Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4091
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4091, 458 aa
1>>>pF1KE4091 458 - 458 aa - 458 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1056+/-0.000738; mu= 19.3995+/- 0.045
mean_var=71.5760+/-14.096, 0's: 0 Z-trim(109.8): 37 B-trim: 43 in 1/50
Lambda= 0.151597
statistics sampled from 11141 (11178) to 11141 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.343), width: 16
Scan time: 3.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11 ( 458) 3218 712.8 1.9e-205
CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 527) 354 86.4 7.5e-17
CCDS9411.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 551) 354 86.5 7.8e-17
CCDS73572.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 556) 354 86.5 7.8e-17
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 329 81.2 5.4e-15
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 329 81.2 5.5e-15
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 327 80.7 7.5e-15
CCDS9839.1 NEK9 gene_id:91754|Hs108|chr14 ( 979) 316 78.3 3.8e-14
CCDS9418.1 RCBTB1 gene_id:55213|Hs108|chr13 ( 531) 311 77.0 5.1e-14
CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 ( 368) 306 75.8 8.2e-14
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 319 79.5 8.4e-14
CCDS5577.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 464) 303 75.2 1.5e-13
CCDS64683.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 454) 302 75.0 1.8e-13
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 305 75.9 2.2e-13
CCDS41295.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1 ( 452) 300 74.6 2.4e-13
CCDS323.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1 ( 421) 295 73.5 4.8e-13
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 298 74.4 5.9e-13
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 298 74.4 6.2e-13
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 298 74.4 6.2e-13
CCDS14246.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX ( 815) 292 73.0 1.3e-12
CCDS35229.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX (1152) 292 73.1 1.7e-12
CCDS75486.1 IBTK gene_id:25998|Hs108|chr6 (1338) 282 71.0 8.5e-12
CCDS34490.1 IBTK gene_id:25998|Hs108|chr6 (1353) 282 71.0 8.6e-12
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 288 72.7 9.2e-12
>>CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11 (458 aa)
initn: 3218 init1: 3218 opt: 3218 Z-score: 3802.1 bits: 712.8 E(32554): 1.9e-205
Smith-Waterman score: 3218; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVLLPQQLNDFCKPRSVRRITGGGGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVLLPQQLNDFCKPRSVRRITGGGGH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 SAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 SAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 QVLSCGSNSFGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVVCIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 QVLSCGSNSFGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVVCIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LASCGRRLCPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSDHSASLTDAGEVYVWGSNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 LASCGRRLCPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSDHSASLTDAGEVYVWGSNK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 HGQLANEAAFLPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 HGQLANEAAFLPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LETYEGWKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAIIGGVCYSWGWNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 LETYEGWKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAIIGGVCYSWGWNE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 HGMCGDGTEANVWAPKPVQALLSSSGLLVGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLSPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 HGMCGDGTEANVWAPKPVQALLSSSGLLVGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLSPD
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 AIEDTESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 AIEDTESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL
430 440 450
>>CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (527 aa)
initn: 330 init1: 285 opt: 354 Z-score: 416.0 bits: 86.4 E(32554): 7.5e-17
Smith-Waterman score: 354; 35.9% identity (62.5% similar) in 184 aa overlap (17-196:149-320)
10 20 30 40
pF1KE4 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVLLPQQLNDFC
.:::: :. ::.: : . .:....
CCDS73 CHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNNSGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCL
120 130 140 150 160 170
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 KPRSVRRITGGGGHSAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCK--SLFGCPIQ
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CCDS73 QNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLGNSGNQP--TPCRVAALQGIRVQ
180 190 200 210 220 230
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 QVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNSFGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVVCIAA-GLR
.::::. :..::..::: . :.::.::::. . . : . ..:.... :::
CCDS73 RVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSY-PTPVTVEKDRIIEIAACHST
240 250 260 270 280 290
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 HAVAA-TASGIVFQWGTGLASCGRRLCPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSD
:. :: : .: :..:: : ::.. :
CCDS73 HTSAAKTQGGHVYMWGQ---------CRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLL
300 310 320 330 340
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 HSASLTDAGEVYVWGSNKHGQLANEAAFLPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTE
CCDS73 SVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFRSSLEDNEDDI
350 360 370 380 390 400
>>CCDS9411.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (551 aa)
initn: 330 init1: 285 opt: 354 Z-score: 415.7 bits: 86.5 E(32554): 7.8e-17
Smith-Waterman score: 354; 35.9% identity (62.5% similar) in 184 aa overlap (17-196:173-344)
10 20 30 40
pF1KE4 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVLLPQQLNDFC
.:::: :. ::.: : . .:....
CCDS94 CHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNNSGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCL
150 160 170 180 190 200
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 KPRSVRRITGGGGHSAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCK--SLFGCPIQ
. . : :. : .:.: :...: : : .::::::.. . : :::. .: : .:
CCDS94 QNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLGNSGNQP--TPCRVAALQGIRVQ
210 220 230 240 250 260
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 QVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNSFGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVVCIAA-GLR
.::::. :..::..::: . :.::.::::. . . : . ..:.... :::
CCDS94 RVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSY-PTPVTVEKDRIIEIAACHST
270 280 290 300 310
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 HAVAA-TASGIVFQWGTGLASCGRRLCPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSD
:. :: : .: :..:: : ::.. :
CCDS94 HTSAAKTQGGHVYMWGQ---------CRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLL
320 330 340 350 360 370
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 HSASLTDAGEVYVWGSNKHGQLANEAAFLPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTE
CCDS94 SVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFRSSLEDNEDDI
380 390 400 410 420 430
>>CCDS73572.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (556 aa)
initn: 330 init1: 285 opt: 354 Z-score: 415.7 bits: 86.5 E(32554): 7.8e-17
Smith-Waterman score: 354; 35.9% identity (62.5% similar) in 184 aa overlap (17-196:178-349)
10 20 30 40
pF1KE4 MEREPSASEAAPAAAALFAWGANSYGQLGLGHKEDVLLPQQLNDFC
.:::: :. ::.: : . .:....
CCDS73 CHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNNSGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCL
150 160 170 180 190 200
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 KPRSVRRITGGGGHSAVVTDGGDLFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCK--SLFGCPIQ
. . : :. : .:.: :...: : : .::::::.. . : :::. .: : .:
CCDS73 QNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLGNSGNQP--TPCRVAALQGIRVQ
210 220 230 240 250 260
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 QVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNSFGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVVCIAA-GLR
.::::. :..::..::: . :.::.::::. . . : . ..:.... :::
CCDS73 RVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSY-PTPVTVEKDRIIEIAACHST
270 280 290 300 310 320
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 HAVAA-TASGIVFQWGTGLASCGRRLCPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSD
:. :: : .: :..:: : ::.. :
CCDS73 HTSAAKTQGGHVYMWGQ---------CRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLL
330 340 350 360 370
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 HSASLTDAGEVYVWGSNKHGQLANEAAFLPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTE
CCDS73 SVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFRSSLEDNEDDI
380 390 400 410 420 430
>>CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (986 aa)
initn: 161 init1: 161 opt: 329 Z-score: 382.7 bits: 81.2 E(32554): 5.4e-15
Smith-Waterman score: 386; 29.5% identity (56.4% similar) in 305 aa overlap (100-398:22-301)
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 LFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNS
: . :.: : ...: : .:::::.::
CCDS54 MYFCWGADSRELQRRRTAGSPGAELLQAASGERHSLLLLTNHRVLSCGDNS
10 20 30 40 50
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVV-CIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTGLASCGRRL
:::: .: .: .:. :. . .: .. : .:..:. .: :: ::.: : :. :
CCDS54 RGQLGR-RGAQRGELPEPIQALETLIVDLVSCGKEHSLAVCHKGRVFAWGAG--SEGQ-L
60 70 80 90 100
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 CPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSDHSASLTDAGEVYVWGSNKHGQLANEA
:. . :: :... :.. : . : : :: .:. ..:. ::.:.::::.
CCDS54 GIGEFKEISFT---PKKIMTLNDIKIIQVSCGHYHSLALSKDSQVFSWGKNSHGQLGLGK
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 AF--LPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRKLETYEG
: ::.... ... .. . .: .: : . : : :: . :::. :
CCDS54 EFPSQASPQRVRS--LEGIPLAQVAAGGAHSFALSLCGTSFGWGSNSAGQLA-----LSG
170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 WKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAII-GGVCYSWGWNEHGMCG
.. : : : :. . . :.. .:::. :. .. : ...: :. :. :
CCDS54 RNVPVQ------SNKPLSVGALKN--LGVVYISCGDAHTAVLTQDGKVFTFGDNRSGQLG
220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 DGTEANVWAPKPVQALLSSSGLL--VGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLSPDAIE
. . .:. :. . .::. . ::. :.::
CCDS54 YSPTPEKRGPQLVERI---DGLVSQIDCGSYHTLAYVHTTGQVVSFGHGPSDTSKPTHPE
270 280 290 300 310 320
430 440 450
pF1KE4 DTESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL
CCDS54 ALTENFDISCLISAEDFVDVQVKHIFAGTYANFVTTHQDTSSTRAPGKTLPEISRISQSM
330 340 350 360 370 380
>>CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022 aa)
initn: 161 init1: 161 opt: 329 Z-score: 382.5 bits: 81.2 E(32554): 5.5e-15
Smith-Waterman score: 386; 29.5% identity (56.4% similar) in 305 aa overlap (100-398:22-301)
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 LFVCGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNS
: . :.: : ...: : .:::::.::
CCDS47 MYFCWGADSRELQRRRTAGSPGAELLQAASGERHSLLLLTNHRVLSCGDNS
10 20 30 40 50
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FGQLGVPHGPRRCVVPQAIELHKEKVV-CIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTGLASCGRRL
:::: .: .: .:. :. . .: .. : .:..:. .: :: ::.: : :. :
CCDS47 RGQLGR-RGAQRGELPEPIQALETLIVDLVSCGKEHSLAVCHKGRVFAWGAG--SEGQ-L
60 70 80 90 100
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 CPGQTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSDHSASLTDAGEVYVWGSNKHGQLANEA
:. . :: :... :.. : . : : :: .:. ..:. ::.:.::::.
CCDS47 GIGEFKEISFT---PKKIMTLNDIKIIQVSCGHYHSLALSKDSQVFSWGKNSHGQLGLGK
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 AF--LPVPQKIEAHCFQNEKVTAIWSGWTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRKLETYEG
: ::.... ... .. . .: .: : . : : :: . :::. :
CCDS47 EFPSQASPQRVRS--LEGIPLAQVAAGGAHSFALSLCGTSFGWGSNSAGQLA-----LSG
170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 WKLEKQDSFLPCSRPPNSMPSSPHCLTGATEVSCGSEHNLAII-GGVCYSWGWNEHGMCG
.. : : : :. . . :.. .:::. :. .. : ...: :. :. :
CCDS47 RNVPVQ------SNKPLSVGALKN--LGVVYISCGDAHTAVLTQDGKVFTFGDNRSGQLG
220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 DGTEANVWAPKPVQALLSSSGLL--VGCGAGHSLALCQLPAHPALVQDPKVTYLSPDAIE
. . .:. :. . .::. . ::. :.::
CCDS47 YSPTPEKRGPQLVERI---DGLVSQIDCGSYHTLAYVHTTGQVVSFGHGPSDTSKPTHPE
270 280 290 300 310 320
430 440 450
pF1KE4 DTESQKAMDKERNWKERQSETSTQSQSDWSRNGGL
CCDS47 ALTENFDISCLISAEDFVDVQVKHIFAGTYANFVTTHQDTSSTRAPGKTLPEISRISQSM
330 340 350 360 370 380
>>CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024 aa)
initn: 269 init1: 255 opt: 327 Z-score: 380.1 bits: 80.7 E(32554): 7.5e-15
Smith-Waterman score: 328; 33.7% identity (62.4% similar) in 202 aa overlap (103-298:140-329)
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 CGLNKDGQLGLGHTEDIPYFTPCKSLFGCPIQQVACGWDFTIMLTENGQVLSCGSNSFGQ
: :..:: .. :...:.... :.: ::
CCDS36 LILSSDGKPFEYDNYSMKHLRFESILQEKKIIQITCGDYHSLALSKGGELFAWGQNLHGQ
110 120 130 140 150 160
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 LGVPHGPRRCVVPQAIE-LHKEKVVCIAAGLRHAVAATASGIVFQWGTGLASCGRRLCPG
::: . ..:: .: : .. :.:: :..: . :: ...:: . ::. : :
CCDS36 LGVGRKFPSTTTPQIVEHLAGVPLAQISAGEAHSMALSMSGNIYSWGKN--ECGQ-LGLG
170 180 190 200 210 220
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 QTLPLFFTAKEPSRVTGLENSKAMCVLAGSDHSASLTDAGEVYVWGSNKHGQLANEAAFL
.: . .:: . ::.:.:. : :..::: ::. : ....:..:::::.....
CCDS36 HTE----SKDDPSLIEGLDNQKVEFVACGGSHSALLTQDGLLFTFGAGKHGQLGHNST--
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300
pF1KE4 PVPQKIEAHCFQNE----KVTAIWSG-WTHLVAQTETGKMFTWGRADYGQLGRKLETYEG
:. :. : .:: : : : :. .. ::.:..: . ::::
CCDS36 ---QNELRPCLVAELVGYRVTQIACGRWHTLAYVSDLGKVFSFGSGKDGQLGNGGTRDQL
290 300 310 320 330
310 320 330 340 350 360
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. :: :. .. :. .: : :: .: : :...:.: :::: . .:.
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:.. . :.:. . : : .: . :.. . .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]