Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4086
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4086, 449 aa
1>>>pF1KE4086 449 - 449 aa - 449 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7562+/-0.00102; mu= 12.6228+/- 0.061
mean_var=173.1902+/-36.519, 0's: 0 Z-trim(110.0): 134 B-trim: 412 in 1/51
Lambda= 0.097457
statistics sampled from 11136 (11286) to 11136 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.347), width: 16
Scan time: 2.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 3120 451.1 1.1e-126
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 3078 445.2 6.4e-125
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 2811 407.6 1.3e-113
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 1446 215.7 7.6e-56
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 1356 203.1 4.9e-52
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 1348 201.9 1.1e-51
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 1323 198.4 1.2e-50
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 1263 190.0 4.2e-48
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 1204 181.7 1.3e-45
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 910 140.4 3.8e-33
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 893 138.0 2e-32
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 888 137.3 3.3e-32
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 788 123.2 5.7e-28
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 781 122.2 1.1e-27
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 694 110.0 5.4e-24
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 677 107.6 2.7e-23
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 634 101.6 1.8e-21
CCDS7947.2 TRIM48 gene_id:79097|Hs108|chr11 ( 224) 568 91.9 7e-19
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 565 91.9 1.6e-18
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 558 90.9 3e-18
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 514 84.7 2.3e-16
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 502 82.9 5.7e-16
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 500 82.7 8.8e-16
CCDS3850.2 TRIML2 gene_id:205860|Hs108|chr4 ( 437) 452 75.9 8.8e-14
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 450 75.7 1.1e-13
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 450 75.7 1.2e-13
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 439 74.2 3.3e-13
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 434 73.5 5.5e-13
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 429 72.8 9.2e-13
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 429 72.8 9.2e-13
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 420 71.5 2.1e-12
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 420 71.5 2.2e-12
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 420 71.8 3.1e-12
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 412 70.4 4.7e-12
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 408 69.6 5.3e-12
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 408 69.6 5.5e-12
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 401 68.7 1.2e-11
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 401 68.8 1.3e-11
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 397 68.2 1.8e-11
>>CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 (449 aa)
initn: 3120 init1: 3120 opt: 3120 Z-score: 2388.1 bits: 451.1 E(32554): 1.1e-126
Smith-Waterman score: 3120; 100.0% identity (100.0% similar) in 449 aa overlap (1-449:1-449)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDSDDLQVFQNELICCICVNYFIDPVTIDCGHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPSCRKTSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MDSDDLQVFQNELICCICVNYFIDPVTIDCGHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPSCRKTSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KPNFNTNLVLKKLSSLARQTRPQNINSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KPNFNTNLVLKKLSSLARQTRPQNINSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPEH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 MAHSHSPIGWAAEECREKLIKEMDYLWEINQETRNNLNQETSTFHSLKDYVSVRKRIITI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MAHSHSPIGWAAEECREKLIKEMDYLWEINQETRNNLNQETSTFHSLKDYVSVRKRIITI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 QYQKMPIFLDEEEQRHLQALEREAEELFQQLQDSQVRMTQHLERMKDMYRELWETCHMPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QYQKMPIFLDEEEQRHLQALEREAEELFQQLQDSQVRMTQHLERMKDMYRELWETCHMPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VVLLQDVRNVSARTDLAQMQKPQPVNPELTSWCITGVLDMLNNFRVDSALSTEMIPCYIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VVLLQDVRNVSARTDLAQMQKPQPVNPELTSWCITGVLDMLNNFRVDSALSTEMIPCYIS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LSEDVRYVIFGDDHLSAPTDPQGVDSFAVWGAQAFTSGKHYWEVDVTLSSNWILGVCRDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LSEDVRYVIFGDDHLSAPTDPQGVDSFAVWGAQAFTSGKHYWEVDVTLSSNWILGVCRDS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 RTADANFVIDSDERFFLISSKRSNHYSLSTNSPPLIQYVQRPLGRVGVFLDYDNGSVSFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RTADANFVIDSDERFFLISSKRSNHYSLSTNSPPLIQYVQRPLGRVGVFLDYDNGSVSFF
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KE4 DVSKGSLIYGFPPSSFSSPLRPFFCFGCT
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DVSKGSLIYGFPPSSFSSPLRPFFCFGCT
430 440
>>CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 (449 aa)
initn: 3078 init1: 3078 opt: 3078 Z-score: 2356.2 bits: 445.2 E(32554): 6.4e-125
Smith-Waterman score: 3078; 98.4% identity (99.3% similar) in 449 aa overlap (1-449:1-449)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDSDDLQVFQNELICCICVNYFIDPVTIDCGHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPSCRKTSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS73 MDSDDLQVFQNELICCICVNYFIDPVTIDCGHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPSCRKISE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KPNFNTNLVLKKLSSLARQTRPQNINSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPEH
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KPNFNTNVVLKKLSSLARQTRPQNINSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPEH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 MAHSHSPIGWAAEECREKLIKEMDYLWEINQETRNNLNQETSTFHSLKDYVSVRKRIITI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS73 MAHSHSPIGWAAEECREKLIKEMDYLWEINQETRNNLNQETRTFHSLKDYVSVRKRIITI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 QYQKMPIFLDEEEQRHLQALEREAEELFQQLQDSQVRMTQHLERMKDMYRELWETCHMPD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS73 QYQKMPIFLDEEEQRHLQALEREAEELFQQLQDSQVRMTQHLERMKDMYRELWETCHVPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VVLLQDVRNVSARTDLAQMQKPQPVNPELTSWCITGVLDMLNNFRVDSALSTEMIPCYIS
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VELLQDVRNVSARTDLAQMQKPQPVNPELTSWCITGVLDMLNNFRVDSALSTEMIPCYIS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LSEDVRYVIFGDDHLSAPTDPQGVDSFAVWGAQAFTSGKHYWEVDVTLSSNWILGVCRDS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS73 LSEDVRYVIFGDDHLSAPTDPQGVDSFAVWGAQAFTSGKHYWEVDVTLSSNWILGVCQDS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 RTADANFVIDSDERFFLISSKRSNHYSLSTNSPPLIQYVQRPLGRVGVFLDYDNGSVSFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS73 RTADANFVIDSDERFFLISSKRSNHYSLSTNSPPLIQYVQRPLGQVGVFLDYDNGSVSFF
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KE4 DVSKGSLIYGFPPSSFSSPLRPFFCFGCT
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DVSKGSLIYGFPPSSFSSPLRPFFCFGCT
430 440
>>CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 (450 aa)
initn: 2809 init1: 1888 opt: 2811 Z-score: 2153.3 bits: 407.6 E(32554): 1.3e-113
Smith-Waterman score: 2811; 90.9% identity (94.2% similar) in 450 aa overlap (1-449:1-450)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDSDDLQVFQNELICCICVNYFIDPVTIDCGHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPSCRKTSE
:::: :.:::::::::::::::::::: :: :::::::::::::::::::::: ::: ::
CCDS73 MDSDTLRVFQNELICCICVNYFIDPVTTDCVHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPLCRKISE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KPNFNTNLVLKKLSSLARQTRPQNINSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPEH
:::::::..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KPNFNTNVALKKLASLARQTRPQNINSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPEH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE4 MAHSHSPIGWAAEECR-EKLIKEMDYLWEINQETRNNLNQETSTFHSLKDYVSVRKRIIT
:::::::::::::::: .::::::::::.:::::.:::::::: : :: ::::.:: :::
CCDS73 MAHSHSPIGWAAEECRVQKLIKEMDYLWKINQETQNNLNQETSKFCSLVDYVSLRKVIIT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 IQYQKMPIFLDEEEQRHLQALEREAEELFQQLQDSQVRMTQHLERMKDMYRELWETCHMP
:::::: ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::: ::::::::::: :::
CCDS73 IQYQKMHIFLDEEEQRHLQALEREAKELFQQLQDSQVRMTQHLEGMKDMYRELWETYHMP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DVVLLQDVRNVSARTDLAQMQKPQPVNPELTSWCITGVLDMLNNFRVDSALSTEMIPCYI
:: ::::: :.::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::: ::::
CCDS73 DVELLQDVGNISARTDLAQMPKPQPVNPELTSWCITGVLDMLNNFRVDNALSTEMTPCYI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 SLSEDVRYVIFGDDHLSAPTDPQGVDSFAVWGAQAFTSGKHYWEVDVTLSSNWILGVCRD
::::::: ::::::: ::: :::::.::::: :::::::::::::::: :::::::::::
CCDS73 SLSEDVRRVIFGDDHRSAPMDPQGVESFAVWCAQAFTSGKHYWEVDVTHSSNWILGVCRD
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 SRTADANFVIDSDERFFLISSKRSNHYSLSTNSPPLIQYVQRPLGRVGVFLDYDNGSVSF
:::::.:.:::::. :: :::: :::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS73 SRTADTNIVIDSDKTFFSISSKTSNHYSLSTNSPPLIQYVQRPLGWVGVFLDYDNGSVSF
370 380 390 400 410 420
420 430 440
pF1KE4 FDVSKGSLIYGFPPSSFSSPLRPFFCFGCT
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FDVSKGSLIYGFPPSSFSSPLRPFFCFGCT
430 440 450
>>CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 (446 aa)
initn: 1444 init1: 660 opt: 1446 Z-score: 1116.1 bits: 215.7 E(32554): 7.6e-56
Smith-Waterman score: 1446; 48.0% identity (73.7% similar) in 448 aa overlap (1-447:1-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDSDDLQVFQNELICCICVNYFIDPVTIDCGHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPSCRKTSE
:::: ..::.:: : ::.::..::::: :::::::::::: ::...: ::.::. :
CCDS20 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE4 KPNFNTNLVLKKLSSLARQTRP-QNINSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPE
: .:.::..::.: ..::.. : ..: .:: :..::..::. :: ::: ::.: :
CCDS20 KMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 HMAHSHSPIGWAAEECREKLIKEMDYLWEINQETRNNLNQETSTFHSLKDYVSVRKRIIT
: ::.: :: :::: ::::.:.: ::. ::.. :: .: : . : .: ..:
CCDS20 HGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRGNVVLRAQMIR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 IQYQKMPIFLDEEEQRHLQALEREAEELFQQLQDSQVRMTQHLERMKDMYRELWETCHMP
.:.:. : .::..::. :..: .:.::::: : :.: :. ...:.::.:: : :: :
CCDS20 NEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMYQELMEMCHKP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DVVLLQDVRNVSARTDLAQMQKPQPVNPELTSWCITGVLDMLNNFRVDSALSTEMIPCYI
:: ::::. .. ::.. . .. :::::::::. :::.. :: :::. .. :. :
CCDS20 DVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQPVNPELTAGPITGLVYRLNRFRVEISFHFEVTNHNI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 SLSEDVRYVIFGDDHLSAPTDPQGVDSFAVWGAQAFTSGKHYWEVDVTLSSNWILGVCRD
: :::: .: .: . . : ::.:::..:. ::::::.:: : .: :::: .
CCDS20 RLFEDVRSWMF----RRGPLNSDRSDYFAAWGARVFSFGKHYWELDVDNSCDWALGVCNN
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 SRTADANFVIDSDERFFLISSKRSNHYSLSTNSPPLIQYVQRPLGRVGVFLDYDNGSVSF
: . ...:.. :.:. : .::..: :.:: . .:...::::::::::...:::::
CCDS20 SWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKPLGRVGVFLDFESGSVSF
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KE4 FDVSKGSLIYGFPPSSFSSPLRPFFCFGCT
..:.:.:::...: .:.. :.:::: :
CCDS20 LNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
420 430 440
>>CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 1315 init1: 795 opt: 1356 Z-score: 1047.7 bits: 203.1 E(32554): 4.9e-52
Smith-Waterman score: 1356; 47.1% identity (71.7% similar) in 448 aa overlap (1-445:1-448)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDSDDLQVFQNELICCICVNYFIDPVTIDCGHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPSCRKTSE
:.: :::::.:::: .:.:::::::::::::::::::. : .. ..: : :..:
CCDS53 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE4 KPNFNTNLVLKKLSSLARQTRPQN-INSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPE
. :..::. :::..::::.. ..: ...: :.:::..:::.:. ::: :: : :
CCDS53 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 HMAHSHSPIGWAAEECREKLIKEMDYLWEINQETRNNLNQETSTFHSLKDYVSVRKRIIT
: : : :: ::::: ::::...:. ::: :.. ::: ::. . ::::..: . :
CCDS53 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 IQYQKMPIFLDEEEQRHLQALEREAEELFQQLQDSQVRMTQHLERMKDMYRELWETCHMP
.::::: : :::...:. :.....:.:..:. :...:....: .. ::.:: : :: :
CCDS53 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DVVLLQDVRNVSARTDLAQMQKPQPVNPELTSWCITGVLDMLNNFRVDSALSTEMIPCYI
:: ::: .. :.. . .. :::.::::.. :::. : ::.::: .: : :
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CCDS60 DVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQLSAWTITGVSERLNFFRVYITLDRKICSNHK
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CCDS60 VNVAQSSLICSFLSRIFYFPLRPFICHGSK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]