Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3976
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3976, 273 aa
1>>>pF1KE3976 273 - 273 aa - 273 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9109+/-0.000355; mu= 17.0228+/- 0.022
mean_var=61.7042+/-12.429, 0's: 0 Z-trim(113.4): 68 B-trim: 8 in 2/53
Lambda= 0.163274
statistics sampled from 22723 (22788) to 22723 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 5.970
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_079382 (OMIM: 611657) SPRY domain-containing SO ( 273) 1887 452.9 2.9e-127
NP_543138 (OMIM: 611660) SPRY domain-containing SO ( 273) 1458 351.9 7.6e-97
XP_016862998 (OMIM: 611660) PREDICTED: SPRY domain ( 233) 1237 299.8 3.1e-81
NP_001306599 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing ( 263) 884 216.6 3.7e-56
NP_116030 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing SO ( 263) 884 216.6 3.7e-56
NP_001139788 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing ( 263) 884 216.6 3.7e-56
NP_001099043 (OMIM: 609112) F-box/SPRY domain-cont ( 286) 490 123.9 3.5e-28
NP_543137 (OMIM: 611659) SPRY domain-containing SO ( 355) 206 57.0 5.6e-08
NP_001311010 (OMIM: 611659) SPRY domain-containing ( 355) 206 57.0 5.6e-08
XP_005255730 (OMIM: 611659) PREDICTED: SPRY domain ( 410) 206 57.1 6.3e-08
>>NP_079382 (OMIM: 611657) SPRY domain-containing SOCS b (273 aa)
initn: 1887 init1: 1887 opt: 1887 Z-score: 2405.8 bits: 452.9 E(85289): 2.9e-127
Smith-Waterman score: 1887; 100.0% identity (100.0% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-273)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND
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NP_079 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ
250 260 270
>>NP_543138 (OMIM: 611660) SPRY domain-containing SOCS b (273 aa)
initn: 1458 init1: 1458 opt: 1458 Z-score: 1859.6 bits: 351.9 E(85289): 7.6e-97
Smith-Waterman score: 1458; 74.7% identity (90.5% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-273)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND
::::..:..:.:..:.:. :: :.::.: . .:.::: ::::: .. ::: :.:: .:
NP_543 MGQKLSGSLKSVEVREPALRPAKRELRGAEPGRPARLDQLLDMPAAGLAVQLRHAWNPED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA
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NP_543 RSLNVFVKDDDRLTFHRHPVAQSTDGIRGKVGHARGLHAWQINWPARQRGTHAVVGVATA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA
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NP_543 RAPLHSVGYTALVGSDAESWGWDLGRSRLYHDGKNQPGVAYPAFLGPDEAFALPDSLLVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL
::::.:::::::::::.::::::::::::::::::::::::. :::.:::::::::::::
NP_543 LDMDEGTLSFIVDGQYLGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEVTMRYINGLDPEPLPLMDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ
::::.: ::::.:: .: .:::: ::: :: ::
NP_543 CRRSIRSALGRQRLQDISSLPLPQSLKNYLQYQ
250 260 270
>>XP_016862998 (OMIM: 611660) PREDICTED: SPRY domain-con (233 aa)
initn: 1237 init1: 1237 opt: 1237 Z-score: 1579.3 bits: 299.8 E(85289): 3.1e-81
Smith-Waterman score: 1237; 74.5% identity (91.3% similar) in 231 aa overlap (1-231:1-231)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND
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XP_016 MGQKLSGSLKSVEVREPALRPAKRELRGAEPGRPARLDQLLDMPAAGLAVQLRHAWNPED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA
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XP_016 RSLNVFVKDDDRLTFHRHPVAQSTDGIRGKVGHARGLHAWQINWPARQRGTHAVVGVATA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA
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XP_016 RAPLHSVGYTALVGSDAESWGWDLGRSRLYHDGKNQPGVAYPAFLGPDEAFALPDSLLVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL
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XP_016 LDMDEGTLSFIVDGQYLGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEVTMRYINGLDQN
190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ
>>NP_001306599 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing SOC (263 aa)
initn: 879 init1: 417 opt: 884 Z-score: 1129.2 bits: 216.6 E(85289): 3.7e-56
Smith-Waterman score: 889; 50.9% identity (72.9% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-263)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND
::: . .: .. :: . : .:. : : :. ::. :: . .: :.:: .:
NP_001 MGQTALAGGSS---STPTPQALYPDLS----C-PEGLEELLSAPPPDLGAQRRHGWNPKD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA
: :. ::: : :.:.:::::::. ::: ::.::::.:.:.: ..:::::::::::::
NP_001 CSENIEVKEGG-LYFERRPVAQSTDGARGKRGYSRGLHAWEISWPLEQRGTHAVVGVATA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA
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NP_001 LAPLQTDHYAALLGSNSESWGWDIGRGKLYHQSKGPGAPQYPAGTQ-GEQLEVPERLLVV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL
:::..:::.. . : :.: :::::::. :::.::::::.:..:.:::. :: :. :
NP_001 LDMEEGTLGYAIGGTYLGPAFRGLKGRTLYPAVSAVWGQCQVRIRYLGERRAEPHSLLHL
180 190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ
: :: :: :::.. .:::: ..: :::::
NP_001 SRLCVRHNLGDTRLGQVSALPLPPAMKRYLLYQ
240 250 260
>>NP_116030 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing SOCS b (263 aa)
initn: 879 init1: 417 opt: 884 Z-score: 1129.2 bits: 216.6 E(85289): 3.7e-56
Smith-Waterman score: 889; 50.9% identity (72.9% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-263)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND
::: . .: .. :: . : .:. : : :. ::. :: . .: :.:: .:
NP_116 MGQTALAGGSS---STPTPQALYPDLS----C-PEGLEELLSAPPPDLGAQRRHGWNPKD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA
: :. ::: : :.:.:::::::. ::: ::.::::.:.:.: ..:::::::::::::
NP_116 CSENIEVKEGG-LYFERRPVAQSTDGARGKRGYSRGLHAWEISWPLEQRGTHAVVGVATA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA
:::.. :..:.:.: ::::::.::..:::..:. . ::: . : . ::. .::.
NP_116 LAPLQTDHYAALLGSNSESWGWDIGRGKLYHQSKGPGAPQYPAGTQ-GEQLEVPERLLVV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL
:::..:::.. . : :.: :::::::. :::.::::::.:..:.:::. :: :. :
NP_116 LDMEEGTLGYAIGGTYLGPAFRGLKGRTLYPAVSAVWGQCQVRIRYLGERRAEPHSLLHL
180 190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ
: :: :: :::.. .:::: ..: :::::
NP_116 SRLCVRHNLGDTRLGQVSALPLPPAMKRYLLYQ
240 250 260
>>NP_001139788 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing SOC (263 aa)
initn: 879 init1: 417 opt: 884 Z-score: 1129.2 bits: 216.6 E(85289): 3.7e-56
Smith-Waterman score: 889; 50.9% identity (72.9% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-263)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND
::: . .: .. :: . : .:. : : :. ::. :: . .: :.:: .:
NP_001 MGQTALAGGSS---STPTPQALYPDLS----C-PEGLEELLSAPPPDLGAQRRHGWNPKD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA
: :. ::: : :.:.:::::::. ::: ::.::::.:.:.: ..:::::::::::::
NP_001 CSENIEVKEGG-LYFERRPVAQSTDGARGKRGYSRGLHAWEISWPLEQRGTHAVVGVATA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA
:::.. :..:.:.: ::::::.::..:::..:. . ::: . : . ::. .::.
NP_001 LAPLQTDHYAALLGSNSESWGWDIGRGKLYHQSKGPGAPQYPAGTQ-GEQLEVPERLLVV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL
:::..:::.. . : :.: :::::::. :::.::::::.:..:.:::. :: :. :
NP_001 LDMEEGTLGYAIGGTYLGPAFRGLKGRTLYPAVSAVWGQCQVRIRYLGERRAEPHSLLHL
180 190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ
: :: :: :::.. .:::: ..: :::::
NP_001 SRLCVRHNLGDTRLGQVSALPLPPAMKRYLLYQ
240 250 260
>>NP_001099043 (OMIM: 609112) F-box/SPRY domain-containi (286 aa)
initn: 441 init1: 162 opt: 490 Z-score: 627.1 bits: 123.9 E(85289): 3.5e-28
Smith-Waterman score: 490; 39.4% identity (69.4% similar) in 193 aa overlap (36-227:93-280)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 TGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLL-HSWNNNDRSLN
: :.: ..: . .. . :....:: : :
NP_001 CKHWYRCLHGDENSEVWRSLCARSLAEEALRTDILCNLPSYKAKIRAFQHAFSTNDCSRN
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATADAPL
:..:.. . .::.:.:::::. : :.:...: :.:.. : :: ::.:.:: ::.
NP_001 VYIKKNG-FTLHRNPIAQSTDGARTKIGFSEGRHAWEVWWEG-PLGTVAVIGIATKRAPM
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 HSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVALDMD
. ::..:.:.. .::::.: : : :.:. . : .: . . . . . . : :::.
NP_001 QCQGYVALLGSDDQSWGWNLVDNNLLHNGEVNGS--FPQCNNAPK-YQIGERIRVILDME
190 200 210 220 230
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDLCRRS
: ::.: ...::::::: :::.::::.:. :. . ::
NP_001 DKTLAFERGYEFLGVAFRGLPKVCLYPAVSAVYGNTEVTLVYLGKPLDG
240 250 260 270 280
250 260 270
pF1KE3 VRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ
>>NP_543137 (OMIM: 611659) SPRY domain-containing SOCS b (355 aa)
initn: 223 init1: 88 opt: 206 Z-score: 264.2 bits: 57.0 E(85289): 5.6e-08
Smith-Waterman score: 227; 28.0% identity (56.0% similar) in 218 aa overlap (56-270:107-309)
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 LQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNNDRSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTD
:.. ..: .... :.. . . . .:
NP_543 SEASFCSSLHSAHRGRDCRCGEEDEYFDWVWDDLNKSSATLLSCDNRKVSFHMEYSCGTA
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 AIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATADAPLHSVGYT--TLVGNNHESWGWD
:::: .: : :.: . :: .::..:.:. : . .: .:.: ...::: .
NP_543 AIRGTKELGEGQHFWEIKMTSPVYGTDMMVGIGTSDVDLDKYRHTFCSLLGRDEDSWGLS
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 LGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVALDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRG
. :.: : .:: .: . : . . : :: :::.:. . . .:::
NP_543 Y-TGLLHHKG----DKT--SF---SSRFGQGSIIGVHLDTWHGTLTFFKNRKCIGVAATK
200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 LKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDLCRRSVRLALGRERLGE-IHTLPL
:..:..::.: .. .. ... . :. :: . :: : :. .. :::
NP_543 LQNKRFYPMVCSTAARSSMKVTRSCA---SATSLQYLCCH--RLRQLRPDSGDTLEGLPL
250 260 270 280 290 300
270
pF1KE3 PASLKAYLLYQ
: .:: :
NP_543 PPGLKQVLHNKLGWVLSMSCSRRKAPVSDPQAATSAHPSSREPRPCQRKRCRRT
310 320 330 340 350
>>NP_001311010 (OMIM: 611659) SPRY domain-containing SOC (355 aa)
initn: 223 init1: 88 opt: 206 Z-score: 264.2 bits: 57.0 E(85289): 5.6e-08
Smith-Waterman score: 227; 28.0% identity (56.0% similar) in 218 aa overlap (56-270:107-309)
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 LQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNNDRSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTD
:.. ..: .... :.. . . . .:
NP_001 SEASFCSSLHSAHRGRDCRCGEEDEYFDWVWDDLNKSSATLLSCDNRKVSFHMEYSCGTA
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 AIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATADAPLHSVGYT--TLVGNNHESWGWD
:::: .: : :.: . :: .::..:.:. : . .: .:.: ...::: .
NP_001 AIRGTKELGEGQHFWEIKMTSPVYGTDMMVGIGTSDVDLDKYRHTFCSLLGRDEDSWGLS
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 LGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVALDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRG
. :.: : .:: .: . : . . : :: :::.:. . . .:::
NP_001 Y-TGLLHHKG----DKT--SF---SSRFGQGSIIGVHLDTWHGTLTFFKNRKCIGVAATK
200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 LKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDLCRRSVRLALGRERLGE-IHTLPL
:..:..::.: .. .. ... . :. :: . :: : :. .. :::
NP_001 LQNKRFYPMVCSTAARSSMKVTRSCA---SATSLQYLCCH--RLRQLRPDSGDTLEGLPL
250 260 270 280 290 300
270
pF1KE3 PASLKAYLLYQ
: .:: :
NP_001 PPGLKQVLHNKLGWVLSMSCSRRKAPVSDPQAATSAHPSSREPRPCQRKRCRRT
310 320 330 340 350
>>XP_005255730 (OMIM: 611659) PREDICTED: SPRY domain-con (410 aa)
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