Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3967
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3967, 404 aa
1>>>pF1KE3967 404 - 404 aa - 404 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5218+/-0.000383; mu= 17.1904+/- 0.024
mean_var=155.4005+/-32.179, 0's: 0 Z-trim(116.5): 435 B-trim: 123 in 2/55
Lambda= 0.102884
statistics sampled from 27096 (27698) to 27096 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16
Scan time: 6.900
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056441 (OMIM: 610091) WD repeat and SOCS box-co ( 421) 1177 187.0 7.2e-47
NP_599027 (OMIM: 610091) WD repeat and SOCS box-co ( 275) 1007 161.5 2.2e-39
XP_016879922 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 383) 835 136.2 1.3e-31
XP_016879923 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 216) 786 128.6 1.5e-29
XP_005258020 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 216) 786 128.6 1.5e-29
XP_016879924 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 219) 657 109.4 8.6e-24
XP_016879925 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat a ( 219) 657 109.4 8.6e-24
XP_005272220 (OMIM: 609012) PREDICTED: WD repeat-c ( 334) 358 65.3 2.5e-10
NP_438172 (OMIM: 609012) WD repeat-containing prot ( 334) 358 65.3 2.5e-10
NP_060058 (OMIM: 609012) WD repeat-containing prot ( 334) 358 65.3 2.5e-10
NP_005877 (OMIM: 602703,616212) katanin p80 WD40 r ( 655) 304 57.7 9.5e-08
XP_016878353 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 655) 304 57.7 9.5e-08
XP_016878352 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 655) 304 57.7 9.5e-08
XP_006721186 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 658) 304 57.7 9.5e-08
XP_016878350 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 672) 304 57.7 9.6e-08
XP_005255829 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 672) 304 57.7 9.6e-08
XP_016878351 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 672) 304 57.7 9.6e-08
XP_006721185 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 675) 304 57.7 9.6e-08
XP_016878349 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 675) 304 57.7 9.6e-08
XP_006721184 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 675) 304 57.7 9.6e-08
XP_011521112 (OMIM: 602703,616212) PREDICTED: kata ( 675) 304 57.7 9.6e-08
XP_011531864 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 300) 299 56.5 1e-07
XP_011531863 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 326) 299 56.5 1.1e-07
NP_001155052 (OMIM: 614783,614813) POC1 centriolar ( 359) 299 56.6 1.1e-07
XP_011531862 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 374) 299 56.6 1.2e-07
NP_008882 (OMIM: 601787) transcription initiation ( 800) 303 57.7 1.2e-07
NP_056241 (OMIM: 614783,614813) POC1 centriolar pr ( 407) 299 56.7 1.2e-07
XP_016861593 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 321) 297 56.2 1.3e-07
NP_001155053 (OMIM: 614783,614813) POC1 centriolar ( 369) 297 56.3 1.4e-07
XP_011531866 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 246) 290 55.0 2.3e-07
XP_011531867 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 246) 290 55.0 2.3e-07
XP_011531865 (OMIM: 614783,614813) PREDICTED: POC1 ( 246) 290 55.0 2.3e-07
NP_004805 (OMIM: 607797) U5 small nuclear ribonucl ( 357) 283 54.2 5.8e-07
NP_387449 (OMIM: 605651) F-box/WD repeat-containin ( 508) 259 50.9 8.4e-06
XP_016864769 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 510) 259 50.9 8.4e-06
XP_016864770 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 510) 259 50.9 8.4e-06
XP_005265915 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 510) 259 50.9 8.4e-06
XP_005265914 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 515) 259 50.9 8.5e-06
NP_387448 (OMIM: 605651) F-box/WD repeat-containin ( 529) 259 50.9 8.6e-06
XP_005265913 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 531) 259 50.9 8.6e-06
XP_016864768 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 542) 259 50.9 8.7e-06
NP_036432 (OMIM: 605651) F-box/WD repeat-containin ( 542) 259 50.9 8.7e-06
XP_005265912 (OMIM: 605651) PREDICTED: F-box/WD re ( 563) 259 51.0 8.9e-06
NP_001093207 (OMIM: 616850) WD repeat domain-conta ( 315) 252 49.6 1.3e-05
NP_115708 (OMIM: 616850) WD repeat domain-containi ( 315) 252 49.6 1.3e-05
NP_006089 (OMIM: 176981) receptor of activated pro ( 317) 249 49.1 1.8e-05
NP_001151 (OMIM: 602233) apoptotic protease-activa (1194) 252 50.4 2.8e-05
NP_863658 (OMIM: 602233) apoptotic protease-activa (1205) 252 50.4 2.8e-05
XP_016880191 (OMIM: 601545,607432) PREDICTED: plat ( 345) 245 48.6 2.8e-05
XP_016880190 (OMIM: 601545,607432) PREDICTED: plat ( 410) 245 48.7 3.1e-05
>>NP_056441 (OMIM: 610091) WD repeat and SOCS box-contai (421 aa)
initn: 1417 init1: 714 opt: 1177 Z-score: 962.4 bits: 187.0 E(85289): 7.2e-47
Smith-Waterman score: 1356; 51.5% identity (74.8% similar) in 400 aa overlap (13-402:23-420)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEAGEEPLLLAELKPGRPHQFDWKSSCETWSVAFSPDGSWFAWSQGHCIV
: :. : :: : . :.:.:::.::::.::::::: :
NP_056 MASFPPRVNEKEIVRLRTIGELLAPAAP--FDKKCGRENWTVAFAPDGSYFAWSQGHRTV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE3 KLIPWPLEEQ-FIPKGFEAKSRSS------KNETKG-RGSPKEKTLDCGQIVWGLAF-SP
::.:: : :. .: . . :: .: : ...:.:. .:::.:::.::: :
NP_056 KLVPWSQCLQNFLLHGTKNVTNSSSLRLPRQNSDGGQKNKPREHIIDCGDIVWSLAFGSS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 WPSPPSRKLWARHHPQVPDVSCLVLATGLNDGQIKIWEVQTGLLLLNLSGHQDVVRDLSF
: :: . . : . :.::::::.:.::::.: :: ::::: : .:::::.:
NP_056 VPEKQSRCVNIEWHRFRFGQDQLLLATGLNNGRIKIWDVYTGKLLLNLVDHTEVVRDLTF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 TPSGSLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEKSV
.:.:::::::::::::::.:::. :....:: :: .::: :..::: :::::... :.:
NP_056 APDGSLILVSASRDKTLRVWDLKDDGNMMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASKAV
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 FLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQ
:::.: .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . :
NP_056 FLWNMDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGHLF
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 VDPA-MDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLCCT
:. . . .. .::: :: .::..:..:::...:.: .. :. ::..:::::.
NP_056 PPPTPIFAGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLCCA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 FFPHGGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLT
: :.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :::.
NP_056 FSTDGSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEFLS
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 YRTF
::
NP_056 YRI
420
>>NP_599027 (OMIM: 610091) WD repeat and SOCS box-contai (275 aa)
initn: 1078 init1: 615 opt: 1007 Z-score: 827.9 bits: 161.5 E(85289): 2.2e-39
Smith-Waterman score: 1007; 53.4% identity (79.1% similar) in 268 aa overlap (136-402:7-274)
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 PSRKLWARHHPQVPDVSCLVLATGLNDGQIKIWEVQTGLLLLNLSGHQDVVRDLSFTPSG
.. : . : ::::: : .:::::.:.:.:
NP_599 MASFPPRVNEKEIGKLLLNLVDHTEVVRDLTFAPDG
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 SLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEKSVFLWS
::::::::::::::.:::. :....:: :: .::: :..::: :::::... :.::::.
NP_599 SLILVSASRDKTLRVWDLKDDGNMMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASKAVFLWN
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 MRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPA
: .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . : :.
NP_599 MDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGHLFPPPT
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 -MDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLCCTFFPH
. . .. .::: :: .::..:..:::...:.: .. :. ::..:::::.:
NP_599 PIFAGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLCCAFSTD
160 170 180 190 200 210
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 GGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTYRTF
:.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :::.::
NP_599 GSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEFLSYRI
220 230 240 250 260 270
>>XP_016879922 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (383 aa)
initn: 1348 init1: 708 opt: 835 Z-score: 688.5 bits: 136.2 E(85289): 1.3e-31
Smith-Waterman score: 1210; 48.9% identity (69.4% similar) in 399 aa overlap (13-402:23-382)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEAGEEPLLLAELKPGRPHQFDWKSSCETWSVAFSPDGSWFAWSQGHCIV
: :. : :: : . :.:.:::.::::.::::::: :
XP_016 MASFPPRVNEKEIVRLRTIGELLAPAAP--FDKKCGRENWTVAFAPDGSYFAWSQGHRTV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE3 KLIPWPLEEQ-FIPKGFEAKSRSS------KNETKG-RGSPKEKTLDCGQIVWGLAF-SP
::.:: : :. .: . . :: .: : ...:.:. .:::.:::.::: :
XP_016 KLVPWSQCLQNFLLHGTKNVTNSSSLRLPRQNSDGGQKNKPREHIIDCGDIVWSLAFGSS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 WPSPPSRKLWARHHPQVPDVSCLVLATGLNDGQIKIWEVQTGLLLLNLSGHQDVVRDLSF
: :: . . : . :.::::::.:.::::.: :: ::::: : .:::::.:
XP_016 VPEKQSRCVNIEWHRFRFGQDQLLLATGLNNGRIKIWDVYTGKLLLNLVDHTEVVRDLTF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 TPSGSLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEKSV
.:.:::::::::::::::.:::. :....:: :: .::: :..::: :::::... :.:
XP_016 APDGSLILVSASRDKTLRVWDLKDDGNMMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASKAV
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 FLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQ
:::.: .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. :
XP_016 FLWNMDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDIL-------
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 VDPAMDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLCCTF
:. :. ..:.: .. :. ::..:::::.:
XP_016 ----ME-------------FG-------------MVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLCCAF
300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 FPHGGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTY
:.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :::.:
XP_016 STDGSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEFLSY
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 RTF
:
XP_016 RI
>>XP_016879923 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (216 aa)
initn: 793 init1: 405 opt: 786 Z-score: 651.7 bits: 128.6 E(85289): 1.5e-29
Smith-Waterman score: 786; 50.9% identity (78.0% similar) in 214 aa overlap (190-402:2-215)
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 SFTPSGSLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEK
..:: :: .::: :..::: :::::... :
XP_016 MMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASK
10 20 30
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SVFLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHH
.::::.: .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . :
XP_016 AVFLWNMDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGH
40 50 60 70 80 90
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 TQVDPA-MDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLC
:. . . .. .::: :: .::..:..:::...:.: .. :. ::..::::
XP_016 LFPPPTPIFAGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLC
100 110 120 130 140 150
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 CTFFPHGGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEF
:.: :.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. ::
XP_016 CAFSTDGSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEF
160 170 180 190 200 210
400
pF1KE3 LTYRTF
:.::
XP_016 LSYRI
>>XP_005258020 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (216 aa)
initn: 793 init1: 405 opt: 786 Z-score: 651.7 bits: 128.6 E(85289): 1.5e-29
Smith-Waterman score: 786; 50.9% identity (78.0% similar) in 214 aa overlap (190-402:2-215)
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 SFTPSGSLILVSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEK
..:: :: .::: :..::: :::::... :
XP_005 MMKVLRGHQNWVYSCAFSPDSSMLCSVGASK
10 20 30
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SVFLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHH
.::::.: .::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . :
XP_005 AVFLWNMDKYTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGH
40 50 60 70 80 90
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 TQVDPA-MDDSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLC
:. . . .. .::: :: .::..:..:::...:.: .. :. ::..::::
XP_005 LFPPPTPIFAGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLC
100 110 120 130 140 150
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 CTFFPHGGVIATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEF
:.: :.:.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. ::
XP_005 CAFSTDGSVLAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEF
160 170 180 190 200 210
400
pF1KE3 LTYRTF
:.::
XP_005 LSYRI
>>XP_016879924 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (219 aa)
initn: 766 init1: 405 opt: 657 Z-score: 548.1 bits: 109.4 E(85289): 8.6e-24
Smith-Waterman score: 657; 46.8% identity (73.2% similar) in 205 aa overlap (200-402:14-218)
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 VSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDC-SMLCSAAGEKSVFLWSMRS
. : .: : . . : .::::.: .
XP_016 MLNIILIKFSSFSIRCAILSSVCLNEAITFAFLLQVFLWNMDK
10 20 30 40
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 YTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPA-MD
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XP_016 YTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGHLFPPPTPIF
50 60 70 80 90 100
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 DSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLCCTFFPHGGV
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XP_016 AGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLCCAFSTDGSV
110 120 130 140 150 160
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 IATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTYRTF
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XP_016 LAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEFLSYRI
170 180 190 200 210
>>XP_016879925 (OMIM: 610091) PREDICTED: WD repeat and S (219 aa)
initn: 766 init1: 405 opt: 657 Z-score: 548.1 bits: 109.4 E(85289): 8.6e-24
Smith-Waterman score: 657; 46.8% identity (73.2% similar) in 205 aa overlap (200-402:14-218)
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 VSASRDKTLRIWDLNKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDC-SMLCSAAGEKSVFLWSMRS
. : .: : . . : .::::.: .
XP_016 MLNIILIKFSSFSIRCAILSSVCLNEAITFAFLLQVFLWNMDK
10 20 30 40
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 YTLIRKLEGHQSSVVSCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPA-MD
::.:::::::. .::.::::::.:::.:::::: : .:::..:. : . : :. .
XP_016 YTMIRKLEGHHHDVVACDFSPDGALLATASYDTRVYIWDPHNGDILMEFGHLFPPPTPIF
50 60 70 80 90 100
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 DSDVHISSLRSVCFSPEGLYLATVADDRLLRIWALELKTPIAFAPMTNGLCCTFFPHGGV
. .. .::: :: .::..:..:::...:.: .. :. ::..:::::.: :.:
XP_016 AGGANDRWVRSVSFSHDGLHVASLADDKMVRFWRIDEDYPVQVAPLSNGLCCAFSTDGSV
110 120 130 140 150 160
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 IATGTRDGHVQFWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTYRTF
.:.::.:: : ::..:: . ::.:::: ..: . : .: ::::.:. :::.::
XP_016 LAAGTHDGSVYFWATPRQVPSLQHLCRMSIRRVMPTQEVQELPIPSKLLEFLSYRI
170 180 190 200 210
>>XP_005272220 (OMIM: 609012) PREDICTED: WD repeat-conta (334 aa)
initn: 356 init1: 221 opt: 358 Z-score: 306.4 bits: 65.3 E(85289): 2.5e-10
Smith-Waterman score: 424; 30.5% identity (61.0% similar) in 272 aa overlap (101-360:28-286)
80 90 100 110 120
pF1KE3 RSSKNETKGRGSPKEKTLDCGQIVWGLAFSPWPSPPSRKL---WARHHPQVPDVSCLV--
: : :. : : : : .:.
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pF1KE3 --LATGLNDGQIKIWEVQTGLLLLNLSGHQDVVRDLSFTPSGSLILVSASRDKTLRIWDL
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XP_005 EWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWS-SDSNLLVSASDDKTLKIWDV
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pF1KE3 NKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEKSVFLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVV
.. :: ...:.:: ..:.::...:. ... :.. ..:: .:.... .. : .:.. :
XP_005 SS-GKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVS
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pF1KE3 SCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPAMDDSDVHISSLRSVCFSP
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XP_005 AVHFNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTL--------IDDDNPPVSFVK---FSP
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310 320 330 340 350
pF1KE3 EGLYLATVADDRLLRIWAL-ELKTPIAFAPMTNGLCCTF----FPHGGVIATGTRDGHVQ
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XP_005 NGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVY
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400
pF1KE3 FWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTYRTF
.:
XP_005 IWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
290 300 310 320 330
>>NP_438172 (OMIM: 609012) WD repeat-containing protein (334 aa)
initn: 356 init1: 221 opt: 358 Z-score: 306.4 bits: 65.3 E(85289): 2.5e-10
Smith-Waterman score: 424; 30.5% identity (61.0% similar) in 272 aa overlap (101-360:28-286)
80 90 100 110 120
pF1KE3 RSSKNETKGRGSPKEKTLDCGQIVWGLAFSPWPSPPSRKL---WARHHPQVPDVSCLV--
: : :. : : : : .:.
NP_438 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNG
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pF1KE3 --LATGLNDGQIKIWEVQTGLLLLNLSGHQDVVRDLSFTPSGSLILVSASRDKTLRIWDL
::.. : :::: . : . ..:::. . :.... : : .::::: ::::.:::.
NP_438 EWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWS-SDSNLLVSASDDKTLKIWDV
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190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEKSVFLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVV
.. :: ...:.:: ..:.::...:. ... :.. ..:: .:.... .. : .:.. :
NP_438 SS-GKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVS
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 SCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPAMDDSDVHISSLRSVCFSP
. :. :..:.:..::: .:: .:. :..: .::.. .: .. :::
NP_438 AVHFNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTL--------IDDDNPPVSFVK---FSP
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pF1KE3 EGLYLATVADDRLLRIWAL-ELKTPIAFAPMTNGLCCTF----FPHGGVIATGTRDGHVQ
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NP_438 NGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVY
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400
pF1KE3 FWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTYRTF
.:
NP_438 IWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
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>>NP_060058 (OMIM: 609012) WD repeat-containing protein (334 aa)
initn: 356 init1: 221 opt: 358 Z-score: 306.4 bits: 65.3 E(85289): 2.5e-10
Smith-Waterman score: 424; 30.5% identity (61.0% similar) in 272 aa overlap (101-360:28-286)
80 90 100 110 120
pF1KE3 RSSKNETKGRGSPKEKTLDCGQIVWGLAFSPWPSPPSRKL---WARHHPQVPDVSCLV--
: : :. : : : : .:.
NP_060 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNG
10 20 30 40 50
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 --LATGLNDGQIKIWEVQTGLLLLNLSGHQDVVRDLSFTPSGSLILVSASRDKTLRIWDL
::.. : :::: . : . ..:::. . :.... : : .::::: ::::.:::.
NP_060 EWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWS-SDSNLLVSASDDKTLKIWDV
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NKHGKQIQVLSGHLQWVYCCSISPDCSMLCSAAGEKSVFLWSMRSYTLIRKLEGHQSSVV
.. :: ...:.:: ..:.::...:. ... :.. ..:: .:.... .. : .:.. :
NP_060 SS-GKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVS
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 SCDFSPDSALLVTASYDTNVIMWDPYTGERLRSLHHTQVDPAMDDSDVHISSLRSVCFSP
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NP_060 AVHFNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTL--------IDDDNPPVSFVK---FSP
180 190 200 210 220
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pF1KE3 EGLYLATVADDRLLRIWAL-ELKTPIAFAPMTNGLCCTF----FPHGGVIATGTRDGHVQ
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NP_060 NGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVY
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400
pF1KE3 FWTAPRVLSSLKHLCRKALRSFLTTYQVLALPIPKKMKEFLTYRTF
.:
NP_060 IWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]