FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3963, 468 aa
1>>>pF1KE3963 468 - 468 aa - 468 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8386+/-0.00085; mu= 7.4760+/- 0.051
mean_var=189.9757+/-39.788, 0's: 0 Z-trim(114.0): 153 B-trim: 5 in 1/52
Lambda= 0.093052
statistics sampled from 14447 (14614) to 14447 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.786), E-opt: 0.2 (0.449), width: 16
Scan time: 2.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 3249 448.4 7.3e-126
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 1320 189.5 6.8e-48
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 1315 188.8 1.1e-47
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 1231 177.5 2.6e-44
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 1156 167.5 2.9e-41
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 1112 161.5 1.7e-39
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 1092 158.8 1.1e-38
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 1020 149.2 9.3e-36
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 976 143.3 5.3e-34
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 910 134.4 2.4e-31
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 899 132.8 5.4e-31
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 901 133.2 5.5e-31
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 900 133.1 6e-31
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 844 125.6 1.2e-28
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 839 124.9 1.8e-28
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 816 121.8 1.6e-27
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 806 120.4 3.8e-27
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 805 120.3 4.2e-27
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 798 119.4 8e-27
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 786 117.8 2.4e-26
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 761 114.5 2.8e-25
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 754 113.5 5.1e-25
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 754 113.5 5.3e-25
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 735 111.0 3.1e-24
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 715 108.3 1.9e-23
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 675 102.9 8e-22
CCDS4614.1 BTN1A1 gene_id:696|Hs108|chr6 ( 526) 673 102.6 1e-21
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 664 101.4 2.2e-21
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 652 99.6 5e-21
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 652 99.7 5.3e-21
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 642 98.5 1.7e-20
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 642 98.7 2.5e-20
CCDS56403.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 313) 622 95.6 7.9e-20
CCDS4607.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 407) 622 95.7 9.6e-20
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 622 95.7 1e-19
CCDS4606.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 523) 622 95.8 1.2e-19
CCDS4612.2 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 535) 614 94.7 2.5e-19
CCDS4611.1 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 584) 614 94.8 2.6e-19
CCDS47388.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 461) 594 92.0 1.4e-18
CCDS4608.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 513) 594 92.0 1.5e-18
CCDS475.1 ERMAP gene_id:114625|Hs108|chr1 ( 475) 581 90.3 4.9e-18
CCDS56405.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 466) 574 89.3 9.2e-18
CCDS4613.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 527) 574 89.4 1e-17
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 536 84.1 2.8e-16
CCDS10498.1 MEFV gene_id:4210|Hs108|chr16 ( 781) 541 85.1 2.9e-16
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 536 84.2 3.2e-16
CCDS3850.2 TRIML2 gene_id:205860|Hs108|chr4 ( 437) 534 83.9 3.6e-16
CCDS4465.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 518) 531 83.6 5.5e-16
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 531 83.7 6.3e-16
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 525 82.7 8.3e-16
>>CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 (468 aa)
initn: 3249 init1: 3249 opt: 3249 Z-score: 2373.1 bits: 448.4 E(32554): 7.3e-126
Smith-Waterman score: 3249; 100.0% identity (100.0% similar) in 468 aa overlap (1-468:1-468)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 PQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERSGEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERSGEH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 WAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQRQNVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 WAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQRQNVLG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 EFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRCQLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRCQLPA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 LGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTANPEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTANPEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 ILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSWALGVCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSWALGVCR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 ENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLGSYYNSSERALAPLRDPPRRVGIFLDYEAGHLSFYSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLGSYYNSSERALAPLRDPPRRVGIFLDYEAGHLSFYSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE3 TDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTLAPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTLAPQ
430 440 450 460
>>CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 (486 aa)
initn: 1305 init1: 1000 opt: 1320 Z-score: 973.3 bits: 189.5 E(32554): 6.8e-48
Smith-Waterman score: 1320; 45.5% identity (66.9% similar) in 475 aa overlap (1-463:1-468)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRR-CW---GQPEGPYACPEC
:: . :.:.: : .:::.. .:: .::::.:: .:: . : : : ::::.:
CCDS16 MAWAPPGERLREDARCPVCLDFLQEPVSVDCGHSFCLRCISEFCEKSDGAQGGVYACPQC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 RELSPQR--NLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAAC
: .: : ..:::: :: ..: .::: . : : : :. :: .. :: .:
CCDS16 R--GPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGARRCARHGEDLSRFCEEDEAALCWVC
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 ERSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQ
. . :: .::. :::.:: . ..::. .:: .::...::: .:.. . :.:.. :: :
CCDS16 DAGPEHRTHRTAPLQEAAGSYQVKLQMALELMRKELEDALTQEANVGKKTVIWKEKVEMQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RQNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEG
:: :::. : .::.:::. :.::: :: .: ::::. ..: ::: : :: ::.
CCDS16 RQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQQSKALKELADELQE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 RCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPD
::: ::::::. .. .: : . : : .::::.:.: .:: : ::.:. :: :::
CCDS16 RCQRPALGLLEGVRGVLSRSKAVTRLEAENIPMELKTACCIPGRRELLRKFQVDVKLDPA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 TANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSW
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CCDS16 TAHPSLLLTADLRSVQDGEPWRDVPNNPERFDTWPCILGLQSFSSGRHYWEVLVGEGAEW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 ALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFL-GSYYNSSERALAPLR--DPPRRVGIFLDYE
.::::.... :: . : :: : : .: :. : .:: . :: .:::::::
CCDS16 GLGVCQDTLPRKGETTPSPENGVWALWLLKGNEYMVLASPSVPLLQLESPRCIGIFLDYE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE3 AGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPT---PMTICRPKGGSGDTLAPQ
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CCDS16 AGEISFYNVTDGSYIYTFNQL-FSGLLRPYFFICDATPLILPPTTI----AGSGNWASRD
420 430 440 450 460 470
CCDS16 HLDPASDVRDDHL
480
>>CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 (477 aa)
initn: 1068 init1: 453 opt: 1315 Z-score: 969.8 bits: 188.8 E(32554): 1.1e-47
Smith-Waterman score: 1315; 46.8% identity (68.8% similar) in 459 aa overlap (1-442:1-456)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCW----GQP-----EGPY
: : .:. .:::::::.:::::::::::: ::::::: ::. : :. .: .
CCDS15 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 ACPECRELSPQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLC
::::::.:::::: ::: :.:.::::.. :: : .: :.::: :: . .:
CCDS15 PCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQ-HPGLQ-KQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSPIC
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 AACERSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMV
..:..: :: ::: : ..:.. : :::...:.::.:. . .::. ... . :: :
CCDS15 VVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQGKV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 ESQRQNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAE
. .:. .. :::.. :.::::.::: :: :: :. ::::..: : .:. : :. .
CCDS15 KERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLLLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 LEGRCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVP-MELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVT
:: : : .:::.:. : : ..:..: :::.: . :::::::: .:.:: : ::.
CCDS15 LEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPRTVCRVPGQIEVLRGFLEDVV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE3 LDPDTANPELILSEDRRSVQRGDLRQALP-DSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEV-
: .: : :.: :.:. :. .. : .:: ::..:: :.:::::::: .
CCDS15 PDATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEVGMN
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 --GDRTSWALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFL-GSYYNSSERALAP--LRDPPRR
:: . :::::::.::.::.. ::::.. . :. : :. ::.: : .:: .
CCDS15 ITGD-ALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKYLSTFSALTPVMLMEPPSH
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 VGIFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGD
.:::::.:::..::::..::: : . . : : :.:.:
CCDS15 MGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMWVKG
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 TLAPQ
>>CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 (475 aa)
initn: 1158 init1: 894 opt: 1231 Z-score: 908.9 bits: 177.5 E(32554): 2.6e-44
Smith-Waterman score: 1232; 43.8% identity (68.6% similar) in 475 aa overlap (1-464:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
::. : . ::.:: :::: :..:: .:::.::.::: . :. : .:: ::.
CCDS44 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQV-GKGGGS-VCPVCRQRF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE3 PQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHPPS-PVPQGV-CPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERSG
.:::::: ::.:.. ... . :: : .: : : :: . . :: .: .:
CCDS44 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 EHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQRQNV
.: : . ::..::.. . ::. .: .::.... : .... . :.: ::.:.. .
CCDS44 KHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSRI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 LGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRCQL
.:: . . .:.::::. ::.::..: : : : : :.:.::: : :::.::. ::.
CCDS44 HAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCHS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTANP
:: :::.. .:.: .. .:. ... :::.::.:::: . :: .:::::::::
CCDS44 SALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTANP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 ELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSWALGV
::::::::.:. :: .:..: . :::: : ::: ..: ::.:::::.: . .: :::
CCDS44 WLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLGV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 CRENVNRKEKGELSAGNGFW-ILVFLGSYYNSSERALAPL--RDPPRRVGIFLDYEAGHL
::..: :: . ::. .::: : .. . :... .:: . :: .:::::::::: .
CCDS44 CRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVGIFLDYEAGMV
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE3 SFYSATD-GSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPL----SSSPTPMTICRPKGGS-GDTLAPQ
:::. :: :::.. : : :.: :::.::: ... .:.:.: . :: :.:
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460
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CCDS34 PLTI-RPPTDWE
480
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CCDS78 GRHYWEVEAAHCVLAQDPENQALARFYCYTERTIAKRLVLRRDPSVKRTLCRGCSSLLVP
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CCDS53 MDSDDLQV-FQNELICCICVNYFIDPVTIDCGHSFCRPCLCLCSEEGRAPMRCPSCRKTS
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CCDS53 EKPNFNTNLVLKKLSSLARQTRPQNINSSDNICVLHEETKELFCEADKRLLCGPCSESPE
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CCDS53 HMAHSHSPIGWAAEECREKLIKEMDYLWEINQETRNNLNQETSTFHSLKDYVSVRKRIIT
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CCDS53 IQYQKMPIFLDEEEQRHLQALEREAEELFQQLQDSQVRMTQHLERMKDMYRELWETCHMP
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CCDS53 DVVLLQDVRNVSARTDLAQMQKPQPVNPELTSWC-ITGVLDMLNNFRVDSALSTEMIPCY
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CCDS53 ISLSEDVRYVIFGDDHLSAPTDPQGVD-SFAVWGAQAFTSGKHYWEVDVTLSSNWILGVC
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CCDS53 RDSRTADANFVIDSDERFFLISSKRSNHYSLSTNSPPLIQYVQRPLGRVGVFLDYDNGSV
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CCDS53 SFFDVSKGSLIYGFPPSSFSSPLRPFFCFGCT
420 430 440
468 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Sun Nov 6 08:31:20 2016 done: Sun Nov 6 08:31:21 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]