Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3918
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3918, 607 aa
1>>>pF1KE3918 607 - 607 aa - 607 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5569+/-0.000307; mu= 13.8435+/- 0.019
mean_var=97.7985+/-20.101, 0's: 0 Z-trim(118.6): 29 B-trim: 1904 in 1/54
Lambda= 0.129690
statistics sampled from 31579 (31622) to 31579 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16
Scan time: 12.320
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_078988 (OMIM: 606422) engulfment and cell motil ( 773) 4028 764.0 0
XP_016868327 (OMIM: 606420) PREDICTED: engulfment ( 727) 2125 407.9 5.9e-113
XP_006715868 (OMIM: 606420) PREDICTED: engulfment ( 727) 2125 407.9 5.9e-113
XP_005249976 (OMIM: 606420) PREDICTED: engulfment ( 727) 2125 407.9 5.9e-113
NP_001193411 (OMIM: 606420) engulfment and cell mo ( 727) 2125 407.9 5.9e-113
NP_001193409 (OMIM: 606420) engulfment and cell mo ( 727) 2125 407.9 5.9e-113
XP_011513956 (OMIM: 606420) PREDICTED: engulfment ( 727) 2125 407.9 5.9e-113
NP_055615 (OMIM: 606420) engulfment and cell motil ( 727) 2125 407.9 5.9e-113
XP_016868328 (OMIM: 606420) PREDICTED: engulfment ( 727) 2125 407.9 5.9e-113
XP_005260556 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 632) 2092 401.7 3.8e-111
NP_001305182 (OMIM: 606421,606893) engulfment and ( 632) 2092 401.7 3.8e-111
XP_005260555 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 632) 2092 401.7 3.8e-111
XP_005260557 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 632) 2092 401.7 3.8e-111
NP_877496 (OMIM: 606421,606893) engulfment and cel ( 720) 2092 401.8 4.3e-111
XP_006723917 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 720) 2092 401.8 4.3e-111
XP_005260553 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 720) 2092 401.8 4.3e-111
NP_573403 (OMIM: 606421,606893) engulfment and cel ( 720) 2092 401.8 4.3e-111
XP_016883498 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 537) 1909 367.5 6.7e-101
XP_005260558 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 537) 1909 367.5 6.7e-101
XP_016883499 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 537) 1909 367.5 6.7e-101
XP_016883500 (OMIM: 606421,606893) PREDICTED: engu ( 537) 1909 367.5 6.7e-101
NP_001034548 (OMIM: 606420) engulfment and cell mo ( 247) 1011 199.3 1.3e-50
NP_569709 (OMIM: 606420) engulfment and cell motil ( 247) 1011 199.3 1.3e-50
>>NP_078988 (OMIM: 606422) engulfment and cell motility (773 aa)
initn: 4028 init1: 4028 opt: 4028 Z-score: 4072.7 bits: 764.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4028; 100.0% identity (100.0% similar) in 607 aa overlap (1-607:167-773)
10 20 30
pF1KE3 MIFAREVISRNGLQILGTIIEDGDDLGEVL
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 EAEQLLGGLQSNSPEGRREALRRLVPLASDMIFAREVISRNGLQILGTIIEDGDDLGEVL
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 ALSLRAFSELMEHGVVSWETLSIPFVRKVVCYVNMNLMDASVPPLALGLLESVTLSSPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 ALSLRAFSELMEHGVVSWETLSIPFVRKVVCYVNMNLMDASVPPLALGLLESVTLSSPAL
200 210 220 230 240 250
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 GQLVKSEVPLDRLLVHLQVMNQQLQTKAMALLTALLQGASPVERKHMLDYLWQRNLRQFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 GQLVKSEVPLDRLLVHLQVMNQQLQTKAMALLTALLQGASPVERKHMLDYLWQRNLRQFI
260 270 280 290 300 310
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 YKNIIHSAAPMGDEMAHHLYVLQALMLGLLEPRMRTPLDPYSQEQREQLQVLRQAAFEVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 YKNIIHSAAPMGDEMAHHLYVLQALMLGLLEPRMRTPLDPYSQEQREQLQVLRQAAFEVE
320 330 340 350 360 370
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 GESSGAGLSADRRRSLCAREFRKLGFSNSNPAQDLERVPPGLLALDNMLYFSRNAPSAYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 GESSGAGLSADRRRSLCAREFRKLGFSNSNPAQDLERVPPGLLALDNMLYFSRNAPSAYS
380 390 400 410 420 430
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 RFVLENSSREDKHECPFARGSIQLTVLLCELLRVGEPCSETAQDFSPMFFGQDQSFHELF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 RFVLENSSREDKHECPFARGSIQLTVLLCELLRVGEPCSETAQDFSPMFFGQDQSFHELF
440 450 460 470 480 490
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 CVGIQLLNKTWKEMRATQEDFDKVMQVVREQLARTLALKPTSLELFRTKVNALTYGEVLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 CVGIQLLNKTWKEMRATQEDFDKVMQVVREQLARTLALKPTSLELFRTKVNALTYGEVLR
500 510 520 530 540 550
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 LRQTERLHQEGTLAPPILELREKLKPELMGLIRQQRLLRLCEGTLFRKISSRRRQDKLWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 LRQTERLHQEGTLAPPILELREKLKPELMGLIRQQRLLRLCEGTLFRKISSRRRQDKLWF
560 570 580 590 600 610
460 470 480 490 500 510
pF1KE3 CCLSPNHKLLQYGDMEEGASPPTLESLPEQLPVADMRALLTGKDCPHVREKGSGKQNKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 CCLSPNHKLLQYGDMEEGASPPTLESLPEQLPVADMRALLTGKDCPHVREKGSGKQNKDL
620 630 640 650 660 670
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 YELAFSISYDRGEEEAYLNFIAPSKREFYLWTDGLSALLGSPMGSEQTRLDLEQLLTMET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 YELAFSISYDRGEEEAYLNFIAPSKREFYLWTDGLSALLGSPMGSEQTRLDLEQLLTMET
680 690 700 710 720 730
580 590 600
pF1KE3 KLRLLELENVPIPERPPPVPPPPTNFNFCYDCSIAEP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 KLRLLELENVPIPERPPPVPPPPTNFNFCYDCSIAEP
740 750 760 770
>>XP_016868327 (OMIM: 606420) PREDICTED: engulfment and (727 aa)
initn: 2158 init1: 1045 opt: 2125 Z-score: 2148.8 bits: 407.9 E(85289): 5.9e-113
Smith-Waterman score: 2150; 51.9% identity (80.2% similar) in 617 aa overlap (3-603:116-727)
10 20
pF1KE3 MIFAREVISRNGLQILGTIIEDGDD-------
::.: :. .:...: ..:.: .
XP_016 QQLHERIQSSSMDAKLEALKDLASLSRDVTFAQEFINLDGISLLTQMVESGTERYQKLQK
90 100 110 120 130 140
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 -----LGEVLALSLRAFSELMEHGVVSWETLSIPFVRKVVCYVNMNLMDASVPPLALGLL
.:..:...: :: :::.::.:::.:.:. :..:.. .:: . .: :. .:..:
XP_016 IMKPCFGDMLSFTLTAFVELMDHGIVSWDTFSVAFIKKIASFVNKSAIDISILQRSLAIL
150 160 170 180 190 200
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 ESVTLSSPALGQLVKSEVPLDRLLVHLQVMNQQLQTKAMALLTALLQGASPVERKHMLDY
::..:.: : : : .:. . .:. ::: .:..:: ..:...::. : .:..: .
XP_016 ESMVLNSHDLYQKVAQEITIGQLIPHLQGSDQEIQTYTIAVINALFLKAPDERRQEMANI
210 220 230 240 250 260
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 LWQRNLRQFIYKNIIHSAAPMGDEMAHHLYVLQALMLGLLEPRMRTPLDPYSQEQREQLQ
: :..::..: ..:.. ...::::.:::::.: ..::: :: : .:: .: ::. .
XP_016 LAQKQLRSIILTHVIRAQRAINNEMAHQLYVLQVLTFNLLEDRMMTKMDPQDQAQRDIIF
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250
pF1KE3 VLRQAAFEVEGESSGAGLSADRRRSLCAREFRKLGFSNS-NPAQDLERVPPGLLALDNML
::. ::..:.: .... : ..:.:. .:...:::: : :::.:. ..:::.:::::::
XP_016 ELRRIAFDAESEPNNSSGSMEKRKSMYTRDYKKLGFINHVNPAMDFTQTPPGMLALDNML
330 340 350 360 370 380
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 YFSRNAPSAYSRFVLENSSREDKHECPFARGSIQLTVLLCELLRVGEPCSETAQDFSPMF
::... .:: :.:::::::::::::::.:.::.:: .:::.:.::: ::: .:: :::
XP_016 YFAKHHQDAYIRIVLENSSREDKHECPFGRSSIELTKMLCEILKVGELPSETCNDFHPMF
390 400 410 420 430 440
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 FGQDQSFHELFCVGIQLLNKTWKEMRATQEDFDKVMQVVREQLARTLALKPTSLELFRTK
: .:.::.:.::. ::::::::::::::.:::.::::::.::. :.:. ::.::. :..:
XP_016 FTHDRSFEEFFCICIQLLNKTWKEMRATSEDFNKVMQVVKEQVMRALTTKPSSLDQFKSK
450 460 470 480 490 500
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 VNALTYGEVLRLRQTERLHQEGTLAPPILELREKLKPELMGLIRQQRLLRLCEGTLFRKI
.. :.: :.:..::.::..:: . :::::.::..::.. ::.:::: :: ::: :::.
XP_016 LQNLSYTEILKIRQSERMNQEDFQSRPILELKEKIQPEILELIKQQRLNRLVEGTCFRKL
510 520 530 540 550 560
440 450 460 470 480 490
pF1KE3 SSRRRQDKLWFCCLSPNHKLLQYGDMEE---GASPPTLESLPEQLPVADMRALLTGKDCP
..::::::.:.: ::::::.:.:::.:: : : .:: ..:::::..:..::::::
XP_016 NARRRQDKFWYCRLSPNHKVLHYGDLEESPQGEVPH--DSLQDKLPVADIKAVVTGKDCP
570 580 590 600 610 620
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 HVREKGSGKQNKDLYELAFSISYDRGEEEAYLNFIAPSKREFYLWTDGLSALLGSPMGSE
:..:::. ::::.. :::::: :: . . ::::::.:.:. .:::::.::::. : :.
XP_016 HMKEKGALKQNKEVLELAFSILYDSNCQ---LNFIAPDKHEYCIWTDGLNALLGKDMMSD
630 640 650 660 670 680
560 570 580 590 600
pF1KE3 QTRLDLEQLLTMETKLRLLELENVPIPERPPPVPPPPTNFNFCYDCSIAEP
:: ::. ::.:: :::::.:::. ::. :::.: :.:..: :::.
XP_016 LTRNDLDTLLSMEIKLRLLDLENIQIPDAPPPIPKEPSNYDFVYDCN
690 700 710 720
>>XP_006715868 (OMIM: 606420) PREDICTED: engulfment and (727 aa)
initn: 2158 init1: 1045 opt: 2125 Z-score: 2148.8 bits: 407.9 E(85289): 5.9e-113
Smith-Waterman score: 2150; 51.9% identity (80.2% similar) in 617 aa overlap (3-603:116-727)
10 20
pF1KE3 MIFAREVISRNGLQILGTIIEDGDD-------
::.: :. .:...: ..:.: .
XP_006 QQLHERIQSSSMDAKLEALKDLASLSRDVTFAQEFINLDGISLLTQMVESGTERYQKLQK
90 100 110 120 130 140
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 -----LGEVLALSLRAFSELMEHGVVSWETLSIPFVRKVVCYVNMNLMDASVPPLALGLL
.:..:...: :: :::.::.:::.:.:. :..:.. .:: . .: :. .:..:
XP_006 IMKPCFGDMLSFTLTAFVELMDHGIVSWDTFSVAFIKKIASFVNKSAIDISILQRSLAIL
150 160 170 180 190 200
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 ESVTLSSPALGQLVKSEVPLDRLLVHLQVMNQQLQTKAMALLTALLQGASPVERKHMLDY
::..:.: : : : .:. . .:. ::: .:..:: ..:...::. : .:..: .
XP_006 ESMVLNSHDLYQKVAQEITIGQLIPHLQGSDQEIQTYTIAVINALFLKAPDERRQEMANI
210 220 230 240 250 260
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 LWQRNLRQFIYKNIIHSAAPMGDEMAHHLYVLQALMLGLLEPRMRTPLDPYSQEQREQLQ
: :..::..: ..:.. ...::::.:::::.: ..::: :: : .:: .: ::. .
XP_006 LAQKQLRSIILTHVIRAQRAINNEMAHQLYVLQVLTFNLLEDRMMTKMDPQDQAQRDIIF
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250
pF1KE3 VLRQAAFEVEGESSGAGLSADRRRSLCAREFRKLGFSNS-NPAQDLERVPPGLLALDNML
::. ::..:.: .... : ..:.:. .:...:::: : :::.:. ..:::.:::::::
XP_006 ELRRIAFDAESEPNNSSGSMEKRKSMYTRDYKKLGFINHVNPAMDFTQTPPGMLALDNML
330 340 350 360 370 380
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 YFSRNAPSAYSRFVLENSSREDKHECPFARGSIQLTVLLCELLRVGEPCSETAQDFSPMF
::... .:: :.:::::::::::::::.:.::.:: .:::.:.::: ::: .:: :::
XP_006 YFAKHHQDAYIRIVLENSSREDKHECPFGRSSIELTKMLCEILKVGELPSETCNDFHPMF
390 400 410 420 430 440
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 FGQDQSFHELFCVGIQLLNKTWKEMRATQEDFDKVMQVVREQLARTLALKPTSLELFRTK
: .:.::.:.::. ::::::::::::::.:::.::::::.::. :.:. ::.::. :..:
XP_006 FTHDRSFEEFFCICIQLLNKTWKEMRATSEDFNKVMQVVKEQVMRALTTKPSSLDQFKSK
450 460 470 480 490 500
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 VNALTYGEVLRLRQTERLHQEGTLAPPILELREKLKPELMGLIRQQRLLRLCEGTLFRKI
.. :.: :.:..::.::..:: . :::::.::..::.. ::.:::: :: ::: :::.
XP_006 LQNLSYTEILKIRQSERMNQEDFQSRPILELKEKIQPEILELIKQQRLNRLVEGTCFRKL
510 520 530 540 550 560
440 450 460 470 480 490
pF1KE3 SSRRRQDKLWFCCLSPNHKLLQYGDMEE---GASPPTLESLPEQLPVADMRALLTGKDCP
..::::::.:.: ::::::.:.:::.:: : : .:: ..:::::..:..::::::
XP_006 NARRRQDKFWYCRLSPNHKVLHYGDLEESPQGEVPH--DSLQDKLPVADIKAVVTGKDCP
570 580 590 600 610 620
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 HVREKGSGKQNKDLYELAFSISYDRGEEEAYLNFIAPSKREFYLWTDGLSALLGSPMGSE
:..:::. ::::.. :::::: :: . . ::::::.:.:. .:::::.::::. : :.
XP_006 HMKEKGALKQNKEVLELAFSILYDSNCQ---LNFIAPDKHEYCIWTDGLNALLGKDMMSD
630 640 650 660 670 680
560 570 580 590 600
pF1KE3 QTRLDLEQLLTMETKLRLLELENVPIPERPPPVPPPPTNFNFCYDCSIAEP
:: ::. ::.:: :::::.:::. ::. :::.: :.:..: :::.
XP_006 LTRNDLDTLLSMEIKLRLLDLENIQIPDAPPPIPKEPSNYDFVYDCN
690 700 710 720
>>XP_005249976 (OMIM: 606420) PREDICTED: engulfment and (727 aa)
initn: 2158 init1: 1045 opt: 2125 Z-score: 2148.8 bits: 407.9 E(85289): 5.9e-113
Smith-Waterman score: 2150; 51.9% identity (80.2% similar) in 617 aa overlap (3-603:116-727)
10 20
pF1KE3 MIFAREVISRNGLQILGTIIEDGDD-------
::.: :. .:...: ..:.: .
XP_005 QQLHERIQSSSMDAKLEALKDLASLSRDVTFAQEFINLDGISLLTQMVESGTERYQKLQK
90 100 110 120 130 140
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 -----LGEVLALSLRAFSELMEHGVVSWETLSIPFVRKVVCYVNMNLMDASVPPLALGLL
.:..:...: :: :::.::.:::.:.:. :..:.. .:: . .: :. .:..:
XP_005 IMKPCFGDMLSFTLTAFVELMDHGIVSWDTFSVAFIKKIASFVNKSAIDISILQRSLAIL
150 160 170 180 190 200
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 ESVTLSSPALGQLVKSEVPLDRLLVHLQVMNQQLQTKAMALLTALLQGASPVERKHMLDY
::..:.: : : : .:. . .:. ::: .:..:: ..:...::. : .:..: .
XP_005 ESMVLNSHDLYQKVAQEITIGQLIPHLQGSDQEIQTYTIAVINALFLKAPDERRQEMANI
210 220 230 240 250 260
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 LWQRNLRQFIYKNIIHSAAPMGDEMAHHLYVLQALMLGLLEPRMRTPLDPYSQEQREQLQ
: :..::..: ..:.. ...::::.:::::.: ..::: :: : .:: .: ::. .
XP_005 LAQKQLRSIILTHVIRAQRAINNEMAHQLYVLQVLTFNLLEDRMMTKMDPQDQAQRDIIF
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250
pF1KE3 VLRQAAFEVEGESSGAGLSADRRRSLCAREFRKLGFSNS-NPAQDLERVPPGLLALDNML
::. ::..:.: .... : ..:.:. .:...:::: : :::.:. ..:::.:::::::
XP_005 ELRRIAFDAESEPNNSSGSMEKRKSMYTRDYKKLGFINHVNPAMDFTQTPPGMLALDNML
330 340 350 360 370 380
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 YFSRNAPSAYSRFVLENSSREDKHECPFARGSIQLTVLLCELLRVGEPCSETAQDFSPMF
::... .:: :.:::::::::::::::.:.::.:: .:::.:.::: ::: .:: :::
XP_005 YFAKHHQDAYIRIVLENSSREDKHECPFGRSSIELTKMLCEILKVGELPSETCNDFHPMF
390 400 410 420 430 440
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 FGQDQSFHELFCVGIQLLNKTWKEMRATQEDFDKVMQVVREQLARTLALKPTSLELFRTK
: .:.::.:.::. ::::::::::::::.:::.::::::.::. :.:. ::.::. :..:
XP_005 FTHDRSFEEFFCICIQLLNKTWKEMRATSEDFNKVMQVVKEQVMRALTTKPSSLDQFKSK
450 460 470 480 490 500
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 VNALTYGEVLRLRQTERLHQEGTLAPPILELREKLKPELMGLIRQQRLLRLCEGTLFRKI
.. :.: :.:..::.::..:: . :::::.::..::.. ::.:::: :: ::: :::.
XP_005 LQNLSYTEILKIRQSERMNQEDFQSRPILELKEKIQPEILELIKQQRLNRLVEGTCFRKL
510 520 530 540 550 560
440 450 460 470 480 490
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607 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 08:58:15 2016 done: Sun Nov 6 08:58:17 2016
Total Scan time: 12.320 Total Display time: 0.170
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]