Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3936
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3936, 179 aa
1>>>pF1KE3936 179 - 179 aa - 179 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5513+/-0.00103; mu= 10.8985+/- 0.062
mean_var=79.2957+/-17.090, 0's: 0 Z-trim(104.7): 154 B-trim: 601 in 2/45
Lambda= 0.144029
statistics sampled from 7854 (8045) to 7854 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 1.680
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10 ( 179) 1191 257.0 4.4e-69
CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 ( 179) 1010 219.4 9.1e-58
CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 ( 142) 816 179.1 1e-45
CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17 ( 179) 796 175.0 2.2e-44
CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 ( 181) 611 136.5 8.4e-33
CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 ( 181) 598 133.8 5.4e-32
CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 181) 577 129.5 1.1e-30
CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 ( 180) 564 126.8 7.3e-30
CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 ( 180) 559 125.7 1.5e-29
CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 ( 175) 552 124.3 4e-29
CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10 ( 182) 506 114.7 3.1e-26
CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 184) 489 111.2 3.6e-25
CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 574) 484 110.5 1.9e-24
CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 ( 192) 475 108.3 2.8e-24
CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7 ( 200) 453 103.7 6.9e-23
CCDS73510.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 135) 430 98.8 1.4e-21
CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3 ( 186) 427 98.3 2.8e-21
CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 569) 430 99.3 4.4e-21
CCDS2512.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 192) 422 97.3 5.8e-21
CCDS63169.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 201) 422 97.3 6e-21
CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17 ( 201) 410 94.8 3.4e-20
CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13 ( 196) 404 93.5 7.9e-20
CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 546) 404 93.8 1.8e-19
CCDS13533.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 201) 391 90.8 5.3e-19
CCDS46630.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 173) 345 81.2 3.5e-16
CCDS68172.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 154) 329 77.9 3.2e-15
CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1 ( 186) 309 73.8 6.7e-14
CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3 ( 186) 295 70.9 5e-13
CCDS55770.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 157) 293 70.4 5.8e-13
CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3 ( 428) 283 68.6 5.5e-12
>>CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10 (179 aa)
initn: 1191 init1: 1191 opt: 1191 Z-score: 1353.8 bits: 257.0 E(32554): 4.4e-69
Smith-Waterman score: 1191; 100.0% identity (100.0% similar) in 179 aa overlap (1-179:1-179)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGLIFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNT
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CCDS71 MGLIFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 HFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 HFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 LIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
130 140 150 160 170
>>CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 (179 aa)
initn: 1010 init1: 1010 opt: 1010 Z-score: 1150.5 bits: 219.4 E(32554): 9.1e-58
Smith-Waterman score: 1010; 79.9% identity (95.0% similar) in 179 aa overlap (1-179:1-179)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGLIFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNT
::..:...: :: .:::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::..::
CCDS21 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 HFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAV
.::::::::::::::::::::.::::.:.:::: ::::...:.::::.::::::::::..
CCDS21 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 LIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
::::::::.: :::.::::..: :.::::: ::::.:::::::::::::::: ::. .:
CCDS21 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
130 140 150 160 170
>>CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 (142 aa)
initn: 816 init1: 816 opt: 816 Z-score: 934.1 bits: 179.1 E(32554): 1e-45
Smith-Waterman score: 816; 81.0% identity (95.8% similar) in 142 aa overlap (38-179:1-142)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNTHFLMWDI
:::::::::::::::::::..::.::::::
CCDS46 MNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNTRFLMWDI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 GGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAVLIFANKQ
::::::::::::::.::::.:.:::: ::::...:.::::.::::::::::..:::::::
CCDS46 GGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGLLIFANKQ
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KE3 DMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
:.: :::.::::..: :.::::: ::::.:::::::::::::::: ::. .:
CCDS46 DVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
100 110 120 130 140
>>CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17 (179 aa)
initn: 814 init1: 796 opt: 796 Z-score: 910.2 bits: 175.0 E(32554): 2.2e-44
Smith-Waterman score: 796; 69.7% identity (82.9% similar) in 175 aa overlap (1-175:1-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGLIFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNT
:: ..::: :.: :::: :::::::: :::::::.:: ::::: ::::::::::.. .:
CCDS45 MGQLIAKLMSIFGNQEHTVIIVGLDNEGKTTILYRFLTNEVVHMCPTIGSNVEEIILPKT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 HFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAV
::.:::: :.: ::::::::::::::.:: ::.:: :.::::.::::: :. :.:
CCDS45 HFFMWDIVRPEALSFIWNTYYSNTEFIILVIDSTDRDRLLTTREELYKMLAHEALQDASV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 LIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
::::::::.: : .:::..::::.:::: ::::.::::: ::: :.:: :.
CCDS45 LIFANKQDVKDSMRMVEISHFLTLSTIKDHSWHIQGCCALTREGLPARLQWMESQAAAN
130 140 150 160 170
>>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 (181 aa)
initn: 609 init1: 588 opt: 611 Z-score: 702.4 bits: 136.5 E(32554): 8.4e-33
Smith-Waterman score: 611; 50.3% identity (80.2% similar) in 177 aa overlap (1-176:1-177)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MGLIFAKLWS-LFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKN
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CCDS15 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 THFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAA
: .::.:::...: : :..::. .:.:::: ::::. ..:::.::::...:: :.
CCDS15 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
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CCDS15 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQ
130 140 150 160 170 180
CCDS15 K
>>CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 (181 aa)
initn: 598 init1: 583 opt: 598 Z-score: 687.8 bits: 133.8 E(32554): 5.4e-32
Smith-Waterman score: 598; 49.7% identity (79.7% similar) in 177 aa overlap (1-176:1-177)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MGLIFAKLW-SLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKN
:: ::..: ::. ..: ....:::: ::::::::.. ..:.: : :::: ::: . ::
CCDS87 MGNIFGNLLKSLIGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 THFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAA
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CCDS87 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
.:.::::::. . :.::::. : : :.. . :.::. :: .:.:: .::.:.....
CCDS87 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLANQLKNK
130 140 150 160 170 180
CCDS87 K
>>CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 (181 aa)
initn: 566 init1: 566 opt: 577 Z-score: 664.2 bits: 129.5 E(32554): 1.1e-30
Smith-Waterman score: 577; 48.9% identity (76.7% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MGLIFAKLWS-LFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKN
:: .:....: :: ..: ...:.:::.::::::::.. ..::: : :::: ::: .. ::
CCDS44 MGGFFSSIFSSLFGTREMRILILGLDGAGKTTILYRLQVGEVVTTIPTIGFNVETVTYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 THFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAA
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CCDS44 LKFQVWDLGGQTSIRPYWRCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRIGISKSELVAMLEEEELRKAI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
...:::::::. ::..:... : : ..::. :.: . : : :: ...::.. . :
CCDS44 LVVFANKQDMEQAMTSSEMANSLGLPALKDRKWQIFKTSATKGTGLDEAMEWLVETLKSR
130 140 150 160 170 180
CCDS44 Q
>>CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 (180 aa)
initn: 576 init1: 545 opt: 564 Z-score: 649.7 bits: 126.8 E(32554): 7.3e-30
Smith-Waterman score: 564; 45.0% identity (77.2% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MGLIFAKLWS-LFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKN
::: ...:.: :: ... ....:::: ::::::::.. ..:.: : :::: ::: . ::
CCDS28 MGLTISSLFSRLFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 THFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAA
: .::.:::. .: :. :..::. .:.:::: ::::. . .:: .:: ..:: :.
CCDS28 ICFTVWDVGGQDRIRPLWKHYFQNTQGLIFVVDSNDRERIQEVADELQKMLLVDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
.:.::::::. . :. .:.. : :.:.... :..:. :: : :: .::.:...... :
CCDS28 LLLFANKQDLPNAMAISEMTDKLGLQSLRNRTWYVQATCATQGTGLYEGLDWLSNELSKR
130 140 150 160 170 180
>>CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 (180 aa)
initn: 536 init1: 521 opt: 559 Z-score: 644.0 bits: 125.7 E(32554): 1.5e-29
Smith-Waterman score: 559; 44.4% identity (75.6% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MGLIFAKLWS-LFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKN
::: . :.: .: ... ....:::: ::::::::.. ..:.: : :::: ::: . ::
CCDS34 MGLTVSALFSRIFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 THFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAA
: .::.:::...: : :..::. .:.:::: ::::. . .:: .:: ...:: :.
CCDS34 ICFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVQESADELQKMLQEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VLIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
.:.::::::: . : ..:.. : :. .... :..:. :: : :: .::.:.. ... :
CCDS34 LLVFANKQDMPNAMPVSELTDKLGLQHLRSRTWYVQATCATQGTGLYDGLDWLSHELSKR
130 140 150 160 170 180
>>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 (175 aa)
initn: 545 init1: 545 opt: 552 Z-score: 636.4 bits: 124.3 E(32554): 4e-29
Smith-Waterman score: 552; 44.3% identity (75.3% similar) in 174 aa overlap (1-174:1-171)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGLIFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNT
:: ...: .: :.: .....::: ::::::::.. ... : : ::.: ::: .. ::.
CCDS96 MGKVLSK---IFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 HFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAV
.: .::.:::...: : ::..:. .:.::: ::.:. ...::.:.. ...: : .
CCDS96 KFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAII
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE3 LIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
::::::::. : ::.. : :. :.:. :..: :: .:.:: .:: :.::
CCDS96 LIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
120 130 140 150 160 170
179 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 08:47:29 2016 done: Sun Nov 6 08:47:30 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]