Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4042
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4042, 217 aa
1>>>pF1KE4042 217 - 217 aa - 217 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3187+/-0.00106; mu= 13.2918+/- 0.065
mean_var=72.2777+/-14.070, 0's: 0 Z-trim(103.1): 220 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.150859
statistics sampled from 7005 (7246) to 7005 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 1.280
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 1417 317.8 3.3e-87
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 764 175.7 2e-44
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 613 142.8 1.5e-34
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 605 141.1 4.9e-34
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 599 139.7 1.2e-33
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 583 136.3 1.4e-32
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 576 134.7 3.2e-32
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 576 134.8 4e-32
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 571 133.7 8.3e-32
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 563 131.9 2.9e-31
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 551 129.3 1.8e-30
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 551 129.3 1.8e-30
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 543 127.6 6.9e-30
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 533 125.4 2.7e-29
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 533 125.4 2.7e-29
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 531 124.9 3.4e-29
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 529 124.5 4.9e-29
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 525 123.7 9.3e-29
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 518 122.1 2.4e-28
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 518 122.2 2.7e-28
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 516 121.7 3.2e-28
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 515 121.5 4.4e-28
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 511 120.6 7.1e-28
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 510 120.4 8.8e-28
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 510 120.4 9.1e-28
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 505 119.3 2e-27
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 504 119.1 2.2e-27
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 502 118.7 2.9e-27
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 501 118.4 3.3e-27
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 496 117.4 7.3e-27
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 490 116.1 1.8e-26
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 487 115.4 2.8e-26
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 481 114.1 6.9e-26
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 480 113.9 8e-26
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 480 113.9 9e-26
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 477 113.1 9.7e-26
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 477 113.2 1.2e-25
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 476 113.0 1.5e-25
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 475 112.8 1.7e-25
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 472 112.1 2.7e-25
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 460 109.5 1.6e-24
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 450 107.3 7.2e-24
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 447 106.6 1e-23
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 442 105.6 2.4e-23
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 438 104.7 4.4e-23
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 428 102.5 2e-22
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 426 102.1 2.5e-22
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 422 101.3 5.2e-22
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 421 101.0 5.4e-22
CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 403 97.1 7.9e-21
>>CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 (217 aa)
initn: 1417 init1: 1417 opt: 1417 Z-score: 1679.2 bits: 317.8 E(32554): 3.3e-87
Smith-Waterman score: 1417; 99.5% identity (100.0% similar) in 217 aa overlap (1-217:1-217)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSLD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKHGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKELI
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKYGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKELI
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE4 ARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
190 200 210
>>CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (212 aa)
initn: 739 init1: 739 opt: 764 Z-score: 911.2 bits: 175.7 E(32554): 2e-44
Smith-Waterman score: 764; 53.6% identity (85.0% similar) in 207 aa overlap (11-217:12-212)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSL
::..:.:::..:.::..::::::::.::.:...: : .:::::::...:
CCDS33 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 DIDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYG
.:.::.::.:.::::::::::::::::::::..::.:::.:.::.: :.::::....::.
CCDS33 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 AANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKHGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKEL
..:.: .::::: :: : :.: . .: .:::.. .: ..:::::.:.:.::.:. .: ::
CCDS33 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE4 IARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
: :.. :..:.. . . :.:. . . : : :
CCDS33 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWG------CGC
190 200 210
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 604 init1: 539 opt: 613 Z-score: 733.8 bits: 142.8 E(32554): 1.5e-34
Smith-Waterman score: 613; 45.2% identity (77.4% similar) in 199 aa overlap (11-208:5-202)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSLD
. ..:::::..:::::.:::.:.. .: . .:::. .:::::: .:...
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYGA
.::: .:.:.:::::::::::::.::::.::. :..::.: . .:... .:..::..:..
CCDS46 LDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKHGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKELI
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CCDS46 ENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGI-PFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIK
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE4 AR-NSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
: . : . ... ..:.:: .. :
CCDS46 KRMGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
180 190 200
>>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa)
initn: 594 init1: 505 opt: 605 Z-score: 724.5 bits: 141.1 E(32554): 4.9e-34
Smith-Waterman score: 605; 46.4% identity (80.2% similar) in 192 aa overlap (12-203:4-194)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSLD
:..:.::::.:::...:::::.:..: .:.. : :::::: .....
CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYGA
:.:.:::.:.::::::::::.:::::::::.: :..::.: . .:. .:.:..:::.:..
CCDS82 INGEKVKLQIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKHGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKELI
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CCDS82 NKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMY-YLETSAKESDNVEKLFLDLACRLI
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE4 ARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
.. . ... . :: ... .
CCDS82 SEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
180 190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 583 init1: 501 opt: 599 Z-score: 717.5 bits: 139.7 E(32554): 1.2e-33
Smith-Waterman score: 599; 45.5% identity (75.8% similar) in 198 aa overlap (11-208:2-198)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSLD
. ..:::::..:::::.:::.:.. .: . .:::. .:::::: .:...
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYGA
.::: .:.:.:::::::::::::.::::.::. :..::.: . .. .. .:..::..:..
CCDS31 LDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKHGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKELI
:: .:.::: :: :. : : .:.. :. ::::::.. :.:..:. :: :.
CCDS31 ENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGI-PFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIK
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE4 ARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
: . . . .: .::.:: : :
CCDS31 KRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 595 init1: 509 opt: 583 Z-score: 698.5 bits: 136.3 E(32554): 1.4e-32
Smith-Waterman score: 583; 43.6% identity (79.7% similar) in 202 aa overlap (12-213:3-199)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSLD
...:::::..:::::.:::::.. .:. ... : .:::.:: .:...
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYGA
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CCDS10 LDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKHGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKELI
..: :..:::::. .::.: : . :: .:. :::::: : :.::.: .:....
CCDS10 SDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGI-KFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIM
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE4 ARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
.. . .. ..: : ..:: .... :.::
CCDS10 TKLNRKM-NDSNSAGA---GGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
180 190 200
>>CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (155 aa)
initn: 576 init1: 576 opt: 576 Z-score: 692.0 bits: 134.7 E(32554): 3.2e-32
Smith-Waterman score: 576; 64.4% identity (96.6% similar) in 118 aa overlap (11-128:12-129)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSL
::..:.:::..:.::..::::::::.::.:...: : .:::::::...:
CCDS56 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 DIDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYG
.:.::.::.:.::::::::::::::::::::..::.:::.:.::.: :.::::....::.
CCDS56 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 AANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKHGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKEL
..:.: .::
CCDS56 GSNIVQLLIEMQSCYVAQADLELLASSNPPASTSK
130 140 150
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 557 init1: 504 opt: 576 Z-score: 690.2 bits: 134.8 E(32554): 4e-32
Smith-Waterman score: 576; 46.1% identity (81.7% similar) in 180 aa overlap (12-191:3-181)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSLD
...:::::..:::::.::::::. .:. ... : .:::.:: .:...
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYGA
.:::..:.:.::::::::::::: .:::.: . ...::.: ...:..: .::..::....
CCDS12 LDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKHGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKELI
:.: :..:::::. .::.: : . :: .:. .::::: . :.:..: .:...
CCDS12 ADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGI-KFMETSAKANINVENAFFTLARDIK
120 130 140 150 160 170
190 200 210
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:. . .: :.:
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:.: .:.:::::. ::.: :.: ::..::. .::::: : :..:.: .:....
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... :. . ::
CCDS10 LKSG----GRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
180 190 200
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CCDS95 SNMVIMLIGNKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLI-FMETSAKTACNVEEAFINTAKEIY
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CCDS95 RKIQQGLFDVHNEANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]