Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3968
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3968, 405 aa
1>>>pF1KE3968 405 - 405 aa - 405 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1890+/-0.00098; mu= 8.3617+/- 0.059
mean_var=113.3331+/-22.666, 0's: 0 Z-trim(107.7): 23 B-trim: 71 in 1/49
Lambda= 0.120475
statistics sampled from 9712 (9734) to 9712 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.299), width: 16
Scan time: 2.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45699.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 ( 405) 2641 470.0 1.8e-132
CCDS45698.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 ( 446) 2608 464.3 1e-130
CCDS59294.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 ( 400) 2583 459.9 1.9e-129
CCDS47635.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 ( 456) 1316 239.7 4.2e-63
CCDS47636.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 ( 407) 1192 218.1 1.2e-56
CCDS5609.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 ( 473) 1067 196.4 4.6e-50
CCDS47068.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 506) 365 74.4 2.6e-13
CCDS3547.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 469) 361 73.7 4e-13
CCDS75138.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 567) 361 73.8 4.7e-13
CCDS34001.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 ( 620) 361 73.8 5.1e-13
CCDS4445.2 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5 ( 708) 340 70.1 7.1e-12
CCDS41534.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 ( 641) 339 70.0 7.4e-12
CCDS81470.1 RUFY2 gene_id:55680|Hs108|chr10 ( 606) 337 69.6 9e-12
CCDS34312.1 RUFY1 gene_id:80230|Hs108|chr5 ( 600) 332 68.7 1.6e-11
>>CCDS45699.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 (405 aa)
initn: 2641 init1: 2641 opt: 2641 Z-score: 2491.8 bits: 470.0 E(32554): 1.8e-132
Smith-Waterman score: 2641; 100.0% identity (100.0% similar) in 405 aa overlap (1-405:1-405)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSSEEFVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSSEEFVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 FAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENMENIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENMENIST
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 ARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLIGLSAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLIGLSAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLTDEEERHSAESSTSEDNSPEHPYLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLTDEEERHSAESSTSEDNSPEHPYLPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 VTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLEEAAAQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLEEAAAQN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 QREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAEGASNSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAEGASNSK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE3 LYRRHSFMSTEPLSAEASLSSDSQRLGEGTRDEEPWGPIGSSEPN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LYRRHSFMSTEPLSAEASLSSDSQRLGEGTRDEEPWGPIGSSEPN
370 380 390 400
>>CCDS45698.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 (446 aa)
initn: 2608 init1: 2608 opt: 2608 Z-score: 2460.2 bits: 464.3 E(32554): 1e-130
Smith-Waterman score: 2608; 100.0% identity (100.0% similar) in 400 aa overlap (1-400:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSSEEFVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSSEEFVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 FAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENMENIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENMENIST
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 ARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLIGLSAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLIGLSAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLTDEEERHSAESSTSEDNSPEHPYLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLTDEEERHSAESSTSEDNSPEHPYLPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 VTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLEEAAAQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLEEAAAQN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 QREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAEGASNSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAEGASNSK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE3 LYRRHSFMSTEPLSAEASLSSDSQRLGEGTRDEEPWGPIGSSEPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LYRRHSFMSTEPLSAEASLSSDSQRLGEGTRDEEPWGPIGKDPTPSMLGLCGSLASIPSC
370 380 390 400 410 420
CCDS45 KSLASFKSNECLVSDSPEGSPALSPS
430 440
>>CCDS59294.1 RUNDC3A gene_id:10900|Hs108|chr17 (400 aa)
initn: 2589 init1: 2153 opt: 2583 Z-score: 2437.4 bits: 459.9 E(32554): 1.9e-129
Smith-Waterman score: 2583; 98.8% identity (98.8% similar) in 405 aa overlap (1-405:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSSEEFVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSSEEFVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 FAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENMENIST
:::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 FAAILEQILSHRFK-----GPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENMENIST
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 ARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLIGLSAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 ARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLIGLSAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLTDEEERHSAESSTSEDNSPEHPYLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLTDEEERHSAESSTSEDNSPEHPYLPL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 VTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLEEAAAQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 VTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLEEAAAQN
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 QREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAEGASNSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 QREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAEGASNSK
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400
pF1KE3 LYRRHSFMSTEPLSAEASLSSDSQRLGEGTRDEEPWGPIGSSEPN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LYRRHSFMSTEPLSAEASLSSDSQRLGEGTRDEEPWGPIGSSEPN
360 370 380 390 400
>>CCDS47635.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 (456 aa)
initn: 1053 init1: 685 opt: 1316 Z-score: 1246.4 bits: 239.7 E(32554): 4.2e-63
Smith-Waterman score: 1318; 54.7% identity (79.1% similar) in 393 aa overlap (13-392:18-401)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSS
: ..:. :.::.::::.:::::::::::::... : :::::
CCDS47 MASRSLGGLSGIRGGGGGGGKKSLSARNAAVERRNLITVCRFSVKTLIDRSCFETIDDSS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 EEFVNFAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENM
:: :::::::::::::.: : :.::. .. :.::::::.:: :: .::. :::::
CCDS47 PEFNNFAAILEQILSHRLK-----GQVTWFGYESPRSFWDYIRVACRKVSQNCICSIENM
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 ENISTARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLI
::.:..:::::::::::::::..::::.::::: .::::::..:::.: .::..:.:::.
CCDS47 ENVSSSRAKGRAWIRVALMEKHLSEYISTALRDFKTTRRFYEDGAIVLGEEANMLAGMLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GLSAIDFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLT-DEEERHSAESSTSEDNSPE
::.::::::::::: :::. :.:::::::::. :: : .. :::: .. :: ::...::
CCDS47 GLNAIDFSFCLKGEGLDGSFPAVIDYTPYLKYIQSSDSISSDEEELRTLGSSGSESSTPE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 HPYLPLVTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLE
. :.. ::.::..: ....::.... ::::::::.::::.::.. ..:. : ..:
CCDS47 NVGPPFLMDENSWFNKCKRVKQKYQLTLEQKGYLEELLRLRENQLSESVSQNKILLQRIE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 EAAAQNQREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAE
.. .. ::..:: .:.:::.::: : .: .. .:::. :.::::: :.:.
CCDS47 DSDLAHKLEKEQLEYIIVELQDQLTVLKNND----LRSRQELTAHLTNQWPSPGALDVNA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE3 GASNSKLYRRH-------SFMSTEPLSAEASLSSDS-----QRLGEGTRDEEPWGPIGSS
: .. :::.: :..: . ::::.:::. : .. :.: .:
CCDS47 VALDTLLYRKHNKQWYEKSYQSLDQLSAEVSLSQTSLDPGQSQEGDGKQDTLNVMSEGKE
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 EPN
CCDS47 DTPSLLGLCGSLTSVASYKSLTSLKSNDYLASPTTEMTSPGLTPS
420 430 440 450
>>CCDS47636.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 (407 aa)
initn: 989 init1: 685 opt: 1192 Z-score: 1130.7 bits: 218.1 E(32554): 1.2e-56
Smith-Waterman score: 1192; 59.6% identity (84.4% similar) in 307 aa overlap (13-318:18-319)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSS
: ..:. :.::.::::.:::::::::::::... : :::::
CCDS47 MASRSLGGLSGIRGGGGGGGKKSLSARNAAVERRNLITVCRFSVKTLIDRSCFETIDDSS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 EEFVNFAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSKVPNNCVSSIENM
:: :::::::::::::.: : :.::. .. :.::::::.:: :: .::. :::::
CCDS47 PEFNNFAAILEQILSHRLK-----GQVTWFGYESPRSFWDYIRVACRKVSQNCICSIENM
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 ENISTARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIMLRDEATILTGMLI
::.:..:::::::::::::::..::::.::::: .::::::..:::.: .::..:.:::.
CCDS47 ENVSSSRAKGRAWIRVALMEKHLSEYISTALRDFKTTRRFYEDGAIVLGEEANMLAGMLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GLSAIDFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLT-DEEERHSAESSTSEDNSPE
::.::::::::::: :::. :.:::::::::. :: : .. :::: .. :: ::...::
CCDS47 GLNAIDFSFCLKGEGLDGSFPAVIDYTPYLKYIQSSDSISSDEEELRTLGSSGSESSTPE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 HPYLPLVTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDLEAENRRLQLQLE
. :.. ::.::..: ....::.... ::::::::.::::.::.. ..:. : ..:
CCDS47 NVGPPFLMDENSWFNKCKRVKQKYQLTLEQKGYLEELLRLRENQLSESVSQNKILLQRIE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 EAAAQNQREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVNQWPSLGTLNGAE
.. .. ::..:: .:.:::.::
CCDS47 DSDLAHKLEKEQLEYIIVELQDQLKSYQSLDQLSAEVSLSQTSLDPGQSQEGDGKQDTLN
300 310 320 330 340 350
>>CCDS5609.1 RUNDC3B gene_id:154661|Hs108|chr7 (473 aa)
initn: 1053 init1: 685 opt: 1067 Z-score: 1012.2 bits: 196.4 E(32554): 4.6e-50
Smith-Waterman score: 1306; 53.6% identity (77.5% similar) in 405 aa overlap (13-392:18-418)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLEKYTAEPIDDSS
: ..:. :.::.::::.:::::::::::::... : :::::
CCDS56 MASRSLGGLSGIRGGGGGGGKKSLSARNAAVERRNLITVCRFSVKTLIDRSCFETIDDSS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE3 EEFVNFAAILEQILSHRFK----AC-------AP-AGPVSWFSSDGQRGFWDYIRLACSK
:: :::::::::::::.: .: : : :.::. .. :.::::::.:: :
CCDS56 PEFNNFAAILEQILSHRLKEISQSCRWLAHLQIPLQGQVTWFGYESPRSFWDYIRVACRK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 VPNNCVSSIENMENISTARAKGRAWIRVALMEKRMSEYITTALRDTRTTRRFYDSGAIML
: .::. :::::::.:..:::::::::::::::..::::.::::: .::::::..:::.:
CCDS56 VSQNCICSIENMENVSSSRAKGRAWIRVALMEKHLSEYISTALRDFKTTRRFYEDGAIVL
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 RDEATILTGMLIGLSAIDFSFCLKGEVLDGKTPVVIDYTPYLKFTQSYDYLT-DEEERHS
.::..:.:::.::.::::::::::: :::. :.:::::::::. :: : .. :::: ..
CCDS56 GEEANMLAGMLLGLNAIDFSFCLKGEGLDGSFPAVIDYTPYLKYIQSSDSISSDEEELRT
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 AESSTSEDNSPEHPYLPLVTDEDSWYSKWHKMEQKFRIVYAQKGYLEELVRLRESQLKDL
:: ::...::. :.. ::.::..: ....::.... ::::::::.::::.::..
CCDS56 LGSSGSESSTPENVGPPFLMDENSWFNKCKRVKQKYQLTLEQKGYLEELLRLRENQLSES
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 EAENRRLQLQLEEAAAQNQREKRELEGVILELQEQLTGLIPSDHAPLAQGSKELTTPLVN
..:. : ..:.. .. ::..:: .:.:::.::: : .: .. .:::. :.:
CCDS56 VSQNKILLQRIEDSDLAHKLEKEQLEYIIVELQDQLTVLKNND----LRSRQELTAHLTN
310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE3 QWPSLGTLNGAEGASNSKLYRRH-------SFMSTEPLSAEASLSSDS-----QRLGEGT
:::: :.:. : .. :::.: :..: . ::::.:::. : .. :.:
CCDS56 QWPSPGALDVNAVALDTLLYRKHNKQWYEKSYQSLDQLSAEVSLSQTSLDPGQSQEGDGK
360 370 380 390 400 410
400
pF1KE3 RDEEPWGPIGSSEPN
.:
CCDS56 QDTLNVMSEGKEDTPSLLGLCGSLTSVASYKSLTSLKSNDYLASPTTEMTSPGLTPS
420 430 440 450 460 470
>>CCDS47068.1 RUFY3 gene_id:22902|Hs108|chr4 (506 aa)
initn: 280 init1: 246 opt: 365 Z-score: 352.4 bits: 74.4 E(32554): 2.6e-13
Smith-Waterman score: 365; 32.5% identity (70.6% similar) in 197 aa overlap (15-206:116-303)
10 20 30 40
pF1KE3 MEASFVQTTMALGLSSKKASSRNVAVERKNLITVCRFSVKTLLE
:.:. . .: :: ::... ..:.: :.:
CCDS47 QRSWRTPPSPGSPLPFLLLSYPSGGGGSSGSGKHHPNYLMANERMNLMNMAKLSIKGLIE
90 100 110 120 130 140
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 KYT--AEPIDDSSEEFVNFAAILEQILSHRFKACAPAGPVSWFSSDGQ-RGFWDYIRLAC
. .. .:.. . .: ...:. :.: .:: . :: ..:: ..:.
CCDS47 SALNLGRTLDSDYAPLQQFFVVMEHCLKHGLKAKK--------TFLGQNKSFWGPLELVE
150 160 170 180 190
110 120 130 140 150
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]