Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4088
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4088, 452 aa
1>>>pF1KE4088 452 - 452 aa - 452 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1340+/-0.000443; mu= 9.8929+/- 0.027
mean_var=177.8591+/-36.902, 0's: 0 Z-trim(116.2): 196 B-trim: 1277 in 1/53
Lambda= 0.096169
statistics sampled from 27009 (27225) to 27009 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.319), width: 16
Scan time: 6.560
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 2390 344.3 4e-94
XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite ( 375) 1096 164.7 3.9e-40
NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 803 124.1 7.9e-28
NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 799 123.6 1.1e-27
XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 792 122.6 2.2e-27
NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 735 114.7 5.5e-25
XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 696 109.3 2.3e-23
NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 696 109.3 2.3e-23
XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 696 109.3 2.3e-23
XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 696 109.3 2.3e-23
NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 696 109.3 2.3e-23
XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 618 98.4 4e-20
NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 484 79.9 1.7e-14
NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 484 79.9 1.7e-14
NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 484 79.9 1.8e-14
NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 469 77.6 5.6e-14
NP_149083 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 347) 453 75.4 2.6e-13
XP_016873951 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 300) 448 74.7 3.9e-13
XP_005253241 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 326) 448 74.7 4.1e-13
NP_149084 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 326) 448 74.7 4.1e-13
NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 450 75.2 4.4e-13
NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 450 75.2 4.6e-13
XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 448 74.9 5.4e-13
NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 448 74.9 5.4e-13
XP_016856908 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 441 73.6 6.9e-13
XP_016856907 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 441 73.6 6.9e-13
NP_006501 (OMIM: 602165) zinc finger protein RFP [ ( 513) 440 73.8 1.2e-12
NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 434 73.0 2.1e-12
XP_006718421 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 428 71.8 2.4e-12
XP_016873952 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 428 71.8 2.4e-12
NP_001008275 (OMIM: 613288) tripartite motif-conta ( 477) 432 72.7 2.5e-12
XP_011518728 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 428 71.9 2.7e-12
XP_016873950 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 428 71.9 2.7e-12
XP_016873949 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 314) 424 71.4 4e-12
XP_011518729 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 271) 418 70.5 6.4e-12
NP_569074 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 270) 414 69.9 9.4e-12
NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 402 68.5 4.5e-11
XP_005249433 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 401 68.4 5.3e-11
XP_005249435 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 401 68.4 5.3e-11
XP_005249431 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 401 68.4 5.3e-11
XP_006715243 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 401 68.4 5.3e-11
XP_005249434 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 401 68.4 5.3e-11
NP_003440 (OMIM: 600830) tripartite motif-containi ( 539) 401 68.4 5.3e-11
NP_001229712 (OMIM: 600830) tripartite motif-conta ( 539) 401 68.4 5.3e-11
XP_005249432 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 401 68.4 5.3e-11
NP_741983 (OMIM: 617007) tripartite motif-containi ( 493) 395 67.5 8.9e-11
XP_011512567 (OMIM: 609316) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 421) 390 66.8 1.3e-10
NP_008959 (OMIM: 609316) E3 ubiquitin-protein liga ( 425) 390 66.8 1.3e-10
XP_011512566 (OMIM: 609316) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 424) 381 65.5 3.1e-10
NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 380 65.5 3.7e-10
>>NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containing p (452 aa)
initn: 2390 init1: 2390 opt: 2390 Z-score: 1810.9 bits: 344.3 E(85289): 4e-94
Smith-Waterman score: 2390; 74.6% identity (88.9% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTTR
:::::::::: : ::.::.::::::::::::::::::.:::::: :.::::: :.:.
NP_065 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQE
: ::.:.: ::.:: .:::.:: ::.::::.:: ::::::.:::::.::::: ::.:::
NP_065 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRCWKDYVSLRIEAIR
:: : : ::::::::.::.::.:::::::::::: ::::.::::::::::::.::.::::
NP_065 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKARMEHSRELLRGMYEDLKQMCHKA
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NP_065 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRYESLLLQVSEPVNPELSAGPITGLLDSLSGFRVDFTLQPERANSHI
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NP_065 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCGDLRSMNVGCDPQDDPDITGKSECFLVWGAQAFTSGKYYWEVHMGDSWNWAFGVCNN
:: :::: .::: :: : .:. . ::.::.:.:::::::::::.::::::::::::
NP_065 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKRQNDKIDGEEGLFLLGCVKEDTHCSLFTTSPLVVQYVPRPTSTVGLFLDCEGRTV
: ::: ::.::::. :::::::::.: .:::::::::..::.:.::: ::::::::..::
NP_065 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVDQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCSHF
:::::.::::::::::::::::::::::: ::
NP_065 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite moti (375 aa)
initn: 1079 init1: 1079 opt: 1096 Z-score: 841.6 bits: 164.7 E(85289): 3.9e-40
Smith-Waterman score: 1853; 62.6% identity (73.5% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTTR
:::::::::: : ::.::.::::::::::::::::::.:::::: :.::::: :.:.
XP_016 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQE
: ::.:.: ::.:: .:::.:: ::.::::.:: ::::::.:::::.::::: ::.:::
XP_016 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRCWKDYVSLRIEAIR
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XP_016 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWK-----------
130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKARMEHSRELLRGMYEDLKQMCHKA
XP_016 ------------------------------------------------------------
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRYESLLLQVSEPVNPELSAGPITGLLDSLSGFRVDFTLQPERANSHI
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XP_016 ------AFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCGDLRSMNVGCDPQDDPDITGKSECFLVWGAQAFTSGKYYWEVHMGDSWNWAFGVCNN
:: :::: .::: :: : .:. . ::.::.:.:::::::::::.::::::::::::
XP_016 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
230 240 250 260 270 280
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKRQNDKIDGEEGLFLLGCVKEDTHCSLFTTSPLVVQYVPRPTSTVGLFLDCEGRTV
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XP_016 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
290 300 310 320 330 340
430 440 450
pF1KE4 SFVDVDQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCSHF
:::::.::::::::::::::::::::::: ::
XP_016 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
350 360 370
>>NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein ligase T (475 aa)
initn: 636 init1: 337 opt: 803 Z-score: 620.6 bits: 124.1 E(85289): 7.9e-28
Smith-Waterman score: 803; 32.4% identity (62.2% similar) in 447 aa overlap (6-447:7-446)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTT
: .. . .:::::.. :..::.:.::::::. :. . . . : :..
NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSV--CPVCRQRF
10 20 30 40 50
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pF1KE4 RQRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQ
.:: . : ::. .. : . ... . :..: : ..::: : . :: :..:.
NP_003 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 EHRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRC-WKDYVSLRIEA
.::.: :.: ::.: .:.: . : .: : ..:..: . : :: : .
NP_003 KHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQ-ELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 IRAEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKARMEHSRELLRGMYEDLKQMCH
:.::. .. :: ::::..:..:.:. .. .. :.:..:.. .. . :. . .: . ::
NP_003 IHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 KADVELLQAFGDILHRYESLLLQVSEPVNPEL-SAGPITGLLDSLSGFRVDFTLQPERAN
.. .:::: .:.: :: :. . ..::: :. . :: : : .::.:. ::
NP_003 SSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 SHIFLCGDLRSMNVGCDPQDDPDITGKSECF-LVWGAQAFTSGKYYWEVHMGDSWNWAFG
..: : :.. .: :. : . . . .: ::: : :::.:::: . . : .:
NP_003 PWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 VCNNYWKEKRQNDKIDGEEGLFLLGCV-KEDTHCSLFTTSPLVVQYVPRPTSTVGLFLDC
:: . . .. . .... :.. . :. . . . .:: .: : ::.:::
NP_003 VCRDSVR-RKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQV---PPCQVGIFLDY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450
pF1KE4 EGRTVSFVDV-DQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCSHF
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NP_003 EAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGST
420 430 440 450 460 470
NP_003 DY
>>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa)
initn: 680 init1: 270 opt: 799 Z-score: 617.7 bits: 123.6 E(85289): 1.1e-27
Smith-Waterman score: 799; 33.8% identity (58.4% similar) in 447 aa overlap (9-447:10-442)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTT
.:. :: ::..:: ::: ::::.::: :. : . : ::.. .
NP_660 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 RQRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQ
:::: . : .:: .::. :. . .: ::: :: . ::: : :
NP_660 PQRNLRPNRPLAKMAEMARR--LHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERSG
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 EHRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRC--WKDYVSLRIE
:: : :.. :::. . .: :... : .. . : : . . : :. .: . .
NP_660 EHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDAL--LFQAQADETCVLWQKMVESQRQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 AIRAEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKARMEHSRELLRGMYEDLKQMC
. .:.... .: ::::. :.::..: ... .: :. :.. .. : . .:. :
NP_660 NVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 HKADVELLQAFGDILHRYESLLLQVSEPVNPEL-SAGPITGLLDSLSGFRVDFTLQPERA
. . ::: . : :.: ... :: : : :: .. . ::...: :: : ::.:. :
NP_660 QLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 NSHIFLCGDLRSMNVGCDPQ---DDPDITGKSECFLVWGAQAFTSGKYYWEVHMGDSWNW
: ...: : ::.. : : :.:. . : : : . ::::..::::..:: .:
NP_660 NPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVL--GQERFTSGRHYWEVEVGDRTSW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 AFGVC--NNYWKEKRQNDKIDGEEGLFLLGCVKEDTHCSLFTTSPLVVQYVPRPTSTVGL
:.::: : ::: . . .: : .:: : ...: .. . : ::.
NP_660 ALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLG--------SYYNSSERALAPLRDPPRRVGI
360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KE4 FLDCEGRTVSFVDVDQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCSHF
::: :. .:: .. ..::.. .:. :: :::.:
NP_660 FLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTLA
410 420 430 440 450 460
NP_660 PQ
>>XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (467 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTT
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:::: . : .:: .::. :. . .: ::: :: . ::: : :
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XP_016 PQ
>>NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein ligase T (488 aa)
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10 20 30 40
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: :.::.: :.: . : .:. ::.. . . .:..: .:.:. ..::
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: : : . : :.... : ::.: : ::..: .::.:.: :. :.. .:. :
NP_742 ELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDL
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NP_742 SGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLP-ETGYWRVRLWNGDKYAA--TTTPF
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NP_742 AAPLTIRPPTDWE
480
>>XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (477 aa)
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10 20 30 40 50
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: : . . : ...: . . .: .:. . . .:.. :... : ::.::.
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470
>>NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein ligas (477 aa)
initn: 665 init1: 254 opt: 696 Z-score: 540.4 bits: 109.3 E(85289): 2.3e-23
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10 20 30 40 50
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: : . . : ...: . . .: .:. . . .:.. :... : ::.::.
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NP_001 MVISTVTMWVKG
470
>>XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (477 aa)
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XP_011 MVISTVTMWVKG
470
>>XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (477 aa)
initn: 665 init1: 254 opt: 696 Z-score: 540.4 bits: 109.3 E(85289): 2.3e-23
Smith-Waterman score: 696; 31.1% identity (58.5% similar) in 463 aa overlap (9-448:10-457)
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pF1KE4 LCLPCSNSQEHRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRCWKD
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XP_011 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG
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pF1KE4 YVSLRIEAIRAEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKA---RMEHSRELLR
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XP_011 KVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELL-
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pF1KE4 GMYEDLKQMCHKADVELLQAFGDILHRYESLLLQ---VSEPVNPELSAGPITGLLDSLSG
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470
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]