ERMAP gene_id:114625|Hs108|chr1 ( 475) 581 85.2 1.6e-16
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 576 84.6 2.6e-16
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 558 82.4 1.2e-15
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 558 82.4 1.2e-15
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 556 82.1 1.5e-15
CCDS4612.2 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 535) 539 80.0 6.6e-15
CCDS4611.1 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 584) 539 80.1 7e-15
CCDS4614.1 BTN1A1 gene_id:696|Hs108|chr6 ( 526) 537 79.8 7.7e-15
CCDS76746.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 279) 528 78.5 1e-14
CCDS10498.1 MEFV gene_id:4210|Hs108|chr16 ( 781) 532 79.3 1.6e-14
CCDS56403.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 313) 521 77.7 2e-14
CCDS4607.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 407) 521 77.7 2.5e-14
CCDS47388.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 461) 521 77.8 2.7e-14
CCDS4608.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 513) 521 77.8 3e-14
CCDS4606.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 523) 521 77.8 3e-14
CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 500) 516 77.2 4.5e-14
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 511 76.5 6.7e-14
CCDS10114.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 341) 504 75.6 9.2e-14
CCDS56405.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 466) 504 75.7 1.2e-13
CCDS4613.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 527) 504 75.7 1.3e-13
CCDS76745.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 263) 493 74.1 1.9e-13
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 498 74.9 2.1e-13
CCDS73719.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 296) 493 74.2 2.1e-13
CCDS46694.1 RFPL2 gene_id:10739|Hs108|chr22 ( 317) 486 73.3 4.1e-13
CCDS43009.2 RFPL2 gene_id:10739|Hs108|chr22 ( 378) 486 73.4 4.7e-13
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 483 73.1 7.3e-13
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 479 72.5 8e-13
CCDS13904.1 RFPL3 gene_id:10738|Hs108|chr22 ( 288) 472 71.6 1.3e-12
CCDS43011.1 RFPL3 gene_id:10738|Hs108|chr22 ( 317) 472 71.6 1.4e-12
CCDS81297.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 354) 471 71.5 1.6e-12
CCDS376.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 475) 472 71.7 1.9e-12
>>CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 (468 aa)
initn: 3112 init1: 3112 opt: 3112 Z-score: 2105.9 bits: 399.0 E(32554): 5.6e-111
Smith-Waterman score: 3112; 100.0% identity (100.0% similar) in 468 aa overlap (1-468:1-468)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSTADLMENLREELTCFICLDYFSSPVTTECGHSFCLVCLLRSWEEHNTPLSCPECWRTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 MSTADLMENLREELTCFICLDYFSSPVTTECGHSFCLVCLLRSWEEHNTPLSCPECWRTL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EGPHFQSNERLGRLASIARQLRSQVLQSEDEQGSYGRMPTTAKALSDDEQGGSAFVAQSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 EGPHFQSNERLGRLASIARQLRSQVLQSEDEQGSYGRMPTTAKALSDDEQGGSAFVAQSH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 GANRVHLSSEAEEHHREKLQEILNLLRVRRKEAQAVLTHEKERVKLCQEETKTCKQVVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 GANRVHLSSEAEEHHREKLQEILNLLRVRRKEAQAVLTHEKERVKLCQEETKTCKQVVVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 EYMKMHQFLKEEEQLQLQLLEQEEKENMRKLRNNEIKLTQQIRSLSKMIAQIESSSQSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 EYMKMHQFLKEEEQLQLQLLEQEEKENMRKLRNNEIKLTQQIRSLSKMIAQIESSSQSSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 FESLEEVRGALERSEPLLLQCPEATTTELSLCRITGMKEMLRKFSTEITLDPATANAYLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 FESLEEVRGALERSEPLLLQCPEATTTELSLCRITGMKEMLRKFSTEITLDPATANAYLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LSEDLKSVKYGGSRQQLPDNPERFDQSATVLGTQIFTSGRHYWEVEVGNKTEWEVGICKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 LSEDLKSVKYGGSRQQLPDNPERFDQSATVLGTQIFTSGRHYWEVEVGNKTEWEVGICKD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 SVSRKGNLPKPPGDLFSLIGLKIGDDYSLWVSSPLKGQHVREPVCKVGVFLDYESGHIAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 SVSRKGNLPKPPGDLFSLIGLKIGDDYSLWVSSPLKGQHVREPVCKVGVFLDYESGHIAF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE4 YNGTDESLIYSFPQASFQEALRPIFSPCLPNEGTNTDPLTICSLNSHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 YNGTDESLIYSFPQASFQEALRPIFSPCLPNEGTNTDPLTICSLNSHV
430 440 450 460
>>CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 (468 aa)
initn: 1066 init1: 483 opt: 1112 Z-score: 765.9 bits: 151.0 E(32554): 2.4e-36
Smith-Waterman score: 1112; 40.3% identity (66.6% similar) in 467 aa overlap (1-462:1-455)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSTADLMENLREELTCFICLDYFSSPVTTECGHSFCLVCLLRSWEEHNTPLSCPECWRTL
:.. :: ::.:: :: ::::::..:: :.:::.:: :. : : . . : .:::: .
CCDS31 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE4 EGPHFQSNERLGRLASIARQLRSQVLQSEDEQG--SYGRMPTTAKALSDDEQGGSAFVAQ
... :. :...: .::.:. : :: : : .: .:. . : .
CCDS31 PQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHP---PSPVPQGVCPAHREPLAA-FCGDELRLLCAACER
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 S--HGANRVHLSSEAEEHHREKLQEILNLLRVRRKEAQAVLTHEKERVKLCQEETKTCKQ
: : :.::. ..: : . ::.. :. :: . ..: .. : : :. ... .:
CCDS31 SGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQRQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 VVVSEYMKMHQFLKEEEQLQLQLLEQEEKENMRKLRNNEIKLTQQIRSLSKMIAQIESSS
:..:. .....: :::: :: ::.:: : . .::.. .: :: :...::..:.
CCDS31 NVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 QSSAFESLEEVRGALERSEPLLLQCPEATTTEL-SLCRITGMKEMLRKFSTEITLDPATA
: :. :.... ::.: . . :: ::.. :: ..::. :. : ::.: ..:::: ::
CCDS31 QLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 NAYLVLSEDLKSVKYGGSRQQLPDNPERFDQSATVLGTQIFTSGRHYWEVEVGNKTEWEV
: :.:::: .::. : :: :::.::::: . ::: . :::::::::::::..: : .
CCDS31 NPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSWAL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 GICKDSVSRKGNLPKPPGDLFSLIGLKIGDDYSLWVSSPLKGQHVREPVCKVGVFLDYES
:.:...:.:: . :. : .. . .:. :. :: .:.: .::.:::::.
CCDS31 GVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVF-LGSYYN---SSERALAPLRDPPRRVGIFLDYEA
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE4 GHIAFYNGTDESLIYSFPQASFQEALRPIFSPCLPNEGTNTDPLTICSLNSHV
::..::..:: ::.. ::. :. .:::.::: ... :.:::
CCDS31 GHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPL----SSSPTPMTICRPKGGSGDTLAPQ
420 430 440 450 460
>>CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 (475 aa)
initn: 744 init1: 463 opt: 1027 Z-score: 708.9 bits: 140.5 E(32554): 3.7e-33
Smith-Waterman score: 1027; 39.6% identity (66.7% similar) in 475 aa overlap (1-465:1-466)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSTADLMENLREELTCFICLDYFSSPVTTECGHSFCLVCLLRSWEEHNTPLSCPECWRTL
:..: . . ::.:: :::: : ::. ::::::: :. : .. :: : . .
CCDS44 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECI--SQVGKGGGSVCPVCRQRF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 EGPHFQSNERLGRLASIARQLRSQVLQSEDEQGSYG-RMPTTAKALSD-DEQGGSAFV--
... :..:. ... ... :: : ..:. : : . .. : :. :.:.
CCDS44 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEI-SQ----EAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 -AQSHGANRVHLS---SEAEEHHREKLQEILNLLRVRRKEAQAVLTHEKERVKLCQEETK
:::. .: : :: ....:::: :. :: ... :. . .. . .. ..
CCDS44 CAQSR-KHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TCKQVVVSEYMKMHQFLKEEEQLQLQLLEQEEKENMRKLRNNEIKLTQQIRSLSKMIAQI
: :. . .:......:: :::: ::: ::..:.:..: : ..: ::.:: ..:...:...
CCDS44 TQKSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISEL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 ESSSQSSAFESLEEVRGALERSEPLLLQCPEATTTEL-SLCRITGMKEMLRKFSTEITLD
. .:::.: :.:: .::::: :. . :. :: :.:.. :.:.::: ...::::
CCDS44 DRRCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 PATANAYLVLSEDLKSVKYGGSRQQLPDNPERFDQSATVLGTQIFTSGRHYWEVEVGNKT
: ::: .:.:::: ..:. : ..:..: : ::::. :::.: : ::.:::::.: .:
CCDS44 PDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 EWEVGICKDSVSRKGNLPKPPGDLFSLIGLKIGDDYSLWVSSPLKGQHVREPVCKVGVFL
:..:.:.::: :::.. . : : : . : . : :.. : :.::.::
CCDS44 AWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAG-TYPQTPLHLQVPPCQVGIFL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE4 DYESGHIAFYNGTDE-SLIYSFPQASFQEALRPIFSPCLPNEGTNTDPLTICSLNSHV
:::.: ..::: ::. :::::: . .: :::.::: . . : :: :::.: ::
CCDS44 DYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQG
420 430 440 450 460 470
CCDS44 STDY
>>CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 (486 aa)
initn: 712 init1: 343 opt: 929 Z-score: 643.1 bits: 128.4 E(32554): 1.7e-29
Smith-Waterman score: 929; 36.4% identity (64.4% similar) in 461 aa overlap (1-448:1-451)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MSTADLMENLREELTCFICLDYFSSPVTTECGHSFCLVCLLRSWEEHNTP----LSCPEC
:. : : :::. : .:::... ::...::::::: :. . :. . .::.:
CCDS16 MAWAPPGERLREDARCPVCLDFLQEPVSVDCGHSFCLRCISEFCEKSDGAQGGVYACPQC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 WRTLEGPHFQSNERLGR-LASIARQLRSQVLQSEDEQGSYGRMPTTAKALSDDEQGGSAF
.:: :. : .: ::......: : . .: . . ...... .
CCDS16 ----RGPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGARRCARHGEDLSRFCEEDEAALCW
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE4 VAQSHGANRVHLSS---EAEEHHREKLQEILNLLRVRRKEAQAVLTHEK---ERVKLCQE
: .. .:.: .. :: .. ::: :.:.: :: . .::.: ... . .:
CCDS16 VCDAGPEHRTHRTAPLQEAAGSYQVKLQMALELMR---KELEDALTQEANVGKKTVIWKE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 ETKTCKQVVVSEYMKMHQFLKEEEQLQLQLLEQEEKENMRKLRNNEIKLTQQIRSLSKMI
... .: :. : . :: .::: ::. :: ::. ....::... .:.:: ..:...
CCDS16 KVEMQRQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQQSKALKELA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 AQIESSSQSSAFESLEEVRGALERSEPLLLQCPEATTTEL-SLCRITGMKEMLRKFSTEI
... : :. :: :::.: ::. . : :: . : : : .:.::::....
CCDS16 DELQERCQRPALGLLEGVRGVLSRSKAVTRLEAENIPMELKTACCIPGRRELLRKFQVDV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 TLDPATANAYLVLSEDLKSVKYGGSRQQLPDNPERFDQSATVLGTQIFTSGRHYWEVEVG
::::::. :.:. ::.::. : ...:.:::::: .:: : :.:::::::: ::
CCDS16 KLDPATAHPSLLLTADLRSVQDGEPWRDVPNNPERFDTWPCILGLQSFSSGRHYWEVLVG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 NKTEWEVGICKDSVSRKGNL-PKPPGDLFSLIGLKIGDDYSLWVSSPLKGQHVREPVCKV
. .:: .:.:.:.. :::. :.: . ...: :: :..: . .: . ... : : .
CCDS16 EGAEWGLGVCQDTLPRKGETTPSPENGVWALWLLK-GNEYMVLASPSVPLLQLESPRC-I
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 GVFLDYESGHIAFYNGTDESLIYSFPQASFQEALRPIFSPCLPNEGTNTDPLTICSLNSH
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CCDS15 TMWVKG
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CCDS53 EQINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMC-GTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSS
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pF1KE4 GANRVHLSSEAE---EHHREKLQEILNLLRVRRKEAQAVLTHEKERVKLCQEETKTCK-Q
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CCDS53 QEHRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTR-CWKDYVNLRLE
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CCDS53 AIRAEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMC
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CCDS53 HKPDVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEAN
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CCDS53 SDIFLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSF----LAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNW
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CCDS53 AFGVCNMYRKEKNQNEKIDGKEGLFLLGCIKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFL
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