Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3922
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3922, 909 aa
1>>>pF1KE3922 909 - 909 aa - 909 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7454+/-0.00121; mu= 13.7111+/- 0.072
mean_var=139.1721+/-29.149, 0's: 0 Z-trim(105.5): 282 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.108717
statistics sampled from 8122 (8450) to 8122 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.26), width: 16
Scan time: 3.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 6109 971.2 0
CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 1013 171.9 4e-42
CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 1013 171.9 4.4e-42
CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 1013 172.0 4.6e-42
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 1017 173.2 9.5e-42
CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 992 168.6 4.2e-41
CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 992 168.6 4.3e-41
CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 992 168.7 4.5e-41
CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 992 168.7 4.7e-41
CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 992 168.7 4.7e-41
CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 992 168.7 4.7e-41
CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 992 168.7 4.8e-41
CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 963 164.1 1.1e-39
CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 963 164.2 1.3e-39
CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 963 164.3 1.4e-39
CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 963 164.3 1.4e-39
CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 951 162.2 3.9e-39
CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 939 160.1 8.3e-39
CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 939 160.3 1.3e-38
CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 939 160.3 1.4e-38
CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 932 159.2 2.6e-38
CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 932 159.2 2.7e-38
CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 914 156.6 3.3e-37
CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 914 156.7 3.3e-37
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 907 155.3 4e-37
CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 896 153.7 1.9e-36
CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 896 153.8 2.3e-36
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 656 115.9 3.2e-25
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 656 116.0 3.2e-25
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 656 116.0 3.2e-25
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 612 109.1 4.5e-23
CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 ( 823) 588 105.3 5e-22
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 562 101.3 1e-20
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 562 101.3 1e-20
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 546 98.8 5.7e-20
CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068) 530 96.3 3.3e-19
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 484 89.6 1.5e-16
CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 464 85.8 3.4e-16
CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 464 85.8 3.4e-16
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 472 87.8 5.5e-16
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 454 84.3 1.2e-15
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 454 84.3 1.2e-15
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 445 82.9 3.3e-15
CCDS64946.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2798) 420 79.4 1e-13
CCDS34933.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2799) 420 79.4 1e-13
CCDS41939.1 HECTD1 gene_id:25831|Hs108|chr14 (2610) 402 76.5 7.1e-13
CCDS55712.1 ANK3 gene_id:288|Hs108|chr10 (1861) 382 73.3 4.8e-12
CCDS55711.1 ANK3 gene_id:288|Hs108|chr10 (1868) 382 73.3 4.9e-12
CCDS46769.1 ANKRD28 gene_id:23243|Hs108|chr3 (1053) 375 72.0 6.8e-12
CCDS54837.1 RAI14 gene_id:26064|Hs108|chr5 ( 951) 372 71.4 8.8e-12
>>CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 (909 aa)
initn: 6109 init1: 6109 opt: 6109 Z-score: 5188.3 bits: 971.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6109; 99.8% identity (99.9% similar) in 909 aa overlap (1-909:1-909)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MERAMEQLNRLTRSLRHARTVELPEDNETAVYTLMPMVMADQHRSVSELLSNSKFDVNYA
::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 MERAMEQLNRLTRSLRRARTVELPEDNETAVYTLMPMVMADQHRSVSELLSNSKFDVNYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 FGRVKRSLLHIAANCGSVECLVLLLKKGANPNYQDISGCTPLHLAARNGQKKCMSKLLEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FGRVKRSLLHIAANCGSVECLVLLLKKGANPNYQDISGCTPLHLAARNGQKKCMSKLLEY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SADVNICNNEGLTAIHWLAVNGRTELLHDLVQHVSDVDVEDAMGQTALHVACQNGHKTTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 SADVNICNNEGLTAIHWLAVNGRTELLHDLVQHVSDVDVEDAMGQTALHVACQNGHKTTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 QCLLDSGADINRPNVSGATPLYFACSHGQRDTAQILLLRGAKYLPDKNGVTPLDLCVQGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QCLLDSGADINRPNVSGATPLYFACSHGQRDTAQILLLRGAKYLPDKNGVTPLDLCVQGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 YGETCEVLIQYHPRLFQTIIQMTQNEDLRENMLRQVLEHLSQQSESQYLKILTSLAEVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 YGETCEVLIQYHPRLFQTIIQMTQNEDLRENMLRQVLEHLSQQSESQYLKILTSLAEVAT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TNGHKLLSLSSNYDAQMKSLLRIVRMFCHVFRIGPSSPSNGIDMGYNGNKTPRSQVFKPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 TNGHKLLSLSSNYDAQMKSLLRIVRMFCHVFRIGPSSPSNGIDMGYNGNKTPRSQVFKPL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 ELLWHSLDEWLVLTATELMKNKRDSTEITSILLKQKGQDQDAASIPPFEPPGPGSYENLS
::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 ELLWHSLDEWLVLIATELMKNKRDSTEITSILLKQKGQDQDAASIPPFEPPGPGSYENLS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 TGTRESKPDALAGRQEASADCQDVISMTANRLSAVIQAFYMCCSCQMPPGMTSPRFIEFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 TGTRESKPDALAGRQEASADCQDVISMTANRLSAVIQAFYMCCSCQMPPGMTSPRFIEFV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 CKHDEVLKCFVNRNPKIIFDHFHFLLECPELMSRFMHIIKAQPFKDRCEWFYEHLHSGQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 CKHDEVLKCFVNRNPKIIFDHFHFLLECPELMSRFMHIIKAQPFKDRCEWFYEHLHSGQP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 DSDMVHRPVNENDILLVHRDSIFRSSCEVVSKANCAKLKQGIAVRFHGEEGMGQGVVREW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 DSDMVHRPVNENDILLVHRDSIFRSSCEVVSKANCAKLKQGIAVRFHGEEGMGQGVVREW
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 FDILSNEIVNPDYALFTQSADGTTFQPNSNSYVNPDHLNYFRFAGQILGLALNHRQLVNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FDILSNEIVNPDYALFTQSADGTTFQPNSNSYVNPDHLNYFRFAGQILGLALNHRQLVNI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 YFTRSFYKHILGIPVNYQDVASIDPEYAKNLQWILDNDISDLGLELTFSVETDVFGAMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 YFTRSFYKHILGIPVNYQDVASIDPEYAKNLQWILDNDISDLGLELTFSVETDVFGAMEE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 VPLKPGGGSILVTQNNKAEYVQLVTELRMTRAIQPQINAFLQGFHMFIPPSLIQLFDEYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 VPLKPGGGSILVTQNNKAEYVQLVTELRMTRAIQPQINAFLQGFHMFIPPSLIQLFDEYE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 LELLLSGMPEIDVSDWIKNTEYTSGYEREDPVIQWFWEVVEDITQEERVLLLQFVTGSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LELLLSGMPEIDVSDWIKNTEYTSGYEREDPVIQWFWEVVEDITQEERVLLLQFVTGSSR
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 VPHGGFANIMGGSGLQNFTIAAVPYTPNLLPTSSTCINMLKLPEYPSKEILKDRLLVALH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 VPHGGFANIMGGSGLQNFTIAAVPYTPNLLPTSSTCINMLKLPEYPSKEILKDRLLVALH
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 CGSYGYTMA
:::::::::
CCDS50 CGSYGYTMA
>>CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 (752 aa)
initn: 953 init1: 589 opt: 1013 Z-score: 869.7 bits: 171.9 E(32554): 4e-42
Smith-Waterman score: 1013; 44.4% identity (72.9% similar) in 347 aa overlap (555-899:399-743)
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 KDRCEWFYEHLHSGQPDSDMVHRPVNENDILLVHRDSIFRSSCEVVSKANCAKLKQGIAV
. : : ..:..: . . . . :.. . :
CCDS58 PQIAYVRDFKAKVQYFRFWCQQLAMPQHIKITVTRKTLFEDSFQQIMSFSPQDLRRRLWV
370 380 390 400 410 420
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 RFHGEEGMGQG-VVREWFDILSNEIVNPDYALFTQSA-DGTTFQPNSNSYVNPDHLNYFR
: ::::. : :.:::: .::.:..:: : :: .. :. .: : ::.:::::.:::
CCDS58 IFPGEEGLDYGGVAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKDNYCLQINPASYINPDHLKYFR
430 440 450 460 470 480
650 660 670 680 690 700
pF1KE3 FAGQILGLALNHRQLVNIYFTRSFYKHILGIPVNYQDVASIDPEYAKNLQWILDNDISDL
: :.....:: : .... :. :::.::. ::. .:. :::::. ..: :. .:.: .
CCDS58 FIGRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRILNKPVGLKDLESIDPEFYNSLIWVKENNIEEC
490 500 510 520 530 540
710 720 730 740 750 760
pF1KE3 GLELTFSVETDVFGAMEEVPLKPGGGSILVTQNNKAEYVQLVTELRMTRAIQPQINAFLQ
::. :::. ...: .. :::.::.::::..:: ::...:.: :..:... : .::..
CCDS58 DLEMYFSVDKEILGEIKSHDLKPNGGNILVTEENKEEYIRMVAEWRLSRGVEEQTQAFFE
550 560 570 580 590 600
770 780 790 800 810 820
pF1KE3 GFHMFIPPSLIQLFDEYELELLLSGMPEIDVSDWIKNTEYTSGYEREDPVIQWFWEVVED
::. ..: . .: :: :::.:: :: :::..:: ... : : : . :.:::. :..
CCDS58 GFNEILPQQYLQYFDAKELEVLLCGMQEIDLNDWQRHAIYRH-YARTSKQIMWFWQFVKE
610 620 630 640 650 660
830 840 850 860 870 880
pF1KE3 ITQEERVLLLQFVTGSSRVPHGGFANIMGGSGLQNFTIAAVPYTPNLLPTSSTCINMLKL
: .:.:. :::::::. :.: ::::..::..: :.: : : : :: : ::.: : :
CCDS58 IDNEKRMRLLQFVTGTCRLPVGGFADLMGSNGPQKFCIEKVG-KENWLPRSHTCFNRLDL
670 680 690 700 710 720
890 900
pF1KE3 PEYPSKEILKDRLLVALHCGSYGYTMA
: : : : ::..:: :.
CCDS58 PPYKSYEQLKEKLLFAIEETEGFGQE
730 740 750
>>CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 (862 aa)
initn: 953 init1: 589 opt: 1013 Z-score: 868.9 bits: 171.9 E(32554): 4.4e-42
Smith-Waterman score: 1013; 44.4% identity (72.9% similar) in 347 aa overlap (555-899:509-853)
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 KDRCEWFYEHLHSGQPDSDMVHRPVNENDILLVHRDSIFRSSCEVVSKANCAKLKQGIAV
. : : ..:..: . . . . :.. . :
CCDS13 PQIAYVRDFKAKVQYFRFWCQQLAMPQHIKITVTRKTLFEDSFQQIMSFSPQDLRRRLWV
480 490 500 510 520 530
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 RFHGEEGMGQG-VVREWFDILSNEIVNPDYALFTQSA-DGTTFQPNSNSYVNPDHLNYFR
: ::::. : :.:::: .::.:..:: : :: .. :. .: : ::.:::::.:::
CCDS13 IFPGEEGLDYGGVAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKDNYCLQINPASYINPDHLKYFR
540 550 560 570 580 590
650 660 670 680 690 700
pF1KE3 FAGQILGLALNHRQLVNIYFTRSFYKHILGIPVNYQDVASIDPEYAKNLQWILDNDISDL
: :.....:: : .... :. :::.::. ::. .:. :::::. ..: :. .:.: .
CCDS13 FIGRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRILNKPVGLKDLESIDPEFYNSLIWVKENNIEEC
600 610 620 630 640 650
710 720 730 740 750 760
pF1KE3 GLELTFSVETDVFGAMEEVPLKPGGGSILVTQNNKAEYVQLVTELRMTRAIQPQINAFLQ
::. :::. ...: .. :::.::.::::..:: ::...:.: :..:... : .::..
CCDS13 DLEMYFSVDKEILGEIKSHDLKPNGGNILVTEENKEEYIRMVAEWRLSRGVEEQTQAFFE
660 670 680 690 700 710
770 780 790 800 810 820
pF1KE3 GFHMFIPPSLIQLFDEYELELLLSGMPEIDVSDWIKNTEYTSGYEREDPVIQWFWEVVED
::. ..: . .: :: :::.:: :: :::..:: ... : : : . :.:::. :..
CCDS13 GFNEILPQQYLQYFDAKELEVLLCGMQEIDLNDWQRHAIYRH-YARTSKQIMWFWQFVKE
720 730 740 750 760 770
830 840 850 860 870 880
pF1KE3 ITQEERVLLLQFVTGSSRVPHGGFANIMGGSGLQNFTIAAVPYTPNLLPTSSTCINMLKL
: .:.:. :::::::. :.: ::::..::..: :.: : : : :: : ::.: : :
CCDS13 IDNEKRMRLLQFVTGTCRLPVGGFADLMGSNGPQKFCIEKVG-KENWLPRSHTCFNRLDL
780 790 800 810 820 830
890 900
pF1KE3 PEYPSKEILKDRLLVALHCGSYGYTMA
: : : : ::..:: :.
CCDS13 PPYKSYEQLKEKLLFAIEETEGFGQE
840 850 860
>>CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 (903 aa)
initn: 983 init1: 589 opt: 1013 Z-score: 868.7 bits: 172.0 E(32554): 4.6e-42
Smith-Waterman score: 1013; 44.4% identity (72.9% similar) in 347 aa overlap (555-899:550-894)
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 KDRCEWFYEHLHSGQPDSDMVHRPVNENDILLVHRDSIFRSSCEVVSKANCAKLKQGIAV
. : : ..:..: . . . . :.. . :
CCDS58 PQIAYVRDFKAKVQYFRFWCQQLAMPQHIKITVTRKTLFEDSFQQIMSFSPQDLRRRLWV
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 RFHGEEGMGQG-VVREWFDILSNEIVNPDYALFTQSA-DGTTFQPNSNSYVNPDHLNYFR
: ::::. : :.:::: .::.:..:: : :: .. :. .: : ::.:::::.:::
CCDS58 IFPGEEGLDYGGVAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKDNYCLQINPASYINPDHLKYFR
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690 700
pF1KE3 FAGQILGLALNHRQLVNIYFTRSFYKHILGIPVNYQDVASIDPEYAKNLQWILDNDISDL
: :.....:: : .... :. :::.::. ::. .:. :::::. ..: :. .:.: .
CCDS58 FIGRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRILNKPVGLKDLESIDPEFYNSLIWVKENNIEEC
640 650 660 670 680 690
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CCDS45 FNPYYGLFEYSATDNYTLQINPNSGLCNEDHLSYFTFIGRVAGLAVFHGKLLDGFFIRPF
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CCDS45 YKMMLGKQITLNDMESVDSEYYNSLKWILENDPTE--LDLMFCIDEENFGQTYQVDLKPN
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